外文摘要信息获取(1).ppt

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1、Clin Gastroenterol Hepatol:消化性溃疡出血患:消化性溃疡出血患者停用阿司匹林死亡率增加者停用阿司匹林死亡率增加你选用的工具你选用的工具A 中国生物医学文献服务系统(中国生物医学文献服务系统(SinoMed)B CNKI中国知网中国知网C 百度百度D GoogleE 万方万方F 维普维普外文摘要信息获取外文摘要信息获取(1)南方医科大学医学情报学教研室南方医科大学医学情报学教研室 梁丽明梁丽明E-Mail:E-Mail:vPubMed简介简介vPubMed与与MedlinevPubMed检索检索v检索结果的处理检索结果的处理v个性化服务个性化服务外文摘要信息获取授课内容

2、外文摘要信息获取授课内容 PubMed简介简介v网址:网址:www.pubmed.govv世界最具权威性的医学文献数据库,由世界最具权威性的医学文献数据库,由NLM(美国国立医学图书馆)(美国国立医学图书馆)NCBI(美国国家生物(美国国家生物技术信息中心)技术信息中心)向因特网用户提供向因特网用户提供免费免费文献检文献检索服务索服务(自自1997-6-26起起)v收录收录70余个国家余个国家5400多种生物医学期刊的多种生物医学期刊的题录与文摘,其中收录中文刊题录与文摘,其中收录中文刊100余种,是世余种,是世界上最权威的医学数据库。界上最权威的医学数据库。v现有现有1950年以来的年以来的

3、1900多万篇文献的记录多万篇文献的记录(其中其中MEDLINE记录记录1700多万条多万条)v目前每年增加目前每年增加60余万条文献记录余万条文献记录v记录中记录中90%的文献为英文。的文献为英文。PubMed简介简介PubMedPubMed的外部链接功能的外部链接功能 v提供提供NCBI开发的分子生物学数据库的链接,如开发的分子生物学数据库的链接,如Nucleotide、Protein、Genome、OMIN、Structure、Taxonomy等。等。v提供美国国立医学图书馆多种资源的链接提供美国国立医学图书馆多种资源的链接v提供相关文献(提供相关文献(RELATED ARTICLES)

4、的)的链接链接v提供其它外部资源的链接,如生物医学期刊网提供其它外部资源的链接,如生物医学期刊网站全文链接、站全文链接、NCBI资源。资源。PubMed与与MedlineMEDLINEPubMed合作?合作?竞争?竞争?没关系?没关系?PubMed与与Medlinev历史沿革历史沿革1879年年 印刷版创刊印刷版创刊-Index Medicus(IM)1983年年 Medline光盘数据库出版发行光盘数据库出版发行1997年年 PubMed免费网络版免费网络版John Shaw Billings PubMed文献包括三部分:vMedlineMedline文献 占据绝大部分vOldMedline

5、 OldMedline 1966年以前的Medline文献v非非MedlineMedline文献 Medline收录期刊的非生物医学文献及最新文献。PubMed检索检索v认识认识PubMedPubMed主页主页v基本检索基本检索v高级检索高级检索NLMNational Library of Medicine(美国国立美国国立医学图书医学图书馆)馆)NCBINational Center for Biotechnology Information(美国国家生美国国家生物技术信息物技术信息中心)中心)ENTREZPUBMEDNucleotideStructureGenomePopsetOMIMPr

6、oteinvPubMed生物医学文献vNucleotide核苷酸序列数据库vProtein蛋白质序列数据库vStructure大分子三维蛋白质结构vGenome完整的基因组汇编vPopset以DNA和Pro.分析生物间的进化关系vTaxonomy分类学数据库vOMIM孟德尔人类遗传学数据库vBooks生物医学网络版图书vProbeset基因表达选集v3DDomain特定功能域三维结构Entrez系统包含的数据库基本检索基本检索v检索某主题的文献检索某主题的文献v检索某一作者发表的文献检索某一作者发表的文献v检索发表在某期刊上的文献检索发表在某期刊上的文献基本检索基本检索:检索某主题的文献检索某

7、主题的文献v检索有关肿瘤检索有关肿瘤(cancer)的文献的文献cancer标题标题作者作者出处出处处理状态处理状态 PubMedPubMed数据类型(状态)数据类型(状态)vPubMed除了除了1966年以前的年以前的OldMedline,其余文献按处理过程分,其余文献按处理过程分4种类型(或状态)种类型(或状态)属于Medline收录范围,建立ti、au、ab等基本书目信息。(暂)不属于Medline收录范围,但也建立ti、au、ab等基本书目信息。赋予MeSH、PT等字段并被index。neoplasmsMeSH Terms OR neoplasmsAll Fields OR cance

8、rAll Fieldsv检索有关紫杉醇(检索有关紫杉醇(paclitaxelpaclitaxel)用于)用于癌症(癌症(cancer)cancer)治疗的文献治疗的文献v检索有关紫杉醇(检索有关紫杉醇(paclitaxelpaclitaxel)用于)用于癌症(癌症(cancer)cancer)治疗的文献治疗的文献Paclitaxel AND cancerPubMedPubMed检索式输入规则检索式输入规则v可输入单词、词组或句子进行检索v可用的逻辑运算符:AND、NOT、OR(必须大写)v布尔逻辑运算顺序是从左至右,圆括号优先PubMed检索式输入规则v可使用截词符*,但词组强制、作者检索时无

9、效VaccinaVaccineVaccinesVaccinationvaccinatedVaccin*v 词组强制检索(精确检索)用双引号,例:“cancerstemcell“v词组强制和截词检索时,系统的智能词语匹配功能将不再被执行例如:livercancer*或livercancer将不映射到MeSH词LiverNeoplasmsv注意:所有的双引号、*、()、-等都必须是英文输入状态下(半角)输入。v可在检索词后加字段名,进行限定字段检索。PubMed常用检索字段常用检索字段v篇名字段检索tiv作者字段检索auv机构字段检索adv出处字段检索sov刊名ta缩写全称缩写全称ABAbstra

10、ctLALanguageADAffiliation(机构)MHMeSHTermsAUAuthor(作者)PTPublicationTypeDPPublicationDateSOSourceCPPublicationCountryTAJournalTitle(刊名)TIABTitle/abstractTITitle(篇名)ISISSNTWTextWords常用字段常用字段(检索时大小写都可以检索时大小写都可以)请在请在PubMedPubMed数据库中检索南方医科大学数据库中检索南方医科大学(southern medical university)(southern medical univers

11、ity)发表发表的文献的文献提示答案:提示答案:southern medical universityad请在请在PubMed数据库中检索南方医院数据库中检索南方医院(Nanfang Hospital,nan fang hospital)发表的篇名中含有糖尿病发表的篇名中含有糖尿病(diabetes)的文的文献献v选择正确的检索式:选择正确的检索式:A.Nan fang hospital AND diabetesB.Nan fang hospital AND diabetestiC.Nan fang hospital OR nanfang hospitalad AND diabetestiD.

12、Nan fang hospitalad OR nanfang hospitalad AND diabetestiE.(Nan fang hospitalad OR nanfang hospitalad)AND diabetesti 自由词检索:检索某一作者发表的文献自由词检索:检索某一作者发表的文献Barry J.MarshallJ.Robin Warrenv检索某作者发表的文献:Marshall BJMarshall BJWarren JRWarren JR 输入采用姓前名后,姓全拼,名缩写输入采用姓前名后,姓全拼,名缩写 02年以后实现了作者姓名智能转换,可用年以后实现了作者姓名智能转换,

13、可用全拼姓名检索(仅限于全拼姓名检索(仅限于02年以后的文献)。年以后的文献)。自由词检索:检索某一作者发表的文献自由词检索:检索某一作者发表的文献作者姓名书写格式西方人姓名书写格式:First name、Middle Name、Last name。美国肯尼迪总统名为:John Frank Kenedy,Kenedy为Last name(姓)。Frank为Middle name,比较少看到,多看到 John F.Kenedy,中间名缩写了。如果看到姓名中间有逗号,则逗号前一定是姓。如:Kenedy,John F.自由词检索:检索某一作者发表的文献自由词检索:检索某一作者发表的文献Barry J

14、.MarshallJ.Robin WarrenMarshall BJMarshall BJWarren JRWarren JR 自由词检索:检索某一作者发表的文献自由词检索:检索某一作者发表的文献2、作者姓名书写格式中国人姓名格式:Last name、First name。如:钟世镇,就有如下拼写形式可供检索:Shi-zhen Zhong;Shi zhen ZhongZhong shi-zhen;Zhong,shi zhenZhong,shi-zhen zhong szShizhen Zhong,zhong shizhenzhong s 自由词检索:检索某一作者发表的文献自由词检索:检索某一作

15、者发表的文献v查找查找Paul Nurse发表的文献发表的文献v查找姓氏为查找姓氏为“black”的作者所发表的的文献的作者所发表的的文献Paul Nurse Nurse PBlackau自由词检索:检索发表在某期刊上的文献自由词检索:检索发表在某期刊上的文献期刊检索检索时可输入期刊全名,如:molecular biology of the cell,系统自动转换为”mol biol cell”Journal Name;也可输入期刊标准缩写形式(如:mol biol cell)或期刊的ISSN(国际标准出版物编号,如:1059-1524)。如果期刊名是一个单词或恰好是MeSH词表中的词,如Ge

16、ne Therapy、Science、Cell等,则必须在刊名后加so(出处字段标识符)。我不记得字段我不记得字段我想看看之我想看看之前的操作前的操作有高级检索呢有高级检索呢 高级检索(advanced search)字段选择字段选择检索历史检索历史解决问题解决问题 消化性溃疡出血患者停用低剂量阿司匹林治消化性溃疡出血患者停用低剂量阿司匹林治疗后,死亡和发生急性心血管事件的几率有疗后,死亡和发生急性心血管事件的几率有多大还不清楚。来自瑞典卡罗林斯卡大学附多大还不清楚。来自瑞典卡罗林斯卡大学附属医院胃肠外科属医院胃肠外科MARYAM DEROGAR等等人对此进行了研究。该研究结果发表在人对此进行

17、了研究。该研究结果发表在临临床胃肠病和肝脏病学床胃肠病和肝脏病学(Clin Gastroenterol Hepatol)杂志上。)杂志上。v检索下列各题,记录你的检索操作过程及命中文献数1.我校高天明校长2007年在Journal of neuroscience发表了一篇文献,请找到这篇文献,并记录篇名和在PubMed的被引情况2.烟碱(Nicotine),俗名尼古丁,是烟草的重要成分,对胎儿(embryo,fetus)有一定的影响。请用篇名字段检索烟碱对胎儿影响的文献,并写出最早一篇综述的出处。思考:2007年11月出版的Science杂志发表了我校基础医学院细胞生物教研室留美学者白晓春博士的最新研究论文。请你从PubMed上找到该篇文献。

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