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1、2023宏基因组学测序技术在成人医院获得性肺炎中的临床应用专家共识共识意见医 院获得性肺炎(hospital-acquired pneumonia ,HAP)是指至少 在入院48 h后发生的肺炎，患者住院期间未接受有创机械通气、未处于 病原感染的潜伏期，而于入院48h后新发，是常见的医院获得性感染疾 病。快速诊断病原体及其耐药情况，及时恰当使用抗感染药物对于HAP患 者的诊疗和康复至关重要。而宏基因组二代测序技术(metagenomics next generation sequencing, mNGS)通过直接提取临床样本中的核酸进行文库构建和高 通量测序，利用生物信息学算法分析样本中包含的
2、病原微生物序列的种类 及耐药基因和毒力基因，能够快速并且准确地检测各种临床样本中的病原 微生物，显著提高病原检测的敏感性,大大缩短检测时间。但mNGS应 用于临床尚有诸多问题需要解决，如标本中人源污染影响低丰度微生物检 出、生物信息学分析复杂、检测特异性略差、需专业人士进行结果解读等。近期，宏基因组学测序技术在成人医院获得性肺炎中的临床应用专家共 识发布，旨在促进和规范mNGS在医院HAP诊疗中的合理应用,以 下为共识意见汇总。检测流程 共识1 :建议HAP患者开展mNGS检测时，最好采集支气管肺泡灌洗 液或者气道抽吸物。共识2 :建议HAP患者如存在免疫功能低下、基础疾病严重或病情危重 时，
3、且在经济允许的情况下，进行微生物培养送检的同时开展mNGS检 测。共识3 :在流感病毒、冠状病毒等RNA病毒流行期间,建议HAP患者 开展宏基因组检测时，首选DNA和RNA检测项目。共识4 :建议HAP患者开展mNGS检测时，要求相关实验室测序数据量 至少保证10 M以上。共识5 :建议HAP患者开展mNGS检测时，临床检测报告中要体现内 参和对照品的检测合格性。共识6 :建议HAP患者开展mNGS检测时，检测结果要结合基础疾病 史、临床其他检测结果综合考虑。mNGS报告解读共识7 :建议HAP患者开展mNGS检测时，如检测到多种细菌时，需要考虑混合感染，同时结合临床表现综合考虑主要感染源。共
4、识8 :建议HAP患者开展mNGS检测时，如检测到毒力基因,需要 重点考虑高毒力肺炎克雷伯菌，如检测到耐药基因，避免使用耐药基因对 应的抗生素，但可以通过药敏试验对耐药基因进行验证。共识9 :建议HAP患者开展mNGS检测时，如患者为严重的粒细胞减 少或严重的细胞免疫缺陷继发HAP时，除重点关注一般细菌外，真菌、 病毒和胞内菌等机会性感染也需重点关注。共识10 ：建议HAP患者开展mNGS检测时，如检测到嗜肺军团菌， 需要考虑是否存在院内供水污染等情况。共识11 ：建议HAP患者开展mNGS检测时，如检测到支原体和衣原 体，需要考虑是否存在院内污染。共识12 :建议HAP患者开展mNGS检测时
5、，如检测到常见的口腔定 植菌，需要考虑是否存在机械通气和误吸等情况。共识13 :建议HAP患者开展mNGS检测时,如患者有持续性严重的 免疫缺陷症如艾滋病、中性粒细胞减少症等，检测到真菌且针对用药无效 时，需要结合流行病学情况等考虑真菌耐药的可能。共识14 :建议HAP患者开展mNGS检测时，如检测到常见的呼吸道 相关病毒时，结合该病毒流行病学情况，同时关注患者是否存在流行病学 接触史，参考血清IgM抗体和IgG抗体的情况综合考虑。共识15 :建议HAP患者开展mNGS时，如果检测结果为阴性，可以 针对临床可疑的微生物进行PCR验证，同时阴性结果对于排除感染具有 较好的阴性预测意义，但需要结合其他检测结果综合考虑。以上内容来源：罗亮，陈仲清,陈尔真，等.宏基因组学测序技术在成人医院获 得性肺炎中的临床应用专家共识几中国急救复苏与灾害医学杂 志,2023,18(05):561-568.