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1、PERL在生物信息学中的应用 Still waters run deep.流静水深流静水深,人静心深人静心深 Where there is life,there is hope。有生命必有希望。有生命必有希望主要内容nPERL简介nPERL脚本的编写nPERL变量nPerl语法nPERL与正则表达式nPERL示例PERL释义Practical Extraction and Report Language 实用摘录和报告语言，但它其实不是缩写实用摘录和报告语言，但它其实不是缩写Larry Wall，1987.12.18Perl的历史的历史Perl的环境准备lUnix：大多数内置：大多数内置l一些
2、软件也内置一些软件也内置perl，比如，比如apache/oraclelWindows：ActivePerl5.10.0Perl的工具编辑工具：编辑工具：notepad，viIDE：Komodo，Perl Dev KitCGI：Top perl studio，Perl builder,perl edit，perlwiz，Mod_perlPerl的功能l脚本语言，解释执行，无需编译脚本语言，解释执行，无需编译l具有编译语言如具有编译语言如c、Java的功能，又有的功能，又有shell脚本的方便脚本的方便l无数据类型区分，适于不太复杂的程序无数据类型区分，适于不太复杂的程序l适于不要求速度，不在乎
3、内存适于不要求速度，不在乎内存CPU等系统资源的任务等系统资源的任务l强大的字符串处理功能强大的字符串处理功能l灵活或复杂的正则表达式灵活或复杂的正则表达式l大多数平台支持，除了专用模块，可在不同平台运行大多数平台支持，除了专用模块，可在不同平台运行Perl的应用nWeb编程：CGI，XML处理n系统管理n网络编程（安全脚本）.n数据库管理n图像处理n其他众多的领域。一个示例#!/usr/bin/perlPrint“This is my first perl programn”;$a=;Print$a;l第一行：#!/usr/bin/perl 由什么程序执行以下的内容l注释：l输入：l输出：p
4、rintl$a：变量，无需指定数据类型perl的四种变量oScalar：标量，以$开始，后面以字母或_开头，再后面可以是字母或数字oarray：数组，列表，以开头oHash：哈希，散列，以%开头o文件：大写字母o区分大小写，$Var,$VAR,$varo内置变量$/，$等字符串变量o由双引号或单引号标识的一组字符组成。o最少0个字符（“”为空串），最多可以占满内存，末尾不含null(0)o“$string”=$str+“ing”!=$stringo记住一些常用的转义字符oprint“the$var is$var.”o注意单引号的用法：不替换、不转义$var=“str”;print“this i
5、s$var”;#”this is str”print this is$var;#this is$var变量初值l未创建时状态为undef，到达文件尾也为undefl说明变量为未定义：undef$a;l用在条件判断中：if(undef$a)l代替不关心的变量：$s=“a:b:c:d;($a1,undef,undef,$d1)=split(/:/,$s);l如果有undef变量又不知在哪，可加-w参数进行提示#!/usr/bin/perl-wl创建后状态为defined 一般用在条件判断中if(defined$a)l整数初值为0，字符串初值为空串”。一般未赋值就使用时$result=$undefi
6、ned+2;相关函数olength()：字符串长度ouc,lc,ucfirst,lcfirst：改变大小写函数osubstr,index,pos：字符串函数osin等三角函数orand(),srand()：随机发生函数$lastchar=chop($str)#截去最后一个字符$result=chomp($str)#截去末尾的行分隔符（通常为”n”），行分隔符由$/定义控制结构oif(condition1)elsif(condition2)elseounless()ountil()odo until()owhile()odo while()ofor(;)oforeach循环语句foreacho语
7、法：foreach$w(list|array)statemento()内可以是数组a，也可以是列表(1,2,3)o数组元素值可以修改，列表则是常量o$w不影响本来已定义的变量$w，循环结束后恢复o可以用$a(a)用相同的变量名称o示例：nforeach$a(a)用于数组nforeach$a(1,2,3,4)用于列表nforeach$k(keys%h)用于哈希/散列nforeach$a(a1,2,4)仅对数组部分元素nforeach(a)缺省循环变量为$_循环控制olast：退出循环onext：进入下一循环oredo：重新执行本次循环ogoto：跳转ocontinuestatement单行条件语
8、句与循环语句oprint$a if$a=0;oprint$a unless($a=0);oprint$a while($a-=0);oprint$a until($a-=0)用|，&的条件语句：$a=0&print$a;open(F,file)|die“cant open”;die函数：在控制台标准错误输出信息后退出程序。warn：输出信息后不退出程序，只起警报作用。$!：内部变量，包含错误代码。$：内部变量，包含错误信息。列表数组的形式o形式：(1,”a”,2.3,$a,$x+1)，其元素可以是数字、字符串、变量、表达式o空列表()，单元素列表(2)不同于标量2oqw(1$a str)n()
9、可以用其他符号表示，如n元素可以是数值、变量、不带引号的字符串，中间用空格分开范围表示的列表.：范围运算符，每次增加1，如1.3o(1.6)=(1,2,3,4,5,6)o(1,2.5,6)=(1,2,3,4,5,6)o(3.3)=(3)o(2.4.5.3)=(2.4,3.4,4.4)o(4.5.1.6)=()o(“aa”.”ad”)=(“aa”,”ab”,”ac”,”ad”)o$month=(01.31)o($a,$a+3)=(3,4,5,6)if$a=3数组列表的存储oa=(1,2,3)，不同于$a，初始值为()o元素形式：$a0表示第一个元素，索引从0开始，$a-1表示倒数第一个元素o数组
10、的赋值：na=(1,2,3,4);b=a;nb=(2,3);a=(1,a,4);na=;#从屏幕输入进行赋值，按下CTRL-d结束n改变元素的值：$a1=3;n超出数组大小的元素赋值：$a5=6;#自动增长，其他元素为NULLn读取不存在的元素为空：$b=$a6;数组的读出a=(1,2,3);n$a=$a1;n($x,$y,$z)=a;$x=1,$y=2,$z=3;n($x,$y)=a;$x=1,$y=2;n($a,$b,$c,$d)=a;$a=1,$b=2,$c=3,$d=“”;n$a=a=$#a+1;#$a为数组长度，$#a为数组的最后一个元素的索引n($a)=a;#数组的第一个元素$a0
11、n打印数组：print a;#元素直接相连 print“a”;#元素之间用空格分开数组片段a=(1.5)nsub=a0,1,3;na1,3=(“a”,”b”);nb=(1,2,3);sub=ab;na1,2=a2,1;na1,2,3=a3,2,4;数组操作函数osort：缺省按字母排序$a,$b表示数组元素，_代表数组本身nreverse a;#取数组的逆序nchop a;#每个元素截去最后一个字符nshift(a);#删除数组第一个元素并返回该值，缺省对ARGV数组nunshift(a);#在数组头部添加元素，返回新数组长度npush(a,$a);#在数组末尾添加元素npop(a);#删除数
12、组末尾元素数组操作函数（二）ojoin(连接符号,a)把数组连接为一个字串a=(a,b);join(:,a)=“a:b”;osplit(/分隔符/,分割串,长度)分隔符：缺省为空格，可省略分割串：缺省为$_，可省略长度：可省略，缺省为全部分割$s=“a,b,c”;a=split(/,/,$s);a=(a,b,c);a=split(/,/,$s,2);a=(a,b,c);数组函数（三）osplice函数：ret=splice(a,skip,length,newlist);l对数组a进行操作，跳过skip个元素，然后用newlist替换length个元素lnewlist长度可以不为length，但
13、其替换长度总为lengthl如果length=0表示为插入；如果newlist=()则表示为删除l当length和newlist都省略时表示全部删除ofound=grep(/pattern/,search)对数组search的每个元素进行搜索匹配pattern，匹配元素返回到foundomap(expr,list)对数组list的每个元素进行expr运算，返回运算后的数组。元素用$_替代，如map($_+1,(1,2)(2,3)二维数组aoa=1,2,3,a,b,c;n该数组的元素为两个数组n子数组访问：$aoa-0(1,2,3)n子数组元素列表：$aoa-00,1,2n子数组元素访问：$ao
14、a-00a=(1,2,3);b=(a,b,c);$aoa=a,b;$aoa-00;关联数组：哈希/散列o关联数组的表示：%h=(1,a,2,b);o关联数组的下标为关键字key，由key得到的值为valueo上式的意义是%h=(1=a,2=b);o元素形式$h1=a关联数组的赋值%a=(“key1”,1,”key2”,2);%h=a;a=%h;%h1=%h2;($a,%h)=array;%h=(%first,%second);%h1=(%h2,k,v)函数的返回：%h=split();keys=(a,b,c);hashkeys=hashreverse keys;关联数组操作函数okeys(%h
15、ash),values(%hash)分别返回键和值的列表，返回元素无顺序o($key,$value)=each(%hash)效率高于先用foreach$k(keys%h),再用$hash$koexists$hashkey判断关键字是否存在oundef(%h)相当于删除散列%h=();odelete关联数组的顺序foreach$w(sort keys(%hash)#按照字符串排序或者foreach$w(sort$a$b keys(%hash)#数值排序文件o存放于磁盘，用于读写访问，访问前必须先打开文件，结束时关闭文件open(HANDLE,“filename”)|die$!;o成功返回非零，失
16、败返回零oHANDLE：文件句柄，用来代表操作的文件。以字母开头，字母、数字、下划线组成，一般用大写字母o缺省打开的句柄STDIN,STDOUT,STDERR,文件描述符为0，1，2。不必调用open就可以直接访问nSTDIN：键盘输入，控制台。nSTDOUT：屏幕，显示屏。nSTDERR：错误输出，显示屏。文件访问模式o只读：open(F,“filename”);文件不存在则创建新文件，存在则清空重写o追加：open(F,“filename”);在存在的文件后面追加内容o读写：open(F,“+，文件不存在则创建，存在则清空再写o读写：+，文件不存在则创建，存在则追加o管道：|，open(F
17、,“|cathello”);把文件F的输出(print F$a)作为后的输入。open(F,“comm|”);把comm的输出作为F的输入。以下的内容只要读出。comm为命令。文件缓冲 缓冲 无缓冲打开：open,sysopen sysopen关闭 close读 ,readline sysread写 print syswrite定位 tell,seek sysseek读文件o$line=读一行到line，指针后移一行。缺省读到$_中。$/=n，为行分隔符，遇到它则为一行结束，行包含$/。可用chomp($s)去除此标志，行尾不含$/则不去除字符。可设置$/为其他字符串，遇到$/为行结束，cho
18、mp去除此字符串。oarray=文件内容全部读出，每行为一个元素。含回车。o当从STDIN中读时，可省略为。oread(F,$in,len,$offset)读入$inosysread(F,$in,len,$offset)getc(F)读一个字符命令行参数ARGV：全局，$ARGV0是第一个参数，不是程序名。是对$ARGV的引用。ARGV一旦赋值，原值丢失。1。第一次看到时，打开以$ARGV0中的文件。无参数则打开STDIN读。所以可以省略。2。shift(ARGV),元素数量减少一个。3。读打开的文件中的所有行。4。再读第二个参数表示的文件。文件尾检测：eof和eof()。文件结束返回真。AR
19、GV（”file1”,”file2”）;while($line=)if(eof)print eof;读取file1到末尾时，下一循环打开下一文件。每次读完一个文件输出eof.if(eof()print eof);所有文件都读完才输出eof。写文件printf(“format str”,$a,$b);同c中的printf，格式化串包含%m.nf的格式指示，后面依次是相应的值列表。print F(“str”);F文件句柄，后面为空格，省略F为STDOUT。str输出内容。可用单引号，不进行变量替换，不加引号，计算出变量的值再输出。()可省略。这是函数的特点。write用于格式化输出。不是read的
20、相应操作。syswrite(F,$data,length,$offset);同sysread文件测试op expr if(-e“file1”)print STDERR(“file1n”);文件是否存在。-b是否为块设备-c是否为字符设备-d是否为目录 -e是否存在-f是否为普通文件 -g是否设置了setgid位-k是否设置了sticky位 -l是否为符号链接-o是否拥有该文件 -p是否为管道-r是否可读 -s是否非空-t是否表示终端-u是否设置了setuid位-w是否可写-x是否可执行-z是否为空文件-A距上次访问多长时间-B是否为二进制文件-C距上次访问文件的inode多长时间-M距上次修改
21、多长时间-O是否只为“真正的用户”所拥有-R是否只有“真正的用户”可读-S是否为socket-T是否为文本文件-W是否只有“真正的用户”可写-X是否只有“真正的用户”可执行-s 返回文件长度，-A-C-M返回天数。正则表达式(模式匹配)检验匹配是否成功=字符串是否匹配模式，匹配则为真，没有匹配则为假。!不匹配为真，匹配为假。regular expression，规则表达式模式匹配，在字符串中寻找特定序列的字符。指定模式：由斜线包含，/def/即模式def。匹配操作符=、!$question=“expleaseding”$question=/please/$question!/edit/正则表达
22、式的使用if($question=/please/)print(Thank you for being polite!n);else print(That was not very polite!n);用于条件判断：grep：正则表达式只对简单变量匹配，如果是数组a=/abc/，则2=/abc/。用grep(/abc/,a);对数组中的每个元素匹配。split(/abc/,$line)根据模式匹配分割字符串。模式匹配的3种类型：m/模式匹配，s/匹配并替换，tr/逐一替换，翻译模式匹配之一：元字符+一个或多个相同的前导字符(模式)。如：/de+f/指def、deef、deeeeef等。是对前一
23、个匹配模式的重复，不是匹配后的字符的重复。如/deE+/，匹配de,dee,dE,dEE,deE,dEe。不是匹配了e后再重复eee，就没有eE了。相当于/deEeEeE/。*匹配0个、1个或多个相同字符？匹配0个或1个该前一个字符.匹配除换行外的所有单个字符，通常与*合用.*所有任意数量字符。与前一字符结合，可不出现字符。相当于.匹配指定数目的字符 指定所匹配字符的出现次数。如：/de1,3f/匹配def,deef和deeef；/de3f/匹配deeef；/de3,f/匹配不少于3个e在d和f之间；/de0,3f/匹配不多于3个e在d和f之间。表示除其之外的所有字符，如：/ddeEf/匹配d
24、加非d,e,E字符加f的字符串模式匹配之二：选择 匹配一组字符中的任一个。/a0123456789c/将匹配a加一个数字加c的字符串。与+联合使用例：/deE+f/匹配def、dEf、deef、dEdf字符|指定两个或多个选择来匹配模式。每个选择都是一个匹配或一组。不是单个字符。如：/def|ghi/匹配def或ghi。/x|y+/匹配x或y+。0-9 a-z A-Z /a0-9c/匹配任意字母或数字0-9a-zA-Z例：检验数字表示合法性 if($number=/-?d+$|-?0 xXda-fa-F+$/)print($number is a legal integer.n);else p
25、rint($number is not a legal integer.n);其中-?d+$匹配十进制数字，-?0 xXda-fa-F+$匹配十六进制数字。转义符和定界符模式中包含通常被看作特殊意义的字符，须在其前加斜线。如：/*+/中*即表示字符*，而不是上面提到的一个或多个字符的含义。斜线的表示为/。在PERL5中可用字符对Q和E来转义。从Q开始到E间的字符为原始字符，无特殊含义。d 任意数字 0-9 D 除数字外的任意字符 0-9 w 任意单词字符 _0-9a-zA-Z W 任意非单词字符 _0-9a-zA-Z s 空白 rtnf S 非空白 rtnf 例：/da-z/匹配任意数字或小写
26、字母。定界定界：或 A 仅匹配字符串首$或 Z 仅匹配字符串尾 b 匹配单词边界 B 单词内部匹配/def/只匹配行以def打头的字符串，/def$/只匹配以def结尾的字符串，结合起来的/def$/只匹配字符串def$和A,Z在多行匹配时用法不同。示例例1：检验变量名的类型：if($varname=/$A-Za-z_0-9a-zA-Z*$/)print($varname is a legal scalar variablen);elsif($varname=/A-Za-z_0-9a-zA-Z*$/)print($varname is a legal array variablen);elsi
27、f($varname=/A-Za-z_0-9a-zA-Z*$/)print($varname is a legal file variablen);else print(I dont understand what$varname is.n);例2：b在单词边界匹配：/bdef/匹配def和defghi等以def打头的单词，但不匹配abcdef。/defb/匹配def和abcdef等以def结尾的单词，但不匹配defghi，/bdefb/只匹配字符串def。注意：/bdef/可匹配$defghi，因为单词包括字母数字下划线，$并不被看作是单词的部分。例3：B在单词内部匹配：/Bdef/匹配ab
28、cdef等，但不匹配def；/defB/匹配defghi等；/BdefB/匹配cdefg、abcdefghi等，但不匹配def,defghi,abcdef。模式的重用当模式中匹配相同的部分出现多次时，可用括号括起来，用n来多次引用，以简化表达式。把匹配的值存起来以后再用，和+模式的重复不同。只在本次匹配可用。还可以在匹配外引用。例：/d2(W)d21d2/匹配12-05-92，26.11.87，07 04 92等但不匹配12-05.92 注意：/d2(W)d21d2/不同于/(d2)(W)121/，后者只匹配形如17-17-17的字符串，而不匹配17-05-91等。模式变量在模式匹配后调用重用
29、部分的结果可用变量$n，全部的结果，匹配模式用变量$&，包含不在括号中的。匹配处之前的部分用变量$，匹配处之前的部分用变量$。也可用列表一次取得。$string=This string contains the number 25.11.;$string=/-?(d+).?(d+)/;#匹配结果为25.11$integerpart=$1;#now$integerpart=25$decimalpart=$2;#now$decimalpart=11$totalpart=$&;#now totalpart=25.11$_=This string contains the number 25.11.;
30、result=/-?(d+).?(d+)/;匹配得到的变量形成列表，可赋值给数组。当匹配失败，$1的内容不确定，可能是从前匹配的内容。为避免匹配失败要进行是否匹配成功的判断，或直接赋值。($m1,$m2)=($name=/(ab).*(c)把()内的匹配值直接赋与$m1,$m2，不改变$1的值。嵌套使用：/(aaa)*)/，最外层的括号为$1，内层为$2，$3。匹配选项g 匹配所有可能的模式，根据懒惰规则不加g只匹配一处。返回到数组中。matches=balata=/.a/g;#matches=(ba,la,ta)匹配的循环：每次匹配记住上次的位置 while(balata=/.a/g)$ma
31、tch=$&;print($matchn);结果为：ba la ta 当要匹配的字符串改变时重新开始搜索。当使用了选项g时，可用函数pos来控制下次匹配的偏移：$offset=pos($string);下一个匹配开始的位置 pos($string)=$newoffset;从此位置开始搜索匹配匹配选项i 忽略模式中的大小写：/de/i 匹配de,dE,De和DE。m 将待匹配串视为多行，符号匹配字符串的起始或新的一行的起始；$符号匹配任意行的末尾。以下例只匹配第一行为a，否则无匹配;$line=a b c;$line=/(.*)$/m;s 将待匹配串视为单行。.可以匹配n。/a.*bc/s匹配字
32、符串axxxxx nxxxxbc，但/a.*bc/则不匹配该字符串。o 仅只执行一次变量替换$var=1;$line=;while($var 10)$result=$line=/$var/o;$line=;$var+;第一次匹配1，第二次值为2，但仍匹配1。x 忽略模式中的空白。格式清晰 /d2(W)d2 1 d2/x等价于/d2(W)d21d2/。匹配符号的优先级象操作符一样，转义和特定字符也有执行次序()模式内存+*?出现次数$b B 锚|选项扩展匹配模式(?pattern)，其中c是一个字符，pattern是起作用的模式或子模式。3、(?#注释)模式注释 PERL5中可以在模式中用?#来
33、加注释，如：if($string=/(?i)a-z2,3(?#match two or three alphabetic characters)/.1、(?:pattern)不存贮括号内的匹配内容括号内的子模式将存贮在内存中，此功能即取消存贮该括号内的匹配内容，如/(?:a|b|c)(d|e)f1/中的1表示已匹配的d或e，而不是a或b或c。2、/(?option)pattern/内嵌模式选项 通常模式选项置于其后，有四个选项：i、m、s、x可以内嵌使用，等价于/pattern/option。/(?i)a-z+/=/a-z+/i4、(?)取消贪婪 a12b38b /a.*b/全部匹配，当/a(
34、.*?)b/时匹配a12b。同样的有*?,+?,?,x?,x,?,x,y?,扩展模式匹配5、/pattern(?=string)/肯定的和否定的预见匹配.?=?!匹配后面为string的模式，相反的，(?!string)匹配后面非string的模式，如：$string=25abc8;$string=/abc(?=0-9)/;$matched=$&;#$&为已匹配的模式，为abc，不是abc8 例1。$line=“block1 first block2 second block3 third”$line=/blockd(.*?)(?=blockd|$)/g;print$1;例2。使用while$
35、line=begin begin begin;while($line=/begin(.*?)(?=begin|$)/sg)push(blocks,$1);替换操作替换操作o在替换部分可使用模式变量$n，如s/(d+)/$1/，但在替换部分不支持模式的特殊字符，如,*,+等，如s/abc/def/将把abc替换为def。替换操作符的选项：g,i,m,o,s,x,e e 替换字符串作为表达式。e选项把替换部分的字符串看作表达式，在替换之前先计算其值，如：$string=0abc1;$string=s/a-zA-Z+/$&x 2/e;#now$string=0abcabc1s/pattern/rep
36、lace/，将字符串中与pattern匹配的部分换成replace。替代字符串不是模式。如$string=abc123def;$string=s/123/456/;#now$string=abc456def;翻译操作otr/string1/string2/。string1中的第一个字符替换为string2中的第一个字符，把string1中的第二个字符替换为string2中的第二个字符，依此类推。如：$string=abcdefghicba;o$string=tr/abc/def/;#now string=defdefghifedo当string1比string2长时，其多余字符替换为string2的最后一个字符；当string1中同一个字符出现多次时，将使用第一个替换字符。翻译操作符的选项：c 翻译所有未指定字符，d 删除所有指定字符，s 把多个相同的输出字符缩成一个$string=tr/d/c;把所有非数字字符替换为空格。$string=tr/t/d；删除tab和空格；$string=tr/0-9/cs；把数字间的其它字符替换为一个空格。