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1、计算机算机辅助助药物物设计构效关系构效关系定量构效关系和三维定量定量构效关系和三维定量构效关系构效关系计算机处理，显示生物大分子和药物分计算机处理，显示生物大分子和药物分子模型子模型计算机辅助药物设计技术和药物设计过计算机辅助药物设计技术和药物设计过程相结合程相结合计算机辅助药物设计计算机辅助药物设计是药物设计发展的重要分支。是药物设计发展的重要分支。以计算机为工具，采用各种理论计算方以计算机为工具，采用各种理论计算方法和分子图形模拟技术，根据累积的大法和分子图形模拟技术，根据累积的大量有关结构和功能的资料，设计具有一量有关结构和功能的资料，设计具有一定药效作用的新分子。定药效作用的新分子。是
2、实现合理药物设计的技术手段是实现合理药物设计的技术手段。实践操作是计算化学与分子模拟实践操作是计算化学与分子模拟。分类分类直接设计法：直接设计法：根据受体的三维结构进行药物设计。根据受体的三维结构进行药物设计。主要策略：配基对接、主要策略：配基对接、3D-3D-数据库搜寻、数据库搜寻、从头设计从头设计间接设计法：间接设计法：在计算机辅助下，确定药效基团，并在计算机辅助下，确定药效基团，并依据药效团的特征，设计新的活性分子依据药效团的特征，设计新的活性分子。二、药物作用的基本理论二、药物作用的基本理论药物的生物效应是药物分子和生物大分药物的生物效应是药物分子和生物大分子之间反应或相互作用的结果。
3、子之间反应或相互作用的结果。药物的结构、化学反应性、分子形状和药物的结构、化学反应性、分子形状和大小、立体化学配置、功能基的配置、大小、立体化学配置、功能基的配置、电子分布等的改变均对生物效应有决定电子分布等的改变均对生物效应有决定性的影响性的影响探索药物探索药物-生物大分子互相作用的基本原生物大分子互相作用的基本原理，是药物设计最重要的基础。理，是药物设计最重要的基础。1.受体学说及药物受体学说及药物-受体相互作用的受体相互作用的方式和本质方式和本质 受体受体(receptor)(receptor)：生物体的细胞膜上或细胞以内的一种特生物体的细胞膜上或细胞以内的一种特异性大分子或大分子复合物
4、异性大分子或大分子复合物,能与具有高度能与具有高度选择性的化合物结合，并产生特定生物效选择性的化合物结合，并产生特定生物效应。如：蛋白质、酶、核酸、离子通道、应。如：蛋白质、酶、核酸、离子通道、多糖、抗原、脂类等。多糖、抗原、脂类等。作用方式：作用方式：a.占领学说（基础是化学平衡）占领学说（基础是化学平衡）b.药物的作用强度与受体被药物分子占药物的作用强度与受体被药物分子占领的数目成正比。领的数目成正比。c.定性的受体概念定性的受体概念-定量科学定量科学d.无法解释无法解释e.1.拮抗剂与激动剂的相反生物效应拮抗剂与激动剂的相反生物效应 f.2.部分激动剂达不到最大生物效应部分激动剂达不到最
5、大生物效应 b.亲和力和内在活性学说亲和力和内在活性学说先形成复合物，再引发受先形成复合物，再引发受体产生内在活性。体产生内在活性。c.激动剂；部分激动剂；拮抗剂激动剂；部分激动剂；拮抗剂d.对占领学说的补充和修正对占领学说的补充和修正e.无法说明激动剂与拮抗剂和受体结合产生相反无法说明激动剂与拮抗剂和受体结合产生相反效应（分子水平）效应（分子水平）c.绞链学说绞链学说受体由特异性和非特异性二部份组成。受体由特异性和非特异性二部份组成。激动剂、拮抗剂均可与特异性部位结合，具可逆性。激动剂、拮抗剂均可与特异性部位结合，具可逆性。但拮抗剂还可与非特异性部位结合，且结合力较强。但拮抗剂还可与非特异性
6、部位结合，且结合力较强。解释了加入过量的激动剂也不能将拮抗剂除去解释了加入过量的激动剂也不能将拮抗剂除去d.d.速率学说速率学说生物效应与单位时间内药物生物效应与单位时间内药物分子和受体相结合的总数成正比。分子和受体相结合的总数成正比。e.e.不能在分子水平解释结构相似的药不能在分子水平解释结构相似的药物有的是激动剂，有的是拮抗剂。物有的是激动剂，有的是拮抗剂。e.e.诱导契合学说诱导契合学说在与底物相互作用下，在与底物相互作用下，具有柔性和可塑性的酶活性中心被底物具有柔性和可塑性的酶活性中心被底物诱导发生构象变化而产生互补性结合诱导发生构象变化而产生互补性结合。f.f.大分子微扰学说大分子微
7、扰学说药物与生物大分子相药物与生物大分子相互作用时，药物对生物大分子的构象发互作用时，药物对生物大分子的构象发生微扰作用，使二者有更好的互补性和生微扰作用，使二者有更好的互补性和适配性。适配性。g.g.二态模型的占领二态模型的占领-活化学说活化学说未被药物未被药物占领的受体存在非活化态占领的受体存在非活化态R R和活化态和活化态R*R*，两种状态处于动态平衡。激动剂对活化两种状态处于动态平衡。激动剂对活化态受体有较高亲和力，使平衡向态受体有较高亲和力，使平衡向R*R*方向方向移动；拮抗剂对于非活化态受体的亲和移动；拮抗剂对于非活化态受体的亲和力强，平衡向力强，平衡向R R方向移动。方向移动。2
8、.药物药物-受体的相互作用力及其立体因受体的相互作用力及其立体因素的影响素的影响1).1).药物药物-受体的相互作用力受体的相互作用力药物与受体分子产生特异性结合的基础药物与受体分子产生特异性结合的基础是分子识别。分子识别的基本要素有多是分子识别。分子识别的基本要素有多种。种。生物效应的源动力是药物生物效应的源动力是药物-受体的相互作受体的相互作用力用力药物药物-受体的相互作用力分为受体的相互作用力分为化学键化学键和和分分子间引力子间引力。2).2).立体作用立体作用虽然药物虽然药物-受体的相互作用一般是通过非受体的相互作用一般是通过非共价键的弱键形成，但由于立体形状在共价键的弱键形成，但由于
9、立体形状在空间的匹配，相互作用往往很强，这一空间的匹配，相互作用往往很强，这一现象在药物现象在药物-受体相互作用及生物活性方受体相互作用及生物活性方面非常重要。面非常重要。构型异构、构象异构构型异构、构象异构影响药效学、药影响药效学、药动学性质。动学性质。3.药物的化学结构与生物活性的关系药物的化学结构与生物活性的关系(SAR)(SAR)构效关系构效关系：药物的化学结构与生理活性的：药物的化学结构与生理活性的关系。关系。目的：获得药物的生理活性与其结构间依目的：获得药物的生理活性与其结构间依赖关系的规律，以便认识、解析药物的赖关系的规律，以便认识、解析药物的作用方式和作用机理，预测某一化合物作
10、用方式和作用机理，预测某一化合物的生物活性。的生物活性。基于受体分子的组成、性状及空间结构还未基于受体分子的组成、性状及空间结构还未深入了解，对药物进行构效关系研究可间接深入了解，对药物进行构效关系研究可间接地阐明药物的作用机理。地阐明药物的作用机理。研究内容研究内容:药效、药动及毒性的构效关系。药效、药动及毒性的构效关系。得到药物的药效基团、药动基团和毒性基团得到药物的药效基团、药动基团和毒性基团高效、低毒、安全高效、低毒、安全1).1).药效团药效团 分子结构中产生活性或毒性的某些特分子结构中产生活性或毒性的某些特定的基团。定的基团。药效团一般分二类：药效团一般分二类：一类是具相同药理作用
11、的类似物。一类是具相同药理作用的类似物。另一类是化学结构完全不同的分子，但另一类是化学结构完全不同的分子，但可与同一受体以相同的机理结合，产生可与同一受体以相同的机理结合，产生同样的药理作用。例：雌二醇、己烯雌同样的药理作用。例：雌二醇、己烯雌酚、金雀异黄素酚、金雀异黄素许多药物呈现活性所需的药效团较复杂，许多药物呈现活性所需的药效团较复杂，可称为结构片断或亚结构。二者的差别可称为结构片断或亚结构。二者的差别仅是包含的原子或基团的多少。仅是包含的原子或基团的多少。药效团说明：受体所选择的不是配体分药效团说明：受体所选择的不是配体分子化学结构本身，而是与受体相互作用子化学结构本身，而是与受体相互
12、作用的配体的理化性质，即分子中官能团的的配体的理化性质，即分子中官能团的静电、疏水和大小等性质及官能团三维静电、疏水和大小等性质及官能团三维空间的排列，这为药物设计提供了很大空间的排列，这为药物设计提供了很大的想象空间。的想象空间。2).2).药动团药动团本身不具有显著的生物活性，只决定药物的药本身不具有显著的生物活性，只决定药物的药动学性质，影响药物的吸收、分布、代谢、排动学性质，影响药物的吸收、分布、代谢、排泄的基团或亚单位。泄的基团或亚单位。药动学性质在药物作用中是个重要环节。新药药动学性质在药物作用中是个重要环节。新药在临床研究中，约有三分之一因药动学性质不在临床研究中，约有三分之一因
13、药动学性质不宜而被淘汰。宜而被淘汰。模拟自然界存在的物质（氨基酸、磷酸基和糖模拟自然界存在的物质（氨基酸、磷酸基和糖基）基）也称为载体（改变体内转运、定位作用）也称为载体（改变体内转运、定位作用）(1).天然氨基酸天然氨基酸 L-L-氨基酸和二肽在体内可被主动转运氨基酸和二肽在体内可被主动转运。(2).磷酸基磷酸基磷酸基是构成核酸的组分之一。药物分子磷酸基是构成核酸的组分之一。药物分子中含磷酸或膦酸基团可有助于向细胞内中含磷酸或膦酸基团可有助于向细胞内转运。转运。(3).糖基糖基糖分子是贮存和携带信息的载体，在分糖分子是贮存和携带信息的载体，在分子识别和细胞间信息交换中起重要作用。子识别和细胞
14、间信息交换中起重要作用。糖分子的引入常可提高选择性，较易透糖分子的引入常可提高选择性，较易透入细胞内。例：雷莫司汀入细胞内。例：雷莫司汀(4).胆酸胆酸肝细胞中含有胆酸系统，对胆酸有较强肝细胞中含有胆酸系统，对胆酸有较强亲和力。药物与胆酸偶联后，常具肝细亲和力。药物与胆酸偶联后，常具肝细胞靶向特征。胞靶向特征。(5).改变药动团的方法改变药动团的方法a.a.改变亲脂性。例：增加烷基链长度，提高整个改变亲脂性。例：增加烷基链长度，提高整个分子的亲脂性。分子的亲脂性。b.b.改变电性。例：苯环对位引入氟原子，减低苯改变电性。例：苯环对位引入氟原子，减低苯环在体内被代谢羟基化的速率和程度。环在体内被
15、代谢羟基化的速率和程度。c.c.改变立体性。例：引入体积较大基团，以保护改变立体性。例：引入体积较大基团，以保护代谢敏感或易受攻击的基团。代谢敏感或易受攻击的基团。药动团与药效团是互相影响，不能分割、孤药动团与药效团是互相影响，不能分割、孤立地对待立地对待3).3).毒性基团毒性基团产生的生物活性为毒性效应的药效团称产生的生物活性为毒性效应的药效团称为毒性基团。毒性基团常存在于抗病原为毒性基团。毒性基团常存在于抗病原体或抗肿瘤药物中，毒性的选择性越好，体或抗肿瘤药物中，毒性的选择性越好，则药物越安全。则药物越安全。其他类药物应避免有毒性基团或能在体其他类药物应避免有毒性基团或能在体内经代谢转化
16、生成毒性基团的存在。内经代谢转化生成毒性基团的存在。毒性基团一般具亲电性。主要有：毒性基团一般具亲电性。主要有：a.a.环氧化合物和可生成碳正离子的基团。如：环氧化合物和可生成碳正离子的基团。如：芳基、烯基、炔基、环丙基、含杂原子的类芳基、烯基、炔基、环丙基、含杂原子的类似物。似物。b.b.N-N-氧化物、氧化物、N-N-羟胺、胺类及在体内可以转化羟胺、胺类及在体内可以转化成胺的化合物。成胺的化合物。c.c.烷基硫酸酯、磺酸酯及烷基硫酸酯、磺酸酯及-卤代硫醚类。卤代硫醚类。d.d.-内酯及醌类。内酯及醌类。e.e.可生成阳碳离子或自由基的某些含卤素的烷可生成阳碳离子或自由基的某些含卤素的烷烃、
17、含卤芳烃、含卤硝基芳烃。烃、含卤芳烃、含卤硝基芳烃。此外，已知具有诱导细胞分化的药物，有影响此外，已知具有诱导细胞分化的药物，有影响胚胎的正常发育，造成胎儿畸型的毒性反应。胚胎的正常发育，造成胎儿畸型的毒性反应。如：治疗皮肤病和癌化学预防的维生素甲酸。如：治疗皮肤病和癌化学预防的维生素甲酸。4).4).药效构象药效构象(pharmacophoric(pharmacophoric conformation)conformation)定义：构象是分子中单键的旋转而形成定义：构象是分子中单键的旋转而形成空间排列方式不同的各种立体形象，药空间排列方式不同的各种立体形象，药物分子与受体结合时的构象称为药
18、效构物分子与受体结合时的构象称为药效构象。象。药效构象未必是能量最低的优势构象。药效构象未必是能量最低的优势构象。药物分子的基本结构不同，但会以相同药物分子的基本结构不同，但会以相同的作用机理引起相同的药理或毒性效应，的作用机理引起相同的药理或毒性效应，这是由于它们具有共同的药效构象，即这是由于它们具有共同的药效构象，即构象等效性。构象等效性。例：钙离子通道拮抗剂例：钙离子通道拮抗剂硝苯地平硝苯地平苯环邻位取代基的位阻效应使苯环处于苯环邻位取代基的位阻效应使苯环处于同二氢吡啶环呈垂直构象。同二氢吡啶环呈垂直构象。维甲酸及其类似物的构象维甲酸及其类似物的构象维甲酸类诱导细胞分化作用，必需满足以维
19、甲酸类诱导细胞分化作用，必需满足以下条件：下条件：a.分子的一端为疏水性部分，并有一定位分子的一端为疏水性部分，并有一定位阻阻b.分子的另一端为极性基团分子的另一端为极性基团c.疏水性部分和极性基团由共轭多烯连接，疏水性部分和极性基团由共轭多烯连接，整个分布形成共轭体系整个分布形成共轭体系4.4.定量构效关系（定量构效关系（QSARQSAR）定量构效关系：定量构效关系：是研究一组化合物的生物活性是研究一组化合物的生物活性与其结构特征之间的相互关系，结构特征以理与其结构特征之间的相互关系，结构特征以理化参数、分子拓扑参数、量子化学指数和（或）化参数、分子拓扑参数、量子化学指数和（或）结构碎片指数
20、来表示，用数理统计的方法进行结构碎片指数来表示，用数理统计的方法进行数据回归分析，并以数学模型表达和概括出量数据回归分析，并以数学模型表达和概括出量变规律。变规律。1).线性自由能相关方法线性自由能相关方法即即Hansch-Hansch-藤田分析法。藤田分析法。它的它的基本依据基本依据是药物在体内的运转和与受是药物在体内的运转和与受体的相互作用为药物分子与生物大分子之间的体的相互作用为药物分子与生物大分子之间的物理和化学作用。物理和化学作用。当药物由给药部位到达作用当药物由给药部位到达作用部位，需通过若干生物膜，即一定数量的脂部位，需通过若干生物膜，即一定数量的脂-水界面，因此药物的运转过程与
21、药物的脂水分水界面，因此药物的运转过程与药物的脂水分配系数有关，药物到达作用部位表面的浓度高配系数有关，药物到达作用部位表面的浓度高低，必然影响生物活性的强弱。在作用部位，低，必然影响生物活性的强弱。在作用部位，药物分子以共价键、离子键、离子药物分子以共价键、离子键、离子-偶极键、偶极键、氢键、疏水键、电荷转移复合物、螯合作用、氢键、疏水键、电荷转移复合物、螯合作用、范德华力等，与受体相互作用而产生生物活性。范德华力等，与受体相互作用而产生生物活性。这些作用又与药物分子的化学结构这些作用又与药物分子的化学结构、电性效应、电性效应、空间效应等参数有关。空间效应等参数有关。Log1/C=-k12k
22、2+k3+k4Es+ksC C为化合物产生指定生物效应的物质的浓为化合物产生指定生物效应的物质的浓度度 、E Es s分别为疏水性参数、电子效分别为疏水性参数、电子效应参数和立体参数应参数和立体参数 k k1 1、k k2 2、k k3 3和和k k4 4是代表各项因素贡献大小是代表各项因素贡献大小的系数，即权重，与化合物和测定条件的系数，即权重，与化合物和测定条件有关。有关。理化参数的意义理化参数的意义疏水性参数疏水性参数取代基疏水常数，氢原取代基疏水常数，氢原子的子的值为零，正值代表该取代基比氢值为零，正值代表该取代基比氢亲脂性强，负值则亲水性强。亲脂性强，负值则亲水性强。电性参数电性参数
23、正值表示为吸电子基，负正值表示为吸电子基，负值表示为推电子基。值表示为推电子基。立体参数立体参数E Es s氢的氢的E Es s值为零，基团越大，值为零，基团越大，E Es s值越负。值越负。2).FreeWilson模型模型它不需要它不需要HanschHansch方法那些理化参数，只需要将方法那些理化参数，只需要将药物的化学结构进行组合。该模型假定分子的药物的化学结构进行组合。该模型假定分子的活性是母体化合物与取代基活性贡献之和，不活性是母体化合物与取代基活性贡献之和，不论其他位置取代基变换与否。论其他位置取代基变换与否。常用于同源系列化合物的设计。但结构参数缺常用于同源系列化合物的设计。但
24、结构参数缺乏物理意义，难以指导新化合物设计而受到限乏物理意义，难以指导新化合物设计而受到限制。制。3).分子连接性法分子连接性法 利用拓扑学原理描述反映化合物分支程利用拓扑学原理描述反映化合物分支程度的分支指数与化合物某些性质的线性关系。度的分支指数与化合物某些性质的线性关系。4).4).模式识别法模式识别法(图像识别）图像识别）即通过运用统计方法、数值计算、决策即通过运用统计方法、数值计算、决策理论和几何图形分析等手段，对样本的性质、理论和几何图形分析等手段，对样本的性质、行为或归属进行鉴别和分类。行为或归属进行鉴别和分类。5).5).人工神经网络方法人工神经网络方法 是一种数学抽象描述，它
25、是一类全新的是一种数学抽象描述，它是一类全新的模拟人脑的信息加工处理系统。模拟人脑的信息加工处理系统。5.三维定量构效关系三维定量构效关系（3DQSAR)3DQSAR的研究方法的研究方法 要研究三维定量构效关系，必须借助要研究三维定量构效关系，必须借助计算机进行。计算机进行。3D 3DQSARQSAR实际上是实际上是QSARQSAR与与计算机化学和计算机分子图形学相结合计算机化学和计算机分子图形学相结合的研究方法，是研究药物与受体间的相的研究方法，是研究药物与受体间的相互作用、推测模拟受体图象、建立药物互作用、推测模拟受体图象、建立药物结构活性关系表达式，进行药物设计的结构活性关系表达式，进行
26、药物设计的有力工具。有力工具。3DQSAR的评价的评价3D3DQSARQSAR从微观即从分子和原子的水平上揭示从微观即从分子和原子的水平上揭示了药物分子与受体相互作用的空间特征和在空了药物分子与受体相互作用的空间特征和在空间结合的理化本质。间结合的理化本质。2D2DQSARQSAR则从药效学（包括药代动力学）的宏则从药效学（包括药代动力学）的宏观作用上考察构效关系，可作为预测同源物的观作用上考察构效关系，可作为预测同源物的生物活性，是优化设计的工具。生物活性，是优化设计的工具。2D2DQSARQSAR可以大批量地处理多达一二百个化合可以大批量地处理多达一二百个化合物的数据组，但物的数据组，但3
27、D3DQSARQSAR目前难以办到。目前难以办到。三、有关理论计算、技术和设备三、有关理论计算、技术和设备1.1.理论计算基础理论计算基础 量子化学、分子力学、分子动力学量子化学、分子力学、分子动力学2.2.重要技术重要技术1).X-1).X-射线晶体学射线晶体学 X-X-射线晶体学是以射线晶体学是以X-X-射线通过晶体产射线通过晶体产生衍射而测定出晶体结构的实验方法。生衍射而测定出晶体结构的实验方法。通过分析衍射点的排列方式和测量间距通过分析衍射点的排列方式和测量间距的大小来推算分子在晶体结构中的排列的大小来推算分子在晶体结构中的排列方式和重复周期的大小，并通过测量衍方式和重复周期的大小，并
28、通过测量衍射点的强度，计算出晶胞中每个原子的射点的强度，计算出晶胞中每个原子的空间坐标，从而测定整个分子的结构和空间坐标，从而测定整个分子的结构和晶体结构。晶体结构。晶体结构测定理论的发展和测定、计算方法晶体结构测定理论的发展和测定、计算方法的计算机化，使生物学等学科真正地进入分的计算机化，使生物学等学科真正地进入分子水平，在计算机辅助三维药物分子设计中子水平，在计算机辅助三维药物分子设计中起到关键作用。起到关键作用。蛋白质晶体学蛋白质晶体学除了能得到蛋白质结晶外，也除了能得到蛋白质结晶外，也能得到蛋白配基复合物的结晶。通过共结能得到蛋白配基复合物的结晶。通过共结晶和结晶浸润技术，晶和结晶浸润
29、技术，X X射线晶体学可以测定射线晶体学可以测定配基受体复合物的晶体结构，如酶与酶抑配基受体复合物的晶体结构，如酶与酶抑制剂的复合物，这样可了解到药物和受体相制剂的复合物，这样可了解到药物和受体相互作用的三维模型，对药物设计提供详细和互作用的三维模型，对药物设计提供详细和确实的论据。确实的论据。2).核磁共振技术核磁共振技术X X射线晶体学测定出的是在晶体状态下的优势射线晶体学测定出的是在晶体状态下的优势构象，并不能反映出生物条件下体液中分子的构象，并不能反映出生物条件下体液中分子的状态。状态。生物核磁共振技术（生物核磁共振技术（BioBioNMRNMR）则可测定溶液）则可测定溶液中分子结构优
30、势构象及其动力学性质，得到的中分子结构优势构象及其动力学性质，得到的三维结构信息更能代表生物环境下的分子，还三维结构信息更能代表生物环境下的分子，还能研究生物大分子内部动力学的特点。能研究生物大分子内部动力学的特点。缺点是被测定分子的相对分子质量一般不超过缺点是被测定分子的相对分子质量一般不超过两万。二维核磁共振（两万。二维核磁共振（2D2DNMRNMR）方法的发展，）方法的发展，提高了测定结果提供的分子结构信息的质和量。提高了测定结果提供的分子结构信息的质和量。近年来出现的三维核磁共振技术，不仅进一步近年来出现的三维核磁共振技术，不仅进一步提高了信号的分辨能力，而且能解析二维核磁提高了信号的
31、分辨能力，而且能解析二维核磁共振所不能解决的结构问题。共振所不能解决的结构问题。NMRNMR给出的结构信息主要有：给出的结构信息主要有：确定质子的归属以推导出结构式。较高级的确定质子的归属以推导出结构式。较高级的2D2DNMRNMR技术（如二维相关谱技术（如二维相关谱COSY/COSY/二维二维NOENOE谱、谱、NOESYNOESY以及以及COSY-NOESYCOSY-NOESY联用等）可以给出所用氨基酸残基特定联用等）可以给出所用氨基酸残基特定质子的归属。质子的归属。从从NOENOE相差和偶合常数进一步确定核间距离和二面角相差和偶合常数进一步确定核间距离和二面角约束，以获得立体化学信息。约
32、束，以获得立体化学信息。根据氢键约束给出分子内和分子间氢键信息。根据氢键约束给出分子内和分子间氢键信息。利用现代计算机分子图形技术及相关软件，用动力利用现代计算机分子图形技术及相关软件，用动力学模拟和能量优化进行构象分析，得到合理的构象学模拟和能量优化进行构象分析，得到合理的构象模型。模型。3).其他结构分子生物学测定技术其他结构分子生物学测定技术膜蛋白在低温下可形成二维晶体，用膜蛋白在低温下可形成二维晶体，用低温电镜技术低温电镜技术测定出二维晶体的结构。此法的优点是所需样品量测定出二维晶体的结构。此法的优点是所需样品量极少，分辨率较好，在二维方向一般为极少，分辨率较好，在二维方向一般为0.3
33、0.30.4nm0.4nm，而第三维即深度仅为，而第三维即深度仅为0.50.51nm1nm。扫描隧道显微镜扫描隧道显微镜能够实时地观察单个原子在物质表能够实时地观察单个原子在物质表面实三维表面结构，以及与表面电子行为有关的物面实三维表面结构，以及与表面电子行为有关的物理化学性质。理化学性质。4).计算机分子模型技术计算机分子模型技术利用计算机图形学能够在计算机屏幕上利用计算机图形学能够在计算机屏幕上建立分子的三维化学模型，根据这些形建立分子的三维化学模型，根据这些形象的分子图形，可直观地研究分子特性象的分子图形，可直观地研究分子特性和分子键的相互作用。这种利用计算机和分子键的相互作用。这种利用
34、计算机图形技术进行分子模拟的技术称为计算图形技术进行分子模拟的技术称为计算机分子模型技术。机分子模型技术。计算机模型的表示方式有计算机模型的表示方式有线型（线型（stickstick）模型）模型棒型（棒型（tubetube）模型）模型球棍（球棍（balls and stickballs and stick）模型）模型网格填充（网格填充（spacespacefillfill）模型）模型实体填充模型（又称实体填充模型（又称CPKCPK模型）模型）归纳起来计算机分子模型技术主要能归纳起来计算机分子模型技术主要能提供以下信息：提供以下信息：分子的三维结构分子的三维结构分子的物理和化学特性分子的物理和化
35、学特性一分子与其他不相同的分子之间的结构比较一分子与其他不相同的分子之间的结构比较药物分子与受体形成的复合物的三维结构药物分子与受体形成的复合物的三维结构预测相关的新化合物的结构特征预测相关的新化合物的结构特征各种分子的构象变化、柔韧性以及动力学性质各种分子的构象变化、柔韧性以及动力学性质测定结构活性关系和设计特异功能的分子。测定结构活性关系和设计特异功能的分子。3.计算机硬件和软件计算机硬件和软件计算机强大的计算功能和分子图形模拟功能计算机强大的计算功能和分子图形模拟功能硬件和工作站硬件和工作站常见的计算机图形工作站有常见的计算机图形工作站有Silicon Graphics IRIS(SGI
36、)Silicon Graphics IRIS(SGI)Sun GraphicsSun GraphicsApolloApollo软件和专家系统软件和专家系统基本软件：数据库系统、参数运算系基本软件：数据库系统、参数运算系统、数据转换系统、解析系统、预统、数据转换系统、解析系统、预测系统、显示系统和操作系统测系统、显示系统和操作系统专家系统：用计算机模拟专家处理专专家系统：用计算机模拟专家处理专业问题的思维、推理方法、作出判业问题的思维、推理方法、作出判断和决策，用计算机代替专家工作断和决策，用计算机代替专家工作的软件系统的软件系统四、计算机辅助药物设计的意义四、计算机辅助药物设计的意义1.合理药
37、物设计的概念合理药物设计的概念2.基于对疾病过程的分子病理生理学的基于对疾病过程的分子病理生理学的理解，根据靶点的分子结构，并参考效应子理解，根据靶点的分子结构，并参考效应子的化学结构特征设计出对该疾病的药物分子，的化学结构特征设计出对该疾病的药物分子，从而引导设计走向合理化。从而引导设计走向合理化。3.特点：活性强、作用专一、副作用低特点：活性强、作用专一、副作用低基于结构的药物设计（对药物和受体的结构基于结构的药物设计（对药物和受体的结构在分子水平上的全面、准确地了解）在分子水平上的全面、准确地了解）基于机理的药物设计（药物设计的目标和方基于机理的药物设计（药物设计的目标和方向）向）2.计
38、算机辅助药物设计的特征计算机辅助药物设计的特征多学科交叉的前沿领域。其基础包括：多学科交叉的前沿领域。其基础包括：数、理、化以及生命科学等基础学科；数、理、化以及生命科学等基础学科；理化测试先进技术；计算机科学理化测试先进技术；计算机科学大量化学信息的计算机计算处理大量化学信息的计算机计算处理大量高技术软件产品的产生大量高技术软件产品的产生五、计算机辅助药物设计的方法学五、计算机辅助药物设计的方法学直接药物设计直接药物设计 全新药物设计全新药物设计 模板定位法模板定位法 原子生长法原子生长法 分子碎片法分子碎片法 动力学算法动力学算法 基于靶点结构的三维结构搜寻基于靶点结构的三维结构搜寻间接药
39、物设计间接药物设计 3DQSAR 假想受点点阵（假想受点点阵（HASL）分子形状分析（分子形状分析（MSA）比较分子场分析（比较分子场分析（CoMFA）药效基团模型的建立药效基团模型的建立 活性类似物法（活性类似物法（AAA）药效基团模型法药效基团模型法 基于药效基团模型的三维结构搜寻基于药效基团模型的三维结构搜寻 距离几何法（距离几何法（DG)1.三维结构搜寻三维结构搜寻 利用计算机人工智能的模式识别技术，利用计算机人工智能的模式识别技术，把三维结构数据库中的小分子数据逐一把三维结构数据库中的小分子数据逐一地与搜索标准进行匹配计算，寻找符合地与搜索标准进行匹配计算，寻找符合特定性质和三维结构
40、形状的分子，从而特定性质和三维结构形状的分子，从而发现合适的药物分子。发现合适的药物分子。三维结构数据库三维结构数据库:剑桥结构数据库、剑桥结构数据库、Brookhaven国家实验室蛋白质数据库国家实验室蛋白质数据库 搜寻标准（询问条件）搜寻标准（询问条件）3点药效基团点药效基团2.全新药物设计（直接药物设计）全新药物设计（直接药物设计）全新药物设计（从头设计）它根据受体受点的全新药物设计（从头设计）它根据受体受点的形状和性质要求，直接借助计算机自动构造出形状和性质要求，直接借助计算机自动构造出形状和性质互补的新的配基分子三维结构。由形状和性质互补的新的配基分子三维结构。由于它能提出结构全新的
41、具有启发性的先导化合于它能提出结构全新的具有启发性的先导化合物，故谓之全新或从头设计。物，故谓之全新或从头设计。条件：条件：必须知道蛋白质的三维结构必须知道蛋白质的三维结构 主要方法：主要方法：模板定位法：在受体的受点用模板构建模板定位法：在受体的受点用模板构建出一个形状互补的三维分子骨架（一级出一个形状互补的三维分子骨架（一级结构生成），再根据受体的性质把分子结构生成），再根据受体的性质把分子骨架转化为具体的分子结构（二级结构骨架转化为具体的分子结构（二级结构生成）。生成）。原子生长法：根据靶点的性质，逐个地原子生长法：根据靶点的性质，逐个地增加原子，配上与受点形状和性质互补增加原子，配上与
42、受点形状和性质互补的分子。的分子。分子碎片法分子碎片法 碎片连接法（碎片库连接子库）碎片连接法（碎片库连接子库）碎片生长法：类似于原子生长法碎片生长法：类似于原子生长法其他方法：动力学算法、基于三维结构搜其他方法：动力学算法、基于三维结构搜寻的全新药物设计寻的全新药物设计3.间接药物设计间接药物设计活性类似物法活性类似物法 从一组不同结构的生物活性的配基的低从一组不同结构的生物活性的配基的低能构像中，抽提出关键的特征进行各配能构像中，抽提出关键的特征进行各配基构像的重叠，从这些重叠构像的范德基构像的重叠，从这些重叠构像的范德华表面推测得到假设的同一受体受点作华表面推测得到假设的同一受体受点作用
43、所必需的空间结构。用所必需的空间结构。假想受点点阵假想受点点阵 先计算出相似或不同类型配基构像的最先计算出相似或不同类型配基构像的最小能量，并将整个分子置于一个规则正小能量，并将整个分子置于一个规则正交的三维网格，用户指定一个理化性质交的三维网格，用户指定一个理化性质加入作为第四维。将每个分子的生物活加入作为第四维。将每个分子的生物活性值所对应点阵的所有点平均，得到假性值所对应点阵的所有点平均，得到假想的受点点阵模型。想的受点点阵模型。距离几何法距离几何法 药物活性大小与药物和受体结合点的结药物活性大小与药物和受体结合点的结合能大小有关。选择合理的受体结合点合能大小有关。选择合理的受体结合点模
44、型和药物分子的结合模式，建立与药模型和药物分子的结合模式，建立与药物活性基团和受体结合点类型相关的能物活性基团和受体结合点类型相关的能量参数，以此定量预测其结合能，推知量参数，以此定量预测其结合能，推知药物的作用强度。药物的作用强度。分子形状分析分子形状分析 分子的活性与配基分子形状对受体腔的分子的活性与配基分子形状对受体腔的适应能力有关。适应能力有关。使用能表达分子形状的参数，经统计分使用能表达分子形状的参数，经统计分析求出析求出QSAR关系式。关系式。比较分子场分析比较分子场分析 将分子的势场图示到网格点上，表示分将分子的势场图示到网格点上，表示分子的周围环境，再在势场的基础上来比子的周围环境，再在势场的基础上来比较分子，分析与活性之间的关系。较分子，分析与活性之间的关系。药效基团模型法药效基团模型法 对一系列活性化合物进行对一系列活性化合物进行3D-QSAR研究，研究，并结合构像分析，得出该类药物的药效并结合构像分析，得出该类药物的药效基团模型。基团模型。失败原因及比例失败原因及比例 药动学性质不良，药动学性质不良，39%39%临床疗效差，临床疗效差，29%29%毒性反应，毒性反应，21%21%市场原因，市场原因，6%6%化学等其他因素，化学等其他因素，5%5%谢谢！