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1、目的基因的克隆目的基因的克隆目的基因的克隆目的基因的克隆现在学习的是第1页，共54页 一般来说，目的基因的克隆战略分为两大类：一般来说，目的基因的克隆战略分为两大类：一类是构建感兴趣的生物个体的基因文库，即将某生物体的全基因组分一类是构建感兴趣的生物个体的基因文库，即将某生物体的全基因组分段克隆，然后建立合适的筛选模型从基因组文库中挑出含有目的基因的重组克段克隆，然后建立合适的筛选模型从基因组文库中挑出含有目的基因的重组克隆；隆；另一类是利用另一类是利用PCRPCR扩增技术甚至化学合成法体外直接合成目的基因，然扩增技术甚至化学合成法体外直接合成目的基因，然后将之克隆表达。后将之克隆表达。现在学
2、习的是第2页，共54页A PCRA PCR法法PCRPCR法定向扩增目的基因的基本原理法定向扩增目的基因的基本原理PCRPCR克隆目的基因的基本程序克隆目的基因的基本程序PCRPCR盒式引物扩增法盒式引物扩增法现在学习的是第3页，共54页使用使用PCRPCR技术克隆目的基因的技术克隆目的基因的前提条件前提条件是：是：已知待扩增目的基因或已知待扩增目的基因或DNADNA片段两侧的序列，片段两侧的序列，根据该序列化学合成聚合反应所需的双引物根据该序列化学合成聚合反应所需的双引物 1.PCR1.PCR法定向扩增目的基因的基本原理法定向扩增目的基因的基本原理现在学习的是第4页，共54页5555目的基因
3、目的基因55变性变性加热加热5555引物引物退火退火5555底物底物聚合聚合55555555加热加热变性变性55555555555555555555555555555555555555555555555555退火退火 引物引物底物底物聚合聚合加热加热变性变性引物引物退火退火底物底物聚合聚合112233现在学习的是第5页，共54页 由由Taq DNATaq DNA聚合酶扩增的聚合酶扩增的PCRPCR产物中，其产物中，其33末端总是会带有一个非末端总是会带有一个非模板依赖型的突出碱基，而且这个碱基几乎总是模板依赖型的突出碱基，而且这个碱基几乎总是A A，因为，因为Taq DNATaq DNA聚合聚
4、合酶对酶对dATPdATP具有优先聚合活性。由于该突出碱基的存在，克隆时即可以采取具有优先聚合活性。由于该突出碱基的存在，克隆时即可以采取TdTTdT末端加同聚尾的方法与载体拼接，也可以使用专门的末端加同聚尾的方法与载体拼接，也可以使用专门的T T载体载体克隆克隆 2.PCR2.PCR克隆目的基因的基本程序克隆目的基因的基本程序5555AAAATTTT5555PCRPCR扩增产物扩增产物T T 载体载体T7T7lacZlacZMCSMCSorioriApAprr现在学习的是第6页，共54页3.PCR3.PCR盒式引物扩增法盒式引物扩增法染色体染色体DNADNASau3ASau3A部分酶切部分酶
5、切加装盒式接头片段加装盒式接头片段5 5 端不含磷酸基团端不含磷酸基团变性变性 引物退火引物退火扩增扩增现在学习的是第7页，共54页B B 基因文库的构建基因文库的构建基因文库的基本概念基因文库的基本概念基因文库的构建程序基因文库的构建程序基因组文库重组克隆的排序基因组文库重组克隆的排序现在学习的是第8页，共54页基因文库的基本概念基因文库的基本概念基因库与基因文库基因库与基因文库基因库（基因库（gene poolgene pool）特定生物体全基因组的集合（天然存在）特定生物体全基因组的集合（天然存在）基因文库（基因文库（gene library or gene bankgene libra
6、ry or gene bank）从特定生物个体中分离的全部基因，这些基因以克隆的形式从特定生物个体中分离的全部基因，这些基因以克隆的形式基因组文库基因组文库（含有全部基因）（含有全部基因）存在（人工构建）。根据构建方法的不同，基因文库分为：存在（人工构建）。根据构建方法的不同，基因文库分为：cDNAcDNA文库文库（含有全部蛋白质编码的结构基因）（含有全部蛋白质编码的结构基因）现在学习的是第9页，共54页基因文库的基本概念基因文库的基本概念基因文库构建的基本战略基因文库构建的基本战略用鸟枪法构建基因组文库，用鸟枪法构建基因组文库，材料来自染色体材料来自染色体DNADNA用用cDNAcDNA法构
7、建法构建cDNAcDNA文库，文库，材料来自材料来自mRNAmRNA在高度分化的生物体中，不同组织和细胞在不同时段的在高度分化的生物体中，不同组织和细胞在不同时段的mRNAmRNA种类不同（即基因的表达谱不同），因此同种生物体的种类不同（即基因的表达谱不同），因此同种生物体的cDNAcDNA文库文库一般还有组织细胞的界定，如肝组织一般还有组织细胞的界定，如肝组织cDNAcDNA文库或胚胎组织文库或胚胎组织cDNAcDNA文库等。很显然，文库等。很显然，cDNA cDNA文库的信息量远小于基因组文库文库的信息量远小于基因组文库现在学习的是第10页，共54页基因文库的基本概念基因文库的基本概念基因
8、文库的完备性基因文库的完备性基因文库的基因文库的完备性完备性是指：在构建的基因文库中任一基因存在的概是指：在构建的基因文库中任一基因存在的概率，它与基因文库最低所含克隆数率，它与基因文库最低所含克隆数NN之间的关系可用下式表示：之间的关系可用下式表示：N=ln(1 P)/ln(1 f)N=ln(1 P)/ln(1 f)其中：其中：P=P=任一基因被克隆（或存在于基因文库中）的概率任一基因被克隆（或存在于基因文库中）的概率 f=f=克隆片段的平均大小克隆片段的平均大小/生物基因组的大小生物基因组的大小 例如，人的单倍体例如，人的单倍体DNADNA总长为总长为2.9 x 102.9 x 1099
9、bp bp，基因文库中克隆片段，基因文库中克隆片段的平均大小为的平均大小为15 kb15 kb，则构建一个完备性为，则构建一个完备性为0.90.9的的基因文库至少需要基因文库至少需要4545万个克隆；而当完备性提高到万个克隆；而当完备性提高到0.99990.9999时，基因文库至少需要时，基因文库至少需要180180万个克隆万个克隆现在学习的是第11页，共54页基因文库的基本概念基因文库的基本概念基因文库的质量标准基因文库的质量标准除了尽可能高的除了尽可能高的完备性外，完备性外，一个理想的基因文库应具备下列条件：一个理想的基因文库应具备下列条件：重组克隆的总数不宜过大重组克隆的总数不宜过大 以
10、减轻筛选工作的压力以减轻筛选工作的压力载体的装载量最好大于基因的长度载体的装载量最好大于基因的长度 避免基因被分隔克隆避免基因被分隔克隆克隆与克隆之间必须存在足够长度的重叠区域克隆与克隆之间必须存在足够长度的重叠区域 以利克隆排序以利克隆排序克隆片段易于从载体分子上完整卸下克隆片段易于从载体分子上完整卸下重组克隆能稳定保存、扩增、筛选重组克隆能稳定保存、扩增、筛选现在学习的是第12页，共54页基因文库的构建程序基因文库的构建程序基因组基因组DNADNA的制备的制备 为了最大限度地保证基因在克隆过程中的完整性，为了最大限度地保证基因在克隆过程中的完整性，用于基因组用于基因组文库构建的文库构建的D
11、NADNA在分离纯化操作中应尽量避免过度的断裂。制备的在分离纯化操作中应尽量避免过度的断裂。制备的DNADNA分子量越大，经切割处理后样品中含有不规则末端的分子量越大，经切割处理后样品中含有不规则末端的DNADNA片段片段的比率就越低，重组率和完备性也就越高的比率就越低，重组率和完备性也就越高A AA AA AA A用常规方法制备的染色体用常规方法制备的染色体DNADNA的长度一般在的长度一般在100 kb100 kb左右左右如果先将细胞固定在低融点凝如果先将细胞固定在低融点凝胶中，然后置入含有胶中，然后置入含有SDSSDS、蛋、蛋白酶白酶K K、RNaseRNase的缓冲液中浸泡，可获得的缓
12、冲液中浸泡，可获得1000 kb1000 kb大小的大小的DNADNA片段片段现在学习的是第13页，共54页基因文库的构建程序基因文库的构建程序基因组基因组DNADNA的切割的切割 用于基因组用于基因组文库构建的文库构建的DNADNA片段的切割一般采用片段的切割一般采用超声波处理超声波处理和和限制性内切酶限制性内切酶部分酶切部分酶切两种方法，其目的是：两种方法，其目的是：第一，保证第一，保证DNADNA片段之间存在部分重叠区片段之间存在部分重叠区 第二，保证第二，保证DNADNA片段大小均一片段大小均一超声波处理超声波处理后的后的DNADNA片段呈平头末端，需加装人工接头片段呈平头末端，需加装
13、人工接头 部分酶切法部分酶切法一般选用四对碱基识别序列的限制性内切酶一般选用四对碱基识别序列的限制性内切酶，如：，如：Sau3AISau3AI或或MboIMboI等，这样等，这样DNADNA酶解片段的大小可控酶解片段的大小可控 连接前，上述处理的连接前，上述处理的DNADNA片段必须根据载体的装载量进行分级片段必须根据载体的装载量进行分级分离，以杜绝不相干的分离，以杜绝不相干的DNADNA片段随机连为一体！片段随机连为一体！现在学习的是第14页，共54页基因文库的构建程序基因文库的构建程序载体和受体的选择载体和受体的选择 出于压缩重组克隆的数量，用于出于压缩重组克隆的数量，用于基因组基因组文库
14、文库构建的构建的载体通常选载体通常选装载量较大的装载量较大的ll-DNA-DNA或考斯质粒；对于大型基因组（如动植物和或考斯质粒；对于大型基因组（如动植物和人类）需使用人类）需使用YACYAC或或BACBAC载体载体ll-DNA-DNA 由于绝大多数真核生物的由于绝大多数真核生物的mRNAmRNA小于小于10 kb10 kb，因此用于，因此用于cDNAcDNA文库文库构构建的载体建的载体通常选质粒通常选质粒 上述几种上述几种载体的最大装载量如下：载体的最大装载量如下：质粒质粒考斯质粒考斯质粒15 kb15 kb25 kb25 kb45 kb45 kbBACBAC300 kb300 kbYACY
15、AC400 kb400 kb 用于基因用于基因文库构文库构建的受体则根据载体使用大肠杆菌或酵母菌建的受体则根据载体使用大肠杆菌或酵母菌现在学习的是第15页，共54页基因文库的构建程序基因文库的构建程序从基因文库中筛选目的基因从基因文库中筛选目的基因 大型基因组大型基因组文库文库一般由数十万甚至上百万个重组克隆组成。除一般由数十万甚至上百万个重组克隆组成。除了一些具有特殊功能的蛋白质编码基因（如抗药性基因、结合蛋白了一些具有特殊功能的蛋白质编码基因（如抗药性基因、结合蛋白编码基因等）可以采用特殊的正选择筛选编码基因等）可以采用特殊的正选择筛选程序（如程序（如抗药性筛选法抗药性筛选法、酵母双杂交技
16、术酵母双杂交技术等）直接筛选外，一般的基因组等）直接筛选外，一般的基因组文库筛选均需多轮文库筛选均需多轮操作步骤操作步骤现在学习的是第16页，共54页基因文库的构建程序基因文库的构建程序从基因文库中筛选目的基因从基因文库中筛选目的基因密集铺板（密集铺板（1-101-10万）万）杂杂交交挖挖取取铺铺板板铺铺板板目的重组克隆目的重组克隆现在学习的是第17页，共54页基因文库的构建程序基因文库的构建程序基因文库构建的技术性问题基因文库构建的技术性问题在基因组在基因组文库的构建过程中，文库的构建过程中，最应引起重视的问题是：最应引起重视的问题是：严禁外源严禁外源DNADNA片段之间的连接！片段之间的连
17、接！为了避免上述情况的发生，为了避免上述情况的发生，可采取下列措施的组合：可采取下列措施的组合：将待连接的将待连接的DNADNA片段根据载体的装载量分级分离片段根据载体的装载量分级分离用碱性磷酸单酯酶除去用碱性磷酸单酯酶除去DNADNA片段的末端磷酸基团片段的末端磷酸基团 用用TdTTdT酶在酶在DNADNA片段的末端上增补同聚尾末端片段的末端上增补同聚尾末端 现在学习的是第18页，共54页基因组文库重组克隆的排序基因组文库重组克隆的排序 大型基因文库（包括人的基因文库）的构建在技术上并不十大型基因文库（包括人的基因文库）的构建在技术上并不十分困难，如果一个分困难，如果一个YACYAC基因文库
18、的插入片段总和为整个基因组的十基因文库的插入片段总和为整个基因组的十倍以上时，一般就能从基因文库中调出任何一段倍以上时，一般就能从基因文库中调出任何一段DNADNA序列。然而基因序列。然而基因文库的克隆都是随机序列，必须将所有的克隆排列成一个像天然染色文库的克隆都是随机序列，必须将所有的克隆排列成一个像天然染色体体DNADNA上所表现出的信息顺序。这项工作的工作量可能远大于基上所表现出的信息顺序。这项工作的工作量可能远大于基因组文库的构建，属于基因文库的后期制作因组文库的构建，属于基因文库的后期制作现在学习的是第19页，共54页基因组文库重组克隆的排序基因组文库重组克隆的排序 将单一的将单一的
19、YACYAC克隆插入克隆插入DNADNA片段片段用限制性内切酶分布均匀地水用限制性内切酶分布均匀地水解成若干片段，末端标记同位素解成若干片段，末端标记同位素 然后再用然后再用Sau3AISau3AI或或MboIMboI将末端标记的将末端标记的DNADNA片段降解成碎片，聚丙烯片段降解成碎片，聚丙烯酰胺凝胶电泳，每酰胺凝胶电泳，每1010个个YACYAC克隆走在同一块板上，形成克隆走在同一块板上，形成1010个克隆的个克隆的特征性特征性DNADNA指纹图谱指纹图谱 电脑分析指纹图谱，如发现任何两个克隆电脑分析指纹图谱，如发现任何两个克隆DNADNA的指纹图谱有的指纹图谱有部分相同的，则其两个部分
20、相同的，则其两个YACYAC片段就有互相重叠的可能性，于是这两片段就有互相重叠的可能性，于是这两个个YACYAC克隆的克隆的DNADNA片段克隆在染色体上是排列一起的片段克隆在染色体上是排列一起的 酶切片段末端标记法酶切片段末端标记法现在学习的是第20页，共54页酶切片段末端标记法酶切片段末端标记法HHHHSSSSSSSSSSSSSSS SSSS单一克隆指纹图谱单一克隆指纹图谱十克隆指纹图谱十克隆指纹图谱载体载体DNADNA克隆克隆DNADNA现在学习的是第21页，共54页基因组文库重组克隆的排序基因组文库重组克隆的排序 将若干将若干YACYAC克隆固定在薄膜上，并复制二十份薄膜；合成克隆固定
21、在薄膜上，并复制二十份薄膜；合成2020种种不同序列的短探针，其序列是随机的不同序列的短探针，其序列是随机的 用用2020种探针随机定位杂交（一对一）种探针随机定位杂交（一对一）2020份份YACYAC克隆薄膜克隆薄膜 如果某两个克隆同时对同一种探针呈现杂交阳性反应，则这两个如果某两个克隆同时对同一种探针呈现杂交阳性反应，则这两个克隆有可能是相互重叠的。若将杂交阳性结果记为克隆有可能是相互重叠的。若将杂交阳性结果记为“1 1”，而阴性结果，而阴性结果记为记为“0 0”，可清晰地列成一张表，最终排出上述，可清晰地列成一张表，最终排出上述YACYAC克隆的排列顺序克隆的排列顺序 随机探针联合杂交法
22、随机探针联合杂交法现在学习的是第22页，共54页C cDNAC cDNA法法cDNAcDNA法克隆目的基因的基本战略法克隆目的基因的基本战略cDNAcDNA法分离目的基因的基本程序法分离目的基因的基本程序cDNAcDNA法法克隆目的基因的局限性法法克隆目的基因的局限性现在学习的是第23页，共54页cDNAcDNA法克隆目的基因的基本战略法克隆目的基因的基本战略mRNAmRNAc cDNADNA第一链的合成第一链的合成 55pppppp55G G AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAOHOH 3355pppppp55G G AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
23、AAOHOH 33TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTpp 5555pppppp55G G AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAOHOH 33TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTpp 55cDNAcDNA第一链第一链引物引物退火退火逆转录酶逆转录酶dNTPsdNTPs现在学习的是第24页，共54页c cDNADNA第二链的合成第二链的合成 煮沸煮沸NaOHNaOH自身引导法：自身引导法：获得的双链获得的双链cDNA 5cDNA 5端会有几对碱基缺失端会有几对碱基缺失AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA55ppppp
24、p55G G AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAOHOH 33TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTpp 55TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTpp 55TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTpp 55AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAOHOH 33TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTOHOH 33KlenowKlenowdNTPsdNTPsS1S1现在学习的是第25页，共54页c cDNADNA第二链的合成第二链的合成 DNApol dNTPsDNApol dNTPsRN
25、aesHRNaesH置换合成法：置换合成法：获得的双链获得的双链cDNA 5cDNA 5端也会有几对碱基缺失端也会有几对碱基缺失55pppppp55G G AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAOHOH 33TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTpp 55AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAApp 5555S1S1 AAAAAAA AAAAAAAOHOH 33TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTpp 5555TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTOHOH 33AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
26、AAAAAA 5555TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 3333T4-DNA ligaseT4-DNA ligase现在学习的是第26页，共54页c cDNADNA第二链的合成第二链的合成 dCTPdCTPTdTTdT引导合成法：引导合成法：获得的双链获得的双链cDNA cDNA 能保留完整的能保留完整的55端序列端序列55pppppp55G G AAAAAAAAAAOHOH 33TTTTTTTTTTpp 5533 HOHO55pppppp55G G AAAAAAAAAACCCCCCCCCCCCCCOHOH 3333 HOHOCCCCCCCCCCCCCCTTTTTTTT
27、TTpp 5533 HOHOCCCCCCCCCCCCCCTTTTTTTTTTpp 5533 HOHOCCCCCCCCCCCCCCTTTTTTTTTTpp 5555 ppGGGGGGGGGGGGGG33 HOHOCCCCCCCCCCCCCCTTTTTTTTTTpp 5555 ppGGGGGGGGGGGGGGAAAAAAAAAAOHOH 33NaOHNaOH退火退火KlenowKlenowdNTPsdNTPsTerminal deoxynucleotidyl transferaser现在学习的是第27页，共54页cDNAcDNA法克隆目的基因的基本战略法克隆目的基因的基本战略双链双链c cDNAD
28、NA的克隆的克隆 双链平头的双链平头的cDNAcDNA通常可以使用下列三种方法克隆入载体中：通常可以使用下列三种方法克隆入载体中：平头末端直接与载体连接，平头末端直接与载体连接，但插入的片段无法回收但插入的片段无法回收 平头两端分别接同聚物尾，平头两端分别接同聚物尾，最好是最好是ATAT同聚物尾，这样重组同聚物尾，这样重组分子可通过加热局部变性和分子可通过加热局部变性和S1S1核酸酶处理回收插入片段核酸酶处理回收插入片段加装人工接头引入酶切口，加装人工接头引入酶切口，以便插入片段回收以便插入片段回收 现在学习的是第28页，共54页cDNAcDNA法分离目的基因的基本程序法分离目的基因的基本程序
29、完备分离程序完备分离程序 提提取取细细胞胞总总mRNAmRNA，合合成成总总cDNAcDNA，将将之之全全部部克克隆隆，然然后后借借助助于于合适的筛选手段找到合适的筛选手段找到目的重组子目的重组子 筛筛选选时时，若若使使用用的的是是多多拷拷贝贝载载体体，则则采采用用菌菌落落原原位位杂杂交交法法筛筛选选；若若使使用的是表达型载体，则采用菌落免疫杂交法筛选用的是表达型载体，则采用菌落免疫杂交法筛选 完备分离程序适用于完备分离程序适用于mRNAmRNA分子数少的目的基因的克隆，如人胰岛素分子数少的目的基因的克隆，如人胰岛素基因、干扰素基因、凝血因子基因、干扰素基因、凝血因子VIIIVIII基因等基因
30、等 现在学习的是第29页，共54页cDNAcDNA法分离目的基因的基本程序法分离目的基因的基本程序特异分离程序特异分离程序 提提取取细细胞胞总总mRNAmRNA，琼琼脂脂糖糖凝凝胶胶电电泳泳分分离离，回回收收目目标标mRNAmRNA，由由此合成双链此合成双链cDNAcDNA，然后进行克隆，然后进行克隆 特特异异分分离离程程序序较较适适用用于于mRNAmRNA丰丰度度极极高高的的目目的的基基因因克克隆隆如如血血红红蛋白基因等蛋白基因等 现在学习的是第30页，共54页cDNAcDNA法分离目的基因的基本程序法分离目的基因的基本程序差异分离程序差异分离程序 利用两组细胞利用两组细胞mRNAmRNA种
31、类的差异，分离克隆差异种类的差异，分离克隆差异mRNAmRNA所对应的所对应的cDNAcDNA，因而这种程序较适用于分离克隆新基因，因而这种程序较适用于分离克隆新基因 例如：正常的大鼠例如：正常的大鼠FR3T3FR3T3成纤维细胞中，有些新基因是不能自发表达的，成纤维细胞中，有些新基因是不能自发表达的，需在多瘤病毒感染之后方可转录。任务是要分离克隆这些新基因，进而研究其需在多瘤病毒感染之后方可转录。任务是要分离克隆这些新基因，进而研究其生物学功能生物学功能 现在学习的是第31页，共54页cDNAcDNA法克隆目的基因的局限性法克隆目的基因的局限性并非所有的并非所有的mRNAmRNA分子都具有分
32、子都具有polyApolyA结构结构 细菌或原核生物的细菌或原核生物的mRNAmRNA半衰期很短半衰期很短mRNAmRNA在细胞中含量少，对酶和碱极为敏感，在细胞中含量少，对酶和碱极为敏感，分离纯化困难分离纯化困难仅限于克隆蛋白质编码基因仅限于克隆蛋白质编码基因 现在学习的是第32页，共54页D D 化学合成法化学合成法化学合成法的基本战略化学合成法的基本战略化学合成的单元操作化学合成的单元操作DNADNA化学合成的用途化学合成的用途现在学习的是第33页，共54页化学合成法的基本战略化学合成法的基本战略全基因合成全基因合成化学合成目的基因的前提条件是基因的化学合成目的基因的前提条件是基因的DN
33、ADNA序列已知，有三种战略：序列已知，有三种战略：小片段粘接法：小片段粘接法：混合退火混合退火根据目的基因全序列，分别合成根据目的基因全序列，分别合成12-1512-15碱基长的单链碱基长的单链DNADNA小片段小片段T4-DNAT4-DNA连接酶连接连接酶连接克隆入合适的载体克隆入合适的载体 现在学习的是第34页，共54页化学合成法的基本战略化学合成法的基本战略全基因合成全基因合成补钉延长法：补钉延长法：混合退火混合退火根据目的基因根据目的基因两条互补链两条互补链全序列，分别合成全序列，分别合成12-1512-15碱基长的单链碱基长的单链DNADNA小小片段以及片段以及20-3020-30
34、碱基长的单链碱基长的单链DNADNA中片段中片段T4-DNAT4-DNA连接酶连接连接酶连接克隆入合适的载体克隆入合适的载体 KlenowKlenow酶聚合酶聚合现在学习的是第35页，共54页化学合成法的基本战略化学合成法的基本战略全基因合成全基因合成大片段酶促法：大片段酶促法：混合退火混合退火根据目的基因根据目的基因的的全序列，分别合成全序列，分别合成40-5040-50碱基长的单链碱基长的单链DNADNA片段片段T4-DNAT4-DNA连接酶连接连接酶连接克隆入合适的载体克隆入合适的载体 KlenowKlenow酶聚合酶聚合现在学习的是第36页，共54页化学合成法的基本战略化学合成法的基本
35、战略全基因合成全基因合成 上述三种方法各有利弊：化学合成上述三种方法各有利弊：化学合成DNADNA的的单片段愈短，收率就愈高，单片段愈短，收率就愈高，但由于化学合成的份额较大，成本较高；在大片段酶促法合成目的基因时，但由于化学合成的份额较大，成本较高；在大片段酶促法合成目的基因时，虽然化学合成的份额相对较小，成本较低，但大片段化学合成的收率极低，虽然化学合成的份额相对较小，成本较低，但大片段化学合成的收率极低，例如，每聚合一个单体的产物收率为例如，每聚合一个单体的产物收率为95%95%则合成则合成5050个碱基长的个碱基长的DNADNA单链大单链大片段的总收率只有片段的总收率只有7.7%7.7
36、%现在学习的是第37页，共54页化学合成法的基本战略化学合成法的基本战略探针等寡聚核苷酸合成探针等寡聚核苷酸合成 在某些情况下，往往只知道目的基因编码产物的部分氨基酸在某些情况下，往往只知道目的基因编码产物的部分氨基酸序列，而基因序列未知，此时需要从已知的氨基酸序列推测为其序列，而基因序列未知，此时需要从已知的氨基酸序列推测为其编码的编码的DNADNA序列，然后合成探针，筛选由鸟枪法或序列，然后合成探针，筛选由鸟枪法或cDNAcDNA法得到法得到的重组子，最终获得含有目的基因的的重组子，最终获得含有目的基因的目的重组子目的重组子 由于大多数氨基酸拥有由于大多数氨基酸拥有简并密码子简并密码子，故
37、在探针序列的设计时，故在探针序列的设计时必须考虑下列问题：必须考虑下列问题：生物体对简并密码子的生物体对简并密码子的偏爱性偏爱性，合成系列探针合成系列探针探针应具有足够的长度，通常在探针应具有足够的长度，通常在17-2017-20个核苷酸之间个核苷酸之间探针内部不应出现可能的互补区域探针内部不应出现可能的互补区域现在学习的是第38页，共54页化学合成法的基本战略化学合成法的基本战略探针等寡聚核苷酸合成探针等寡聚核苷酸合成某段连续的氨基酸序列某段连续的氨基酸序列Cys Met Asp Glu Met Lys Arg Asn IleCys Met Asp Glu Met Lys Arg Asn I
38、le所有可能的所有可能的DNADNA序列序列TGTTGTATGATGGACGACGAAGAAATGATGAAAAAAAGAAGAAACAACATAATA C T C T G GATG ATG G G G G T T T T C C CGA CGA CGG CGG CGT CGT CGC CGC设计的简并探针序列设计的简并探针序列TGTGT TATGATGGAGAC CGAGAI IATGATGA ATGTGT TATGATGGAGAT TGAGAI IATGATGA ATGTGC CATGATGGAGAC CGAGAI IATGATGA ATGTGC CATGATGGAGAT TGAGAI I
39、ATGATGA A A A G G此外还可以参考各种生物体的此外还可以参考各种生物体的ESTEST数据库进行倾向性简并序列设计数据库进行倾向性简并序列设计expressed sequence tagexpressed sequence tag现在学习的是第39页，共54页化学合成的单元操作化学合成的单元操作 化化学学合合成成DNADNA的的实实质质是是按按照照序序列列要要求求将将脱脱氧氧核核苷苷酸酸单单体体一一个个个个接接上上去去，每每接接一一个个单单体体就就是是一一个个循循环环反反应应，包包括括：基基团团保保护护、分分离离、缩合缩合、分离分离、去保护去保护五大操作单元。五大操作单元。从反应机
40、理上来讲，从反应机理上来讲，DNADNA化学合成有化学合成有磷酸二酯法磷酸二酯法、磷酸三酯法磷酸三酯法、亚亚磷酸液三酯法磷酸液三酯法；具体操作过程又有；具体操作过程又有液相合成液相合成和和固相合成固相合成两种形式。前者两种形式。前者操作繁琐，基本上已淘汰；后者反应中间物的分离程序简便，操作繁琐，基本上已淘汰；后者反应中间物的分离程序简便，DNADNA合成仪就是根据合成仪就是根据固相亚磷酸液三酯法固相亚磷酸液三酯法原理设计的原理设计的现在学习的是第40页，共54页DNADNA化学合成的用途化学合成的用途合成天然基因合成天然基因修饰改造基因修饰改造基因 设计新型基因设计新型基因 制备探针、引物、接
41、头制备探针、引物、接头 如生长激素释放抑制素基因、脑啡肽基因、胰岛素基因、干扰素如生长激素释放抑制素基因、脑啡肽基因、胰岛素基因、干扰素如组织型纤溶酶原激活剂基因、尿激酶原基因等如组织型纤溶酶原激活剂基因、尿激酶原基因等 基因等基因等现在学习的是第41页，共54页E E 鸟枪法鸟枪法鸟枪法克隆目的基因的基本战略鸟枪法克隆目的基因的基本战略鸟枪法操作的改进鸟枪法操作的改进鸟枪法克隆目的基因的局限性鸟枪法克隆目的基因的局限性现在学习的是第42页，共54页”鸟枪法鸟枪法(Shotgun)”.序列组装原理序列组装原理:直接从已测序的小片段中寻找彼此直接从已测序的小片段中寻找彼此重叠的测序克隆重叠的测序
42、克隆,然后依次向两侧邻接的序列延伸然后依次向两侧邻接的序列延伸.优点优点:不需预先了解任何基因组的情况不需预先了解任何基因组的情况.ABCABCABCABC小片段测序小片段测序计算机拼装计算机拼装现在学习的是第43页，共54页DNADNA的鸟枪法测序的主要步骤的鸟枪法测序的主要步骤 n第一，建立高度随机、插入片段大小为第一，建立高度随机、插入片段大小为2kb2kb左右的基左右的基因组文库。因组文库。n第二，高效、大规模的末端测序。第二，高效、大规模的末端测序。n第三，序列集合。第三，序列集合。n第四，填补缺口。第四，填补缺口。现在学习的是第44页，共54页鸟枪法克隆目的基因的基本战略鸟枪法克隆
43、目的基因的基本战略 随机克隆供体细胞的全基因组随机克隆供体细胞的全基因组DNADNA片段，片段，然后通过快速有效的筛选程序从众多克隆中然后通过快速有效的筛选程序从众多克隆中分离出含有目的基因的分离出含有目的基因的目的重组子目的重组子，进而获得，进而获得目的基因。鸟枪法适用于原核细菌目的基因目的基因。鸟枪法适用于原核细菌目的基因的克隆分离的克隆分离 现在学习的是第45页，共54页鸟枪法克隆目的基因的基本战略鸟枪法克隆目的基因的基本战略染色体染色体DNADNA的切断的切断 超声波处理：超声波处理：片段长度均一，大小可控，平头末端片段长度均一，大小可控，平头末端 全酶切：全酶切：片段长度不均一，粘性
44、末端便于连接，但有可能使目的基因断开，片段长度不均一，粘性末端便于连接，但有可能使目的基因断开，大小不可控大小不可控 部分酶切：部分酶切：片段长度可控，含有粘性末端，目的基因完整片段长度可控，含有粘性末端，目的基因完整 与载体连接与载体连接 如果转化子采用菌落原位杂交法或限制性酶切图谱法筛选，则选择多拷贝克隆载如果转化子采用菌落原位杂交法或限制性酶切图谱法筛选，则选择多拷贝克隆载体；如果转化子采用基因产物功能检测法筛选，则选择表达型载体体；如果转化子采用基因产物功能检测法筛选，则选择表达型载体如果转化子采用菌落原位杂交法或限制性酶切图谱法筛选，则选择大肠杆菌作为如果转化子采用菌落原位杂交法或限
45、制性酶切图谱法筛选，则选择大肠杆菌作为转化受体细胞转化受体细胞 受体细胞；如果转化子采用基因产物功能检测法筛选，则选择能使目的基因表达受体细胞；如果转化子采用基因产物功能检测法筛选，则选择能使目的基因表达的受体细胞的受体细胞筛选含有目的基因的目的重组子筛选含有目的基因的目的重组子 菌落原位杂交法、基因产物功能检测法（筛选模型的建立）菌落原位杂交法、基因产物功能检测法（筛选模型的建立）现在学习的是第46页，共54页鸟枪法操作的改进鸟枪法操作的改进使用这一改进方法的前提条件是：目的基因的酶切图谱已知。如果使用这一改进方法的前提条件是：目的基因的酶切图谱已知。如果已知目的基因两端的酶切口，可用该酶处
46、理染色体已知目的基因两端的酶切口，可用该酶处理染色体DNADNA，然后与载，然后与载体拼接，这样可以保证目的基因的完整性，从而提高重组子中体拼接，这样可以保证目的基因的完整性，从而提高重组子中目目的重组子的重组子的出现频率的出现频率 使用特征性限制性内切酶切开染色体使用特征性限制性内切酶切开染色体DNADNA 现在学习的是第47页，共54页鸟枪法操作的改进鸟枪法操作的改进例如，已知某目的基因位于例如，已知某目的基因位于1.8 kb1.8 kb的的SalISalI片段中，片段中，将染色体将染色体DNADNA用用SalISalI切开，琼脂糖凝胶电泳切开，琼脂糖凝胶电泳分离，用刀片切下相当于分离，用
47、刀片切下相当于1.6-2.01.6-2.0 kbkb大小大小区域内的凝胶块，从此凝胶块中回收区域内的凝胶块，从此凝胶块中回收DNADNA片片段，然后与载体进行拼接段，然后与载体进行拼接在连接前将在连接前将DNADNA片段进行分级分离片段进行分级分离 2.0 kb1.6 kb1.8 kb现在学习的是第48页，共54页鸟枪法操作的改进鸟枪法操作的改进冻融法冻融法滤纸法滤纸法吸附法吸附法低融点凝胶法低融点凝胶法溶解法溶解法凝胶凝胶DNADNA片段回收技术片段回收技术 现在学习的是第49页，共54页透析袋电洗脱：切下条带的琼脂糖凝胶，放透析袋内，加缓冲液后继续电泳，DNA出胶后进行抽提DNA回收。现在
48、学习的是第50页，共54页低熔点琼脂糖凝胶：切下胶，加热到65熔化胶，然后抽提回收DNA。方法：有机溶剂提取法、玻璃珠洗脱法和琼脂水解酶等。现在学习的是第51页，共54页玻璃珠洗脱法：将琼脂糖凝胶溶于高浓度的碘化钠溶液，然后加入玻璃珠结合DNA，经分离、洗涤后，在低盐缓冲液中将DNA洗脱下。现在学习的是第52页，共54页琼脂水解酶：将含DNA的凝胶进行消化，琼脂糖水解成二糖，释放DNA，后使用酚抽提方法回收DNA 现在学习的是第53页，共54页鸟枪法克隆目的基因的局限性鸟枪法克隆目的基因的局限性工作量较大，需要了解目的基因的背景知识工作量较大，需要了解目的基因的背景知识不能获得的最小长度的目的基因不能获得的最小长度的目的基因不能除去真核生物目的基因的内含子结构不能除去真核生物目的基因的内含子结构现在学习的是第54页，共54页