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1、第五章第五章 真核基因的表达调控真核基因的表达调控Three levels controlThree levels controlThree or four levels control?Three or four levels control?Generegulationverycomplexineukaryotescells!Multipleplacescontrol!真核生物基因表达调控的特点：真核生物基因表达调控的特点：1.在真核生物中，染色体的结构对基因的表达有明显的调控作用；2.真核基因的转录和翻译是在不同地点不同时间进行，从而使真核基因的表达有多种转录后的调控机制；基因表达具有时
2、间性和空间性。时间性：个体发育的不同阶段，基因表达的种类和数量是不同的；空间性：在不同组织和器官中，基因表达的种类和数量是不同的。3.真核生物基因表达存在细胞特异性或组织特异性。4.真核生物的基因表达调控是多因子、多步骤的调控过程。一 DNA水平的调控基因丢失基因丢失 在细胞分化过程中，某些原生动物、线虫、昆虫等体细胞通过丢失某些基因而除去这些基因的活性。基因扩增基因扩增某个或某些基因的拷贝数选择性增加的现象。这种增加可以发生在细胞或组织内，也可以在体外(试管中)或在细胞或组织中。这种增加一般与基因组的其他基因的增加不成比例。（爪蟾卵母细胞成熟中rDNA的扩增。）基因重排基因重排 指某些基因片
3、段改变原来存在顺序而重新排列组合，成为一个完整的转录单位。调节表达产物多样性。（免疫球蛋白IgG）基因重排基因重排DNADNA甲基化甲基化 与基因的表达成反比关系与基因的表达成反比关系直接改变基因的构型影响转录因子与顺式作用元件结合5端调控序列甲基化后与核内甲基化CG序列结合蛋白结合DNase高敏感区为去甲基化的标志 染色质结构改变染色质结构改变 组蛋白与组蛋白与DNADNA结合与解离结合与解离 （活性与非活性）（活性与非活性）非组蛋白与组蛋白竞争结合DNA，解除组蛋白对基因表达的抑制组蛋白修饰（甲基化、乙酰化、磷酸化）常染色质与异染色质的互变DNADNA甲基化甲基化 （一）顺式作用元件（一）
4、顺式作用元件（cis-element）：）：顺式作用元件顺式作用元件:指指DNA上对基因表达有调节活性的某些特定的上对基因表达有调节活性的某些特定的调节序列，其活性仅影响与其自身处于同一调节序列，其活性仅影响与其自身处于同一DNA分子的基因。分子的基因。这种这种DNA序列多位与基因旁侧或内含子中，不编码蛋白质。序列多位与基因旁侧或内含子中，不编码蛋白质。1、启动子、启动子2、增强子、增强子3、绝缘子、绝缘子4、应答元件、应答元件二 转录水平的调控1、启动子启动子(promotor)位于转录起始位点附近，具有相对固定位置，且为转录起始所必需的序列元件。启动子一般模式：启动子一般模式：核心启动子，
5、TATA box上游启动子成分（UPE），CAAT box等TATA框控制转录的精确性，而UPE则控制转录的起始频率，启动子的强度决定于UPE的数目和种类。CorePromotorICorePromotorIIAssemblyofRNApolIII2、增强子增强子(enhancer)位于转录起始位点较远位置上，具有参与、激活和增强转录起始功能的序列元件。增强子元件常常是组织特异性或短暂调节的靶位点。增强子特点：增强子特点：与启动子的相对位置和取向无关，只要存在于同一DNA分子上都能起作用；没有基因专一性，可以在不同的基因组合中表现增强效应；严格的组织特异性和细胞特异性；增强子增强子(enhan
6、cer)3、绝缘绝缘子子(insulator)能阻断激活或失活效应通过的元件，它们有一种或同时有两种主要特征：当绝缘子位于增强子和启动子之间的时候，它能阻断增强子对启动子的激活作用当绝缘子位于活性基因和异染色质之间时，能保护活性基因免受异染色质延伸所带来的失活效应 绝缘子的作用是增强基因调控的准确性4、应答元件应答元件(response element)一组受共同调控的基因，各基因都有一个相同的 序 列 元 件，该 元 件 是 诱 导 型 转 录 因 子（inducible activator）识别靶基因的位点,称为应答元件（response element）。如：热休克应答元件（HSE）、血
7、清应答元件（SRE）、糖皮质激素应答元件（GRE）特点：特点：是启动子的上游元件（如HSE）或增强子（如GRE）都含有短的共有序列，但不一定完全相同转录因子结合区在共有序列的任一侧附近应应答答元元件件动物模型动物模型植物模型植物模型（二）反式作用因子(trans-acting factor)真核细胞内序列特异的真核细胞内序列特异的DNA（8-15bp）结合蛋白）结合蛋白可以使基因开放（正调控）或关闭（负调控）可以使基因开放（正调控）或关闭（负调控）三个功能结构域：三个功能结构域：DNA结合域，转录活性域，结合其它蛋白结构域结合域，转录活性域，结合其它蛋白结构域反反式式作作用用因因子子:指指能能
8、直直接接或或间间接接地地识识别别或或结结合合在在各各顺顺式式作作用用元元件件815bp核核心心序序列列上上，参参与与调调控控靶靶基基因因转转录录效效率率的的一一组组蛋蛋白白质质，也也称称序序列列特特异异性性DNA结结合合蛋蛋白白(sequence specific DNA binding protein，SDBP)，这这是是一一类类细细胞胞核核内内蛋蛋白白质质因因子子。在在结结构构上上含含有有与与DNA结结合合的的结构域。结构域。DNA Structure Major and Minor Grooves反式作用因子根据作用方式分为三类：反式作用因子根据作用方式分为三类：通通用用转转录录因因子子
9、。普普遍遍存存在在的的转转录录因因子子。如如TATA TATA boxbox结结合合因因子子 TFDTFD、GC boxGC box结合因子结合因子SP1 SP1 等。等。组组织织特特异异性性转转录录因因子子。与与基基因因表表达达的的组组织织特特异异性性有有很很大大关系。关系。诱导性反式作用因子。诱导性反式作用因子。活性能被特异的诱导因子所诱导。活性能被特异的诱导因子所诱导。DNA结合域（DNA-binding domain）锌指结构（锌指结构（Zinc finger motif）同源结构域（同源结构域（Homodomain）亮氨酸拉链（亮氨酸拉链（Leucine zipper）螺旋螺旋-环环
10、-螺旋螺旋(Helix-loop-helix structure)螺旋螺旋-转角转角-螺旋螺旋(Helix-turn-helix)1)DNA识别结合域：识别结合域：锌指（锌指（zinc finger）结构）结构 指指含含有有一一段段保保守守氨氨基基酸酸顺顺序序的的蛋蛋白白质质与与该该蛋蛋白白的的辅辅基基锌锌螫螫合合而而形形成成的的环环状状结结构构，分分为为锌锌指指、锌锌扭扭（twisttwist）和和锌锌簇簇（clustercluster）结结构构；也也有有按按照照与与锌锌结结合合的的氨氨基基酸酸残残基基性性质质分分为为Cys2Cys2Cys2Cys2和和Cys2Cys2His2His2指。指
11、。（A）锌指结构示意图锌指结构示意图 （Cys2Cys2His2His2锌指结构）锌指结构）两两个个半半胱胱氨氨酸酸残残基基和和两两个个组组氨氨酸酸残残基基(His)(His)，通通过过与与位位于于中中心心的的锌锌离离子子以以配配位位键键结结合合，形形成成稳稳定定的的指指状状结结构。构。（B）Cys2Cys2 锌指结构示意图锌指结构示意图Zinc Finger Motif同源结构域（同源结构域（homeodomainhomeodomain，HDHD）同源盒基因家族各基因间具有一相同的保守同源盒基因家族各基因间具有一相同的保守序列，称为同源结构域。所含的至少二个序列，称为同源结构域。所含的至少二
12、个螺旋螺旋中形成中形成“转折转折”，第三个，第三个螺旋与螺旋与DNADNA大沟相互作大沟相互作用是同源盒蛋白与用是同源盒蛋白与DNADNA结合的主要力量结合的主要力量 。功能：功能：调节与机体各部分正常发育或正常分化调节与机体各部分正常发育或正常分化的有关基因的表达。的有关基因的表达。同源结构域及其作用同源结构域及其作用碱性亮氨酸拉链（碱性亮氨酸拉链（basic 1eucine zipperbasic 1eucine zipper，bLZbLZ）有些肽链有些肽链C C末端有一段末端有一段3030个氨基酸序列以个氨基酸序列以-螺螺旋构型出现的结构单元，每间隔旋构型出现的结构单元，每间隔6 6个氨
13、基酸出现一个氨基酸出现一个亮氨酸残基，能形成两性个亮氨酸残基，能形成两性-螺旋。两个具有这螺旋。两个具有这种结构的因子接触后可借助侧链疏水性交错对插，种结构的因子接触后可借助侧链疏水性交错对插，形成稳定卷曲螺旋结构的二聚体。形成稳定卷曲螺旋结构的二聚体。功能：功能：可使碱性区与可使碱性区与DNADNA的亲和力明显增加的亲和力明显增加。Leucine Zipper螺旋螺旋-环环-螺旋螺旋（helix-loop-helixhelix-loop-helix，HLHHLH）结构）结构:含含两两个个双双性性-螺螺旋旋，每每3 34 4个个氨氨基基酸酸含含一一个个疏疏水水性性残残基基，中中间间为为非非螺螺
14、旋旋环环区区，内内含含一一个个或或多多个个能能阻断螺旋的氨基酸残基。阻断螺旋的氨基酸残基。helix-loop-helixHelix-turn-helix(Helix-turn-helix(螺旋螺旋-转角转角-螺旋螺旋)结构结构 为第一个被确立的为第一个被确立的DNA-结合结构，是最常见结合结构，是最常见DNA结合域之一，常结合结合域之一，常结合CAAT盒，属常见的转录盒，属常见的转录调控蛋白因子。调控蛋白因子。Helix-turn-helix 2)2)转录活化结构域转录活化结构域（transcriptional activation domaintranscriptional activat
15、ion domain）反反式式作作用用因因子子并并非非都都需需要要其其直直接接与与DNADNA结结合合，转转录录活活化化域域是是反反式式作作用用因因子子必必须须具具备备的的结结构构基基础础。转转录录活活化化域域通通常常是是依依赖赖于于DNADNA结结合合结结构构域域以以外外的的3030100100个个氨氨基基酸酸残残基基。转转录录因因子子通通常常具具有有一一个个以以上上的转录活化区。的转录活化区。转录活化结构域模型有以下几种：转录活化结构域模型有以下几种：酸性酸性-螺旋（螺旋（acidic-helix domainacidic-helix domain）含有较含有较多的负电荷。能非特异性地与起
16、始复合物（如多的负电荷。能非特异性地与起始复合物（如TATATATA盒盒结合因子）相互作用发挥转录活化功能。结合因子）相互作用发挥转录活化功能。富含谷氨酰胺的结构域（富含谷氨酰胺的结构域（glutamine-rich domainglutamine-rich domain）最强的转录活化域之一。最强的转录活化域之一。富含脯氨酸结构域（富含脯氨酸结构域（proline-rich domainproline-rich domain）三转录起始的调控反式作用因子的活性调节反式作用因子的活性调节表达式调节表达式调节合成后即有活性，不能积累合成后即有活性，不能积累共价修饰共价修饰磷酸化、去磷酸化，糖基化
17、磷酸化、去磷酸化，糖基化配体结合配体结合激素受体激素受体蛋白质与蛋白质相互作用蛋白质与蛋白质相互作用复合物的解离与形成复合物的解离与形成反式作用因子与顺式元件的结合反式作用因子与顺式元件的结合反式作用因子的作用方式反式作用因子的作用方式成环成环 使相应位点接近而发挥作用扭曲扭曲 改变DNA构型滑动滑动 沿DNA滑动到另一特异序列而发挥作用连锁反应（连锁反应（Oozing）转录因子与DNA结合后促进与另一转录因子的结合反式作用因子的组合式调控作用反式作用因子的组合式调控作用组合式基因调控（conbinatorial gene regulation）几种反式作用因子组合而发挥特定作用真核基因的调控
18、模型真核基因的调控模型:BrittenDavidson模型模型原始模型原始模型改进模型改进模型:多重调节基因多重调节基因改进模型改进模型:多重受体基因多重受体基因四 转录后水平的调控1.加帽和加尾的调控意义加帽和加尾的调控意义5端端加加帽帽:真真核核生生物物转转录录生生成成的的mRNA在在转转录录后后，在在5端端加加上上7甲基鸟苷甲基鸟苷(m7GPPPmNp-)意意义义:能能被被核核糖糖体体小小亚亚基基识识别别，促促使使mRNA和和核核糖糖体体的的结结合合；m7Gppp结结构构能能有有效效地地封封闭闭RNA 5末末端端，以以保保护护mRNA免免疫疫5核核酸酸外外切切酶酶的的降降解解，增增强强m
19、RNA的的稳定。稳定。有助于有助于mRNA越过核膜，进入胞质。越过核膜，进入胞质。3端端加加尾尾:转转录录后后在在mRNA在在3末末端端加加上上50200个腺苷酸，即个腺苷酸，即poly(A)尾（成熟尾（成熟mRNA）。）。意意义义：可可能能有有助助mRNA从从核核到到细细胞胞质质转转运运；避避免免在在细细胞中受到核酶降解，增强胞中受到核酶降解，增强mRNA的稳定性。的稳定性。2.mRNA前体的剪接、选择性剪接对基因表达的前体的剪接、选择性剪接对基因表达的调控作用调控作用（1）mRNA前体的剪接前体的剪接 真核细胞基因表达所转录出的真核细胞基因表达所转录出的mRNA前体在剪接酶作用下，有序前体
20、在剪接酶作用下，有序删除每一个内含子并将外显子拼接起来，形成成熟的删除每一个内含子并将外显子拼接起来，形成成熟的mRNA，这一，这一过程即为剪接。过程即为剪接。生物体内内含子的主要类型：GU-AG、AU-AC、类内含子、类内含子5种种snRNA(，U1、U2、U4、U5、U6)+100多种蛋多种蛋白白GU-AG、AU-AC类内含子的剪接类内含子的剪接剪接体剪接体(spliceosome)I、II类内含子的自我剪接类内含子的自我剪接 高高等等真真核核细细胞胞中中,某某个个内内含含子子5的的供供点点在在特特定定条条件件下下可可与与另另一一个个内内含含子子3受受点点进进行行剪剪接接，同同时时删删除除
21、这这两两个个内内含含子子及及其其中中间间的的全全部部外外显显子子或或内内含含子子，即即一一个个外外显显子子或或内内含含子子是是否否出出现现在在成成熟熟的的mRNA中中是可以选择的，这种剪接方式称为选择性剪接。是可以选择的，这种剪接方式称为选择性剪接。（2 2）mRNAmRNA的选择性剪接的选择性剪接Exon，Intron是否出现在成熟是否出现在成熟mRNA是可以选择。是可以选择。意意义义：在在高高等等生生物物细细胞胞的的高高度度异异质质性性中中起起重重要要作作用用。由由于于剪剪接接的的多多样样化化，一一个个基基因因在在转转录录后后通通过过mRNA前前体体的的剪剪接接加加工工而而产产生生两两个或
22、更多的蛋白质。个或更多的蛋白质。.RNA的编辑的编辑 RNARNA编编辑辑（editingediting）:是是指指转转录录后后的的RNARNA在在编编码码区区发发生生碱碱基基的的突突变变、加加入或丢失等现象。入或丢失等现象。五 翻译水平的调控mRNA运输控制运输控制mRNA稳定性调节稳定性调节mRNA结结构构调调控控翻译起始的调控翻译起始的调控 翻译过程和翻译后水平的调控主要表现在翻译的起始、延长、蛋白质的加工修饰及定位等方面。.mRNA运输控制运输控制运输控制（运输控制（transportcontrol）是对）是对转录本从细胞核运送到细胞质中的数量转录本从细胞核运送到细胞质中的数量进行调节
23、。进行调节。合成的合成的RNA大约有大约有1/2能被运出核进能被运出核进入细胞质，入细胞质，50左右的在核内降解，左右的在核内降解，还有一些留在核。还有一些留在核。.mRNA稳定性调节稳定性调节原核生物原核生物mRNA的半衰期很短，平均大约的半衰期很短，平均大约3min。高等真核生物迅速生长的细胞中高等真核生物迅速生长的细胞中mRNA的半衰期平均的半衰期平均3h。在高度分化的终端细胞中许多在高度分化的终端细胞中许多mRNA极其稳定，有的寿命长达数天。极其稳定，有的寿命长达数天。.mRNA结构的影响结构的影响3.1mRNA5前导序列对翻译水平的影响前导序列对翻译水平的影响l5m7G帽帽结结构构是
24、是否否存存在在和和是是否否易易于于接接近近eIF-4F的的程程度度对对翻翻译译效效率率有有着着明显的影响。明显的影响。l起始密码子起始密码子AUG的位置和其侧翼的序列对翻译的效率也有影响。的位置和其侧翼的序列对翻译的效率也有影响。l5端端非非翻翻译译区区的的长长度度也也会会影影响响到到翻翻译译的的效效率率和和起起始始的的精精确确性性，当当此此区区长度在长度在1780Nt之间时，体外翻译效率与其长度变成正比。之间时，体外翻译效率与其长度变成正比。l在在5UTR中中存存在在碱碱基基配配对对区区时时，可可以以形形成成发发夹夹式式或或茎茎环环二二级级结结构构，这这类结构会阻止核糖体类结构会阻止核糖体4
25、0S亚基的迁移，对翻译起始有抑制作用。亚基的迁移，对翻译起始有抑制作用。3.2mRNA3端的结构对翻译速率和端的结构对翻译速率和mRNA寿命的影响寿命的影响lmRNA3端端的的poly(A)不不仅仅和和mRNA穿穿越越核核膜膜的的能能力力有有关关，而而且且影影响响到到mRNA的稳定性和翻译效率。的稳定性和翻译效率。lpoly(A)越长越长mRNA作为模板的使用的半衰期越长。作为模板的使用的半衰期越长。lPoly(A)对翻译的促进作用是需要对翻译的促进作用是需要PABP（poly(A)结合蛋白）的存在。结合蛋白）的存在。阻遏蛋白的调控作用（核糖体蛋白）阻遏蛋白的调控作用（核糖体蛋白）翻译起始因子的功能调控翻译起始因子的功能调控AUG对翻译的调控对翻译的调控mRNA5非编码区长度对翻译的影响非编码区长度对翻译的影响翻译其始的调控翻译其始的调控进入核糖体位点：IRES 反式作用因子：ITAFs六 翻译后水平的调控新生肽链的水解新生肽链的水解肽链中氨基酸残基的修饰肽链中氨基酸残基的修饰通过信号肽分拣、运输、定位通过信号肽分拣、运输、定位