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1、173 毕业实习大纲 一、毕业实习目的及要求（一）毕业实习目的 毕业专题实践是学生大学的最后学习阶段，在这一阶段，学生在导师的指导下，综合运用所学基础与专业理论知识进行科学研究，培养创新意识、团结协作精神和严谨的科学作风，提高解决实际问题的能力。因此，毕业专题实践是理论与实践相结合，教学与科研生产相结合的过程，是对学生进行综合素质教育的重要途径，是实现本科学生培养目标的重要阶段。通过毕业专题实践，培养生物技术专业学生理论联系实际，综合运用数学、计算机、生物医学学科知识进行创新实践的能力；发现、分析和解决生物医院领域未解决难题的能力；获取、分析和利用网络公共信息的能力；基本的科学研究思维和方法、
2、严谨的科学作风；撰写科学论文的基本思路和技能；沟通、协调和组织工作能力；职业道德、职业能力和团结协作精神；创新意识和创新能力；研究性学习的能力。（二）毕业实习要求 第九至十学期安排毕业实习及毕业设计 36 周，其中第九学期 22 周，第十学期 14 周。要求毕业生经过一年的科研训练，毕业前独立完成学士论文，内容具有创新性及实用性，并且能够通过科研诚信论文查重系统检测。毕业实习经历导师双向选择，每名学生确定一名固定指导教师，完成论文开题、中期考核、论文盲审、论文查重并通过毕业答辩。二、毕业实习内容 生物技术专业（生物医学软件工程方向）旨在于培养具有扎实计算机软件设计功底的生物医药科学研究领域人才
3、，要求培养的学生掌握生物信息学研究领域软件、具备开发相关软件的能力。（一）生物医学软件开发部分 1.介绍几款分子生物学软件 掌握内容：学会JAVA、Perl、R等软件开发语言，能够熟练的运用算法设计，语言编程，完成生物医学软件开发。了解内容：几个常见的生物信息学软件的介绍，软件的算法及设计思想。2.简单生物学数据处理 掌握内容：利用生物医学软件编程语言进行文件读写，简单生物学数据的下载，利用文件读写实现生物学数据的简单处理。了解内容：文件读写的异常问题，数据的生物学意义。3.复杂生物学数据处理 掌握内容：对象集合（List，Set，Map），不同对象集合的特点，复杂生物学数据的下载，利用对象集
4、合处理复杂生物学数据。了解内容：生物学意义以及数据的标准化，对象集合的异常问题处理。4.生物学软件开发 掌握内容：生物学软件的设计思想，软件分析、设计及编码。了解内容：软件的测试与部署。（二）生物信息学专业知识部分 1.DNA、RNA和蛋白质序列信息资源 掌握内容：通过国际互联网获取DNA、RNA和蛋白质序列信息的方法和技巧，三大核酸 174 （GenBank、EMBL、DDBJ）数据库和蛋白质（SWISS-PROT）数据库的登陆网址和数据库内容。了解内容：核酸、蛋白质数据库发展历史；生物信息学数据库发展趋势及其对生物医学的影响。2.双序列比对 掌握内容：核酸或蛋白质序列比对所用到的几种典型的
5、替换记分矩阵的原理和意义。常用数据库搜索工具的原理和使用方法，如何定量的描述序列的相似性。了解内容：序列同源与序列相似、垂直同源和水平同源的区别。常用数据库搜索工具的参数的意义。3.多序列比对 掌握内容：几类不同的多序列比对方法，学生应掌握不同方法的特点与适用条件，参数的设定及其意义，学生应理解使用不同的参数进行比对可对结果产生显著的影响，并理解这种影响是怎么产生的。了解内容：学会使用几个重要的多序列比对与基因组数据相结合的网站，即Ensembl基因组浏览器（Ensembl Genome Browser）和UCSC基因组浏览器（UCSC Genome Browser），这些网站所包含的大量基因
6、组比对和基因组注释信息是非常重要的生物信息学资源。4.序列特征分析 掌握内容：原核生物基因和真核生物基因结构特点；蛋白质结构特点；DNA序列特征及其分析方法；蛋白质序列特征及其分析方法，用于DNA序列特征分析和蛋白质序列特征分析的相关软件的使用。了解内容：RNA二级结构的预测方法；有关序列综合分析软件的功能、运行环境、参数设计等。5.分子进化分析 掌握内容：进化基因组，分子进化树定义及特点，分子进化树间距离计算，基于距离的分子进化树构建方法。了解内容：进化科学的历史进程。6.蛋白质和蛋白质组学 掌握内容：结构域、蛋白质家族的概念；蛋白质功能。了解内容：蛋白质组学的基本概念；生物信息的历史和蛋白
7、质组学在其中的位置；蛋白质组学的主要研究方向和领域。7.基因注释与功能分类 掌握内容：基因及其产物的注释体系和注释数据库；基因集功能富集分析方法和常用工具；OntoExpress软件的使用；KEGG数据库使用；AmiGO数据库，功能富集分析中的常见注意事项和误区。了解内容：基基因及其产物的功能预测方法因组功能注释在功能基因组学中的意义；GO和 KEGG数据库产生与发展历程。8.新一代测序技术和工作流程 掌握内容：生物信息学概念及其主要特征，新一代测序分析原理流程。了解内容：生物信息学的应用及其在复杂疾病研究中的应用；新一代测序数据的预处理，新一代测序仪的基本技术原理。9.DNA和RNA测序的应
8、用 掌握内容：非编码RNA测序及其应用、RNA-seq技术与micro-array技术的比较。了解内容：DNA重测序与个体变异发现、细菌基因组测序与致病性位点发现、宏基因组测序与感染性疾病分析、外显子组测序。10.ChIP-Seq技术及其应用 掌握内容：位置频率矩阵及位置权重矩阵的计算方法及应用。175 了解内容：ChIP-seq技术的实验原理、转录因子结合位点的预测及分析方法。11.新一代测序在表观遗传研究中的技术及应用掌握内容：DNA甲基化的定量计算及分析方法。了解内容：MeDIP-seq、MethyCap、RRBS、Infinium甲基化检测技术的特点及应用。12.复杂疾病系统生物学 掌
9、握内容：复杂疾病的概念；复杂疾病的特点；精准医学；常用疾病基因数据库OMIM、DO等；复杂疾病系统生物学的理解。了解内容：孟德尔疾病的概念及特点；基因的致病机理；。13.ncRNA与靶基因 掌握内容：ncRNA的定义和特点；miRNA及其特点和作用机制；lncRNA及其特点和作用机制；miRNA的靶基因预测算法和原理；miRNA的靶基因预测算法和原理；高通量实验检测miRNA的靶基因；高通量实验检测lncRNA的靶基因。了解内容：miRNA和靶基因数据库；lncRNA和靶基因数据库；miRNA调控生物学网络；lncRNA调控生物学网络。14.ncRNA与复杂疾病 掌握内容：miRNA和lncR
10、NA表达的高通量检测及计算分析；识别疾病相关的新的或已知的 miRNA和lncRNA；miRNA和lncRNA致病机制和功能的预测；致癌ncRNA和抑癌ncRNA的识别。了解内容：miRNA和lncRNA表达检测流程的差异；预测新的lncRNA和miRNA的步骤；常用的 疾病相关miRNA和lncRNA数据库。（三）课题标书设计与科研论文写作部分 1.科研课题的选择 掌握内容：选择科研课题的原则、科研课题的来源、科研课题选题的程序、科研课题选题的技巧、科研假说的建立、研究方案的确立、课题可行性分析、课题题目的优化等。了解内容：科研课题的基本概念、科研课题过程中常见问题、科学文献的选择性阅读。2
11、.科研设计 掌握内容：科研设计的原则、科研设计的基本步骤、科研设计的内容和要求、科研设计三要素、科研设计方案的基本内容、科研设计的重要性、科研设计的专业设计和统计学设计、课题可行性分析、课题题目的优化等。了解内容：科研设计的基本概念、科研设计过程中常见问题、科学文献与科研设计。3.基金标书的撰写 掌握内容：科研基金申请前的准备、科研基金申请书的写作思路、申请的必要考虑、立题依据和动态、研究目标、研究内容、拟解决的关键问题、研究方案、可行性分析、项目特色和创新之处、预期研究结果、年度研究计划、研究基础与工作条件等的规范写法。了解内容：了解基金的标书指南的重要性、基金标书的规范格式、递交基金标书的流程等。三、毕业实习时间安排 毕业实习共36周，其中第九学期22周，第十学期14周。