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1、 生物芯片原理生物芯片原理 principle of biochip 医学院病毒所医学院病毒所本章提纲本章提纲l生物芯片简介生物芯片简介l生物芯片的分类生物芯片的分类l基因芯片基本原理、流程与应用基因芯片基本原理、流程与应用l蛋白质芯片及应用蛋白质芯片及应用第一节第一节 生物芯片简介生物芯片简介 一、一、什么是生物芯片什么是生物芯片 生生物物芯芯片片主主要要指指通通过过平平面面微微细细加加工工技技术术，在在固固体体芯芯片片等等载载体体上上的的微微型型生生物物化化学学分分析析系系统统，以以实实现现对对细细胞胞、蛋蛋白白质质、核核酸酸以以及及其其他他生生物物组组分分的的准准确确、快快速速、大大信信
2、息息量的检测量的检测芯片上每平方厘米可密集排列成千上万个芯片上每平方厘米可密集排列成千上万个生物分子，能快速准确地检测细胞、蛋白生物分子，能快速准确地检测细胞、蛋白质、质、DNA及其他生物组分，并获取样品及其他生物组分，并获取样品中的有关信息，其效率是传统检测方法的中的有关信息，其效率是传统检测方法的成百上千倍。成百上千倍。生物芯片分析过程生物芯片分析过程试样处理试样处理点阵固定点阵固定反应或杂交芯片制作标记洗涤检测扫描检测扫描光刻合成微量点样喷墨纯化、标记光化学检测电化学检测计算处理 基因芯片的基因芯片的最大优点在于其高通量最大优点在于其高通量。传统方。传统方法检测众多基因要经历多次实验而且
3、自动化法检测众多基因要经历多次实验而且自动化程度低，因而每次实验之间是存在系统误差程度低，因而每次实验之间是存在系统误差的。基因芯片可以克服这个缺点，的。基因芯片可以克服这个缺点，众多基因众多基因的探针的标记、杂交等过程是在一次实验过的探针的标记、杂交等过程是在一次实验过程中完成的，程中完成的，而且自动化程度高，数据客观而且自动化程度高，数据客观可靠可靠l1996年美国年美国Affymetrix公司成功地制作出世界公司成功地制作出世界上首批用于药物筛选和实验室试验用的生物芯上首批用于药物筛选和实验室试验用的生物芯片，并制作出相应的芯片系统。此外，美国的片，并制作出相应的芯片系统。此外，美国的H
4、yseq公司、公司、Aurora公司、公司、Nanogen公司、公司、Incyte公司等也在积极开展公司等也在积极开展DNA芯片研究工作。芯片研究工作。近二年，摩托罗拉、惠普、近二年，摩托罗拉、惠普、IBM等跨国公司也等跨国公司也相继投以巨资加入生物芯片的研究开发。相继投以巨资加入生物芯片的研究开发。l我国是从一九九七年开始对生物芯片研究。我国是从一九九七年开始对生物芯片研究。l中国医药生物技术协会生物芯片分会中国医药生物技术协会生物芯片分会2006年在年在北京成立。北京成立。l中国在北京、上海、陕西、天津、南京建立了中国在北京、上海、陕西、天津、南京建立了五大生物芯片研发和产业化基地五大生物
5、芯片研发和产业化基地。l我国生物芯片产业尚未形成统一的技术标准，我国生物芯片产业尚未形成统一的技术标准，不规范。在产品认证认可方面也存在与国际不规范。在产品认证认可方面也存在与国际惯例不接轨的情况。惯例不接轨的情况。l生物芯片技术是生物芯片技术是20世纪世纪90年代以来，影响年代以来，影响最为深远的重大科技进展。它是继大规模最为深远的重大科技进展。它是继大规模集成电路之后的又一次具有深远意义的科集成电路之后的又一次具有深远意义的科学技术革命。学技术革命。l该技术被评为该技术被评为1998年度世界十大科技进展年度世界十大科技进展之一。之一。发展趋势发展趋势 缩微芯片实验室缩微芯片实验室 生物芯片
6、研究领域的生物芯片研究领域的一个热点，它是将传统的生物化学样品一个热点，它是将传统的生物化学样品制备、生化反应、检测三个步骤集于一制备、生化反应、检测三个步骤集于一体，缩小构成芯片上的实验室系统体，缩小构成芯片上的实验室系统第二节第二节 生物芯片的分类生物芯片的分类一般分类 信息生物芯片和功能生物芯片信息生物芯片和功能生物芯片第三节基因芯片的基本原理与流程第三节基因芯片的基本原理与流程 基基因因芯芯片片技技术术是是指指通通过过微微阵阵列列(Microarray)(Microarray)技技术术将将高高密密度度DNADNA片片段段阵阵列列通通过过高高速速机机器器人人或或原原位位合合成成方方式式以
7、以一一定定的的顺顺序序或或排排列列方方式式使使其其附附着着在在如如玻玻璃璃片片等等固固相相表表面面，以以荧荧光光标标记记的的DNADNA探探针针，借借助助碱碱基基互互补补杂杂交交原原理理，进进行行大大量量的的基基因因表表达达及及检检测测等等研研究的技术。究的技术。基因芯片发展历史基因芯片发展历史Southern and Northern Southern and Northern BlotBlotDot Dot BlotBlotMacroarrayMacroarrayMacroarrayMacroarrayRNADNA1DNA2ProbeSouthernhybridizationNorther
8、nhybridizationHybridization of Nucleic AcidsAmino acid sequenceGLY-ASP-GLU-SER-SER-VAL-LEU-GGG-GAC-GAG-TCC-TCC-GTT-CTC-Nucleic acid sequenceSynthesizingoligonucleotidePROBE GGGGACGAGTCCTCCGTTCTThe nucleic acid sequence isDeduced from amino acid sequenceChemical synthesisPreparation of Traditional Nu
9、cleic Acid Probe基因芯片分类基因芯片分类l按芯片制备方法分类按芯片制备方法分类 原位合成芯片（原位合成芯片（synthetic genechip）DNA微阵列芯片（微阵列芯片（DNA microarray）l按探针分类按探针分类 寡核苷酸阵列寡核苷酸阵列 DNA阵列阵列 基因芯片基因芯片 cDNA芯片芯片 RNA芯片芯片Types of DNA Chips生物芯片的原理l生物芯片利用空间位置固定事先已知的核酸、生物芯片利用空间位置固定事先已知的核酸、蛋白质、脂质和碳水化合物分子蛋白质、脂质和碳水化合物分子l芯片技术对固定相分子的要求较高，要求生物芯片技术对固定相分子的要求较高，
10、要求生物分子固定在芯片基质上之后仍要保持生物活性分子固定在芯片基质上之后仍要保持生物活性的稳定。的稳定。l在分子杂交反应和洗片等处理过程中能稳定结在分子杂交反应和洗片等处理过程中能稳定结合所亲和的分子，防止其在杂交洗涤过程中被合所亲和的分子，防止其在杂交洗涤过程中被冲洗掉，保证检测信息的准确可靠。冲洗掉，保证检测信息的准确可靠。l制作芯片片基的材料首先必须有很好的制作芯片片基的材料首先必须有很好的光学性质，光学性质，能能利用光进行透射和反射的检测利用光进行透射和反射的检测l芯片表面具有可以进行化学反应的芯片表面具有可以进行化学反应的活性基团，活性基团，方便生方便生物分子的偶联而固定物分子的偶联
11、而固定l芯片表面的活性化学基团有足够的芯片表面的活性化学基团有足够的吸附能力，吸附能力，要能结要能结合最佳容量的生物分子合最佳容量的生物分子l芯片要有很好的稳定性，具有一定的抗压能力，并且芯片要有很好的稳定性，具有一定的抗压能力，并且在生物分子杂交反应过程中要处于在生物分子杂交反应过程中要处于惰性状态，惰性状态，不会发不会发生其他化学反应或其他物质吸附生其他化学反应或其他物质吸附l生物芯片要有很好的生物芯片要有很好的兼容性，兼容性，可以广泛应用于生物学可以广泛应用于生物学检测和研究检测和研究芯片片基生物分子与芯片的结合l生物芯片表面的活性基团形成生物芯片表面的活性基团形成特异亲和生物特异亲和生
12、物分子的位点，分子的位点，用来吸附和固定生物活性分子，用来吸附和固定生物活性分子，例如多肽、核酸、酶、抗体或抗原等例如多肽、核酸、酶、抗体或抗原等l根据芯片基片表面的活性基团的类型，芯片根据芯片基片表面的活性基团的类型，芯片可以分为可以分为氨基片、醛基片、环氧乙基片和氨基片、醛基片、环氧乙基片和N一羟基琥珀酰亚胺酯片一羟基琥珀酰亚胺酯片l根据不同的需要来选用芯片，如对大分子根据不同的需要来选用芯片，如对大分子DNA的吸附要用氨基片，对寡聚核苷梭或小的吸附要用氨基片，对寡聚核苷梭或小片段片段DNA要用醛基片要用醛基片a.氨基片氨基片 表面为氨基，直接与核酸分子的磷酸基团靠表面为氨基，直接与核酸分
13、子的磷酸基团靠电荷作用相结合电荷作用相结合b.醛基片醛基片 表面的醛基直接与生物分子的氨基共价结合表面的醛基直接与生物分子的氨基共价结合c.环氧已基片环氧已基片 表面的环氧已基直接与生物分子的表面的环氧已基直接与生物分子的氨基共价结合；氨基共价结合；d.N-羟基琥珀酰亚胺酯片羟基琥珀酰亚胺酯片 表面的表面的N-羟基琥珀酰亚羟基琥珀酰亚胺酯基直接与生物分子的氨基共价结合。胺酯基直接与生物分子的氨基共价结合。DNA Chip TechnologylSolid support.glass,plastic,metal,silicon.lMiniaturized array of DNA(genetic
14、 material)lWork on the biochemical principle of DNA/DNA hybridizationlHybridized probes(DNA molecules)are fluorescently labeledComparison of DNA Chip Technologies Sensitivity of DNA chip assaysSensitivity of DNA chip assaysn nProbe and target DNA/RNA ComplexityProbe and target DNA/RNA Complexityn nC
15、hip surface(autofluorescence and non-spec.bkg)Chip surface(autofluorescence and non-spec.bkg)n nAttachment chemistry/methodology(hyb.efficiency&Attachment chemistry/methodology(hyb.efficiency&crosshyb.)crosshyb.)n nHybridization efficiency(lots of factors)Hybridization efficiency(lots of factors)n n
16、Detection technology(signal type,efficiency,noise)Detection technology(signal type,efficiency,noise)Oligo-Chip Oligo-Chip cDNA-Chip cDNA-Chip Genomic Chip Genomic Chip 8 n or 20 n 8 n or 20 n 50,000 n 50,000 nsequencingsequencingexpressionexpressionexpressioexpression ngenomic analysisgenomic analys
17、is基因芯片的原理基因芯片的原理 依据双螺旋原理，核酸分子杂交依据双螺旋原理，核酸分子杂交技术，在靶标样品与探针之间进行选技术，在靶标样品与探针之间进行选择性反应，将反应一方，探针固定在择性反应，将反应一方，探针固定在芯片上，另一方，荧光标记制备好的芯片上，另一方，荧光标记制备好的cDNA，分别标记绿色的，分别标记绿色的Cy3和红色的和红色的Cy5通过流路或加至芯片上。通过流路或加至芯片上。基基 因因 芯芯 片片 流流 程程样品制备样品制备芯片制备芯片制备杂交杂交杂交信号检测杂交信号检测数据分析数据分析Each spot contains known DNAComplementary DNA
18、hybridizeSignal appearsBiochip Based on Hybridization实验流程影响杂交反应的因素影响杂交反应的因素 1 探针浓度探针浓度 其浓度差异对信号有影响，浓度高信其浓度差异对信号有影响，浓度高信号强。号强。2 阳离子阳离子 阳离子存在可提高异源杂交双链的生成阳离子存在可提高异源杂交双链的生成速度。速度。3 温度温度 ONA2542 C，cDNA 5570 C 4 序列组成序列组成 芯片上一次产生上万个异源杂交反应，芯片上一次产生上万个异源杂交反应，应选择最协调条件。应选择最协调条件。5 高灵敏度监测系统，阅读仪。高灵敏度监测系统，阅读仪。基因芯片检测
19、原理 荧光扫描成像用激光激发芯片上的样品发射荧光扫描成像用激光激发芯片上的样品发射荧光，严格配对的杂交分子，其热力学稳定性荧光，严格配对的杂交分子，其热力学稳定性较高，荧光强；而不完全杂交的分子热力学稳较高，荧光强；而不完全杂交的分子热力学稳定性低，荧光信号弱；不杂交的无荧光。不同定性低，荧光信号弱；不杂交的无荧光。不同位点的信号被扫描后由计算机软件处理，并对位点的信号被扫描后由计算机软件处理，并对每个点的荧光强度数字化后进行分析。每个点的荧光强度数字化后进行分析。基因芯片数据分析 图像分析，图像分析，Ratio值分析，基因聚类分析值分析，基因聚类分析 图像分析图像分析 激光扫描仪得到的扫描图
20、像文件通过划激光扫描仪得到的扫描图像文件通过划格，确定杂交斑点的位置，然后经过过滤背景噪音，格，确定杂交斑点的位置，然后经过过滤背景噪音，提取得到荧光信号强度值，最后以数据列表的形式提取得到荧光信号强度值，最后以数据列表的形式输出。这一系列的工作都是依靠软件来完成，如输出。这一系列的工作都是依靠软件来完成，如Biodiscovery，Imagene 7.0分析软件。分析软件。Ratio值分析值分析 在常用的双色荧光芯片系统下，各杂交斑点的在常用的双色荧光芯片系统下，各杂交斑点的两色荧光两色荧光cy3cy5的比值又称的比值又称R/G值。一般认为值。一般认为RG值在值在0.52.0范围内的基因不存
21、在显著表达差范围内的基因不存在显著表达差异，该范围之外则认为基因的表达出现显著改变。异，该范围之外则认为基因的表达出现显著改变。由于实验条件的不同，该域值范围会根据置信区由于实验条件的不同，该域值范围会根据置信区间进行调整。处理后得到的信息可以根据需要以各间进行调整。处理后得到的信息可以根据需要以各种形式输出，如柱形图、饼形图、点图、原始匡像种形式输出，如柱形图、饼形图、点图、原始匡像拼图等。将每个信号斑点的所有相关信息如位标、拼图等。将每个信号斑点的所有相关信息如位标、基因名称、克隆号、基因名称、克隆号、PCR结果、信号强度、结果、信号强度、Ratio值等自动关联并根据需要筛选数据。值等自动
22、关联并根据需要筛选数据。聚类分析聚类分析 clustering analysis 从生物芯片的图像分析中可得到大量的数据，从生物芯片的图像分析中可得到大量的数据，要从中提取所需要的信息就必须对这些数据的统计要从中提取所需要的信息就必须对这些数据的统计分析。通过建立各种数学模型，分析芯片图像数据分析。通过建立各种数学模型，分析芯片图像数据的生物学意义。的生物学意义。聚类分析是利用大量相关数据对事物进行分类聚类分析是利用大量相关数据对事物进行分类处理，其方法为直接比较样本中各种特征数据，将处理，其方法为直接比较样本中各种特征数据，将特征相近的归为一类，差别较大的归为不同的类。特征相近的归为一类，差
23、别较大的归为不同的类。四四 生物芯片的制作生物芯片的制作基本方法基本方法 点样法和原位合成法点样法和原位合成法 原位合成法原位合成法 原位光刻合成原位光刻合成 压电打印法压电打印法 点样法点样法 这一方法相对技术要求不高，是最这一方法相对技术要求不高，是最常用的方法。点样法是将预先合成好的探针、常用的方法。点样法是将预先合成好的探针、PCR产物、蛋白或多肽、抗原或抗体等经产物、蛋白或多肽、抗原或抗体等经纯化、定量分析后，通过由阵列复制器或阵纯化、定量分析后，通过由阵列复制器或阵列点样机准确、快速地将不同探针样品定量列点样机准确、快速地将不同探针样品定量点样于带正电荷的尼龙膜或玻片等相应位置点样
24、于带正电荷的尼龙膜或玻片等相应位置上，再进行固定处理，如紫外线交联固定。上，再进行固定处理，如紫外线交联固定。点样的方式分接触式点样与非接触式点点样的方式分接触式点样与非接触式点样两种。接触式点样是点样针直接与固相支样两种。接触式点样是点样针直接与固相支持物表面接触，将生物分子样品留在固相支持物表面接触，将生物分子样品留在固相支持物上。非接触式点样以压电原理将样品通持物上。非接触式点样以压电原理将样品通过毛细管直接喷至固相支持物表面。打印法过毛细管直接喷至固相支持物表面。打印法的优点是探针密度高，通常的优点是探针密度高，通常1平方厘米可打印平方厘米可打印2 500个探针；缺点是定量准确性及重现
25、性不个探针；缺点是定量准确性及重现性不好，打印针易堵塞且使用寿命有限。好，打印针易堵塞且使用寿命有限。原位合成法 原位合成法原位合成法 该方法技术比较复杂，除了该方法技术比较复杂，除了Affymetrix 等少数实力雄厚的生物芯片公司等少数实力雄厚的生物芯片公司可以用该技术外，其他的公司和实验室都是可以用该技术外，其他的公司和实验室都是采用点样法制作芯片。采用点样法制作芯片。原位合成方法有两种途径，一种是原位光刻原位合成方法有两种途径，一种是原位光刻合成，该技术是由合成，该技术是由Affymerix公司的公司的Fodor实实验室开发。该方法的主要优点是可以用很少验室开发。该方法的主要优点是可以
26、用很少的步骤合成极其大量的多肽或寡聚核苷酸阵的步骤合成极其大量的多肽或寡聚核苷酸阵列。列。另一种原位合成是压电打印法，主要用于合成另一种原位合成是压电打印法，主要用于合成寡聚核苷酸探针，其原理与普通的彩色喷墨打印寡聚核苷酸探针，其原理与普通的彩色喷墨打印机相似，所用技术为常规的固相合成方法。根据机相似，所用技术为常规的固相合成方法。根据芯片上不同位点探针的序列需要将特定的碱基喷芯片上不同位点探针的序列需要将特定的碱基喷印在芯片上特定位置，冲洗、去保护、偶联等与印在芯片上特定位置，冲洗、去保护、偶联等与一般的固相合成技术相同。一般的固相合成技术相同。该技术采用的化学原理与传统的该技术采用的化学原
27、理与传统的DNA固相合成固相合成一致，不需要特殊制备的化学试剂，可以合成出一致，不需要特殊制备的化学试剂，可以合成出长度为长度为4050个碱基的探针。个碱基的探针。一个实例基因芯片筛选宫颈癌相关基因的研究基因芯片筛选宫颈癌相关基因的研究摘要摘要 本研究中采用本研究中采用细胞原癌、抑癌基因分类芯片细胞原癌、抑癌基因分类芯片对原发性宫颈癌标本进行分析，以期探讨宫颈癌对原发性宫颈癌标本进行分析，以期探讨宫颈癌基因组中存在的癌基因表达的变异，基因组中存在的癌基因表达的变异，确定与宫颈确定与宫颈癌相关的候选原癌或抑癌基因，癌相关的候选原癌或抑癌基因，为宫颈癌的诊断为宫颈癌的诊断和治疗提供新的线索和依据。
28、和治疗提供新的线索和依据。实验结果1 组织总组织总RNA制备制备 本实验中共收集到宫颈癌组织0.96g，正常对照宫颈组织0.56g，分别提取总RNA。两种宫颈组织的总RNA提取的质量见表1 表表1 总总RNA提取结果提取结果样品类型样品类型 编号编号 总总RNA量量 OD260 OD280 OD260/OD280 荧光荧光标记标记正常宫颈组织正常宫颈组织 N 706.8g 0.592 0.289 2.059 Cy3 对照组对照组宫颈癌组织宫颈癌组织 C 1200.0g 1.015 0.488 2.114 Cy5 实验组实验组 芯片扫描结果芯片扫描结果 Cy3 Cy5宫颈组织宫颈组织/对照组织双
29、色荧光标记芯片对照组织双色荧光标记芯片扫描叠加图扫描叠加图 图中X轴、Y轴分别以cy3荧光强度值(前景值背景值)和 cy5荧光强度值为坐标，每一个数据点代表芯片上一个基因点的杂交信号；数据点若为红色，则代表Y值与X值的比值在0.5至2.0之间，属非差异表达；数据点若为黄色，则代表Y值与X值的比值在0.5到2.0范围之外，表明所代表的基因存在表达差异。通过对基因芯片结果的分析，发现通过对基因芯片结果的分析，发现BLACP，bladder cancer related protein基因基因即膀胱癌相关蛋白基因即膀胱癌相关蛋白基因的表达下调最为明显，提示的表达下调最为明显，提示BLACP基因与宫颈
30、癌之间存在着基因与宫颈癌之间存在着联系。很可能是一个宫颈癌相关的联系。很可能是一个宫颈癌相关的候选抑癌基因。该基因在包括人在候选抑癌基因。该基因在包括人在内的多种动物中已有发现。尚未发内的多种动物中已有发现。尚未发现与人类其它的基因有任何的同源现与人类其它的基因有任何的同源性。鉴于此，在本实验中性。鉴于此，在本实验中BLACP 基因克隆到真核表达载体上，转染基因克隆到真核表达载体上，转染宫颈癌细胞系宫颈癌细胞系HeLa，发现它的确，发现它的确可可以抑制以抑制HeLa细胞的生长及增殖。细胞的生长及增殖。Genomic chiplScreen specimens to determine gene
31、 copy number changeslEstablish correlations between gene copy number changes and disease biologylDetermine the interaction of multiple genes on the initiation and progression of diseaselAccelerate development of products for genomic disease management to guide therapeutic interventionlCombined with
32、expression chips,gives full understanding of disease process三、芯片技术的应用1 基因表达分析基因表达分析 分析基因表达时空特征分析基因表达时空特征 检测基因差异表达检测基因差异表达 发现新基因发现新基因 大规模测序大规模测序 DNA序列测定序列测定 人类基因组计划人类基因组计划 鉴别和测定人类基因的鉴别和测定人类基因的DNA序列序列,杂交测序杂交测序 sequencing by hybridization,SBH 建立在特定序列的建立在特定序列的DNA与特定长度的寡与特定长度的寡核苷酸集合的杂交的基础之上。未知核苷酸集合的杂交的基础
33、之上。未知DNA序序列可以通过鉴定与靶列可以通过鉴定与靶DNA序列形成完整的双序列形成完整的双链体寡核苷酸的重叠区域来确定；链体寡核苷酸的重叠区域来确定；65536个八个八核苷酸点阵可测定约核苷酸点阵可测定约200个核苷酸的序列；一个核苷酸的序列；一百万个十二核苷酸点阵可测定约百万个十二核苷酸点阵可测定约1000个碱基个碱基对。对。2 基因型、基因突变和多态性分析基因型、基因突变和多态性分析 分析基因组中不同基因与性状或疾病的关系分析基因组中不同基因与性状或疾病的关系 3 疾病的诊断与治疗疾病的诊断与治疗 遗传病相关基因的定位，产前筛查与诊断遗传病相关基因的定位，产前筛查与诊断 肿瘤诊断肿瘤诊
34、断 感染性疾病的诊断感染性疾病的诊断 基因突变检测与遗传病和肿瘤诊断的基因突变检测与遗传病和肿瘤诊断的大量大量 平行测定平行测定4.药物研究中的应用药物研究中的应用 新药开发新药开发 发现药物的新功能发现药物的新功能 调查药物处理细胞后基因的表达情况调查药物处理细胞后基因的表达情况 对药物进行毒性评价对药物进行毒性评价 在基因水平上寻找药物靶标，毒性对在基因水平上寻找药物靶标，毒性对 基因的影响。基因的影响。其它其它病原体的检出病原体的检出肿瘤相关基因表达谱肿瘤相关基因表达谱 位点突变位点突变 耐药基因检测耐药基因检测 疾病的分子分型疾病的分子分型 HLA分型分型l基因芯片的缺点基因芯片的缺点
35、 不能对待检测基因在组织中的精确定位进行判断。另外很多蛋白质功能不是主要依赖是否表达或表达量高低，而是依赖蛋白质磷酸化/去磷酸化等方式。在这种情况下，用核酸类生物芯片就没有什么意义，蛋白类芯片可能会有所作为。l不能盲目崇拜高精尖端的技术和仪器设备。实不能盲目崇拜高精尖端的技术和仪器设备。实事求是，定位明确，按规律办事。事求是，定位明确，按规律办事。生物芯片的未来生物芯片的未来 您只需提供保存完好的组织或细胞标本，公您只需提供保存完好的组织或细胞标本，公司的芯片技术服务人员就可替您完成实验操司的芯片技术服务人员就可替您完成实验操作与数据分析，向您提供由您所选的任何一作与数据分析，向您提供由您所选
36、的任何一个芯片的实验结果，可以为您节省大量的时个芯片的实验结果，可以为您节省大量的时间与精力。间与精力。客户样品客户样品RNA抽提抽提RNA质量检测质量检测cDNA模板制备模板制备实时定量实时定量PCR芯片芯片数据处理数据处理提供实验报告提供实验报告细胞凋亡细胞凋亡PCR芯片芯片细胞周期细胞周期PCR芯片芯片血管生成血管生成PCR芯片芯片肿瘤转移肿瘤转移PCR芯片芯片癌通路发现者癌通路发现者PCR芯片芯片DNA损伤信号通路损伤信号通路PCR芯片芯片氧化应激与抗氧化氧化应激与抗氧化PCR芯片芯片应激和毒性通路发现者应激和毒性通路发现者PCR芯芯片片肿瘤药物耐受和代谢肿瘤药物耐受和代谢PCR芯片芯
37、片细胞因子细胞因子PCR芯片芯片乳腺癌和雌激素受体信号通路乳腺癌和雌激素受体信号通路PCR芯片芯片药物代谢药物代谢PCR芯片芯片内皮细胞生物学功能研究内皮细胞生物学功能研究PCR芯片芯片骨再生骨再生PCR芯片芯片干细胞干细胞PCR芯片芯片动脉粥样硬化动脉粥样硬化PCR芯片芯片糖尿病糖尿病PCR芯片芯片趋化因子与受体趋化因子与受体PCR芯片芯片l生长因子生长因子PCR芯片芯片l炎症细胞因子与受体炎症细胞因子与受体PCR芯片芯片l干扰素及其受体干扰素及其受体PCR芯片芯片lTh1-Th2-Th3PCR芯片芯片lToll样蛋白受体信号转导样蛋白受体信号转导PCR芯片芯片l细胞外基质与粘连分子细胞外基
38、质与粘连分子PCR芯片芯片l神经营养素与受体神经营养素与受体PCR芯片芯片l低氧信号通路低氧信号通路PCR芯片芯片l胰岛素信号通路胰岛素信号通路PCR芯片芯片lJAK/STAT信号通路信号通路PCR芯片芯片lMAPK信号转导通路信号转导通路PCR芯片芯片lNF-kB信号通路信号通路PCR芯片芯片l一氧化氮一氧化氮PCR芯片芯片lNotch信号通路信号通路PCR芯片芯片l信号转导通路发现者信号转导通路发现者PCR芯片芯片lTGFb/BMP信号通路信号通路PCR芯片芯片lTNF配体及受体配体及受体PCR芯片芯片lWnt信号通路信号通路PCR芯片芯片l管家管家PCR芯片芯片第四节第四节 蛋白质芯片及
39、应用蛋白质芯片及应用l蛋白质芯片蛋白质芯片 是指以蛋白质分子作为配基，将是指以蛋白质分子作为配基，将其有序地固定在固相载体的表面形成微阵列，其有序地固定在固相载体的表面形成微阵列，用标记了荧光的蛋白质或其他它分子与之作用，用标记了荧光的蛋白质或其他它分子与之作用，洗去未结合的成分，经荧光扫描等检测方式测洗去未结合的成分，经荧光扫描等检测方式测定芯片上各点的荧光强度，来分析蛋白之间或定芯片上各点的荧光强度，来分析蛋白之间或蛋白与其它分子之间的相互作用关系。蛋白与其它分子之间的相互作用关系。l又称为又称为蛋白质阵列蛋白质阵列或或蛋白质微阵列蛋白质微阵列（protein microarray）l根据
40、其固定生物分子的不同，可以分为根据其固定生物分子的不同，可以分为受体配受体配体检测芯片，抗原芯片，抗体芯片体检测芯片，抗原芯片，抗体芯片l根据芯片载体的不同，分为普通玻璃载玻片，根据芯片载体的不同，分为普通玻璃载玻片，多孔凝胶覆盖芯片和微孔芯片多孔凝胶覆盖芯片和微孔芯片3种主要形式。种主要形式。普遍应用的是玻璃片，另外也可以应用普遍应用的是玻璃片，另外也可以应用PVDF膜，聚丙烯酰氨凝胶，硝化纤维素膜，聚苯膜，聚丙烯酰氨凝胶，硝化纤维素膜，聚苯乙烯微珠，磁性微珠等乙烯微珠，磁性微珠等 蛋白质芯片的分类蛋白质芯片的分类l蛋白质检测芯片蛋白质检测芯片l蛋白质功能芯片蛋白质功能芯片与基因芯片的比较与
41、基因芯片的比较1.蛋白质是基因表达的最终产物蛋白质是基因表达的最终产物,接近生命活接近生命活动的物质层面动的物质层面 2.探针蛋白特异性高、亲和力强探针蛋白特异性高、亲和力强,可简化样品可简化样品前处理，甚至可直接利用生物材料，血样、前处理，甚至可直接利用生物材料，血样、尿样、细胞及组织等进行检测尿样、细胞及组织等进行检测3.适合高通量筛选与靶蛋白作用的化合物适合高通量筛选与靶蛋白作用的化合物4.有助于了解药物或毒物与其效应相关蛋白质有助于了解药物或毒物与其效应相关蛋白质的相互作用的相互作用蛋白质芯片技术的原理 蛋白质芯片技术主要包括四个基本要点蛋白质芯片技术主要包括四个基本要点1.芯片阵列的
42、构建芯片阵列的构建2.样品的制备样品的制备3.芯片生化反应芯片生化反应4.信号检测及分析信号检测及分析提出生物学问题提出生物学问题（实验目的）（实验目的）样品预处理样品预处理（重组蛋白，（重组蛋白，制备一、二级抗体，制备一、二级抗体，荧光标记）荧光标记）生化反应生化反应化学偶合，加底物，化学偶合，加底物，反应温度和时间，反应温度和时间，冲洗条件冲洗条件检测检测（荧光和比色扫描或拍照，（荧光和比色扫描或拍照，参数设置）参数设置）数据分析和建模数据分析和建模 图象量化，标准化图象量化，标准化建立模型）建立模型）1 12 23 34 45 5蛋白质芯片制备蛋白质芯片制备6 6 首先将蛋白按设计的阵列
43、方式点印在介质首先将蛋白按设计的阵列方式点印在介质上，样品蛋白质与芯片反应，然后用经过上，样品蛋白质与芯片反应，然后用经过可以是酶、荧光、同位素、生物素等可以是酶、荧光、同位素、生物素等标记标记的蛋白质与芯片的蛋白质与芯片-蛋白质复合物结合蛋白质复合物结合，通过，通过激光共聚焦显微镜和激光共聚焦显微镜和CCD照相机对标记信照相机对标记信号进行扫描分析号进行扫描分析l蛋白质芯片的核心技术是蛋白芯片的制备和蛋白质芯片的核心技术是蛋白芯片的制备和反应信号的检测分析。因此反应信号的检测分析。因此蛋白质的纯度蛋白质的纯度,蛋白质的固定蛋白质的固定是蛋白质芯片技术的重点和难是蛋白质芯片技术的重点和难点。点
44、。l由于蛋白质分子的活性依赖于不同的折叠方由于蛋白质分子的活性依赖于不同的折叠方式，因此对芯片的表面修饰至关重要，要保式，因此对芯片的表面修饰至关重要，要保证被点在芯片上的蛋白质不失活而又能牢固证被点在芯片上的蛋白质不失活而又能牢固的固定在芯片上。的固定在芯片上。对最普遍应用的玻璃片而言，用于制备蛋对最普遍应用的玻璃片而言，用于制备蛋白质芯片的方法主要有白质芯片的方法主要有戊二醛修饰法、聚戊二醛修饰法、聚赖氨酸修饰法、巯基修饰法和多糖修饰法赖氨酸修饰法、巯基修饰法和多糖修饰法等等面临的问题 成本过高成本过高,需一系列昂贵的尖端仪器，需一系列昂贵的尖端仪器，芯片的标准化问题，提高芯片的特异性、芯
45、片的标准化问题，提高芯片的特异性、简化样品制备和标记操作程序、增加信简化样品制备和标记操作程序、增加信号检测的灵敏度和消除芯片背景对于结号检测的灵敏度和消除芯片背景对于结果分析的影响等果分析的影响等Protein chip的应用的应用lDiagnostic immunoassay simultaneous high-throughput analysis of known auto-antigens.lProtein-Protein Interaction.lDNA-Protein InteractionProtein chip的应用的应用l 微生物感染病原体抗原、抗体的检测微生物感染病原体抗原、抗体的检测l 自身抗体的检测自身抗体的检测l 特定蛋白的检测特定蛋白的检测l HLA HLA分型分型l 过敏原检测过敏原检测l 肿瘤标志的检出肿瘤标志的检出结语结语新技术的启示新技术的启示l“自强自强”语出周易语出周易“天行健、天行健、君子以自强不息君子以自强不息”。l“求是求是”语出汉书语出汉书“修学好修学好古，实事求是古，实事求是”。l“拓新拓新”意为创新，不断进取意为创新，不断进取。Thank you!