《PUBMED数据库检索方法吴华彰 PPT课件.ppt》由会员分享，可在线阅读，更多相关《PUBMED数据库检索方法吴华彰 PPT课件.ppt（61页珍藏版）》请在taowenge.com淘文阁网|工程机械CAD图纸|机械工程制图|CAD装配图下载|SolidWorks_CaTia_CAD_UG_PROE_设计图分享下载上搜索。
1、PubMed文献检索文献检索遗传学教研室遗传学教研室 吴华彰吴华彰PubMed是个什么样的数据库是个什么样的数据库?PubMed如何使用如何使用?检索技巧与操作检索技巧与操作PubMed数据库简介数据库简介 我们检索的我们检索的PubMedPubMed是学校购买的吗？是学校购买的吗？PubMed PubMed是美国国立医学图书馆开发的生物医学信息书是美国国立医学图书馆开发的生物医学信息书 目数据库目数据库MEDLINEMEDLINE的的免费免费网络版网络版PubMedPubMed包含多少种期刊，能覆盖全部的医学领域吗？包含多少种期刊，能覆盖全部的医学领域吗？可检索可检索19501950年以来世
2、界年以来世界7070多个国家和地区出版的多个国家和地区出版的5,5005,500余种生物医余种生物医学期刊上发表的文献学期刊上发表的文献内容涉及基础医学、临床医学、环境医学、营养卫生、内容涉及基础医学、临床医学、环境医学、营养卫生、职业病学、卫生管理、医疗保健、微生物、药学、社职业病学、卫生管理、医疗保健、微生物、药学、社会医学等领域。会医学等领域。NLMNational Library of Medicine(美国国立美国国立医学图书医学图书馆）馆）NCBINational Center for Biotechnology Information(美国国家生物美国国家生物技术信息中心）技术信
3、息中心）ENTREZPUBMEDNucleotideStructureGenomePopsetOMIMProteinPubMed生物医学文献生物医学文献Nucleotide核苷酸序列数据库核苷酸序列数据库Protein蛋白质序列数据库蛋白质序列数据库Structure大分子三维蛋白质结构大分子三维蛋白质结构Genome完整的基因组汇编完整的基因组汇编Popset以以DNA和和Pro.分析生物间的进化关系分析生物间的进化关系Taxonomy分类学数据库分类学数据库OMIM孟德尔人类遗传学数据库孟德尔人类遗传学数据库Books生物医学网络版图书生物医学网络版图书Probeset基因表达选集基因表达
4、选集3D Domain特定功能域三维结构特定功能域三维结构Entrez系统包含的数据库系统包含的数据库属于属于Medline收录范围，建立收录范围，建立ti、au、ab等基本书目信息。等基本书目信息。（暂）不属于（暂）不属于Medline收录收录范围，但也建立范围，但也建立ti、au、ab等基本书目信息。等基本书目信息。赋予赋予MeSH、PT等字段并被等字段并被index。PubMed数据库简介数据库简介PubMed和Medline的区别？PubMed文献包括三部分文献包括三部分:Medline文献文献 占据绝大部分占据绝大部分OldMedline 1966年以前的年以前的Medline文献文
5、献非Medline文献文献 Medline收录期刊的非生物医学收录期刊的非生物医学文献及最新文献。文献及最新文献。PubMed与与Medline 指标指标检索系统检索系统检索年限检索年限收录范围收录范围检索方法检索方法检索结果检索结果Medline1965 上个月上个月Medline(IM、IDL、INI）专业性专业性要求高要求高部分有全部分有全文链接文链接PubMed1949本周本周Medline、Premedline、Publisher 简化简化部分有电部分有电子期刊全子期刊全文链接文链接检索词输入框检索词输入框使使用用指指南南使使用用工工具具辅辅助助检检索索Nucleotide(DNA序
6、列)数据库Protein氨基酸（蛋白质）序列数据库Genome(基因组序列)数据库，提供所有基因与染色体纪录与图片的查询服务，这个库中数以百万的基因序列是由庞大的基因排序工作得来的。Structure（分子结构模型）数据库，这个数据库保存的是由X线晶体成像、NMR分光光度法建立的三维分子结构。OMIM(人类孟德尔遗传学)在线数据库。PMC可链接到NCBI 提供的免费全文期刊。检索途径与方法检索途径与方法基本检索基本检索-Basic Search高级检索高级检索-Advanced Search限定检索限定检索-Limits Search主题词检索主题词检索-MeSH Browser特定文献查找特
7、定文献查找-Citation Matcher临床查询临床查询 Clinical Queries 检索特点检索特点检索运算符检索运算符AND、NOT、OR必须大写。必须大写。(vitamin c OR zinc)AND common cold支持截词检索（支持截词检索（*），但对词组无效。），但对词组无效。如如bacter*,可以检出以可以检出以bacter为词干的单词为词干的单词bacteria、bacterium等最多等最多600个单词。个单词。截词检索时，系统的自动词语匹配功能和截词检索时，系统的自动词语匹配功能和MeSH自动扩自动扩展功能将不再被执行，如：展功能将不再被执行，如：hear
8、t attack 将不映射到将不映射到 MeSH 词词 Myocardial Infarction。截词检索可以截词检索可以截词检索可以截词检索可以扩大检索范围扩大检索范围扩大检索范围扩大检索范围提高查全率。提高查全率。提高查全率。提高查全率。bacter*bacter*TITI 检索特点检索特点强制检索：双引号强制检索：双引号 “”或限定字段或限定字段 “endocrine disruption”endocrine disruption注意：所有的注意：所有的“”、*、()、-都必须是英文状态都必须是英文状态下输入。下输入。单词检索单词检索综述类文章总篇数综述类文章总篇数可免费获得全文数可免
9、费获得全文数cancer检索出文章总篇数检索出文章总篇数词组检索词组检索/短语检索短语检索特定字段检索特定字段检索常用检索字段常用检索字段检索格式：检索词检索格式：检索词 字段标识字段标识 电子出版日期电子出版日期文献出版日期文献出版日期数据加入数据加入PubMed日期日期文献勘误文献勘误参考文献勘误参考文献勘误全部著者姓名全部著者姓名全部调研者姓名全部调研者姓名作为文章主题的著者全称作为文章主题的著者全称文献相关注释文献相关注释基金编号基金编号基因符号基因符号期编号期编号资助调研者资助调研者资助调研单位资助调研单位国际标准期刊号国际标准期刊号美国立医学图书馆识别号美国立医学图书馆识别号期刊全
10、称期刊全称最后修订日期最后修订日期规范词表词规范词表词规范词确立日期规范词确立日期系统组织的文摘系统组织的文摘版权拥有者版权拥有者题录提供机构的识别号题录提供机构的识别号病史相关与原始记录病史相关与原始记录其他关键词其他关键词提供其他关键词的机构提供其他关键词的机构数据提供者机构数据提供者机构文章总页数文章总页数出版商提供数据时间出版商提供数据时间期刊出版国期刊出版国数据库文献编号数据库文献编号作为主题词的个人姓名作为主题词的个人姓名出版状态出版状态文献类型文献类型出版模式（纸张或电子）出版模式（纸张或电子）参考文献数参考文献数已撤回的文献已撤回的文献酶或化学物质代码酶或化学物质代码正在撤消中
11、的文章正在撤消中的文章初版文献初版文献修订和再版的文章修订和再版的文章子专题文档子专题文档太空署提供的数据太空署提供的数据二次文献数据库以及文章讨论的二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号分子序列访问号原文来源原文来源引用了病例的文献内部处理代码引用了病例的文献内部处理代码字段检索之题名检索字段检索之题名检索字段检索之刊名检索字段检索之刊名检索字段检索之著者检索字段检索之著者检索 自由词检索：检索某一作者发表的文献自由词检索：检索某一作者发表的文献作者姓名书写格式西方人姓名西方人姓名书写格式：书写格式：First name、Middle Name、Last name。美国肯尼迪总统名为：美
12、国肯尼迪总统名为：John Frank Kenedy，Kenedy为为Last name（姓）。（姓）。Frank为为Middle name，比较少看到，多看到，比较少看到，多看到 John F.Kenedy，中间名缩写了。，中间名缩写了。如果看到姓名中间有逗号，则逗号前一定是姓。如：如果看到姓名中间有逗号，则逗号前一定是姓。如：Kenedy,John F.基本检索：检索某一作者发表的文献基本检索：检索某一作者发表的文献2、作者姓名、作者姓名书写格式书写格式中国人姓名中国人姓名格式：格式：Last name、First name。如：钟世镇，就有。如：钟世镇，就有如下拼写形式可供检索：如下拼写
13、形式可供检索：Zhong shi-zhen；Zhong，shi zhenZhong，shi-zhen zhong sz 基本检索：检索某一作者发表的文献基本检索：检索某一作者发表的文献Barry J.MarshallJ.Robin Warrenv检索某作者发表的文献：Marshall BJMarshall BJWarren JRWarren JR 输入采用姓前名后，姓全拼，名缩写输入采用姓前名后，姓全拼，名缩写 02年以后实现了作者姓名智能转换，可用全拼姓名年以后实现了作者姓名智能转换，可用全拼姓名检索（仅限于检索（仅限于02年以后的文献）。年以后的文献）。作者全名检索作者全名检索在作者全名后
14、加上字段标识符在作者全名后加上字段标识符fau即可，有两种形式：即可，有两种形式：zou quanmingfau或或quanming zoufau第一作者检索第一作者检索 在作者姓名后加上字段标识符在作者姓名后加上字段标识符1au即可。检索彭曦以第即可。检索彭曦以第一作者发表的文章。一作者发表的文章。如要检索肿瘤的诊断和治疗方面的文献，可以在基本检索输入框中如要检索肿瘤的诊断和治疗方面的文献，可以在基本检索输入框中输入：输入：cancer AND(diagnosis OR therapy)cancer AND(diagnosis OR therapy)，点击，点击“GoGo”进行检索。进行检索
15、。复合检索式检索复合检索式检索(AND(AND、OROR、NOT)NOT)PUBMEDPUBMED检索机制及规则检索机制及规则 词汇的自动转换功能PUBMED具有具有自动词语匹配自动词语匹配功能，系统将按顺序自动使用功能，系统将按顺序自动使用如下如下3种索引，对检索词进行转换后再进行检索。种索引，对检索词进行转换后再进行检索。Mesh转转换表、刊名转换表、著者索引换表、刊名转换表、著者索引。如果在。如果在Mesh表找到相匹配表找到相匹配的主题词，系统用的主题词，系统用Mesh词和词和Text Word进行进行OR组配组配检索。检索。采用检索词自动转换系统，文本词和采用检索词自动转换系统，文本词
16、和主题词各检索一次，查全率高，但是主题词各检索一次，查全率高，但是检索结果的相关性会下降！检索结果的相关性会下降！aspirin强制检索强制检索 十年间发表的人类乙肝疫苗临床试验研究的英文文献？限定检索限定检索限定检索限定检索限定检索限定检索条件限定检索条件限定检索v生物体和性别的限定生物体和性别的限定v语种和子集的限定语种和子集的限定v文献类型和年龄组的限定文献类型和年龄组的限定例：检索例：检索2002-2008年有关年有关2-12岁儿童肺炎岁儿童肺炎(pneumonia)的的综述文献综述文献高级检索高级检索通过作者、杂志、关键词（标题、摘要或全文）、发表年通过作者、杂志、关键词（标题、摘要
17、或全文）、发表年份、语种等方面，结合份、语种等方面，结合“AND”、“OR”进行限定性的检索。进行限定性的检索。高级检索（advanced search)请在请在PubMed数据库中检索南方医院数据库中检索南方医院(Nanfang Hospital,nan fang hospital)发表的篇名中含有糖尿病发表的篇名中含有糖尿病(diabetes)的文献的文献高级检索（advanced search)选择正确的检索式：选择正确的检索式：Nan fang hospital AND diabetesNan fang hospital AND diabetestiNan fang hospital
18、OR nanfang hospitalad AND diabetestiNan fang hospitalad OR nanfang hospitalad AND diabetesti(Nan fang hospitalad OR nanfang hospitalad)AND diabetestiPubMed主题检索主题检索医学主题词表医学主题词表数据库数据库(MeSH Database)(MeSH Database)医学主题词表是对生物医学文献进行主题分析、标引医学主题词表是对生物医学文献进行主题分析、标引和检索的权威性词表，它的作用是使医学文献的主题标引和检和检索的权威性词表，它的作用是使
19、医学文献的主题标引和检索达到统一和一致，并指导用户高质量地检索医学文献。它可索达到统一和一致，并指导用户高质量地检索医学文献。它可以指导用户从同义词发现主题词，告诉用户主题词如何使用，以指导用户从同义词发现主题词，告诉用户主题词如何使用，显示主题词之间的相互关系。显示主题词之间的相互关系。医学主题词表医学主题词表数据库数据库(MeSH Database)(MeSH Database)利用主题词进行检索方法利用主题词进行检索方法:1 1、点击主页右下角的、点击主页右下角的MeSH DatabaseMeSH Database进入主题词检索界面；进入主题词检索界面；2 2、输入检索词后，点击、输入检
20、索词后，点击gogo按钮，系统将显示与该词有关主题词；按钮，系统将显示与该词有关主题词；3 3、点击该主题词进一步显示该主题词的定义、树状结构、组配的副主题词；、点击该主题词进一步显示该主题词的定义、树状结构、组配的副主题词；4 4、选择合适的主题词与副主题词后，点击、选择合适的主题词与副主题词后，点击send tosend to按钮，进入检索表达式浏览按钮，进入检索表达式浏览 窗口；窗口；5 5、点击、点击Search PubMedSearch PubMed将显示检索结果。将显示检索结果。PubMedPubMed主题检索主题检索主题检索主题检索主题词数据库主题词数据库主题词数据库主题词数据库
21、在在在在PubMedPubMed首首首首页导航栏的右页导航栏的右页导航栏的右页导航栏的右下角下角下角下角主题词数据库主题词数据库主题词数据库主题词数据库PubMed主题检索主题检索输入普通词输入普通词输入普通词输入普通词查找对应主题词查找对应主题词查找对应主题词查找对应主题词MeSHMeSH主题词检索可主题词检索可主题词检索可主题词检索可以指导用户高以指导用户高以指导用户高以指导用户高质量地检索医质量地检索医质量地检索医质量地检索医学文献学文献学文献学文献PubMed主题检索主题检索一般一个主题一般一个主题一般一个主题一般一个主题词还要配合一词还要配合一词还要配合一词还要配合一个副主题词进个副
22、主题词进个副主题词进个副主题词进行组合检索行组合检索行组合检索行组合检索选择副主题词选择副主题词选择副主题词选择副主题词PubMedPubMed主题检索主题检索主题检索主题检索Search Box with ANDSearch Box with AND点点点点Sent toSent to 将将将将检索词添加到检索词添加到检索词添加到检索词添加到检索表达式浏检索表达式浏检索表达式浏检索表达式浏览窗口览窗口览窗口览窗口PubMedPubMed主题检索主题检索主题检索主题检索Search PubMedSearch PubMed主题词检索可主题词检索可主题词检索可主题词检索可以达到比较满以达到比较满以
23、达到比较满以达到比较满意的查全率和意的查全率和意的查全率和意的查全率和查准率查准率查准率查准率PubMedPubMed主题检索主题检索主题检索主题检索主题词检索是主题词检索是主题词检索是主题词检索是在有主题标引在有主题标引在有主题标引在有主题标引的的的的MedlineMedline数数数数据库中检索据库中检索据库中检索据库中检索主题词检索结果主题词检索结果主题词检索结果主题词检索结果PubMedPubMed主题检索主题检索主题检索主题检索普通词不是规普通词不是规普通词不是规普通词不是规范化的主题词范化的主题词范化的主题词范化的主题词检索结果相关检索结果相关检索结果相关检索结果相关度低度低度低度
24、低普通普通普通普通词检索结果词检索结果词检索结果词检索结果PubMedPubMed主题检索主题检索主题检索主题检索临床查询检索临床查询检索 “Clinical queriesClinical queries”是专门为临床医生研究设计的内置的是专门为临床医生研究设计的内置的临床方法学临床方法学“过滤器过滤器”（Clinical Methodology FiltersClinical Methodology Filters），），这组检索策略模型是由加拿大临床流行病学和生物统计学研究人这组检索策略模型是由加拿大临床流行病学和生物统计学研究人员员Haynes RBHaynes RB等人在等人在199
25、41994年提出来的，并进行了查全率和查准率年提出来的，并进行了查全率和查准率分析。用户通过这一临床方法学检索过滤器，不需掌握复杂的检分析。用户通过这一临床方法学检索过滤器，不需掌握复杂的检索策略，即可检索所需的临床研究文献。索策略，即可检索所需的临床研究文献。使用方法使用方法:1 1、点击主页左侧导航栏的、点击主页左侧导航栏的Clinical QueriesClinical Queries进入临床查进入临床查 询页面；询页面；2 2、在检索框中输入检索词，并选择副主题词组配，指定、在检索框中输入检索词，并选择副主题词组配，指定 检索结果是查全检索结果是查全(sensitive)(sensit
26、ive)，还是查准，还是查准(specific)(specific)；3 3、点击、点击GOGO按钮执行检索。按钮执行检索。例如：检索例如：检索“鼻咽癌鼻咽癌nasopharyngeal cancernasopharyngeal cancer治疗方面的治疗方面的研究文献研究文献”临床查询检索临床查询检索临床查询在临床查询在临床查询在临床查询在PubMedPubMed首首首首页导航栏的页导航栏的页导航栏的页导航栏的中间部分中间部分中间部分中间部分临床查询临床查询临床查询临床查询临床查询检索临床查询检索临床查询主要临床查询主要临床查询主要临床查询主要用于检索临床用于检索临床用于检索临床用于检索临床
27、方面的研究文方面的研究文方面的研究文方面的研究文献献献献临床查询检索临床查询检索临床查询检索临床查询检索临床查询检索临床查询检索临床查询主要临床查询主要临床查询主要临床查询主要包括某种疾病包括某种疾病包括某种疾病包括某种疾病的治疗，诊断的治疗，诊断的治疗，诊断的治疗，诊断病因和预后四病因和预后四病因和预后四病因和预后四个方面个方面个方面个方面检索检索检索检索结果结果结果结果临床查询检索临床查询检索在在PubMed中检索一下信息，给出你的检索步骤中检索一下信息，给出你的检索步骤 1、十年间发表的人类艾滋病疫苗临床试验研究的英文文献（总计多少篇，能查到全、十年间发表的人类艾滋病疫苗临床试验研究的英
28、文文献（总计多少篇，能查到全文的多少，综述多少），写出题录（最新文的多少，综述多少），写出题录（最新5篇）。篇）。2、检索有关紫杉醇（、检索有关紫杉醇（paclitaxel）用于肺癌（）用于肺癌（lung cancer)治疗的文献（总计多少篇，治疗的文献（总计多少篇，能查到全文的多少，综述多少），写出最近能查到全文的多少，综述多少），写出最近5篇文献的题录。篇文献的题录。3、检索施一公以清华大学为第一作者单位发表的论文（总计多少篇，能查到全文的、检索施一公以清华大学为第一作者单位发表的论文（总计多少篇，能查到全文的多少，综述多少），多少，综述多少），写出最近写出最近5篇文献的题录。篇文献的题录
29、。4、最近最近5年有关儿童白血病治疗方面的英文文献并写出最新年有关儿童白血病治疗方面的英文文献并写出最新5篇文献的题录篇文献的题录。5、2005年度诺贝尔医学奖授予了幽门螺杆菌的发现者年度诺贝尔医学奖授予了幽门螺杆菌的发现者Barry J.Marshall(1951-)和和J.Robin Warren(1937-)，请检索两人合作发表的论文，记录最早的一篇和最近，请检索两人合作发表的论文，记录最早的一篇和最近2篇的篇的文献题录。文献题录。6、了解有关疯牛病（、了解有关疯牛病（bovine spongiform encephalopathy,BSE）起源（）起源（origin）的情）的情况，最早（最老的文献）的报道在哪年，记录出处。检索有关疯牛病最新的文献况，最早（最老的文献）的报道在哪年，记录出处。检索有关疯牛病最新的文献5篇并注明题录。篇并注明题录。