分子模拟教程精.ppt

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1、分子模拟教程第1页，本讲稿共41页计算机分子模拟的部分应用领域：计算机分子模拟的部分应用领域：生物、制药：生物、制药：生物、制药：生物、制药：大分子性质、药物设计大分子性质、药物设计大分子性质、药物设计大分子性质、药物设计 力学、物理学：力学、物理学：力学、物理学：力学、物理学：应力与裂纹扩展、团簇研究应力与裂纹扩展、团簇研究应力与裂纹扩展、团簇研究应力与裂纹扩展、团簇研究 化学、化工化学、化工化学、化工化学、化工:溶液理论、吸附、界面化学溶液理论、吸附、界面化学溶液理论、吸附、界面化学溶液理论、吸附、界面化学 微电子、微机械：微电子、微机械：微电子、微机械：微电子、微机械：半导体工艺、微加工

2、、半导体工艺、微加工、半导体工艺、微加工、半导体工艺、微加工、超薄膜润滑：超薄膜润滑：超薄膜润滑：超薄膜润滑：地质、矿产：地质、矿产：地质、矿产：地质、矿产：地核动力学、熔融盐结构地核动力学、熔融盐结构地核动力学、熔融盐结构地核动力学、熔融盐结构 及其性质及其性质及其性质及其性质第2页，本讲稿共41页掌握分子模拟方法的必备知识：掌握分子模拟方法的必备知识：编程技能编程技能编程技能编程技能 (Fortran or C/C+)(Fortran or C/C+)统计物理学（统计力学）统计物理学（统计力学）统计物理学（统计力学）统计物理学（统计力学）：统计物理学基础；统计物理学基础；统计物理学基础；统

3、计物理学基础；系综原理；系综原理；系综原理；系综原理；非平衡统计力学基础；非平衡统计力学基础；非平衡统计力学基础；非平衡统计力学基础；涨落理论涨落理论涨落理论涨落理论分子热力学分子热力学分子热力学分子热力学 ：分子间相互作用理论；分子间相互作用理论；分子间相互作用理论；分子间相互作用理论；分布函数理论分布函数理论分布函数理论分布函数理论气体分子运动论气体分子运动论气体分子运动论气体分子运动论其它其它其它其它第3页，本讲稿共41页主要的学习参考书籍：主要的学习参考书籍：1.Computer Simulation of Liquids.1.Computer Simulation of Liquid

4、s.-M.P.Allen and D.J.Tildesley,Oxford University(1987)-M.P.Allen and D.J.Tildesley,Oxford University(1987)2.The Art of Molecular Dynamics Simulation.2.The Art of Molecular Dynamics Simulation.-D.C.Rapaport,Cambridge University(1995)-D.C.Rapaport,Cambridge University(1995)3.Understanding Molecular Si

5、mulation:From Algorithms to 3.Understanding Molecular Simulation:From Algorithms to Applications.Applications.-D.Frenkel and B.Smit,Academic(1996)-D.Frenkel and B.Smit,Academic(1996)第4页，本讲稿共41页2.什么是计算机分子模拟方法？什么是计算机分子模拟方法？分子模拟的定义：分子模拟的定义：分子模拟的定义：分子模拟的定义：从统计力学基本原理出发，将一定数量的分子输入计算从统计力学基本原理出发，将一定数量的分子输入计

6、算从统计力学基本原理出发，将一定数量的分子输入计算从统计力学基本原理出发，将一定数量的分子输入计算机内进行分子微观结构的测定和宏观性质的计算。机内进行分子微观结构的测定和宏观性质的计算。机内进行分子微观结构的测定和宏观性质的计算。机内进行分子微观结构的测定和宏观性质的计算。q q 按照获得微观态的方法不同，分子模拟分为：按照获得微观态的方法不同，分子模拟分为：(1)蒙特卡罗方法蒙特卡罗方法(Monte Carlo,MC)(2)分子动力学方法分子动力学方法(Molecular Dynamics,MD)(3)混合方法混合方法(hybrid method，HM)第5页，本讲稿共41页计算机分子模拟的

7、发展历史：计算机分子模拟的发展历史：1.蒙特卡罗方法（蒙特卡罗方法（MC）1953 1953 Metropolis,Ulam,Rosenbluth and TellMetropolis,Ulam,Rosenbluth and TellLos Alamos National LabLos Alamos National LabMonte Carlo simulation of hard sphere.Monte Carlo simulation of hard sphere.2.分子动力学方法（分子动力学方法（MD）19571957Alder and WainwrigthAlder and Wa

8、inwrigthLivermore LabLivermore LabMolecular dynamics simulation of hardMolecular dynamics simulation of hardspheres.spheres.第6页，本讲稿共41页计算机计算机分子模拟分子模拟的发展历史（续）的发展历史（续）从上个世纪九十年代初期以来，计算机模拟技术从上个世纪九十年代初期以来，计算机模拟技术得到了飞速发展，主要基于三个方面的发展：得到了飞速发展，主要基于三个方面的发展：v分子力场的发展（基石）分子力场的发展（基石）（Amber，OPLS、Compass）原子间的键长、键角、

9、分子间的内聚能等原子间的键长、键角、分子间的内聚能等v模拟算法（途径）模拟算法（途径）v计算机硬件（工具）计算机硬件（工具）HPCx第7页，本讲稿共41页计算机分子模拟的特点：计算机分子模拟的特点：1.1.原子水平的模拟原子水平的模拟原子水平的模拟原子水平的模拟2.2.计算机实验计算机实验计算机实验计算机实验3.3.检验理论、筛选实验检验理论、筛选实验检验理论、筛选实验检验理论、筛选实验4.4.科学研究中的第三种方法科学研究中的第三种方法科学研究中的第三种方法科学研究中的第三种方法第8页，本讲稿共41页2.MC方法简介方法简介vv利利利利 用用用用 马马马马 尔尔尔尔 可可可可 夫夫夫夫 链链

10、链链 方方方方 法法法法 产产产产 生生生生 感感感感 兴兴兴兴 趣趣趣趣 的的的的 系系系系 综综综综 微微微微 观观观观 态态态态。vv对对对对 这这这这 些些些些 微微微微 观观观观 态态态态 进进进进 行行行行 系系系系 综综综综 平平平平 均均均均 来来来来 获获获获 得得得得 热热热热 力力力力 学学学学 性性性性 质质质质。vv只只只只对对对对系系系系统统统统中中中中粒粒粒粒子子子子的的的的位位位位置置置置抽抽抽抽样样样样，不不不不包包包包含含含含动动动动能能能能部部部部分分分分，提提提提供供供供的是系统的超额性质。的是系统的超额性质。的是系统的超额性质。的是系统的超额性质。分类

11、分类分类分类：正则系综正则系综正则系综正则系综 (Canonical MC)(NVT)Canonical MC)(NVT)巨正则系综巨正则系综巨正则系综巨正则系综(Grand Canonical MCGrand Canonical MC，GCMC)(GCMC)(VT)VT)Gibbs Gibbs系综系综系综系综 (Gibbs Ensemble MCGibbs Ensemble MC，GEMC)GEMC)第9页，本讲稿共41页2.1 正则系综正则系综MC(Canonical MC Simulationparticles N Volume VTemperature TInitial state r

12、N第10页，本讲稿共41页正则系综的配分函数正则系综的配分函数对于原子系统，位型（构型）的配分函数：对于原子系统，位型（构型）的配分函数：对于原子系统，位型（构型）的配分函数：对于原子系统，位型（构型）的配分函数：某个特定构型的发生概率为某个特定构型的发生概率为某个特定构型的发生概率为某个特定构型的发生概率为 P PNVTNVT(r)(r)第11页，本讲稿共41页 典型算法典型算法(Metropolis)vv随机选择一个原子，并且计算其当前构型随机选择一个原子，并且计算其当前构型随机选择一个原子，并且计算其当前构型随机选择一个原子，并且计算其当前构型mm的能量的能量的能量的能量 U(rU(rm

13、m).).vv尝试随机移动此原子，尝试随机移动此原子，尝试随机移动此原子，尝试随机移动此原子，r rn n=r=rm m+(ranf-0.5),(ranf-0.5),并且计算此并且计算此并且计算此并且计算此新构型新构型新构型新构型n n时的能量时的能量时的能量时的能量 U(rU(rn n).).vv接受此移动的概率为接受此移动的概率为接受此移动的概率为接受此移动的概率为 P Pmovemove 其中，其中，其中，其中，U Umnmn=U(r=U(rn n)-U(r)-U(rmm)第12页，本讲稿共41页2.2 巨正则巨正则 MC simulation(GCMC)恒定恒定恒定恒定 V,T,V,T

14、,和和和和 ，体系的粒子数发生波动；，体系的粒子数发生波动；，体系的粒子数发生波动；，体系的粒子数发生波动；可用于预测可用于预测可用于预测可用于预测 EOSEOS-typetype的性质，但主要是用来模拟吸附的性质，但主要是用来模拟吸附的性质，但主要是用来模拟吸附的性质，但主要是用来模拟吸附过程过程过程过程.第13页，本讲稿共41页巨正则系综配分函数巨正则系综配分函数对于原子系统，位型（构型）的配分函数：对于原子系统，位型（构型）的配分函数：对于原子系统，位型（构型）的配分函数：对于原子系统，位型（构型）的配分函数：其中，其中，其中，其中，s s 为标度坐标，为标度坐标，为标度坐标，为标度坐标

15、，r=Vr=V1/3 1/3。概率密度为：概率密度为：概率密度为：概率密度为：第14页，本讲稿共41页Metropolis GCMC algorithm 产产产产生生生生巨巨巨巨正正正正则则则则系系系系综综综综的的的的马马马马尔尔尔尔可可可可夫夫夫夫链链链链的的的的过过过过程程程程涉涉涉涉及及及及到到到到典典典典型型型型的的的的、三三三三种种种种不不不不同的随机移动：同的随机移动：同的随机移动：同的随机移动：vv Attempt Attempt to to move move a a particle particle(just(just likelike canonical MC)canon

16、ical MC)vv Attempt to create a particle Attempt to create a particlevv Attempt to delete a particle Attempt to delete a particle 第15页，本讲稿共41页 各种随机移动的概率：各种随机移动的概率：第16页，本讲稿共41页2.3 Gibbs Ensemble MC(GEMC)特点特点特点特点:n n尤其适用于研究纯流体或混合物的相平衡问题；尤其适用于研究纯流体或混合物的相平衡问题；尤其适用于研究纯流体或混合物的相平衡问题；尤其适用于研究纯流体或混合物的相平衡问题；n n

17、此方法不能用于涉及到非常稠密流体的相平衡问题；此方法不能用于涉及到非常稠密流体的相平衡问题；此方法不能用于涉及到非常稠密流体的相平衡问题；此方法不能用于涉及到非常稠密流体的相平衡问题；n n此方法能同时获得共存相的各自密度及其组成；此方法能同时获得共存相的各自密度及其组成；此方法能同时获得共存相的各自密度及其组成；此方法能同时获得共存相的各自密度及其组成；n n此方法避免了共存相界面的问题。此方法避免了共存相界面的问题。此方法避免了共存相界面的问题。此方法避免了共存相界面的问题。第17页，本讲稿共41页 GEMC 的配分函数的配分函数对于原子系统，位型（构型）的配分函数对于原子系统，位型（构型

18、）的配分函数对于原子系统，位型（构型）的配分函数对于原子系统，位型（构型）的配分函数 N=N1+N2 V=V1+V2 constant T V-V1V1第18页，本讲稿共41页 GEMC 模拟算法：模拟算法：vv随机选择一个粒子进行移动随机选择一个粒子进行移动(NVT).vv改变每个模拟盒子的体积，但总体改变每个模拟盒子的体积，但总体积保持不变积保持不变(NTP).vv盒子间交换粒子盒子间交换粒子(VT)。第19页，本讲稿共41页 各种随机移动的概率：各种随机移动的概率：第20页，本讲稿共41页总结与讨论总结与讨论n n系综的等效性系综的等效性系综的等效性系综的等效性采用什么系综来求体系的热力

19、学量是无关紧要的，其结果实际采用什么系综来求体系的热力学量是无关紧要的，其结果实际采用什么系综来求体系的热力学量是无关紧要的，其结果实际采用什么系综来求体系的热力学量是无关紧要的，其结果实际上都是一样的，这称为不同系综的热力学等同性。上都是一样的，这称为不同系综的热力学等同性。上都是一样的，这称为不同系综的热力学等同性。上都是一样的，这称为不同系综的热力学等同性。但是：但是：但是：但是：n n系综选择关系到热力学量的涨落大小；系综选择关系到热力学量的涨落大小；系综选择关系到热力学量的涨落大小；系综选择关系到热力学量的涨落大小；n n系综选择决定于物理现象的特点和关键物理量的计算方便与否。系综选

20、择决定于物理现象的特点和关键物理量的计算方便与否。系综选择决定于物理现象的特点和关键物理量的计算方便与否。系综选择决定于物理现象的特点和关键物理量的计算方便与否。第21页，本讲稿共41页3.MD方法简介方法简介概念：概念：从系统中各粒子间的相互作用解每个粒子的牛顿从系统中各粒子间的相互作用解每个粒子的牛顿从系统中各粒子间的相互作用解每个粒子的牛顿从系统中各粒子间的相互作用解每个粒子的牛顿运动方程运动方程运动方程运动方程:(F F=m=ma a)。第22页，本讲稿共41页 3.1 MD 的一般算法：的一般算法：1)1)在某在某在某在某t t时刻，体系内的粒子时刻，体系内的粒子时刻，体系内的粒子时

21、刻，体系内的粒子i i具有位置具有位置具有位置具有位置 r ri i(t),(t),速度速度速度速度v vi i(t).(t).2)2)从从从从r ri i(t),(t),计算力计算力计算力计算力f fi i(t).(t).利用质量利用质量利用质量利用质量mmi i,获得获得获得获得a ai i(t).(t).3)3)利用利用利用利用r ri i(t),(t),v vi i(t),(t),a ai i(t)(t)来计算出下一时刻来计算出下一时刻来计算出下一时刻来计算出下一时刻(t+dt)t+dt)时的位时的位时的位时的位置置置置r ri i(t+dt),(t+dt),速度速度速度速度v vi

22、i(t+dt).(t+dt).4)4)利用利用利用利用r ri i(t+dt),(t+dt),v vi i(t+dt)(t+dt)，从第一步开始循环重复，直到我，从第一步开始循环重复，直到我，从第一步开始循环重复，直到我，从第一步开始循环重复，直到我们所需要的模拟时间长度为止。们所需要的模拟时间长度为止。们所需要的模拟时间长度为止。们所需要的模拟时间长度为止。第23页，本讲稿共41页3.2 各态遍历假说：各态遍历假说：一一一一个个个个力力力力学学学学体体体体系系系系在在在在长长长长时时时时间间间间的的的的运运运运动动动动中中中中，它它它它的的的的代代代代表表表表点点点点可可可可以以以以无无无无

23、限限限限接接接接近近近近能能能能量量量量曲曲曲曲面面面面上上上上的的的的任任任任何何何何点点点点，系系系系综综综综平均等于长时间的时间平均。平均等于长时间的时间平均。平均等于长时间的时间平均。平均等于长时间的时间平均。第24页，本讲稿共41页3.3 解经典牛顿运动方程的算法：解经典牛顿运动方程的算法：n nVerletVerlet算法：算法：算法：算法：优点：优点：优点：优点：精确，精确，精确，精确，时间可逆；时间可逆；时间可逆；时间可逆；缺点：缺点：缺点：缺点：速度有较大误差，速度有较大误差，速度有较大误差，速度有较大误差，轨迹与速度无关，无法与热浴耦联轨迹与速度无关，无法与热浴耦联轨迹与速

24、度无关，无法与热浴耦联轨迹与速度无关，无法与热浴耦联n nLeapfrogLeapfrog形式形式形式形式优点：优点：优点：优点：轨迹与速度有关，可与热浴耦联轨迹与速度有关，可与热浴耦联轨迹与速度有关，可与热浴耦联轨迹与速度有关，可与热浴耦联缺点：缺点：缺点：缺点：速度近似；比速度近似；比速度近似；比速度近似；比VerletVerletVerletVerlet算子多花时间算子多花时间算子多花时间算子多花时间n n预测校正格式预测校正格式预测校正格式预测校正格式数值积分数值积分数值积分数值积分 有限差分法有限差分法有限差分法有限差分法 泰勒展开泰勒展开泰勒展开泰勒展开第25页，本讲稿共41页3.

25、4 经典分子动力学的分类：经典分子动力学的分类：n nNVENVE分子动力学分子动力学分子动力学分子动力学n n恒温分子动力学恒温分子动力学恒温分子动力学恒温分子动力学n n恒压分子动力学恒压分子动力学恒压分子动力学恒压分子动力学n n恒温恒压分子动力学恒温恒压分子动力学恒温恒压分子动力学恒温恒压分子动力学第26页，本讲稿共41页其它分子动力学其它分子动力学n n粗粒化分子动力学（粗粒化分子动力学（粗粒化分子动力学（粗粒化分子动力学（Coarse-grained molecular Coarse-grained molecular Dynamics,CGMD)Dynamics,CGMD)耗散粒

26、子动力学耗散粒子动力学耗散粒子动力学耗散粒子动力学 (Dissipative Particle DynamicsDissipative Particle Dynamics，DPD)DPD)Atomistic model-CG model Atomistic model-CG model a-glucose residue:monomer unitB1-B4glycosidic bond第27页，本讲稿共41页3.5 MC与与MD的区别：的区别：Monte CarloMonte Carlovv 系综平均，不包含动力学部分；系综平均，不包含动力学部分；系综平均，不包含动力学部分；系综平均，不包含动

27、力学部分；vv 利用概率行走产生微观态。利用概率行走产生微观态。利用概率行走产生微观态。利用概率行走产生微观态。Molecular dynamicsMolecular dynamicsvv时间平均，产生动力学性质；时间平均，产生动力学性质；时间平均，产生动力学性质；时间平均，产生动力学性质；vv利用运动轨线随时间的变化来产生一系列利用运动轨线随时间的变化来产生一系列利用运动轨线随时间的变化来产生一系列利用运动轨线随时间的变化来产生一系列微观态。微观态。微观态。微观态。第28页，本讲稿共41页 4.1 关于模拟的一些边界条件问题：关于模拟的一些边界条件问题：（1 1）Nothing(vacuum

28、)Nothing(vacuum)变缘的分子将会蒸发掉。变缘的分子将会蒸发掉。适用于适用于：液滴、纳米粒子等；：液滴、纳米粒子等；不适用于不适用于：本体系统（本体系统（bulk systems）.第29页，本讲稿共41页（2）Wall 结构和性质随粒子与墙壁的距离结构和性质随粒子与墙壁的距离而变化。而变化。适用于适用于：吸附、受限流体等；：吸附、受限流体等；不适用于不适用于：本体系统（本体系统（bulk systems）.第30页，本讲稿共41页（3）周期性边界条件：）周期性边界条件：(periodic boundary conditions，PBC)对于无限扩展的本体系统的近似对于无限扩展的本

29、体系统的近似.；只需要跟踪中心盒子中各粒子的运动。只需要跟踪中心盒子中各粒子的运动。第31页，本讲稿共41页4.2 势能截断势能截断(cutoff radius,rc)1.1.最小影像转化最小影像转化最小影像转化最小影像转化2.2.选择选择选择选择 r rc c L/2L/2，与与与与最小影像转化一致最小影像转化一致最小影像转化一致最小影像转化一致3.3.只需要检查指定粒只需要检查指定粒只需要检查指定粒只需要检查指定粒子的最近影像粒子。子的最近影像粒子。子的最近影像粒子。子的最近影像粒子。第32页，本讲稿共41页 4.3 势能函数：势能函数：对于对于对于对于MCMC和和和和MDMD，它是最重要

30、的条件。，它是最重要的条件。，它是最重要的条件。，它是最重要的条件。分子的结构分子的结构分子的结构分子的结构第33页，本讲稿共41页现有的势能模型：现有的势能模型：现有的势能模型：现有的势能模型：对于小分子：对于小分子：对于小分子：对于小分子：LJLJ，StockmayerStockmayer，HardsphereHardsphere，Yukawa Yukawa等等等等等等等等对于生物大分子和聚合物：如蛋白质、核酸、药物对于生物大分子和聚合物：如蛋白质、核酸、药物对于生物大分子和聚合物：如蛋白质、核酸、药物对于生物大分子和聚合物：如蛋白质、核酸、药物分子等：分子等：分子等：分子等：AmberA

31、mber，OPLSOPLS，Charmm Charmm，DREIDINGDREIDING，UFFUFF，CompassCompass等等。等等。等等。等等。第34页，本讲稿共41页获得势能函数参数途径：获得势能函数参数途径：n n实验数据拟合：如汽液相平衡、粘度等。实验数据拟合：如汽液相平衡、粘度等。n nAb InitioAb Initio计算计算第35页，本讲稿共41页5.分子模拟在化工中的应用领域：分子模拟在化工中的应用领域：5.1传统化工领域中的应用传统化工领域中的应用 vv 建立状态方程建立状态方程建立状态方程建立状态方程vv 研究分子微观结构，发展溶液理论研究分子微观结构，发展溶液

32、理论研究分子微观结构，发展溶液理论研究分子微观结构，发展溶液理论vv 研究分子的扩散性质研究分子的扩散性质研究分子的扩散性质研究分子的扩散性质第36页，本讲稿共41页5.2 化工新技术开发中的应用化工新技术开发中的应用:vv 在表面及界面过程研究中的应用在表面及界面过程研究中的应用在表面及界面过程研究中的应用在表面及界面过程研究中的应用vv在复杂流体过程中研究的应用在复杂流体过程中研究的应用在复杂流体过程中研究的应用在复杂流体过程中研究的应用复杂流体如：胶体悬浮液、高分子溶液、复杂流体如：胶体悬浮液、高分子溶液、复杂流体如：胶体悬浮液、高分子溶液、复杂流体如：胶体悬浮液、高分子溶液、表面活性剂

33、溶胶等。表面活性剂溶胶等。表面活性剂溶胶等。表面活性剂溶胶等。vv 超临界过程研究中的应用超临界过程研究中的应用超临界过程研究中的应用超临界过程研究中的应用第37页，本讲稿共41页v 在多相催化研究中的应用：在多相催化研究中的应用：对催化剂进行表征对催化剂进行表征表面吸附与脱附过程及表面性质的模表面吸附与脱附过程及表面性质的模拟拟催化剂表面反应机理的模拟催化剂表面反应机理的模拟第38页，本讲稿共41页5.3 介观层次材料的计算机模拟介观层次材料的计算机模拟 结构是多层次、多尺度的，并且不仅要研究平衡结构，还结构是多层次、多尺度的，并且不仅要研究平衡结构，还要研究结构随时间的演变。所谓结构，就是

34、粒子在空间有要研究结构随时间的演变。所谓结构，就是粒子在空间有规律的分布。（胡英院士）规律的分布。（胡英院士）微观结构（前纳米），分子本身微观结构（前纳米），分子本身微观结构（近纳米），除分子本身外，还指周微观结构（近纳米），除分子本身外，还指周 围分子近程有序围分子近程有序介观结构（纳米介观结构（纳米微米）微米）宏观结构（微米以上）宏观结构（微米以上）结结构的构的多层多层次次活性炭、碳纳米管、层柱状材料、分子筛等活性炭、碳纳米管、层柱状材料、分子筛等第39页，本讲稿共41页5.4 化工领域中计算机模拟方法所化工领域中计算机模拟方法所面临的问题和展望面临的问题和展望:人们对物质微观世界的了解远

35、不如对相对成人们对物质微观世界的了解远不如对相对成人们对物质微观世界的了解远不如对相对成人们对物质微观世界的了解远不如对相对成熟的模拟方法了解深刻。熟的模拟方法了解深刻。熟的模拟方法了解深刻。熟的模拟方法了解深刻。大多数计算机分子模拟的应用，还停留在从实大多数计算机分子模拟的应用，还停留在从实大多数计算机分子模拟的应用，还停留在从实大多数计算机分子模拟的应用，还停留在从实验数据得出分子验数据得出分子验数据得出分子验数据得出分子-原子细节的阶段。原子细节的阶段。原子细节的阶段。原子细节的阶段。缺乏精确描述流体的位能函数以及高度可缺乏精确描述流体的位能函数以及高度可缺乏精确描述流体的位能函数以及高

36、度可缺乏精确描述流体的位能函数以及高度可靠的算法。靠的算法。靠的算法。靠的算法。第40页，本讲稿共41页常用的分子模拟软件：常用的分子模拟软件：l lSybyl(Sybyl(药物设计药物设计药物设计药物设计),),TriposTripos公司公司公司公司l lQuanta/Charmm(Quanta/Charmm(生物大分子生物大分子生物大分子生物大分子)l lCeriusCerius2 2(材料材料材料材料)l lMaterials StudioMaterials Studio，l lInsight II(Insight II(药物，大分子，材料药物，大分子，材料药物，大分子，材料药物，大分子，材料)l lHyperchem7.5Hyperchem7.5l lMDLMDL的各种化学数据库的各种化学数据库的各种化学数据库的各种化学数据库Accelrys Inc.Accelrys Inc.(Formerly MSI)(Formerly MSI)第41页，本讲稿共41页