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1、12实习课程内容实习课程内容基因组学基因组学转录物组学转录物组学蛋白质组学蛋白质组学系统生物学系统生物学3DNA sequenceProtein sequenceProtein structureProtein function4蛋白质序列分析主要内容蛋白质序列分析主要内容5ORF翻译实验数据蛋白质序列蛋白质理化性质和一级结构数据库搜索结构域匹配已知结构的同源蛋白？三维结构模型可用的折叠模型？同源建模有二级结构预测无串线法有从头预测无6ExPASy（Expert Protein Analysis System）Tools（http:/expasy.org/tools/）7课程安排课程安排89蛋
2、白质理化性质分析工具蛋白质理化性质分析工具10AACompIdent PeptideMass11计算以下物理化学性质：计算以下物理化学性质：相对分子质量 氨基酸组成等电点（PI） 消光系数半衰期 不稳定系数总平均亲水性 12输入输入Swiss-Prot/TrEMBL AC号号打开打开protein.txt，将蛋白质序列将蛋白质序列粘贴在搜索框中粘贴在搜索框中13输出结果输出结果 功能域功能域用户自定义区段用户自定义区段14返回结果返回结果氨基酸数目氨基酸数目相对分子质量相对分子质量理论理论 pI 值值氨基酸组成氨基酸组成正正/负电荷残基数负电荷残基数15消光系数消光系数半衰期半衰期原子组成原子
3、组成分子式分子式总原子数总原子数16不稳定系数不稳定系数脂肪系数脂肪系数总平均亲水性总平均亲水性40 unstable1718二、蛋白质跨膜区分析二、蛋白质跨膜区分析19蛋白质跨膜区特性蛋白质跨膜区特性2021常用蛋白质跨膜区域分析工具常用蛋白质跨膜区域分析工具2223输出格式输出格式最短和最长的跨膜螺旋疏水区长度最短和最长的跨膜螺旋疏水区长度输入序列名（可选）输入序列名（可选）选择序列的格式选择序列的格式贴入贴入protein.txt蛋白蛋白质序列质序列24可能的跨膜螺旋区可能的跨膜螺旋区相关性列表相关性列表位置位置分值分值 片段中点位置片段中点位置25 跨膜拓扑模型及图示跨膜拓扑模型及图示
4、建议的跨膜拓扑模型建议的跨膜拓扑模型每一位置计算分值每一位置计算分值最优拓最优拓扑结构扑结构26TMHMM27282930蛋白质二级结构分析工具蛋白质二级结构分析工具31蛋白质二级结构分析工具蛋白质二级结构分析工具3233可展开可展开选项选项3435提交邮件提交邮件地址（必填）地址（必填）蛋白名称蛋白名称（可选）（可选）分析方法分析方法353637跨膜螺旋预测（跨膜螺旋预测（PHDhtm）高级选项）高级选项Ambivalent序列识别（序列识别（ASP）高级选项）高级选项CHOP结构域分析工具高级选项结构域分析工具高级选项3738比对内容比对内容从从SWISS-PROT数据库返回数据库返回BL
5、AST搜索结果搜索结果MaxHom参数选项参数选项最低序列比最低序列比对一致性对一致性空位间隔罚分空位间隔罚分空位延伸罚分空位延伸罚分比对矩阵比对矩阵最大击中值最大击中值3839选择保存分析结果选择保存分析结果是否返回多序列比对结果是否返回多序列比对结果HTML结果形式结果形式AGAPE结果结果PROF/PHD结果形式结果形式以下拉框中所指定的输入格以下拉框中所指定的输入格式将待测序列粘贴此提交栏式将待测序列粘贴此提交栏3940服务器运行程序信息服务器运行程序信息ProSite模体搜索结果模体搜索结果低复杂区域过滤程序低复杂区域过滤程序ProDom结构域搜索结果结构域搜索结果二硫键识别结果二硫
6、键识别结果PHD程序信息程序信息PHD预测结果预测结果PROF预测结果预测结果球状蛋白预测结果球状蛋白预测结果Ambivalent序列识别结果序列识别结果PredictProtein分析结果分析结果PROSITE中的中的ID号号简单描述简单描述Motif模式模式提交序列中出现该提交序列中出现该Motif的位置的位置414243PredictProtein分析结果分析结果跨膜区跨膜区非跨膜区非跨膜区LoopHelixSheet4445折叠折叠/折叠+折叠46模体、结构域数据库模体、结构域数据库47模体、结构域数据库模体、结构域数据库48选择需要的分析程序选择需要的分析程序结果返回形式结果返回形式
7、序列提交框序列提交框InterProScanInterProScan-http:/www.ebi.ac.uk/InterProScan/其他数据库中的其他数据库中的AC号号保守区示意图保守区示意图ID名名49AC号，家族名称号，家族名称家族蛋白家族蛋白其他数据库中的收录情况其他数据库中的收录情况相关的其他家族相关的其他家族条目类型条目类型50生物体内的信息生物体内的信息说明说明结构链接结构链接数据库链接数据库链接51该家族蛋白在不该家族蛋白在不同种类生物体中同种类生物体中出现情况出现情况其他家族与该其他家族与该家族的重叠情家族的重叠情况况52535455蛋白质结构预测精度蛋白质结构预测精度56
8、 同源建模法分析步骤： 多序列比对多序列比对 与已有晶体结构的蛋白质序列比对 确定是否有可以使用的模板确定是否有可以使用的模板 序列相似度30% 序列相似度30%，结合功能，蛋白质一级序列、二级结构或结构域信息 构建三维模型 三维模型准确性检验 Whatcheck 程序 Ramachandran plot计算检验 手工调整多序列比对，重新拟和，构建新的模型575859606162一步模式一步模式比对模式比对模式优化模式优化模式6364粘贴粘贴protein.txt中中一条蛋白质序列一条蛋白质序列输入用户输入用户Email（选填）（选填）65下载下载pdbpdb格式文件格式文件66与模板与模板序列比序列比对结果，对结果，并显示并显示二级结二级结构区域构区域676869常用蛋白质三维结构观察和修改工具常用蛋白质三维结构观察和修改工具707172菜单栏菜单栏/ /工具栏工具栏图层窗口图层窗口主窗口主窗口 序列联配窗口序列联配窗口控制面板控制面板软件界面73Ramachandran图图结构叠加结构叠加7475767778