《生物信息学在高校生物科学专业中课程教学模式的探索.docx》由会员分享，可在线阅读，更多相关《生物信息学在高校生物科学专业中课程教学模式的探索.docx（11页珍藏版）》请在taowenge.com淘文阁网|工程机械CAD图纸|机械工程制图|CAD装配图下载|SolidWorks_CaTia_CAD_UG_PROE_设计图分享下载上搜索。
1、生物信息学在高校生物科学专业中课程教学模式的探索 生物信息学是综合了计算机协助技术、信息处理技术及数学计算理论来探讨生物个体及群体的交叉学科，在生物科学的诸多领域中具有重要的实践作用和广泛的应用价值。本文就目前国内高校生物科学专业中生物信息学课程教学的现状和问题，结合生物信息学的课程特点，探讨了生物信息学实践教学的重要性，并提出多学科实践结合的教学模式是提高生物信息学教学质量和提升学生科研、应用及创建实力的有效方法之一。 生物信息学 生物科学 实践教学 生物信息学作为一门新兴的交叉性学科，综合生物学、计算机科学和信息技术试图，从大量数据中找寻具有指导和开创性价值的依据，为生命科学探讨供应必要的
2、、有效的系统模拟和信息预料结果。目前，生物信息学在生物医学、生物工程、植物学、动物学、生态学、遗传学、制药和高科技产业领域中的应用越来越广泛，产生巨大的影响力和推动力。 一、生物信息学在生物科学领域的作用 生物科学是探讨生物结构、功能、发生和发展规律，及其与四周环境关系的科学。在分子生物学技术突飞猛进的发展过程中，生物科学从传统的个体及群体表征探讨逐步演化为内在分子机制的探讨，随着基因测序技术的发展，生物科学领域的探讨不仅聚焦于生物个体的内在分子机制，同时还从大量的生物个体的基因数据中获得和解析生命的本质和规律，并以此尝试对生命过程进行干涉和改造。而在获得、解析、干涉和改造的过程中扮演重要角色
3、的就是生物信息学。 生物信息学是在生物科学领域各个学科发展的过程中逐步产生的一门综合性学科，该学科在生物科学领域的应用极为广泛。目前，植物基因组探讨取得了重大进展，水稻、大豆、小麦等农作物的遗传图谱、基因序列、基因组注释已公布于美国国立生物技术信息中心的生物信息数据库中。利用生物信息学的相关方法和技术能够对这些数据进行查询、统计和分析，从而更好地理解和相识植物基因组的功能，指导后续的科学探讨和生产应用。传统的生物学分类方法已经鉴定及分类了成千上万的物种，但是随着生物科学的发展和认知，越来越多的物种在遗传进化上的分类依据较为模糊，而利用生物信息学结合传统的分类学可以更好的探讨生物类群间的异同性、
4、亲缘关系、遗传进化过程和发展规律，这在当今的生物分类学中应用日趋广泛。生物信息学还可以综合利用数学、统计学和计算机等学科对生态系统进行模拟和计算分析，探究物种间基因流淌的本质，揭示生态系统的物质和能量循环规律，从而为找到确定生态系统平衡和稳定的根本因素供应重要的依据，帮助生态系统平衡的复原。此外，通过生物信息学技术构建遗传工程菌，降解目标污染物的分子遗传物质，从而达到催化目标污染物的降解，维护生态环境的空气、水源、土地等质量，也是当今生态环境爱护的新兴探讨方向。 二、生物信息学的学科内容和课程要求 生物信息学主要由基因组学、蛋白质组学、系统生物学、比较基因组学、计算生物学等学科构成，主要涉及的
5、内容有生物数据的收集、存档、显示和分析，体外预料、模拟基因及蛋白质的结构和功能，对生物的遗传基因图谱进行分析处理，对大量的核苷酸和氨基酸序列进行比对分析，确定进化地位等。从生物信息学的概念及其涉及的内容中可以明确生物信息学不是一门独立的学科，所以要求老师在教学过程中驾驭多领域的学问和技能，才能较好地把握该课程。 1.高等数学和统计学基础 生物信息学将数学和统计学作为主要的计算理论基础，主要包括数学建模、统计方法、动态规划方法、数据挖掘等方面。此外还包括隐马尔科夫链模型在序列识别上的应用，蛋白质空间结构预料的最优理论，DNA超螺旋结构的拓扑学，遗传密码和DNA序列的对称性方面的群论等。因此，在生
6、物信息学教学过程中要求老师具备数学及统计学的计算方法的基础学问，能够利用牛顿迭代法、线性方程回来分析、矩阵求拟、最小二乘法等进行数学建模和计算，从而对基因和蛋白质序列进行比对、进化分析和绘制遗传图谱等。 2.生物科学基础 生物信息学包含的生物类学科有，生物化学、分子生物学、遗传学等基础学科，基因工程、蛋白工程、生物技术等应用学科。依据其课程特点，学生在学习生物信息学课程前须要学习生物化学、分子生物学、遗传学、基因组学、蛋白质组学等基本生物学课程，对于基因序列、蛋白质序列、启动子、非编码区等概念有深刻的理解，同时须要对一些重要的生物学数据库有肯定的了解，如美国基因数据库、欧洲分子生物学试验室数据
7、库和日本核酸数据库等。此外，要求学生能够利用生物学数据库查找基因序列、蛋白质序列、基因及蛋白质结构模型，能够读懂数据库中基因和蛋白质的信息注释，能够计算蛋白质序列的分子量和等电点，能够为扩增特定的基因片段设计引物，能够对特定物种进行系统发育分析等。 3.计算机科学基础 计算机是生物信息学的主要协助工具，利用生物信息学探讨生物系统的过程须要能够娴熟运用计算机对大量的生物信息数据进行处理和分析，这主要包括对数据信息进行搜寻、处理及利用。所以，学生在学习生物信息学的过程中须要了解和驾驭一些常用的生物信息学软件，如BLAST和FASTA序列比对分析软件，Oligo和Primer引物设计软件，Vecto
8、rNTI、DNASTAR、DNASIS等综合分析软件。此外，学生还须要学习和驾驭一些常用的计算机语言，如正则表达式、Unix shell脚本语言和Perl语言。 利用生物信息学在处理和分析海量生物数据的过程中，计算机软硬件资源须要协作处理分析软件的运行，因此要求计算机操作系统运用Unix和Linux操作系统，这些操作系统须要大量的操作吩咐进行输入执行过程，对于常常运用Windows操作系统的学生来说是一个较难跨越的障碍。 三、生物信息学课程教学中存在的问题 目前国内大多数高校的生物信息学教学采纳传统的教学模式，即以课堂式的理论教学为主，缺乏必要的实践教学。理论教学模式固定、教学方法单一、教学内
9、容狭窄，通常是介绍性、科普性的课程，甚至作为公选课程。少数高校开展生物信息学的实践课程教学，但多以验证性试验为主，缺乏和专业相适应的综合性、设计性试验，而开放性试验更无从谈起。 1.教学模式固定单一 生物信息学在内容层面涵盖诸多学科领域，注意应用性和实践性。然而，目前大部分高校把生物信息学作为一门孤立的课程，这导致老师须要将大多数课程内容压缩到一门课程进行教学，在有限的教学时数下灌输大量内容，增加了学生学习的难度，降低了教学质量。再者，大多数高校仅开展生物信息学的理论教学，忽视实践教学过程，造成生物信息学理论与实践内容的脱节，使学生在学习完理论学问后难以深化理解和汲取，无法将所学的学问应用到后
10、续的工作和学习中，最终未能体现出该门课程的价值。 2.老师专业背景薄弱 作为一门交叉学科，生物信息学的教学要求老师具有较强的数学、生物学和计算机科学背景。然而，目前从事生物信息学教学的老师即便具备深厚的生物学背景，但是多数老师在数学和计算机方面较为薄弱，并不具备完整的生物信息学学问体系，对生物信息学发展趋势也了解不多。在师资缺乏的状况下，院系开设生物信息学课程，老师为了完成教学任务，仅仅在教学中进行介绍性的讲解，在课程考查方式上通过小论文、综述和课外活动等方式完成该课程的学习。因此，无论是理论教学还是实践教学均无法实现该课程大纲的要求，从而影响学生对生物信息学课程的理解和驾驭，生物信息学的实践
11、操作实力更无从谈起。 3.实践教学薄弱，专业教材缺乏 生物信息学实践课须要学生在网络环境下用计算机学习NCBI数据库的检索与运用、序列比对分析软件的应用、蛋白质空间结构图视软件的应用、序列拼接软件的应用等。但是目前，大多数高校开设的生物信息学课程多以理论教学为主，实践教学课时特别少或者为零，学生对于生物信息学课程的学习仅仅通过教材上抽象的文字描述进行理解和驾驭，这导致学生在理论课中学到的学问无法在实践课中进行验证或操作，严峻影响了生物信息学的教学质量，也偏离了教学大纲中强调的重在培育学生实践操作实力的培育目标。 另外，目前还没有适用于生物科学专业的生物信息学教材。国内各大高校运用的教材多为国外
12、教材的影印版或者中文翻译版本，这些教材偏重介绍生物信息学的理论和方法，涉及的实践内容较少，学生须要具有较高的相关学问才能接受和运用这些教材。因此，部分高校在生物信息学教学过程中往往运用自家编写的简化教材，从而造成生物信息学教学内容不统一，教学大纲混乱等状况。 4.实践课程经费不足，实践教学环境落后 当今，很多发达国家都很重视生物信息学的教学和探讨，主动开展各种生物信息资源的收集和分析工作，培育大量生物信息学人才，为整个生物学的理论探讨及其相关产业创新供应指导和支撑。国内对生物信息学的关注和相识起步较晚，其发展落后于国际发达国家。国家和高校对生物信息学的教学和科研资金投入力度不大，缺乏必要的仪器
13、设备，生物信息学的实践教学条件得不到保障，比如大多数高校的生物科学专业没有相应的计算机实训室，配套软件也相对匮乏，落后于国际发展水平。 四、生物信息学教学模式改革的探究 1.修改理论和实践教学大纲，编写适用的实践教材 依据当今生物信息学的发展方向，制定和修改理论教学大纲，除了引物设计、基因和蛋白质序列比对、基因和蛋白质结构功能预料等基本内容外，还需添加系统进化树分析、聚类分析、蛋白质互作网络谱图等较为综合的内容。另外，增加实践教学课程比例，充溢实践教学内容，结合理论教学内容增加综合性、设计性试验，适当供应科研环境，激励开绽开放性试验。 目前国内并没有系统的、专业的生物信息学实践教材，因此针对高
14、校生物科学专业方向的特点，联合多学科领域编写相应的生物信息学实践教材，在制定、修改实践教学大纲和编写教材的过程中结合学生的接受实力，由浅入深，多设实例和相关练习，使学生按部就班的理解和驾驭生物信息学的原理和方法，驾驭更多的生物信息学工具。 2.紧密联系科研、基于实践问题开展教学 通过实践教学把生物信息学教学与科研有机结合起来，能够促进教学与科研的共同发展。在紧密联系科研的过程中，采纳基于问题的教学方法，通过实践教学环节，培育和训练学生把所学的生物信息学的学问和方法应用于各种生物科学领域的科研活动中，通过解决实际问题训练学生的实践技能，从而促进教学与科研的双重发展。例如，在生物信息学实践教学中多
15、加入生产和科研中遇到的经典实例，激励学生利用相关的生物信息学软件及相关的理论和方法解决问题。学生也可以选择自己感爱好的课题，利用自己熟识的、合适的生物信息学软件和相关学问开展课题探讨。此外，专业老师在指导学生课题探讨的过程中还可以发觉理论和实践教学的不足，不断的完善生物信息学理论和实践课程大纲和内容，提高教学质量。 3.开展多学科实践结合的教学模式 生物信息学属交叉学科，包含了不同领域的专业学问和技能，为使生物信息学教学达到教学的目标，该课程教学须要采纳多学科实践结合的教学模式。 多学科实践结合的教学模式是指联合不同领域、不同学科、不同专业的课程在教学的过程中结合生物信息学涉及到的学问和技能进
16、行基础性、铺垫性教学。比如，在高等数学和统计学的教学过程中，针对生物信息学的需求，适当增加数学建模、统计方法、动态规划方法、数据挖掘等方面的基础内容，同时，开设实例实践教学，使学生理解和驾驭隐马尔科夫链模型，牛顿迭代法、最小二乘法等方法的应用原理和规则；在生物科学专业课程设置上，尤其是实践课程的教学过程中，结合生物信息学涉及的引物设计、序列比对分析、基因及蛋白质结构功能预料等方面开展相应的设计性、综合性、开放性试验项目，使学生了解和驾驭基本的生物信息学原理及软件的应用；在计算机科学的教学过程中，应依据生物信息学的需求，开设正则表达式、Perl语言、R语言等课程学习，以及增加Linux和Unix
17、操作系统课程学习，使学生在学习生物信息学前打好坚实的基础。 值得留意的是，生物信息学课程与其他课程的开设时间和依次须要有肯定的探究和评估，对于开设该课程的时间把握是开展多学科实践结合的教学模式的关键因素。过早开设生物信息学则会导致学生在不具备相应学科基础的条件下跨越式的接触生物信息学，无法理解和驾驭相关的学问和技能；过晚开设则会使学生学习了相关学科学问和技能后，由于课程连接不紧，导致在学习生物信息学时出现理解滞后和无法适应的现象。因此，针对不同专业和学科的特点，依据详细状况进行统筹支配，使生物信息学和其他相关学科课程有很好的连接和过渡，以确保和提高生物信息学的教学质量。 五、结语 生物信息学是
18、现代基因组学时代的开阔者，也是生物科学探讨的重要的工具和载体。针对生物信息学的特点，高校生物科学专业课程设置、教学方法、教学模式和教学软硬件等需进行肯定的改革，将多学科实践结合的教学模式运用到生物信息学的教学实践中，在提高教学质量的同时将更好的提升学生科研、应用和创新实力。 参考文献： 1 郝柏林，张淑誉.生物信息学手册M.上海：上海科学技术出版社，2002.1-10. 2GUYD， NOELE， MIKEA. Using bioinformatics to analyse germplasm collections J. Springer Netherlands，2004.39-54. 3王
19、春华，谢小保，曾海燕.深圳市空气微生物污染状况监测分析J.微生物学杂志，2022，28：93-101. 4张菁晶，冯晶，朱英国.全基因组预料目标基因的新方法及其应用.遗传，2022， 28：12101-1305. 5周海延.隐马尔科夫过程在生物信息学中的应用.生命科学探讨，2002， 6：204-210. 6萧浪涛.现代生物信息学及其主要探讨领域J.湖南农业高校学报 ，2000，：409. 7张效云，董明纲，刘洁，等.浅谈PBL教学模式J.张家口医学院学报，2002， 19：80-81. 第11页 共11页第 11 页 共 11 页第 11 页 共 11 页第 11 页 共 11 页第 11 页 共 11 页第 11 页 共 11 页第 11 页 共 11 页第 11 页 共 11 页第 11 页 共 11 页第 11 页 共 11 页第 11 页 共 11 页