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1、微生物分微生物分类鉴定的方法定的方法 第十章第十章 微生物分类鉴定微生物分类鉴定微生物分微生物分类鉴定的方法定的方法经典典鉴定指定指标现代技代技术指指标获得纯培养物获得纯培养物是是保证鉴定结果正确保证鉴定结果正确可靠的前提重要条件可靠的前提重要条件经典典鉴定指定指标形形态学特征学特征生理生化特性生理生化特性生生态特性特性生活史，有性生殖情况生活史，有性生殖情况血清学反血清学反应经典鉴定指标经典鉴定指标形态学特征（个体形态和培养特征）形态学特征（个体形态和培养特征）细胞：形态、大小、排列、运动性、特殊构造、细胞：形态、大小、排列、运动性、特殊构造、染色反应染色反应 群体：菌落形态、在半固体和液体
2、培养基中的生群体：菌落形态、在半固体和液体培养基中的生长情况长情况经典典鉴定指定指标生理生化特性生理生化特性：营养要求、营养要求、酶、酶、代谢产物、代谢产物、药物敏感性特征药物敏感性特征微生物自微生物自动化化鉴定技定技术 研究生理生化特性的重要技术手段研究生理生化特性的重要技术手段API细菌数菌数值鉴定系定系统Enterotube 系系统-肠道管系道管系统Biolog 全自全自动和手和手动细菌菌鉴定系定系统API鉴定系统鉴定系统肠道管系统肠道管系统Biolog自动微生物分析系统经典典鉴定指定指标生态特性生态特性：需氧性、温度、需氧性、温度、pHpH、渗透压、宿主种类、生态、渗透压、宿主种类、生
3、态分布等分布等生活史，有性生殖情况生活史，有性生殖情况血清学反应血清学反应微生物分微生物分类鉴定的定的现代技代技术 化学分化学分类法法 遗传学分学分类法法微生物分微生物分类鉴定的定的现代技代技术化学分化学分类法法细胞化学成分用作胞化学成分用作鉴定指定指标肽聚糖聚糖结构构脂肪酸、极性脂、呼吸脂肪酸、极性脂、呼吸醌分析分析全全细胞水解液的糖型胞水解液的糖型蛋白蛋白质遗传学分学分类法法GC碱基比碱基比核酸分子核酸分子杂交交16S rRNA基因序列分析基因序列分析微生物全基因微生物全基因组序列序列测定定 GC碱基比碱基比(G+C mol%)G+C mol%G+C mol%含量已经作为建立新的微生物分类
4、含量已经作为建立新的微生物分类单元的一项基本特征，它对于种、属甚至科单元的一项基本特征，它对于种、属甚至科的分类鉴定具有重要意义。的分类鉴定具有重要意义。5%，不同的种，不同的种15%，不同的属，不同的属核酸分子核酸分子杂交交DNA-DNA杂交交DNA-rRNA杂交交rRNA-rRNA杂交交杂交同源性交同源性:70%,同种同种20%-70%,同属同属16S rRNA基因序列分析基因序列分析rRNA普遍存在普遍存在,易于提取易于提取;rRNA具有重要恒定的生理功能具有重要恒定的生理功能;rRNA的高度保守性的高度保守性-进化尺度化尺度;核苷酸数量适中核苷酸数量适中,信息量大信息量大,易于分析易于
5、分析16S rRNA基因序列分析基因序列分析种的传统判定指标值种的传统判定指标值 97%,则必须进一步做则必须进一步做DNA-DNA杂交，若杂交，若DDH70%,则判定为新种。则判定为新种。最新判定指标最新判定指标 相似性相似性 98.65%微生物全基因微生物全基因组序列序列测定定1995年，流感嗜血杆菌年，流感嗜血杆菌 基因组测序完成基因组测序完成 Haemophilus influenzae Rd KW20全基因组测序是发表微生物新种必须具有的重要全基因组测序是发表微生物新种必须具有的重要指标指标微生物全基微生物全基因组序列因组序列DDH （70%）G+C mol%平均核苷酸相似性平均核苷
6、酸相似性 ANI ANI （95%95%）多相分类法将表型特征、化学特征及遗传学特征将表型特征、化学特征及遗传学特征相结合，用多种手段对微生物进行分相结合，用多种手段对微生物进行分类鉴定和系统发育研究类鉴定和系统发育研究新种鉴定工作新种鉴定工作纯培养物纯培养物16S rRNA序列分析序列分析形态学形态学化学分析化学分析遗传学分析遗传学分析GCmol%ANI分分析析DNA-DNA杂杂交交生理生化分析生理生化分析确定新种可能性确定新种可能性细胞形态-电镜；菌落形态革兰氏染色，接触酶、氧化酶、碳源、硝酸还原等脂肪酸、极性脂、呼吸醌、肽聚糖等生态特性生态特性温度、pH、盐浓度、耐药性等https:/www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy