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1、转载 PyMOL 用法（教程二）基础 Pymol 命令这里主要介绍一下Pymol 的一些基本命令操作。就像Linux一样，要想更好的操作Pymol，掌握一些常用的命令是必不可少的。Pymol 是区分大小写的，不过目前为止Pymol 还是只用小写，所以记住，所有的命令都是使用小写字母的。当你开始用Pymol 来完成一个项目时，你也许想会让Pymol自动保存你所有输入过的命令，以方便日后你再次读取并修改。这个可以通过创建一个log 文件来达到，该文件的后缀名应为.pml，记住，Pymol 像 Linux 一样支持 Tab 键命令补全：Pymol>log_open log-file-name.
2、pml 如果你想终止记录，只需要键入：Pymol>log_close 好了，现在载入pdb 文件（继续前用的pdb 文件）：Pymol>load 2vlo.pdb 现在 Pymol 就创建了一个叫2vlo 的对象，你可以在内部GUI窗口里面看见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项名师资料总结-精品资料欢迎下载-名师精心整理-第 1 页，共 17 页 -目的名字（如test）：Pymol>load 2vlo.pdb,test 下面说说如何来操作你新建的对象。首先：Pymol>show representation Pymol>hide representatio
3、n 其中 representation可以为：cartoon,ribbon,dots,spheres,surface和 mesh。使用这 2 个命令可以让Pymol 以不同的方式显示蛋白质结构。例如当我们键入：Pymol>hide lines Pymol>show ribbon 我们将得到如下结果：也许你已经注意到结构中有2 个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol只显示当中的一个分子呢？首先输入如下命令：Pymol>label all,chains 名师资料总结-精品资料欢迎下载-名师精心整理-第 2 页，共 17 页 -这个命令的作用是让Pymol
4、给蛋白质结构中的“链”编号，你会发现，第一个分子由“链”AE 组成，第二个则由FJ 组成。好了，如果我们想把一个蛋白质分子去掉，那么只要把“链”AE 或者 FJ 去掉即可：Pymol>hide ribbon,chain f+g+h+i+j 上面的东东还可以这样完成：Pymol>select test,chain f+g+h+i+j Pymol>hide ribbon,test 上面的第一句命令的作用是选择“链”FJ，并命名为test，然后在第二句命令中隐藏它。这样做的好处是，一旦你选择并命名了某个目标，你可以在后面随时对它进行各种操作。并且你在右边的控制面板里面也可以看到你选
5、定的目标，并可以对其进行操作。比如你可以：Pymol>hide everything,名师资料总结-精品资料欢迎下载-名师精心整理-第 3 页，共 17 页 -test Pymol>show cartoon,test 这样你会得到：说到这里就提到了Pymol 的一个比较重要的东东，就是选择并命名目标，它的基本语法就是：Pymol>select selection-name,selection-expression 其中名字可以由字母A/a Z/z，数字 09已经下划线 _组成，但是要避免使用：!#$%&*()|<>?/如果你要删除你选定的目标或者整个对象，
6、你可以：Pymol>delete selection-name Pymol>delete object-name 下面讲讲如何给对象以及目标改变颜色。预定义的颜色名字可以在外部GUI 窗口的 Settings Colors 中找到：Pymol>color color-name Pymol>color color-name,selection-expression 比如我们可以：名师资料总结-精品资料欢迎下载-名师精心整理-第 4 页，共 17 页 -Pymol>color red,ss h Pymol>color yellow,ss s Pymol>c
7、olor green,ss l+其中“ss”代表secondary structure，“h”代表Helix，“s”代表Beta sheet，l+代表 Loop 和所以其他结构。这 3 句的作用分别是把所有的Helix 变成红色；把所有的Beta sheet 变成黄色；把所有的 Loop 以及其他部分变成绿色，于是我们得到：Pymol 可以同时打开多个pdb 文件：Pymol>load object-name-1.pdb Pymol>load object-name-2.pdb 如果你想暂时关闭/打开某个对象，可以这样：Pymol>disable object-name-1
8、Pymol>enable object-name-1 你也可以用disable 命令去除最后一个选择的目标上出现的粉红色的小点，但是该命令并不会使你选定的目标不可见。名师资料总结-精品资料欢迎下载-名师精心整理-第 5 页，共 17 页 -Pymol>disable selection-name 使用鼠标通常是改变图像视角的最方便的办法，不过命令如zoom，orient 等等有时候使用起来也是很有用的，它们提供了另一种改变图像视角的办法。放大选定目标：Pymol>zoom selection-name 定向选定目标，可以使选定目标最大的尺寸水平显示，次大的尺寸竖直显示：Pym
9、ol>orient selection-name 你也可以用view 命令保存你目前的视角，注意，该命令只保存视角，并不保存你的对象显示方式：Pymol>view key,action 其中“key”是你随便给当前视角定的名字，“action”可以为：store 或者 recall。如果不加任何“action”，则默认为recall：Pymol>view v1,store Pymol>view v1,recall Pymol>view v1 名师资料总结-精品资料欢迎下载-名师精心整理-第 6 页，共 17 页 -说了这么多，最后说说如何保存文件吧。Pymol 有
10、 3 个层面的保存方式，下面来分别说说。使用 log_open 命令把你所有使用过的命令记录为一个文本文档：Pymol>log_open script-file-name 这样以后当你再次调用该文档时，Pymol 将执行上面的所有命令：Pymol>script-file-name 不过注意，如果你想记录当前视角，则必须使用get_view 命令。你可以选择外部GUI 窗口中的 File Append/Resume/Close Log 来分别暂停记录/恢复记录/停止记录该文档。你可以随时编辑该文档。在 linux 下，该文档的默认保存目录为当前用户的home 目录。如果你想下次打开P
11、ymol 时直接回到当前所在的状态，那么名师资料总结-精品资料欢迎下载-名师精心整理-第 7 页，共 17 页 -你可以选择外部GUI 窗口里面的File Save Session，创建一个会话文件（.pse）。该会话文件和上面提到的文档文件的区别在于，首先文档文件可以编辑，但会话文件不可以；记录文档文件前必须先运行 log_open 命令，而会话文件可以随时创建；最后文档文件以文档形式运行（），而打开会话文件则必须选择外部GUI 窗口中的 File Open。什么时候需要创建会话文件呢？比如当你在某时有多个选择时，你可以保存当前状态，然后一一尝试这些选择，不满意时只需要重新打开该会话文件即可
12、。也就是说创建会话文件起到了“undo”的作用，这正是 Pymol 所缺少的。希望开发者能赶快加入该功能，那么这个会话文件好像就没什么大用了，呵呵。如果你觉得当前显示窗口里面显示的结构图像已经满足你的要求了，你可以把它保存为图片。在这之前你可以使用ray命令来优化你的图像，它可以使你的图像具有三维的反射及阴影特效：名师资料总结-精品资料欢迎下载-名师精心整理-第 8 页，共 17 页 -Pymol>ray Pymol>pngyour_path/image_name最后就用该命令导出的图片结束这次笔记吧。Pymol 命令的语法与目标选择的表达上次介绍一些Pymol 的基本命令。现在来
13、具体说说Pymol命令的语法，还有在选择操作目标应该如果表达。个人觉得这部分内容对学习Pymol 来说是至关重要的。从上次讲的一些例子中不难看出，Pymol 的命令都是由关键词（keyword）加上一些变量（argument）组成，格式如下：Pymol>keyword argument 其中关键词（keyword）当然是必须的，而变量则不是必须的，比如退出命令quit 就不需要附加变量：Pymol>quit 当然更多的命令通常是需要加变量的，比如放大命令zoom，但是你会发现即使你不加任何变量该命令也可以被执行，这是因为 Pymol 的许多命令有一个默认变量，下面两个命令的作用是一
14、样的，其中的目标选择all 就是 zoom 的默认变量：Pymol>zoom 名师资料总结-精品资料欢迎下载-名师精心整理-第 9 页，共 17 页 -Pymol>zoom all 还有些命令可以带多个参数，比如加色命令color，它的用法如下：Pymol>color color-name Pymol>color color-name,selection-expression 第一个 color 虽然只带一个变量color-name，但其实它包含了第二个默认变量all，所以它的作用是把整个结构变成color-name 的颜色。第二个 color 带两个变量，和第一个的区
15、别就是把默认的目标选择变量all 变成了 selection-expression，也就是说只有被这个变量选中的部分才会被变成color-name 定义的颜色。要注意的是，如果一个命令带多个变量，则这些变量之间必须用逗号,隔开。通过这个例子，大家可以发现，有些变量本身是很简单的，比如 color-name，就是一个颜色名字而已，没什么复杂的。另一些则不一样，比如selection-expression，它可以很简单，也可以非常的复杂。这个东东，我称之为选择表达，对名师资料总结-精品资料欢迎下载-名师精心整理-第 10 页，共 17 页 -Pymol 命令的使用非常重要，所以下面要详细的讲一下。
16、选择表达（selection-expression）表示的实际就是一些被选中的部分，它们可以是一些个原子，一些个Helix，一些个Beta sheet，或者它们的混合物。你可以给你的选择表达起个名字，以便可以多次使用它们。名字可以由大小写字母，数字以及下划线 _组成，但是因避免使用下列符号：!#$%&*()|<>?/选择表达由所谓的selector 加上 identifier 组成，其中selector 定义了某类属性，而identifier 则在该类属性下需要被选择的部分。如下例：Pymol>select test,name c+o+n+ca 其中 name 就是一
17、个selector，它表示在pdb 文件中描述的原子的名字；c+o+n+ca 则是对应的 indentifier，它表示我们要选择 pdb 文件中名字叫 ca+cb 的原子（ca 代表 alpha carbon，cb 代表 beta carbon）。整个语句的作用就是选择上诉的原子并命名为test，这样我们可以在后面继续使用它。名师资料总结-精品资料欢迎下载-名师精心整理-第 11 页，共 17 页 -下表列出了大多数的selector：Selector 简写Identifier 及例子symbol e.chemical-symbol-list 周期表中的元素符号Pymol>select
18、 polar,symbol o+n name n.atom-name-list pdb 文件中的原子名字Pymol>select carbons,name ca+cb+cg+cd 名师资料总结-精品资料欢迎下载-名师精心整理-第 12 页，共 17 页 -resn r.residue-name-list 氨基酸的名字Pymol>select aas,resn asp+glu+asn+gln resi i.residue-identifier-list pdb 文件中基团的编号Pymol>select mults10,resi 1+10+100 residue-identifi
19、er-range Pymol>select nterm,resi 1-10 名师资料总结-精品资料欢迎下载-名师精心整理-第 13 页，共 17 页 -alt alt alternate-conformation-identifier-list 一些单字母的列表，选择具有2 种构型的氨基酸Pymol>select altconf,alt a+b chain c.chain-identifier-list 一些单字母或数字的列表Pymol>select firstch,chain a segi s.segment-identifier-list 名师资料总结-精品资料欢迎下载-
20、名师精心整理-第 14 页，共 17 页 -一些字母（最多位）的列表Pymol>select ligand,segi lig flag f.flag-nummer 一个整数（）Pymol>select f1,flag 0 numeric_type nt.type-nummer 一个整数Pymol>select type1,nt.5 名师资料总结-精品资料欢迎下载-名师精心整理-第 15 页，共 17 页 -text_type tt.type-string 一些字母（最多位）的列表Pymol>select subset,tt.HA+HC id id external-index-number 一个整数Pymol>select idno,id 23 index idx.名师资料总结-精品资料欢迎下载-名师精心整理-第 16 页，共 17 页 -internal-index-number 一个整数Pymol>select intid,index 23 ss ss secondary-structure-type 代表该类结构的单字母Pymol>select allstrs,ss h+s+l+名师资料总结-精品资料欢迎下载-名师精心整理-第 17 页，共 17 页 -