最新实验16SrRNA基因的PCR扩增、电泳及系统发育分析PPT课件.ppt

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1、进入夏天,少不了一个热字当头,电扇空调陆续登场,每逢此时,总会想起进入夏天,少不了一个热字当头,电扇空调陆续登场,每逢此时,总会想起那一把蒲扇。蒲扇,是记忆中的农村,夏季经常用的一件物品。记忆中的故那一把蒲扇。蒲扇,是记忆中的农村,夏季经常用的一件物品。记忆中的故乡,每逢进入夏天,集市上最常见的便是蒲扇、凉席,不论男女老少,个个手持乡,每逢进入夏天,集市上最常见的便是蒲扇、凉席,不论男女老少,个个手持一把,忽闪忽闪个不停,嘴里叨叨着一把,忽闪忽闪个不停,嘴里叨叨着“怎么这么热怎么这么热”,于是三五成群,聚在大树,于是三五成群,聚在大树下,或站着,或随即坐在石头上,手持那把扇子,边唠嗑边乘凉。孩

2、子们却在周下,或站着,或随即坐在石头上,手持那把扇子,边唠嗑边乘凉。孩子们却在周围跑跑跳跳,热得满头大汗,不时听到围跑跑跳跳,热得满头大汗,不时听到“强子,别跑了,快来我给你扇扇强子,别跑了,快来我给你扇扇”。孩。孩子们才不听这一套,跑个没完,直到累气喘吁吁,这才一跑一踮地围过了,这时子们才不听这一套,跑个没完,直到累气喘吁吁,这才一跑一踮地围过了,这时母亲总是,好似生气的样子,边扇边训,母亲总是,好似生气的样子,边扇边训,“你看热的,跑什么?你看热的,跑什么?”此时这把蒲扇,此时这把蒲扇,是那么凉快,那么的温馨幸福,有母亲的味道!蒲扇是中国传统工艺品,在是那么凉快,那么的温馨幸福,有母亲的味

3、道!蒲扇是中国传统工艺品,在我国已有三千年多年的历史。取材于棕榈树,制作简单,方便携带,且蒲扇的表我国已有三千年多年的历史。取材于棕榈树,制作简单,方便携带,且蒲扇的表面光滑,因而,古人常会在上面作画。古有棕扇、葵扇、蒲扇、蕉扇诸名,实即面光滑,因而,古人常会在上面作画。古有棕扇、葵扇、蒲扇、蕉扇诸名,实即今日的蒲扇,江浙称之为芭蕉扇。六七十年代,人们最常用的就是这种,似圆非今日的蒲扇,江浙称之为芭蕉扇。六七十年代,人们最常用的就是这种,似圆非圆,轻巧又便宜的蒲扇。蒲扇流传至今,我的记忆中,它跨越了半个世纪,圆,轻巧又便宜的蒲扇。蒲扇流传至今,我的记忆中,它跨越了半个世纪,也走过了我们的半个人

4、生的轨迹,携带着特有的念想,一年年,一天天,流向长也走过了我们的半个人生的轨迹,携带着特有的念想,一年年,一天天,流向长长的时间隧道,袅长的时间隧道,袅实验16SrRNA基因的PCR扩增、电泳及系统发育分析实 验 内 容16S rRNA基因的基因的PCR扩增、电泳及系统发育分析扩增、电泳及系统发育分析染色体步移法克隆已知序列的侧翼序列染色体步移法克隆已知序列的侧翼序列 大肠杆菌大肠杆菌-半乳糖苷酶的诱导表达半乳糖苷酶的诱导表达 利用利用SDS-PAGE分析融合蛋白的可溶性分析融合蛋白的可溶性 绿色糖单胞菌的发酵及孢外酶的提取绿色糖单胞菌的发酵及孢外酶的提取核酸的凝胶电泳基本原理当一种分子被放置

5、在电场中时,它们就会以一定的速度移向适当的电极。这种电泳分子在电场作用下的迁移速度电泳的迁移率。迁移率的影响因素:电场长度、电泳分子的电荷数量、电泳分子与支持介质的摩擦系数等。在生理条件下,核酸分子的糖-磷酸骨架中的磷酸基团是呈离子化状态的叫做多聚阴离子。方向:负正种类:水平水平垂直垂直琼脂糖琼脂糖聚丙烯酰胺聚丙烯酰胺普通普通DNARNA小分子量小分子量核酸核酸二、琼脂糖凝胶电泳琼脂糖:线性多糖聚合物、从红色海藻产物琼脂中提取而来。加热凝固:网孔状的电泳介质,密度由琼脂糖的浓度决定。琼脂糖凝胶分辨琼脂糖凝胶分辨DNA片段的能力片段的能力琼脂糖凝胶分辨琼脂糖凝胶分辨DNA片段的范围片段的范围:0

6、.2-50kb凝胶浓度 线形DNA的最佳分辨范围(bp)0.5%1,00030,0000.7%80012,0001.0%50010,0001.2%4007,0001.5%2003,0002.0%502,000琼脂糖DNA分子在电泳过程中迁移的距离受以下几个因素的影响:核酸核酸分子量的大小分子量的大小分子状态分子状态物理物理电压电压缓冲液缓冲液温度温度电泳指示剂:溴芬兰,距边缘1cm左右停止电泳。电泳染色剂:溴化乙锭(ethidium bromide,简称EtBr),扁平染料,嵌到DNA或RNA分子的碱基之间,借助紫外灯观察。DNA Marker1.2kb800bp操操 作作 步步 骤骤成成 分

7、分贮液浓度贮液浓度使用量使用量(20l体系体系)水水14l10GC BufferMg2+Plus2ldNTPs2.5mmol0.5l16Sp110pmol/l1 l16S p210pmol/l 1l基因组基因组DNA100g/ml1lTaq酶酶5U/l0.5l循环次数循环次数反应条件反应条件195(10min)3094;30s58;1min72;1min30s172;10min172(10min)操操 作作 步步 骤骤(1)称取琼脂糖,用适当的电泳缓冲液(常用1TAE)配成所需浓度的胶;10TAE 缓冲液配制:0.4M Tris-乙酸;0.02M EDTA,pH8.0(2)置微波炉中加热煮沸,

8、直至琼脂糖完全溶解;(3)按照每20ml胶加入1l Goldview/20ml;(4)凝胶溶液冷却至50左右,倒入电泳胶盘,避免出现气泡,室温放置,至胶凝固;(5)小心拔出梳子,将胶盘放到有1TAE 缓冲液的水平电泳槽中;(6)样品中加入1/5 体积的6loading buffer,混匀,用移液器小心加到点样孔中,以稳定电压(4-5V/cm)电泳;6加样指示剂配方:0.25%溴酚蓝;40%(W/V)蔗糖水溶液;(7)取出凝胶,紫外灯下观察电泳结果,如有必要,拍照记录。琼脂糖凝胶电泳:Ribosomal RNA Sequences核糖体RNA序列与进化(1)具有重要且恒定的生理功能;(2)普遍存

9、在于原核生物和真核生物中,而且在系统发育上具有适当的保守性;(3)分子量大小适中,在细胞中含量大(约占细胞中RNA的90%)(4)高度保守、中度保守和高度变化的序列区域,适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究。小核糖体亚单位RNA(16S rRNA,18S rRNA)16S rRNA的系统发育分析1 AGAGTTTGAT CCTGGCTCAG GACGAACGCT GGCGGCGTGC TTAACACATG CAAGTCGAGC61 GGTAAGGCTC CTTCGGGAGT ACACGAGCGG CGAACGGGTG AGTAACACGT GAGTAATCTG121 CCCTCCACTT

10、 TGGGATAAGC CTCGGAAACG AGGTCTAATA CCGAATACGA CCACTTCCTG181 CATGGGATGG TGGTGGAAAG TTTTTTCGGT GGGGGATGTG CTCGCGGCCT ATCAGCTTGT241 TGGTGGGGTA ATGGCCTACC AAGGCTTCGA CGGGTAGCCG GCCTGAGAGG GTGACCGGCC301 ACACTGGGAC TGAGACACGG CCCAGACTCC TACGGGAGGC AGCAGTGGGG AATATTGGAC361 AATGGGCGGA AGCCTGATCC AGCAACGCCG C

11、GTGAGGGAT GACGGCCTTC GGGTTGTAAA421 CCTCTTTCAG CGGGGACGAA GCGCAAGTGA CGGTACCCGC AGAAGAAGCA CCGGCCAACT481 ACGTGCCAGC AGCCGCGGTA ATACGTAGGG TGCGAGCGTT GTCCGGAATT ATTGGGCGTA541 AAGGGCTCGT AGGCGGTTTG TCGCGTCGGG AGTGAAAACA CCGGGCTTAA CTCGGTGCTT601 GCTTTCGATA CGGGCAGACT AGAGGTATTC AGGGGAGAAC GGAATTCCTG GTG

12、TAGCGGT661 GAAATGCGCA GATATCAGGA GGAACACCGG TGGCGAAGGC GGTTCTCTGG GAATATCCTG721 ACGCTGAGGA GCGAAAGTGT GGGGAGCGAA CAGGATTAGA TACCCTGGTA GTCCACACCG781 TAAACGTTGG GCGCTAGGTG TGGGATCCAT TCCACGGGTT CCGTGCCGCA GCTAACGCAT841 TAAGCGCCCC GCCTGGGGAG TACGGCCGCA AGGCTAAAAC TCAAAGGAAT TGACGGGGGC901 CCGCACAAGC GG

13、CGGAGCAT GCGGATTAAT TCGATGCAAC GCGAAGAACC TTACCTGGGT961 TTGACATACA CCGGAAAGCT GCAGAGATGT AGCCCCTTTT AGTCGGTGTA CAGGTGGTGC1021 ATGGCTGTCG TCAGCTCGTG TCGTGAGATG TTGGGTTAAG TCCCGCAACG AGCGCAACCC1081 TCGTCCTATG TTGCCAGCAA GCCTTCGGGT GTTGGGGACT CATAGGAGAC TGCCGGGGTC1141 AACTCGGAGG AAGGTGGGGA TGACGTCAAG T

14、CATCATGCC CCTTATGTCC AGGGCTTCAC1201 GCATGCTACA ATGGCCGGTA CAAAGGGCTG CGATCCCGTG AGGGGGAGCG AATCCCAAAA1261 AGCCGGTCTC AGTTCGGATT GGGGTCTGCA ACTCGACCCC ATGAAGTCGG AGTCGCTAGT1321 AATCGCAGAT CAGCAACGCT GCGGTGAATA CGTTCCCGGG CCTTGTACAC ACCGCCCGTC1381 ACGTCACGAA AGTCGGCAAC ACCCGAAGCC GGTGGCCTAA CCCTTGTGGA GGGAGCCGTC1441 GAAGGTGGGG CTGGCGTTTG GGACGAAGTC GTAACAAGGT AGCCGTA16S rRNA的系统发育分析NCBI Blast:http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/http:/www.bacterio.cict.fr/index.htmlMEGA 软件构建系统发育树FASTA格式文件找到刚才保存的文件实 验 结 果1.电泳图片(表明样品名称和Marker 分子量,目的片段大小)2.构件一个系统发育树

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