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1、核酸序列分析内容：内容：v1、污染序列的去除、污染序列的去除v2、阅读框架（、阅读框架（Open reading frame,ORF）v3、对分子量、碱基组成、碱基分布、序列转换、对分子量、碱基组成、碱基分布、序列转换v4、酶切位点的识别和分析、酶切位点的识别和分析重点重点 v和PRIMER软件的使用一、污染序列的去除一、污染序列的去除v序列污染：指一个被检索序列（如测序的序列）含有一个外源序列因而无法反映其来源物种的真实遗传信息序列污染的来源v1.载体（vecscreen）v2.接头和PCR引物v3.转座子和插入序列v4.样品纯度不高基因序列基因序列载体序列载体序列引物引物 引物引物如何识别
2、和去除载体序列和判断引物序列等，如何识别和去除载体序列和判断引物序列等，vecscreen如何识别和去除载体序列和判断引物序列等，如何识别和去除载体序列和判断引物序列等，1、通过、通过align比对比对2、通过、通过vecscreen操作操作1、通过、通过align比对可找出扩增比对可找出扩增gfp的引物的引物gfp 720bp 但突变的但突变的gfp 762bpGFP1ATGGTGAGCAAG GGCGAGGAGC TGTTCACCGG GGTGGTGCCCATCCTGGTCG AGCTGGACGG CGACGTAAAC GGCCACAAGT TCAGCGTGTC CGGCGAGGGCGAG
3、GGCGATG CCACCTACGG CAAGCTGACC CTGAAGTTCA TCTGCACCAC CGGCAAGCTGCCCGTGCCCT GGCCCACCCT CGTGACCACC CTGACCTACG GCGTGCAGTG CTTCAGCCGCTACCCCGACC ACATGAAGCA GCACGACTTC TTCAAGTCCG CCATGCCCGA AGGCTACGTCCAGGAGCGCA CCATCTTCTT CAAGGACGAC GGCAACTACA AGACCCGCGC CGAGGTGAAGTTCGAGGGCG ACACCCTGGT GAACCGCATC GAGCTGAAGG
4、 GCATCGACTT CAAGGAGGACGGCAACATCC TGGGGCACAA GCTGGAGTAC AACTACAACA GCCACAACGT CTATATCATGGCCGACAAGC AGAAGAACGG CATCAAGGTG AACTTCAAGA TCCGCCACAA CATCGAGGAC GGCAGCGTGC AGCTCGCCGA CCACTACCAG CAGAACACCC CCATCGGCGA CGGCCCCGTG CTGCTGCCCG ACAACCACTA CCTGAGCACC CAGTCCGCCC TGAGCAAAGA CCCCAACGAG AAGCGCGATC ACAT
5、GGTCCT GCTGGAGTTC GTGACCGCCG CCGGGATCAC TCTCGGCATG GACGAGCTGT ACAAGTAAGFP2TAAA GGG ATCC ATGG TGA GCA AGGG CGATGGTGAGCAAG GGCGAGGAGC TGTTCACCGG GGTGGTGCCCATCCTGGTCG AGCTGGACGG CGACGTAAAC GGCCACAAGT TCAGCGTGTC CGGCGAGGGCGAGGGCGATG CCACCTACGG CAAGCTGACC CTGAAGTTCA TCTGCACCAC CGGCAAGCTG CCCGTGCCCT GGCCC
6、ACCCT CGTGACCACC CTGACCTACG GCGTGCAGTG CTTCAGCCGCTACCCCGACC ACATGAAGCA GCACGACTTC TTCAAGTCCG CCATGCCCGA AGGCTACGTCCAGGAGCGCA CCATCTTCTT CAAGGACGAC GGCAACTACA AGACCCGCGC CGAGGTGAAGTTCGAGGGCG ACACCCTGGT GAACCGCATC GAGCTGAAGG GCATCGACTT CAAGGAGGACGGCAACATCC TGGGGCACAA GCTGGAGTAC AACTACAACA GCCACAACGT C
7、TATATCATGGCCGACAAGC AGAAGAACGG CATCTAAGTG AACTTCAAGA TCCGCCACAA CATCGAGGAC GGCAGCGTGC AGCTCGCCGA CCACTACCAG CAGAACACCC CCATCGGCGA CGGCCCCGTG CTGCTGCCCG ACAACCACTA CCTGAGCACC CAGTCCGCCC TGAGCAAAGA CCCCAACGAG AAGCGCGATC ACATGGTCCT GCTGGAGTTC GTGACCGCCG CCGGGATCAC TCTCGGCATG GACGAGCTGT ACAA CATCTCG GAA
8、TTC TCGCAC2、通过、通过vecscreen操作找出下列序的载体序列操作找出下列序的载体序列vGCTCCACCGCGGTGGCGGCCGCTCTAGAACTAGTGGATCCCCCGGGGAGAGCGAAATGCTTGATGCTTTTTCTAGAGCTGTAGTTTCAGCAGATGCTAGCACTTCTACCGTATCTGATATTGCTGCTCTGAGAGCCTTTGTTGCTAGTGGTAACAGACGTTTGGATGCTGTAAATGCGATCGCAAGCAACGCTAGCTGCATGGTTTCTGATGCTGTAGCTGGAATGATCTGCGAAAACCAAGGTTTAAT
9、CCAAGCTGGTGGTAACTGCTATCCTAACCGTCGTATGGCTGCTTGCTTACGCGATGCAGAAATCGTCTTACGCTATGTAACCTACGCTCTATTAGCTGGTGACGCTTCAGTTCTAGATGATCGTTGCTTAAACGGTTTGAAAGAAACCTACGCTGCTCTAGGCGTACCCACCACCTCTACAGTACGTGCCGTTCAAATCATGAAGGCTCAAGCTGCTGCTCACATTCAAGACACTCCCAGCGAAGCTCGTGCTGGTGCCAAATTGCGTAAGATGGGAACCCCCGTTGTTGAAGATCGTTG
10、CGCTAGCTTAGTTGCTGAAGCTTCTAGCTACTTCGAATCCGCCGTAATCTCCTGCTTTTGAGCTAATTGGATTGGCCACTTTCCAAACTCAACTCACTCCGAGGGGGGGGGCCCCGGTAACCAATTCCGCCCCTATAANTGAGTCGTATTACCCCCCGCTCCNCTGGGCCCGTCTTTTNCBI首页的首页的sequence analysis二、阅读框架（二、阅读框架（Open reading frame,ORF）vORF（从起始密码子到终止密码子）vATG TAA TAG TGA v双链，共有潜在的6个阅读框架v原因：v+，-
11、，链都可以是编码链v三联体密码子v从1开始，从2开始，从3开始，从4开始，相当于从1开始v最长的阅读框架可能是的v通过NCBI的ORFfinder操作vGCTCCACCGCGGTGGCGGCCGCTCTAGAACTAGTGGATCCCCCGGGGAGAGCGAAATGCTTGATGCTTTTTCTAGAGCTGTAGTTTCAGCAGATGCTAGCACTTCTACCGTATCTGATATTGCTGCTCTGAGAGCCTTTGTTGCTAGTGGTAACAGACGTTTGGATGCTGTAAATGCGATCGCAAGCAACGCTAGCTGCATGGTTTCTGATGCTGTAGCTGGAA
12、TGATCTGCGAAAACCAAGGTTTAATCCAAGCTGGTGGTAACTGCTATCCTAACCGTCGTATGGCTGCTTGCTTACGCGATGCAGAAATCGTCTTACGCTATGTAACCTACGCTCTATTAGCTGGTGACGCTTCAGTTCTAGATGATCGTTGCTTAAACGGTTTGAAAGAAACCTACGCTGCTCTAGGCGTACCCACCACCTCTACAGTvATGCGAAATGCGTAAvATG CGA AAT GCG TAA.从1开始读vA TGC GAA ATG CGT AA从2开始读vAT GCG AAA TGC GTA A从3开
13、始读vATG CGA AAT GCG TAA 从4开始读NCBI首页的首页的sequence analysis三、对分子量、碱基组成、碱基分布、序列转换vDNAM软件使用介绍软件使用介绍TAAA GGG ATCC ATGG TGA GCA AGGG CGATGGTGAGCAAG GGCGAGGAGC TGTTCACCGG GGTGGTGCCCATCCTGGTCG AGCTGGACGG CGACGTAAAC GGCCACAAGT TCAGCGTGTC CGGCGAGGGCGAGGGCGATG CCACCTACGG CAAGCTGACC CTGAAGTTCA TCTGCACCAC CGGCAAGC
14、TGCCCGTGCCCT GGCCCACCCT CGTGACCACC CTGACCTACG GCGTGCAGTG CTTCAGCCGCTACCCCGACC ACATGAAGCA GCACGACTTC TTCAAGTCCG CCATGCCCGA AGGCTACGTCCAGGAGCGCA CCATCTTCTT CAAGGACGAC GGCAACTACA AGACCCGCGC CGAGGTGAAGTTCGAGGGCG ACACCCTGGT GAACCGCATC GAGCTGAAGG GCATCGACTT CAAGGAGGACGGCAACATCC TGGGGCACAA GCTGGAGTAC AACTA
15、CAACA GCCACAACGT CTATATCATGGCCGACAAGC AGAAGAACGG CATCTAAGTG AACTTCAAGA TCCGCCACAA CATCGAGGAC GGCAGCGTGC AGCTCGCCGA CCACTACCAG CAGAACACCC CCATCGGCGA CGGCCCCGTG CTGCTGCCCG ACAACCACTA CCTGAGCACC CAGTCCGCCC TGAGCAAAGA CCCCAACGAG AAGCGCGATC ACATGGTCCT GCTGGAGTTC GTGACCGCCG CCGGGATCAC TCTCGGCATG GACGAGCTG
16、T ACAA CATCTCG GAATTC TCGCAC四、酶切位点的识别vPRIMER 5 软件使用介绍v克隆基因时使用双酶切还是单酶切vgggacattcc ctggacctct tattgttggc accaagctta gcacattctt catgagctca gccgatcacc tgaccgacat gatgatgttg agaagcacta gcatccattg gcatggcttg ttccagaatg gctccagctg ggcagacggt ccagttggag tgacacagtg ccccatcacc cctggtaact catttttgta ccagttctct
17、 gtccctgatc aggctggaac cttttggtat cattcccacc attccacaca atattgcgac ggcttgagag gcactttggt ggtttgcgat ccttctgacc catacagcca tttgtatgac ttcgataatg aatcaactgt cattacactc gcggactggt accatacccc cgctccatcc gccggcctcg tccctacagc agacttgtca ttgatcaacg ggaagggtcg ttactctggc ggacctactt cttccctttc gaccatcagc gt
18、tcagcacg gcgtgcgcta ccgcttctgc ttagtctcga tttcttgcga ccccaacttt actttctcca ttgacggaca taacatgacc atcatcaaag tcgatggcat caacattcaa ccaacaactg tggactccat tcagatcttc gctgggcaga gatattcttt cattttgacg gctaatcagc cagttgctaa ctactgggta cgtgcactac ctaatctcgg gacacaaggc ttctccgggg gagtcaactc ggccattctc ggcta
19、ttccg gtgctcctaa ctcggatcct acgacaaatg aaactaccag cgtcattccc atgcttgaaa ccaacctcca cccgttgacg agcccaggcg ctccaggaaa tcgagttgct ggaggtgctg atgtcaatat caacttgaat atcgcgctta acttcacgga atttctattc actgtgaatg gggcgacttt tcaaccacct acagtacccg ttcttctaca gatcctaagt gccgccaaga ccacacagga tttgttgcct aatggaagtg tatataccct tcctcgcaat aaggttgttg aacttttgct gcccggaggc gcggccagaa gtccccatcc cattcattta catggaactg cctttgacgt tgtgcgtagt gcgggaaatt caacttacaa ttatgtaaac cctgtctgtc gggatgtggt tagtatagga ggagccggag