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1、本小插图将指导你分析来自实验的流式细胞术数据集示例，该实验检查芽殖酵母液体培养 物中合成生物回路的荧光报告基因水平。在这里，我们分析了一个电路，其中荧光报告基 因与蛋白质融合，在添加诱导分子后，该蛋白质会随着时间的推移而降解。在诱导后的某 个时间（由实验者优化），通过流式细胞术分析这些培养物的荧光。在这里，我们演示如 何将生成的.fcs文件导入到R中，使用实验元数据（例如每个样本的strain和 treatment）注释该数据，并编译相关事件和测量结果。#导入和注释数据使用 导入流式细胞术数据read.flowset。在这里，我们将导入一个示例 flowSetoplatel - read.fl
2、owSet(path = system.file(extdatass_example4package = flowTime),alter.names = TRUE)# add pLate numbers to the sampLeNamessampleNames(platel) - paste(1_sampleNames(platelsep =) dat - platel如果你有多个板，则可以重复此代码，并且可以组合每个板以组装完整的数据集。plate2 - read.flowSet(path = paste(experimentsep = alter.names = TRUE)sampleN
3、ames(plate2) - paste(2_sampleNames(plate2)sep =)dat - rbind2(platelJplate2)对于本不例，我们将导入兀数据表。sampleNames组装的（flowSet在dat本不例中）的 必 须与 的唯一标识符列的 相匹配annotation。annotation X name AFB IAA treatment repL# 1 l_A01.fcs l_A01.fcs TIR1 IAA10.001# 2 l_A02.fcs l_A02.fcs TIR1 IAA170.001# 3 l_A03.fcs l_A03.fcs AFB2 IA
4、A10.001# 4 l_A04.fcs l_A04.fcs AFB2 IAA170.001# 5 l_B01.fcs l_B01.fcs TIR1 IAA10.051# 6 l_B02.fcs l_B02.fcs TIR1 IAA170.051sampleNames(dat)#1 13 19 25 31l_A01.fcsl_B03.fcsl_D01.fcsl_E03.fcsnl_G01.fcsl_H03.fcsn,l_A02.fcsn l_B04.fcs l_D02.fcs l_E04.fcsn l_G02.fcs l_H04.fcsn,l_A03.fcsl_C01.fcsl_D03.fcs
5、 ,l_F01.fcsnul_G03.fcs11nl_A04.fcs l_C02.fcs l_D04.fcs nl_F02.fcsn nl_G04.fcsnl_B01.fcsnl_C03.fcsl_E01.fcs,l_F03.fcsul_H01.fcsl_B02.fcs ul_C04.fcs l_E02.fcs nl_F04.fcs l_H02.fcssampleNames(dat)=annotation$nameTRUE TRUE TRUE# 1 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE# 16 TRUE TRUE
6、 TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE TRUE# 31 TRUE TRUE我们还可以从我们的数据集创建此列并附加注释列。或者，可以使用该createAnnotation 函数创建一个具有适当列的数据框，name然后可以通过R代码填充该数据框，或另存为 CSV文件并通过电子表格编辑器填充。中的条目顺序annotation并不重要，只要能够 sampleNames(dat)表不 中的每个条目即可。该annotateFlowSet函数将按mergeBy列匹配条 目annotation - cbind(annotati
7、onname = sampleNames(dat)# orannotation - createAnnotation(yourFlowSet = dat)write.csv(annotationfile = path/to/yourAnnotation.csv)最后，我们可以使用该函数将此元数据附加到flowset annotateFlowSetoadat 1 l_A01.fcs l_A02.fcs nl_A03.fcs l_A04.fcs nl_B01.fcs ,l_B02.fcs head(pData(adat)#nameX AFBIAA treatment repL# l_A01.fcs
8、l_A01.fcsl_A01.fcs TIR1IAA10.001# l_A02.fcsl_A02.fcsl_A02.fcs TIR1IAA170.001# l_A03.fcsl_A03.fcsl_A03.fcs AFB2IAA10.001# l_A04.fcsl_A04.fcsl_A04.fcs AFB2IAA170.001# l_B01.fcsl_B01.fcsl_B01.fcs TIR1IAA10.051# l_B02.fcsl_B02.fcsl_B02.fcs TIR1IAA170.051现在我们可以保存这个flowSet，任何人都可以轻松力口载和分析这个带注释的flowSet!writ
9、e.flowSet(adat?outdir = your/favorite/directory)# Read the fLowSet with the saved experimentaL meta dataread.flowSet(flowSet folder”，path = your/flow/directory, phenoData = annotation.txt,alter.names = TRUE)#编译和绘制数据现在我们准备分析此中的原始数据flowSet。首先，我们加载将用于对数 据进行子集化的门集。为了分析这个稳态或单时间点实验，我们将使用该steadyState函 数。该函数将对每个事件进行门控，并编译并返回flowFrame每个事件的相关数据和元数 据。然后可以使用它来可视化完整的数据集。flowSetdataframedataframeloadGates() # use the defauLt incLuded gateSetdat.SS 1 Gating with dipLoid singLet gates.# 1 Converting events.p Earning: Removed 85 rois containing non-finite vaLues (stat_boxpLot().