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1、病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程实习5：蛋白质组学数据分析系统生物学平台浙江加州国际纳米技术研究院（ZCNI）邱庆崇 刘 杰李 超 刘 振病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程1.蛋白质组学质谱分析背景介绍2.蛋白质组学数据库检索软件GPM(X!tandem)3.蛋白质组学数据统计分析软件TPP课程内容:病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程蛋白质组学质谱分析背景介绍病原体侵
2、入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程Tandem MS蛋白质组学质谱分析背景介绍病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程m/z:质量电荷比病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程蛋白质组学质谱分析背景介绍http:/www.expasy.ch/tools/peptidecutter/粘贴蛋白序列：PGYRNNVVNTMRLWSAKAPNDFNLKDFNVG 选择“Only the follo
3、wing selection of enzymes and chemicals”，并选择胰酶Trypsin 酶切点击Perform病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程蛋白质组学质谱分析背景介绍APNDFNLK病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程肽段离子碎片示意图病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程v1-lettercodeAveragemassAlanine A 71.08A
4、rginine R 156.19Asparagine N 114.10Aspartic acid D 115.09Asn or Asp B Cysteine C 103.14Glutamic acid E 129.12Glutamine Q 128.13Glu or Gln Z Glycine G 57.05Histidine H 137.14IsoleucineI 113.16Leucine L 113.16Lysine K 128.17Methionine M 131.19Phenylalanine F 147.18Proline P 97.12Serine S 87.08Threonin
5、e T 101.10Selenocysteine U 150.03Tryptophan W 186.21Tyrosine Y 163.18Valine V 99.13蛋白质组学质谱分析背景介绍具体数值，对应后页中离子质量病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程蛋白质组学质谱分析背景介绍病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程蛋白质组学质谱分析背景介绍病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过
6、程蛋白质组学质谱分析背景介绍?面对如此多的质谱谱图和理论图谱我们将如何进行比对u 目前人类已知蛋白大约有6 万8 千种u 平均每种蛋白长度为500 个氨基酸u 平均每种蛋白可以胰切成50 个肽段u 平均每个肽段有10 种可能打碎情况u 每一种可能情况产生1 张理论图谱u 平均一次质谱实验有3000 次扫描u 每一次扫描产生1 张质谱谱图病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程蛋白质组学数据库检索软件GPM(X!tandem)病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理
7、生理过程 蛋白质组学数据库检索软件GPM(X!tandem)SEQUEST Mascot类型 免费开源软件 商业软件 商业软件数据输入DTA,PKL,MGF，mzXML,mzDATARAW,DTA MGF,DTA速度 快 较慢 较慢病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程X!Tandem优点：运算速度快 免费，并行集群计算成本低 开源可自行修改代码缺点：应用范围尚不广泛 后期统计软件接口尚未成熟蛋白质组学数据库检索软件硬件要求：当前主流电脑配置即可胜任小规模数据检索SlavenodesMasternodeNetworkswi
8、tching病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程Download GPM Cyclone XE:ftp:/ftp.thegpm.org/projects/gpm/gpm-xe-installer/蛋白质组学数据库检索软件病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程蛋白质组学数据库检索软件数据库、结果程序等核心内容运行程序 质谱原始数据解压缩：病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程 蛋白
9、质组学数据库检索软件输出结果目录数据库参数病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程工作流程:1.将*.raw 文件转变为*.mzXML 文件(练习文件为肝癌蛋白质组学数据)2.编辑参数3.运行GPM 中的X!Tandem4.查看结果5.使用自己的数据库蛋白质组学数据库检索软件病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程1.将*.raw 文件转变为*.mzXML 文件开始 运行 输入“cmd”开启命令行窗口Download:http:/病原体侵入机体，消弱机体防
10、御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程2.编辑参数双击打开病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程One spectrum:搜索一个质谱数据One directory:搜索多个质谱数据，放于一个文件夹中，然后压缩成一个rar 文件谱Simple:仅简单的设置一级肽指纹图谱相关参数Advanced:设置搜索二级图谱所有参数Upload:查看以前的搜索!点击advanced
11、选择搜索二级质谱病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程选择程序X!Tandem选择需要搜索的质谱数据DTA,PKL,MGF,mzData,mzXML or Tandem BIOML 选择数据库数据检索输出阈值病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程二级谱中片段离子理论与实际差异最大允许值一级谱中片段离子理论与实际差异最大允许值搜索的离子为b离子与y离子(|0|/M0)X10(ppm)为离子质量的实测值；为离子质量的理论值；病原体侵入机体，消弱机体防御机能
12、，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程氨基酸残基的修饰完全修饰潜在的修饰氧化,磷酸化等等病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程快速搜索可能的修饰病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程酶切位点；酶切非特异性病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程3.运行程序点击运行病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖
13、，引起不同程度的病理生理过程运行界面病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程4.查看结果结果可靠性的统计指标以及强度蛋白的覆盖率蛋白检索号对应肽断总数蛋白分子质量唯一对应肽断数病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程将结果保存为excel查看检索参数，可保存为excel病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁
14、殖，引起不同程度的病理生理过程5.替换数据库下载蛋白数据库存放到fasta 文件夹(所使用fasta 数据库为所研究种属的蛋白数据库，可从ftp:/ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/proteomes/下载得到)病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程用记事本打开，编辑文件病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程在GPM 界面，数据库的下拉菜单中添加一个名
15、为mydatabase 的选项病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程将新数据库的mydatabase.fasta.pro 添加到GPM 中，保存文件，重新选择数据库运行程序。病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程参考文献：http:/thegpm.org/http:/thegpm.org/GPM/gpm_install_faq.html病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程蛋白质组
16、学数据统计分析软件Trans-ProteomicsPipeline(TPP)病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程 Trans-Proteomic Pipeline(TPP)是用于LC/MS/MS 蛋白质组学数据分析的软件.TPP 包含一系列蛋白质鉴定和定量分析的模块,能够对经Sequest 数据库搜索引擎得到的结果进行筛选过滤,从而达到蛋白质鉴定和测序的目的.蛋白质组学数据统计分析软件病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程Trans-Proteomi
17、cPipeline蛋白质组学数据统计分析软件病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程蛋白质组学数据统计分析软件病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程sp|P02754|LACB_BOVIN BETA-LACTOGLOBULIN PRECURSOR(BETA-LG)(ALLERGEN BOS D 5)-Bos taurus(Bovine).MKCLLLALALTCGAQALIVTQTMKGLDIQKV AGTWYSLAMAASDISLLDAQSAPLRVY
18、VEELKPTPEGDLEILLQKWENGECAQKKIIAEKTKIPA VFKIDALNENKLVLDTDYKKYLLFCMENSAEPEQSLACQCLVRTPEVDDEALEKFDKALKALPMHIRLSFNPTQLEEQCHITPEVDDEALEK:p=0.96 PTPEGDLEILLQK:p=0.81LSFNPTQLEEQCHI:p=0.65P=1(1-0.81)(1-0.96)(1-0.65)=0.99蛋白质组学数据统计分析软件病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程TPP 的安装与配置从http:/版本T
19、PP 软件。网站上下载)。安装完成后，将会生成TPP 的图标病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程 安装完后,桌面上生成了TPP 图标病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程使用TPP点击桌面上的 TPP Web Tools,将会出现TPP 的登陆界面.UserName:guestPassword:guest病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程 TPP Web Interface
20、的欢迎界面病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程样本数据分析 准备工作:1.确保C 盘至少1G 的空闲的硬盘空间.2.将数据文件ZCNI_No1(含.dta 和.out 文件)至ZCNI_No6 和质谱RAW 文件ZCNI_No1.RAW至ZCNI_No6.RAW,以及Sequest 参数文件sequest.param 放到目录:C:InetpubwwwrootISBdataZCNI_training下3.将数据库文件ipi.HUMAN.fasta 放到目录:C:database 中病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机
21、体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程操作流程1.将质谱RAW 文件转换成mzXML 文件；2.以Sequest 结果文件和参数文件转换成xml 文件；3.运行PeptideProphet，得到pepXML 文件；4.以上步得到的pepXML 文件运行ProteinProphet，得到最终结果；病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程1.将RAW 转换成mzXML文件 点击Analysis Pipeline 选择mzXL/mzMXL,在Input File Format 中选择 Thermo
22、Raw,在Specify File to convert to mzXML 中添加RAW 文件病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程选择目录ZCNI_training病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程在Conversion Options 中选择Centroid，然后选择Concert to mzMXL instead of mzML,最后点击Convert to mzML病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生
23、长繁殖，引起不同程度的病理生理过程程序运行界面病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程2.由.out 文件整合成pepXML 文件点击“Analysis Pipeline”,然后点击pepXML,出现如图所示的界面。选择需要转换成pepXML 的.out文件夹提交sequest 检索时所用参数文件病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程选择所有文件夹病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过
24、程选择sequest 的参数文件病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程其他参数选择默认,点击Convert to PepXML,即可以将文件夹中的所有.out 文件整合成pepXML 文件病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程程序运行界面病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程3.运行PeptideProphet点击AnalysisPipeline,选择AnalyzePeptides
25、病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程选择所有需要运行PeptideProphet 的pepXML 文件病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程选择RUNPeptideProphet,其他参数为默认.病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程点击RUNXinteract,即可作PeptideProphet 分析.病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生
26、长繁殖，引起不同程度的病理生理过程PeptideProphet 分析 运行PeptideProphet 的结果可通过IE 打开.病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程在IE 中打开的PeptideProphet 的结果在pickcolumns 选项中选中xcorr、deltcan、sprank 三个sequest 的参数，选择UpdatePage病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定
27、部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程4.运行ProteinProphet点击AnalysisPipeline,选择AnalyzeProteins点击，添加文件病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程选择经PeptideProphet 后生成的Interact.pep.xml 文件病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程 其他为默认 其他为默认,点击 点击Run ProteinProphet!Run ProteinProphet!其它参数为默认,点击Ru
28、nProteinProphet,即可运行ProteinProphet 程序病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程运行ProteinProphet 完成后生成的interact-prot.shtml文件可由IE 打开.病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程 在IE 中输入http:/localhost/ISB/data/ZCNI_training/interact.prot.shtml,看到经ProteinProphet 后的结果为:病原体侵入机体，消弱
29、机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程7.数据的过滤筛选和将结果保存成Excel 文件在minprobability 填上0.9,选择exportToexcel,然后点击Filter/Sort/DiscardCheckedentries,即可将结果过滤并生成Excel 文件.病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程过滤筛选后生成的excel 文件蛋白可信度结果编号 蛋白索引号 唯一对应肽段数对应肽段总数肽段的氨基酸序列病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程过滤筛选后生成的excel 文件病原体侵入机体，消弱机体防御机能，破坏机体内环境的相对稳定性，且在一定部位生长繁殖，引起不同程度的病理生理过程Thank You!