《分子模拟软件简介.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《分子模拟软件简介.docx（10页珍藏版）》请在taowenge.com淘文阁网|工程机械CAD图纸|机械工程制图|CAD装配图下载|SolidWorks_CaTia_CAD_UG_PROE_设计图分享下载上搜索。
1、分子模拟软件简介3D分子图形显示工具(RasMolandOpenRasMol)(免费)AMBER(分子力学力场模拟程序)autodock(分子对接软件)(免费)GROMACS(分子动力学软件)(免费)GULP(GeneralUtilityLatticeProgram)(免费)NIH分子模拟中心的化学软件资源导航(ResearchToolsontheWeb)X-PLOR(大分子X光晶体衍射、核磁共振NMR的3D构造解析)(免费)高通量挑选软件PowerMV(统计分析、分子显示、类似性搜索等)(免费)化合物活性预测程序PASS(部分免费)计算材料科学MathubC4：Cabrillo学院化学可视化
2、项目以及相关软件(免费)DatabasesandToolsfor3-DProteinStructureComparisonandAlignment(三维蛋白质构造比照)(免费)Democritus(分子动力学原理演示软件)DPD应用软件cerius2(免费)EMSLComputationalResultsDataBase(CRDB)MARVINSPROGRAM(外表与界面模拟)(免费)XLOGP(计算有机小分子的脂水分配系数)(免费)量子化学软件中文网美国斯克利普斯研究院：金属蛋白质构造和设计项目(免费)文档视界2022/15e22fbdfd0a79563c1e722dbhhi0tbt01z.
3、html/(免费)3DMolecularDesigns(蛋白质及其他3D分子物理模型快速成型技术)3D-DockSuiteIncorporatingFTDock,RPScoreandMultiDock(3D分子对接)(免费)AMSOL(半经历量子化学计算)(免费)AmsterdamDensityFunctional(ADF,第一原理电子构造计算)Bilbao晶体学服务器(免费)BOSS(蒙特卡罗模拟软件)CADPAC(剑桥量子化学计算软件)(免费)Car-Parrinello分子动力学(CPMD,ab-initio分子动力学计算软件)(免费)CHARMM(大分子分子力学模拟计算软件)(部分免费
4、)Chem2Pacpackage(AcomputationalChemistryIntegrator)(免费)ChemTKLite(QSAR软件)(免费)Chemweb计算化学在线工具：GAMESS(免费)Clebsch-O-Matic(在线计算器)(免费)CollaborativeComputationalProjects(协同计算计划)COLUMBUS(量化从头计算分子电子构造程序集)(免费)CrystalMakerSoftware(晶体构造可视化软件)DL_POLY(分子动力学模拟软件)(免费)DockVision(分子对接程序)(部分免费)DPMTA(分子动力学并行模拟软件)(免费)D
5、r.PabloWessig研究小组开发的计算化学软件(免费)eHiTS:ElectronicHighThroughputScreeningEMSLGaussianBasisSetOrderForm(免费)GAMESS-UK(分子电子构造计算软件)GAMESS:TheGeneralAtomicandMolecularElectronicStructureSystem(免费)Genebrowser(生物技术、基因治疗资源导航)Glide(分子对接程序)GROMOS(通用分子动力学软件包)(部分免费)HyperChem(分子模拟)InterprobeChemicalServices(分子模型化软件)
6、Jmol(分子可视化软件)(免费)ListofComputationallySickSpecies(abinitio计算出现问题的物质、方法)MacroModel(分子力学计算程序)MARDIGRAS和CORMA(弛豫矩阵分析)(免费)MCPRO(用于蛋白质和核酸的蒙特卡罗模拟软件)MDRANGE(分子动力学计算ionranges)(免费)MDynaMix(分子动力学计算软件)(免费)MidasPlus(分子建模软件,美国加利福尼亚大学旧金山分校计算机图形实验室开发)MOE(分子模拟应用环境、方法开发平台)MOLMOL(生物大分子3D构造分析和显示、NMR构造解析)(免费)MolPOV2.0.
7、8(一个将PDB文件转为POV-Ray文件的软件)(免费)MOLPRO量子化学软件包(用量化从头方法计算分子电子构造)(免费)Mopac2002(通用半经历量子力学程序)NAMD(并行分子动力学计算软件)(免费)NorgwynMontgomery(化学软件公司)NWChem(计算化学软件包)OpenEye(快速计算分子的静电性质、形状)ORAC(用于模拟溶剂化生物分子的分子动力学计算程序,意大利fo罗伦萨大学)(免费)ORTEP-III(美国橡树岭国家实验室晶体构造可视化-热椭圆体绘图程序)(免费)OSIRISPropertyExplorer(LogP,溶解度、成药可能性预测)(免费)PAPA
8、(计算粒状物料的三维并行分子动力学计算程序)(免费)PETRA(反响性参数预测，包括生成焓、键离解能等)(部分免费)PharmTree(3D药效团生成和化合物分类)PipelinePilot(药物发现集成平台)PMDS(并行分子动力学模板库)(免费)PreADMET(ADMET预测)ProteinDomainMotionAnalysisSoftware:DynDom蛋白质分析软件(免费)ProtoMol(分子动力学并行计算软件)(免费)PSI3量子化学软件包(量化从头计算)(免费)Q-Chem(量子化学计算软件包)SGI应用于化学、生物信息学的软件、硬件产品SIGMA(分子动力学相关软件)Si
9、mBioSys(药物设计软件SPROUT)SMILECAS数据库(描绘分子构造、子构造和复合构造的线性编码系统)SURFNET(量子化学计算程序)(免费)Sweet(根据标准命名方法和分子顺序建立糖类三维模型)SwissPDBViewer(PDB蛋白质构造可视化软件)SYBYL/Base(分子模拟和药物发现平台)TINKER(分子设计软件)(免费)UCSFChimera(可扩展的,交互式分子图形程序)(免费)VAMP/VASP(采用从头计算量子力学的分子力学)(免费)VHMPT(螺旋膜蛋白拓扑构造显示与编辑程序)(免费)VirtualMolecularDynamicsLaboratory(分子
10、动力学软件)(免费)voidoo(空腔探测软件)(免费)WAM:WebAntibodyModeling(抗体模型构建)(部分免费)WebMO(基于3W界面的计算化学软件包)(免费)并行分子动力学模拟软件DoD-TBMD(免费)大分子对接程序Hex(免费)大规模原子(分子)并行模拟器LAMMPS(免费)单晶和粉末衍射合作计算项目开发的免费软件(CCP14)(免费)蛋白质分子动力学模拟软件：CONCOORD(免费)蛋白质模拟资源导航，美国橡树岭国家实验室ORNL分子的物理化学性质在线计算(用在基于构造的药物设计,可计算logP,PSA,等)(免费)化合物3D构造VRML文件的自动生成(免费)化学中
11、的常用计算机软件与资源(免费)化学资源工具箱(免费)计算机模拟的分子运动图像集(DSMM)(免费)可下载的教学软件(伦敦大学玛丽女王学院化学系提供)(免费)量子化学网美国华盛顿州立大学化学系：无机化学教学资源美国加州大学圣地亚哥分校所开发的化学软件(化学反响计算、分子建模和可视化)美国康奈尔大学理论中心计算生物服务单元提供的免费软件(计算生物与化学方面)(免费)美国马里兰大学：生物技术研究所Gilson研究小组美国能源部Ames实验室：经典分子动力学软件AL_CMD(免费)免费远程计算：贵州大学GHPCC量子化学从头计算系统(免费)模拟蛋白质的并行分子动力学计算程序EGO(免费)牛津大学：抗癌药物分布式计算项目ScreensaverLifesaver欧洲科学基金赞助项目：分子模拟所面临的挑战(Simu:ChallengesinMolecularSimulations)生物大分子构造分析和确认系列软件(美国加州大学圣地亚哥分校大分子构造计算研究中心开发)(免费)牙买加西印度大学Mona分校化学系所开发的免费软件(免费)应用于双原子分子的数值Hartree-Fock程序(免费)原子轨道3维模拟演示