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1、创小组成员专用入门指南ZMFU1. MS 建模2. Linux 常用命令3. VI 编辑器常用命令4. 对计算作业的操作勤奋是一个草根的王道MS 建模中常用命令的快捷键1. MS 中的命令简介MS 全部的命令都有鼠标执行方式和键盘执行方式，其键盘方式成为快捷方式。三维窗口可以在不同模式中，如选择、旋转、缩放等。依据这些模式确定鼠标左键具体执行什么命令。有些鼠标键盘命令不管视图处于什么模式都可以使用，这称为默认命令，它们 Chart 可以在任何模式中使用。其它命令只适于特定模式。图形窗口 View也这样。2. 默认视图转变命令复位到原来位置 Home平移鼠标中键拖动平移鼠标滚轮拖动平移 ALT
2、+ 鼠标右键拖动缩放鼠标左右键一起拖动 放大 +小键盘上的加号 缩小 - 小键盘上的减号放大特定区域 R +左键拖动绕 X Y 轴旋转窗口中间右键拖动绕 Z 轴旋转窗口边缘右键拖动绕 X 轴旋转 X + 右键拖动绕 Y 轴旋转 Y + 右键拖动Z 轴旋转 Z + 右键拖动绕 X 轴顺时针旋转 45 向上键绕 X 轴逆时针旋转 45 向下键绕 Y 轴顺时针旋转 45 向左键绕 Y 轴逆时针旋转 45 向右键3. 默认选择选定单个对象单击对象取消选定空白处单击切换对象选择 CTRL + 鼠标单击参与选择对象 SHIFT + 鼠标单击重索套选取 Q + 鼠标左键拖动切换索套选取 Q + CTRL +
3、 鼠标左键拖动添加索套选取 Q + SHIFT + 鼠标左键拖动重开头矩形选取 E + 鼠标左键拖动切换矩形选取 E + CTRL + 鼠标左键拖动参与矩形选取 E + SHIFT + 鼠标左键拖动取消选择 CTRL + D选择父构造 +单击对象全部选择 CTRL + A同种类型的全部选定 ALT + 双击对象4. 默认构造编辑剪切 CTRL + X拷贝 CTRL + C 粘贴 CTRL + V 删除 DELETEX Y 平面内平移选定的对象 SHIFT +鼠标中间拖动X Y 平面内平移选定的对象 SHIFT + ALT +鼠标右键拖动相对屏幕水平移动选定对象SHIFT + X + 鼠标中间拖
4、动相对屏幕竖直移动选定对象SHIFT + Y + 鼠标中间拖动相对屏幕垂直移动选定对象 SHIFT + Z + 鼠标中间拖动也不成功。相对屏幕水平移动选定对象SHIFT + ALT-鼠标水平移动相对屏幕竖直移动选定对象 相对屏幕垂直移动选定对象SHIFT + ALT-鼠标竖直移动SHIFT + ALT- Z鼠标移动沿着 XY 轴旋转选定对象 SHIFT + 鼠标右键在靠近窗口中心拖动沿着 Z 轴旋转选定对象 SHIFT + 鼠标右键窗口边缘拖动绕 X 轴旋转选定对象 SHIFT + X + 鼠标右键拖动绕 Y 轴旋转选定对象 SHIFT + Y + 鼠标右键拖动绕 Z 轴旋转选定对象 SHIF
5、T + Z + 鼠标右键拖动选择模式下选择多个对象鼠标左键拖过对象取消选择鼠标左键在空白处拖动旋转模式下绕 XY 轴旋转鼠标左键拖动缩放模式下缩放鼠标左键拖动平移模式下平移鼠标左键拖动草画原子模式下开头添加原子空白处单击鼠标在已有原子上再加原子在原子上单击创立化学键先后单击这两个原子XY方向平移原子单击原子并拖动。合并两个原子把一个拖到另一个上移动已画原子鼠标拖动它前后移动已画的原子 ALT + 鼠标左键拖动转变已画化学键的长度 SHIFT + ALT + 鼠标左键拖动添加原子并停顿草画左键双击停顿草画 ESC停顿草画单击活动窗口以外地方转变化学键的数目单击化学键在化学键中插入原子 ALT +
6、 单击化学键替换元素 ALT +单击原子画环模式下创立环空白处单击创立芳香环 ALT + 空白处单击向已存原子上添加环此原子上单击向已存原子上添加芳香环 ALT + 单击此原子把环加到已存化学键上单击化学键把芳香环加到已存化学键上 ALT +单击化学键旋转已画环左键拖动选择环的原子数目数字键3-8画原子团片断建立独立原子团空白处单击向原子上添加原子团单击头上的原子添加原子团并旋转在头上原子单击并拖动结合两个原子团片断 ALT +分别单击两个原子团头上的原子转变原子团结合点双击原子团头上的原子测量 / 转变模式下建立的监视器单击原子或键 使能监视器单击不活动的监视器使监视器不活动单击监视器修改活
7、动监视器鼠标左键拖动转变活动监视器中的固定原子 ALT + 鼠标左键拖动取消测量设定 ESC取消测量设定活动窗口外单击Linux常用命令1、 cd（1） 功能说明：切换名目。（2） 经典用法：#cd -#cd -#cd /-切换到当前用户的主名目返回前一次切换的名目 切换到根名目#cd .2、 pwd-切换到当前名目的上一层名目 1 功能说明：显示当前工作名目确实定路径。3、 ls（1） 功能说明：列出当前名目的内容。（2） 经典用法：#ls-列出所在名目中的文件和文件夹#ls php_log-清空 php_log文件中内容4、 cp 1功能说明：实现文件或名目的复制。 2经典用法：#cp a
8、.txt b.txt-同名目下复制，相当于重命名#cp a.txt b.txt /home/melody文件到一个名目-可以同时复制两个或多个#cp -r /home/melody /home/james参数-当复制名目时要用 -r5、 rm（1） 功能说明：删除名目或文件（2） 文件一旦通过 rm 命令删除，则无法恢复，所以必需格外留神， 个人状态不好时慎用。（3） 经典用法： #rm -r home- #rm -r *-6、 mv当删除名目时要加上 -r参数删除当前名目下全部文件及名目 1功能说明：移动文件或名目 2经典用法：#mv a.txt b.txt#mv /home/melody/
9、* .-将 /home/melody下的全部文件和目录移动到当前名目下，看清楚命令后面有个. 7、 cat 1功能描述：把档案串连接后传到根本输出荧幕或加 filename到另一个档案 2经典用法：#cat -n textfile1 textfile2-把textfile1的档案内容加上行号后输入 textfile2这个档案里#cat -b textfile1 textfile2 textfile3-把 textfile1和 textfile2的档案内容加上行号空白行不加之后将内容附加到textfile3里#cat /proc/cpuinfo-查看 cpu 信息#cat /proc/loada
10、vg8、 find-查看系统负载（1） 功能说明：在文件系统中查找满足条件的文件。（2） 经典用法：#find-不带任何参数，在屏幕上递归显示当前名目下的文件列表#find -name ”d*”的文件名-使用通配符查找以d 字母开头#find -path ”*server*”#find -regex ”.*”名-匹配文件路径名使用正则表达式匹配文件路径#find /home -size +1G-查找 /home名目下大于 1G 的文件#find / -empty-查找系统中为空的名目或文件9、 mkdir 1功能说明：创立名目。 2经典用法：#mkdir -p /melody/james-逐级
11、创立名目#mkdir -m 700 /home/melody- melody 并指定权限为 70010 、 rmdir（1） 功能说明：删除一个空名目。（2） 没有写权限或名目非空则无法删除。11 、 du在 /home下创立名目（1） 功能说明：计算文件或名目所占的磁盘空间。（2） 我们常常会查看效劳器上哪个文件或文件夹比较大，这个命令很有用。（3） 经典用法：#du -sh-显示所在名目的大小#du -sh *-列出所在名目中各文件或名目的大小12 、 df（1） 功能描述：检查文件系统磁盘占用状况（2） 经典用法：#df -hl13 、 free-查看磁盘占用状况，检查剩余空间（1） 功
12、能描述：显示内存状态（2） 经典用法：#free -m -查看内存使用量和交换区使用量， -m 参数以 MB 为单位显示14 、 grep（1） 功能描述：查找文件里符合条件的字符串（2） 强大的文本搜寻工具，它能使用正则表达式搜寻文本，并把匹配的行打印出来，这个命令在做网站统计的时候很有用，以后可能会写特地的文章介绍（3） 经典用法：#grep MemTotal /proc/meminfo #grep MemFree /proc/meminfo 15 、 ps-查看内存总量-查看空闲内存量 1功能描述：报告程序状况 2经典用法：#ps -ef-查看全部进程16 、 top（1） 功能描述：显
13、示、治理执行中的程序（2） 经典用法：#top-实时显示进程状态VI 编辑器的有用指南编辑一个文本vi filename插入模式I进入编辑状态-插入R 进入编辑状态-替换退出编辑器:w:wq:x:q:q!将缓冲区写入文件，即保存修改保存修改并退出保存修改并退出退出，假设对缓冲区进展过修改，则会提示强制退出，放弃修改查找替换/pattern patternn向后搜寻字符串 pattern向前搜寻字符串 pattern下一个匹配 ( 假设是 / 搜寻，则是向下的下一个，搜寻则是向上的下一个 )N上一个匹配 ( 同上 ):%s/old/new/g搜寻整个文件，将全部的old 替换为 new:%s/o
14、ld/new/gc搜寻整个文件，将全部的 old 替换为 new ，每次都要你确认是否替换复制粘贴dd删除光标所在行dw删除一个字 (word)x删除当前字符X删除前一个字符D删除到行末在有的版本中，可以用回格键删除。yy复制一行，此命令前可跟数字，标识复制多行，如 6yy ，表示从当前行开头复制 6 行yw复制一个字y$复制到行末p粘贴粘贴板的内容到当前行的下面P粘贴粘贴板的内容到当前行的上面VASP 使用手册完善中 在 Linux 系统下计算软件VASP 的使用一、建好 5 个输入文件 POSCAR, INCAR, POTCAR, KPOINTS,一个提交文件1， POSCAR手动建立，
15、vi POSCAR . 还可以在 MS 的帮助下建立2， INCAR咱们组有公用标准的 INCAR 文件，进展不同的计算只需改其中的几个参数就可以了3， POTCAR从 cluster 上的某个名目下面拷贝过来，放到要计算的名目里假设要算多个元素的体系，使用命令Eg: cat POTCAR-Ni POTCAR-Pt POTCAR4, KPOINTS 文件，从别处拷贝一个，修改里面的参数即可5，提交文件都可以用现成的，在老节点上 node1node21使用lsf.sub节点上使用yzx8vasp (记不清了，用绿衬底标出)二、在效劳器上编译vasp ，一般治理员或别的用户以及编译过了，本平 台
16、编 译 好 的 目 录 在 /public/home/zslu/my-soft/vasp.5.2或/public/baoer/vasp.5.2，编译使用的mpi 可能不同。将上面名目下的可执行文件 vasp 拷贝到用户工作名目下或者在作业提交脚本里通过名目找到可执行文件 vasp 。三、提交任务使用命令qsub lsf.sub或者 qsub yzx8vasp之后会自动产生例如你提交的这个任务的任务号码四、查看任务的字样，这个8026 表示的就是qstat a 或 qstat -n 一般只需要看 3 列第一列：任务序号其次列：使用者账户最终一列：计算消耗的时间五、杀某一个任务由于任务提错了或别的
17、缘由，不想要算某一个任务了。杀死删除这个任务使用命令： eg?: qdel 8024意思为删除任务号为 8024 的任务六、提取有用信息任务完毕后，任务序列号就会消逝，这时进入计算的名目可以删除的文件，计算完成后有用的文件为 OUTCAR ，CONTCAR ，CHG， OSZCAR ， DOSCAR 1. 在 OUTCAR 中看费米能级grep“ Fermi? ” OUTCAR 最终一个结果就是2. CHG 是用来看电荷密度图的将 CHG 下载到电脑上，放到 VESTA 中看电荷密度图3. CONTCAR 放到 VESTA 中看几何构造图4从 OSCAR 中可以快速的查找到计算的总自由能最终一
18、行，“ F =” 后面的值即是5 DOSCAR 中存放的是态密度信息使用杨宗献教师编的 fortran 小程序处理 DOSCAR ，用命令 trandos.x DOSCAR 之后会产生一个 total 文件，将 total 文件下载到电脑中，导入到 origin 画图软件即可看到态密度信息。前提是会使用 origin 的根本导入和画图功能七、 最常用的计算1. 构造优化目的是找到最优构造对于晶胞，要找出能量最低的晶格常数，具体可以参照金刚石构造Si的那个例子对于外表，更加简洁 ?: 在 POSCAR 中确定优化的原子层数，在 INCAR 中修改 IBRION =2 ， POTIM=0.2 ， NSW=200 三个参数即可，对于参数的意义看苏长荣或侯柱峰的中文说明就行了2. 单点能自洽计算目的是得到 CHG 画电荷密度图，以及得到正确的费米能级值，以及体系的总能量。将构造优化的结果中使用命令 copy CONTCAR POSCAR然后修改 INCAR中令 NSW=03. 态密度计算4. 震惊频率的计算5. NEB 求过渡态的计算关于金刚石构造 Si 的计算例子包括构造优化，单点自洽计算，态密度，能带构造计算，网上有很多，大家练一练。对于 VASP 计算的整体过程有一个或许的理解。随着使用次数的增多，会越来越生疏。