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1、关于转录与转录后加工1第一页，本课件共有165页2第一节第一节 转录概述转录概述第二页，本课件共有165页3一、转录一、转录生物体以生物体以DNA为模板合成为模板合成RNA的过程叫做的过程叫做转录转录(transcription)。基因表达基因表达(gene expression):基因所贮存的遗传信息通基因所贮存的遗传信息通过转录和翻译产生具有生物功能的多肽和蛋白质的过过转录和翻译产生具有生物功能的多肽和蛋白质的过程。程。阶段特异性（时间特异性）阶段特异性（时间特异性）组织特异性（空间特异性）组织特异性（空间特异性）第三页，本课件共有165页4 转录是基因表达的第一步，也是最关键转录是基因表
2、达的第一步，也是最关键的一步。转录调控蛋白的一步。转录调控蛋白(Regulatory protein)决定了一个基因能否被决定了一个基因能否被RNA聚合酶转录。生聚合酶转录。生物体基因表达调控的第一步也就是决定是否物体基因表达调控的第一步也就是决定是否要让该基因转录。对于大多数基因来说，这要让该基因转录。对于大多数基因来说，这是最重要的调控机制，在有些情况下甚至是是最重要的调控机制，在有些情况下甚至是唯一的调控机制。唯一的调控机制。第四页，本课件共有165页5RNA分为分为3种种:（1）信使）信使RNA分子分子(mRNA)，含有一条或多条多肽，含有一条或多条多肽链的氨基酸顺序的信息；链的氨基酸
3、顺序的信息；（2）转运）转运RNA(tRNA),可以阅读可以阅读mRNA中的信息中的信息,并在蛋白质合成中携带和转移特定的氨基酸到生长并在蛋白质合成中携带和转移特定的氨基酸到生长中的多肽链上；中的多肽链上；（3）核糖体）核糖体RNA(rRNA),它与蛋白质结合它与蛋白质结合,形成蛋白形成蛋白质合成的场所质合成的场所 核糖体。核糖体。第五页，本课件共有165页6二、转录单位二、转录单位(Transcription unit)DNA双链中按碱基配对规律能指引转录生双链中按碱基配对规律能指引转录生成成RNA的一股单链，称为的一股单链，称为模板链模板链（template strand），也称作），也称
4、作反义链反义链（antisense strand）或）或负链负链。相对的另一股单链是。相对的另一股单链是编码编码链链（coding strand），也称为），也称为有义链有义链（sense strand）或）或正链正链。第六页，本课件共有165页75GCAGTACATGTC 33 c g t c a t g t a c a g 55GCAGUACAUGUC 3NAla Val His Val C编码链编码链模板链模板链蛋白质蛋白质转录转录翻译翻译第七页，本课件共有165页8DNA模板与模板与mRNA分子分子及多肽链之间存在共线及多肽链之间存在共线性关系。性关系。第八页，本课件共有165页9RN
5、A合成由合成由RNA聚合酶聚合酶(RNA polymerase)催化。当催化。当RNA聚合酶结合到称为启动子聚合酶结合到称为启动子(Promoter)的的DNA特异转录起始区时，转录就开始了。启动子通常特异转录起始区时，转录就开始了。启动子通常在转录起点附近，即位于在转录起点附近，即位于RNA转录产生的第一个碱转录产生的第一个碱基对附近。基对附近。RNA聚合酶从转录起始位点聚合酶从转录起始位点(Start point)开始沿模板边开始沿模板边移动边合成移动边合成RNA，直至终止序列。从启动子延伸到，直至终止序列。从启动子延伸到终止子终止子(Terminator)所跨越的部分称为一个所跨越的部分
6、称为一个转录单位转录单位。第九页，本课件共有165页10第十页，本课件共有165页11位于起始位点之前的序列称为转录单位的位于起始位点之前的序列称为转录单位的上游上游(Upstream)，起始位点之后，起始位点之后(在转录序列之内在转录序列之内)的序列被的序列被称为称为下游下游(Downstream)。按照书写规范，转录是从左。按照书写规范，转录是从左(上游上游)向右向右(下游下游)进行的，与进行的，与mRNA 的通常书写形式：的通常书写形式：5-3方向一致。方向一致。碱基的位置以起始位点为准，转录起始位点被定为碱基的位置以起始位点为准，转录起始位点被定为+1，位于其下游的碱基序数按顺序值递增
7、。起始位点前的一位于其下游的碱基序数按顺序值递增。起始位点前的一个碱基的位置被定义为个碱基的位置被定义为-1，越靠近转录起始位点上游，越靠近转录起始位点上游，碱基负值也越大。碱基负值也越大。第十一页，本课件共有165页12转录的直接产物被称为转录的直接产物被称为初始转录本初始转录本(primary transcript)。它包含一条从启动子延伸到终止子含有。它包含一条从启动子延伸到终止子含有5端及端及3端的端的RNA。初始转录本通常不稳定初始转录本通常不稳定:在原核生物中，它或被迅速降解在原核生物中，它或被迅速降解(对于对于mRNA)，或被剪，或被剪接成为成熟产物接成为成熟产物(对于对于rRN
8、A和和tRNA).在真核生物中在真核生物中,它或被末端修饰它或被末端修饰(主要对于主要对于mRNA)，或被，或被剪接成为成熟产物剪接成为成熟产物(对于所有对于所有RNA).第十二页，本课件共有165页13三、不对称转录三、不对称转录(asymmetric transcription)DNA分子的双链均有转录功能，但对于一个特定的分子的双链均有转录功能，但对于一个特定的DNA区域或对一个特定的区域或对一个特定的mRNA，只能有一条链为模板进，只能有一条链为模板进行转录，这种现象叫行转录，这种现象叫转录的不对称性转录的不对称性,即在即在DNA分子双分子双链上某一区段，一股链用作模板指引转录，另一股
9、链不链上某一区段，一股链用作模板指引转录，另一股链不转录。转录。RNA合成过程，天然双链合成过程，天然双链DNA为不对称转录，但体外为不对称转录，但体外条件下，一般条件下，一般DNA的的2条链都可以作为模板链转录条链都可以作为模板链转录RNA，称为，称为对称转录对称转录。第十三页，本课件共有165页145335模板链模板链编码链编码链（coding strandcoding strand）结构基因结构基因(structural gene)编码链编码链模板链模板链（template strandtemplate strand）DNADNA分子双链上某一区段，一条链可转录，另一条链分子双链上某一区
10、段，一条链可转录，另一条链不转录，但模板链并非永远在同一单链上。不转录，但模板链并非永远在同一单链上。第十四页，本课件共有165页15四、转录的一般特征四、转录的一般特征1.底物底物:4种核糖核苷三磷酸，种核糖核苷三磷酸，ATP,GTP,CTP,UTP;2.与与DNA复制一样，转录的方向总是从复制一样，转录的方向总是从53;3.模板模板:以一条以一条DNA链为模板，按碱基互补规律，在转录链为模板，按碱基互补规律，在转录区转录区转录;4.不需要引物不需要引物:RNA聚合酶能起始一条新链的合成，起始聚合酶能起始一条新链的合成，起始的核苷酸一般是嘌呤核苷酸（占的核苷酸一般是嘌呤核苷酸（占90%左右）
11、左右），而且将，而且将在在RNA链的链的5末端保持这一三磷酸基团末端保持这一三磷酸基团;第十五页，本课件共有165页16RNA合成主要包括四个步骤：合成主要包括四个步骤：（1）RNA聚合酶结合于聚合酶结合于DNA上的特定位点上的特定位点（2）起始）起始（3）链的延长）链的延长（4）链的终止和释放）链的终止和释放 第十六页，本课件共有165页17第十七页，本课件共有165页18第二节第二节 RNA合成的酶学合成的酶学第十八页，本课件共有165页19 RNA聚合酶是转录过程中最关键的酶，聚合酶是转录过程中最关键的酶，主要以双链主要以双链DNA为模板，以四种核苷三磷为模板，以四种核苷三磷酸作为活性前
12、体，并以酸作为活性前体，并以Mg2+/Mn2+为辅助因为辅助因子，催化子，催化RNA链的起始、延伸和终止，它链的起始、延伸和终止，它不需要任何引物，催化生成的产物是与不需要任何引物，催化生成的产物是与DNA模板链互补的模板链互补的RNA。第十九页，本课件共有165页20一、一、E.coli RNA聚合酶聚合酶E.coli RNA聚合酶由聚合酶由6个亚基组成（个亚基组成（5个多肽链），个多肽链），即即2 四个亚基的分子量分别为四个亚基的分子量分别为36.5KDa、150 KDa、160KDa和和82 KDa，整个酶分子的分子量为，整个酶分子的分子量为465KDa;分别是基因分别是基因rpoA、r
13、poB、rpoC和和rpoD的产物的产物;与与RNA聚合酶相结合的一个很小的蛋白质聚合酶相结合的一个很小的蛋白质(MW10KDa)，叫做，叫做亚基，其功能尚不清楚，有人认为亚基，其功能尚不清楚，有人认为亚基对于亚基对于RNA聚合酶的结构和功能没有太大的影响。聚合酶的结构和功能没有太大的影响。第二十页，本课件共有165页21原核生物的原核生物的 RNA聚合酶聚合酶亚单位亚单位 分子量分子量亚单亚单位数位数组分组分功能功能365122核心酶核心酶决定哪种基因被转决定哪种基因被转录录1506181核心酶核心酶与转录全过程有关与转录全过程有关1556131核心酶核心酶结合结合DNA模板模板110001
14、核心酶核心酶未知未知702631因子因子辨认起始点辨认起始点第二十一页，本课件共有165页22这样的酶称为这样的酶称为全酶全酶，RNA聚合酶是指聚合酶是指全酶。从全酶中去除全酶。从全酶中去除亚基后的其余部分亚基后的其余部分（2）称为）称为核心酶核心酶;核心酶核心酶 core enzyme 全酶全酶 holoenzyme第二十二页，本课件共有165页23亚基的最主要功能亚基的最主要功能是识别启动子，细胞内是识别启动子，细胞内DNA双链的哪双链的哪条链被转录，即转录的方向、转录起点的选择都与条链被转录，即转录的方向、转录起点的选择都与亚亚基有关基有关;不同的不同的亚基识别不同类型的启动子，可借以调
15、节基因亚基识别不同类型的启动子，可借以调节基因转录，而核心酶相同，即哪条链被转录，起始点在什转录，而核心酶相同，即哪条链被转录，起始点在什么地方靠么地方靠亚基识别，与核心酶无关。亚基识别，与核心酶无关。亚基是酶的别构效应物，使酶专一性识别模板上的亚基是酶的别构效应物，使酶专一性识别模板上的启动子。启动子。第二十三页，本课件共有165页24 核核心心酶酶在在T7噬噬菌菌体体DNA上上约约有有1300个个结结合合位位点点，平平均均结结合合常常数数为为2x1011;亚亚基基（因因子子）可可以以极极大大地地提提高高RNA聚聚合合酶酶对对启启动动子子区区DNA序序列列的的亲亲和和力力，酶酶底底结结合合常
16、常数数提提高高103倍倍，酶酶底底复复合合物物的的半半衰衰期期可可达达数数小小时时甚甚至至数数十十小小时时。因因子子还还能能使使RNA聚聚合合酶酶与与模模板板DNA上上非非特特异异性性位位点点的的结结合合常常数数降降低低104倍倍，使使酶酶底底复复合合物物的的半半衰衰期期小小于于1秒秒。第二十四页，本课件共有165页25 枯草杆菌中有枯草杆菌中有6种不同相对分子质量的种不同相对分子质量的因子，其中因子，其中55是主要存在形式，出现在营是主要存在形式，出现在营养细胞中，养细胞中，29则主要出现在胞子形成阶段，则主要出现在胞子形成阶段，参与胞子形成期基因转录的调控。在大肠参与胞子形成期基因转录的调
17、控。在大肠杆菌中，最常见的调控因子是由杆菌中，最常见的调控因子是由rpoD基因基因所编码的所编码的70。第二十五页，本课件共有165页26 由由rpoH编码的编码的32是与热休克启动子所是与热休克启动子所控制的基因转录密切相关。由控制的基因转录密切相关。由rpoN编码的编码的54则参与细胞的氮代谢。由则参与细胞的氮代谢。由T4噬菌体所编噬菌体所编码的码的55能与大肠杆菌能与大肠杆菌RNA聚合酶的核心酶聚合酶的核心酶结合，启动结合，启动T4晚期基因的转录。晚期基因的转录。第二十六页，本课件共有165页27亚基亚基参与底物的结合（包括前体核苷三磷酸以及已参与底物的结合（包括前体核苷三磷酸以及已经形
18、成的经形成的RNA链），催化磷酸二酯键的形成链），催化磷酸二酯键的形成;在在E.coli 细胞里，某些药物如利福霉素类药物（抑制细胞里，某些药物如利福霉素类药物（抑制RNA合成的起始）和链霉溶菌素（抑制合成的起始）和链霉溶菌素（抑制RNA链的延伸）链的延伸）能有效抑制能有效抑制RNA合成，试验证明，这合成，试验证明，这2种药物均作用种药物均作用于于亚基亚基;同时，发现同时，发现亚基与前体核苷三磷酸有很强的亚基与前体核苷三磷酸有很强的亲和力亲和力。第二十七页，本课件共有165页28亚基亚基参与反义链结合。参与反义链结合。在离体转录试验中，肝素在离体转录试验中，肝素(heparin)能抑制转录作用
19、，能抑制转录作用，人们发现肝素是与人们发现肝素是与亚基紧密结合的。亚基紧密结合的。亚基是碱亚基是碱性最强的亚基，而肝素是一种酸性的粘多糖，正性最强的亚基，而肝素是一种酸性的粘多糖，正好与核酸竞争好与核酸竞争亚基，从而妨碍亚基，从而妨碍亚基与反义链的亚基与反义链的结合。结合。第二十八页，本课件共有165页29亚基亚基可能参与全酶和启动子的牢固结合。这一牢固结可能参与全酶和启动子的牢固结合。这一牢固结合需要合需要DNA双螺旋的局部解链；当双螺旋的局部解链；当RNA聚合酶核心酶沿聚合酶核心酶沿着模板移动、进行着模板移动、进行RNA链的延伸时，需要不断地在前面链的延伸时，需要不断地在前面解开双螺旋，在
20、后面恢复双螺旋，这些作用可能与两个解开双螺旋，在后面恢复双螺旋，这些作用可能与两个亚基的功能有关。亚基的功能有关。RNA聚合酶仅仅是复杂的转录机构的核心部分。除了聚合酶仅仅是复杂的转录机构的核心部分。除了RNA聚合酶之外，还需要其他一些辅助的蛋白质因聚合酶之外，还需要其他一些辅助的蛋白质因子。如在转录终止时发生作用的释放因子子。如在转录终止时发生作用的释放因子(因子因子)和抗和抗终止因子等。参与起始作用的终止因子等。参与起始作用的因子习惯上算作因子习惯上算作RNA聚合聚合酶的成分，其实也是一种辅助因子。酶的成分，其实也是一种辅助因子。第二十九页，本课件共有165页30二、真核生物的二、真核生物
21、的RNA聚合酶聚合酶真核细胞中有三种真核细胞中有三种RNA聚合酶聚合酶，即即RNA聚合酶聚合酶、RNA聚合聚合酶酶、RNA聚合酶聚合酶;这些名称最早是依据它们从这些名称最早是依据它们从DEAE纤维素柱上洗脱的先后顺序而定纤维素柱上洗脱的先后顺序而定出来的。后来发现不同生物的三种出来的。后来发现不同生物的三种RNA聚合酶的洗脱顺序并不相同，因聚合酶的洗脱顺序并不相同，因而改用三种不同的而改用三种不同的RNA聚合酶对于聚合酶对于-鹅膏蕈碱鹅膏蕈碱(-amanitine)的敏感性的敏感性不同来进行区别。不同来进行区别。RNA聚合酶聚合酶I基本不受基本不受-鹅膏蕈碱的抑制，在大于鹅膏蕈碱的抑制，在大于
22、103 mol/L时才表现出轻微的抑制作用；时才表现出轻微的抑制作用；RNA聚合酶聚合酶对于对于-鹅膏蕈鹅膏蕈碱最为敏感，在碱最为敏感，在10-9-10-8mol/L浓度下就会被抑制浓度下就会被抑制;RNA聚合酶聚合酶的的敏感性介于敏感性介于RNA聚合酶聚合酶和和之间，在之间，在10-5-10-4 mol/L时表现抑制时表现抑制作用。作用。第三十页，本课件共有165页31 真核生物的真核生物的RNA聚合酶聚合酶 种类种类 对鹅膏蕈碱对鹅膏蕈碱的反应的反应 rRNAsnRNAmRNA 5S-rRNA tRNA耐受耐受极敏感极敏感中度敏感中度敏感转录产物转录产物第三十一页，本课件共有165页32R
23、NA聚合酶聚合酶主要存在于核仁中，其功能是合成主要存在于核仁中，其功能是合成5.8 S rRNA、18S rRNA和和28S rRNA;RNA聚合酶聚合酶存在于核质中，其功能是合成存在于核质中，其功能是合成mRNA以以及及snRNA;RNA聚合酶聚合酶也存在于核质中，其功能是合成也存在于核质中，其功能是合成tRNA和和5S rRNA以及转录以及转录Alu序列。序列。第三十二页，本课件共有165页33在细胞质中也能发现一些在细胞质中也能发现一些RNA聚合酶聚合酶，它是从细胞，它是从细胞核中渗漏出来的。核中渗漏出来的。三种主要的三种主要的RNA聚合酶的分子量都在聚合酶的分子量都在500 KDa左右
24、左右(14S-15S)，每种酶分子含有两个大亚基和，每种酶分子含有两个大亚基和48个个小亚基，每个小亚基的分子量为小亚基，每个小亚基的分子量为10 KDa-90KDa。像原核生物一样，不同种类的基因需要不同的蛋白像原核生物一样，不同种类的基因需要不同的蛋白质辅助因子协助质辅助因子协助RNA聚合酶进行工作聚合酶进行工作。第三十三页，本课件共有165页3430第三十四页，本课件共有165页35细菌细菌RNA聚合酶的核心酶可以独立合成聚合酶的核心酶可以独立合成RNA，它由，它由亚基的两个拷贝和亚基的两个拷贝和、各一个拷贝组成各一个拷贝组成;该酶与真该酶与真核生物的聚合酶有密切联系核生物的聚合酶有密切
25、联系;大亚基大亚基和和与与Pol 的大亚基的大亚基RPB1及及RPB2同源同源;亚亚基与基与RPB11及及RPB3同源同源;亚基与亚基与RPB6同源。同源。原则上，细菌的核心酶能够在原则上，细菌的核心酶能够在DNA分子的任何一点开始分子的任何一点开始转录，但在细胞内，聚合酶只在启动子处起始转录转录，但在细胞内，聚合酶只在启动子处起始转录由于由于起始因子的加入。此为起始因子的加入。此为全酶全酶。第三十五页，本课件共有165页36第三节第三节 启动子和终止子启动子和终止子第三十六页，本课件共有165页37启动子启动子是基因转录起始所必需的一段是基因转录起始所必需的一段DNA序列，一般位于结构基因的
26、上游，是序列，一般位于结构基因的上游，是DNA分子与分子与RNA聚合酶特异结合而起始转录的聚合酶特异结合而起始转录的部位。部位。启动子本身不被转录。启动子本身不被转录。第三十七页，本课件共有165页38一、原核生物的启动子结构一、原核生物的启动子结构原核生物启动子有原核生物启动子有4 个保守特征：个保守特征：起始位点、起始位点、-10 区、区、-35 区以及区以及-10 和和-35 区之间的间隔区之间的间隔距离。距离。第三十八页，本课件共有165页39大肠杆菌最常见的大肠杆菌最常见的因子为因子为70。70 识别的启动子有识别的启动子有以下共同特征：两段以下共同特征：两段6个核苷酸长的保守序列个
27、核苷酸长的保守序列,其中其中心分别位于起始位点上游约心分别位于起始位点上游约10bp和和35bp处处，被被1719个核苷酸的非特异序列隔开个核苷酸的非特异序列隔开。第三十九页，本课件共有165页401.起始位点通常都是嘌呤碱基起始位点通常都是嘌呤碱基(90%)原核典型的启动子转录启始位点、原核典型的启动子转录启始位点、-10 区、区、-35 区区 第四十页，本课件共有165页41 保守序列保守序列 （一一致性序列）致性序列）开始转录开始转录T T G A C AA A C T G T-35 区区(Pribnow box)T A T A A T A T A T T A-10 区区1-30-5 0
28、10-10-40-205 3 3 5 第四十一页，本课件共有165页422.Pribnow框框Pribnow框：在原核生物启动子框：在原核生物启动子-10区域的一段核苷酸区域的一段核苷酸序列中，大多包含序列中，大多包含TATAAT序列或是稍有不同的变化序列或是稍有不同的变化形式，是形式，是RNA聚合酶牢固结合的位点，此段序列称聚合酶牢固结合的位点，此段序列称为为Pribnow框。由于其中心在框。由于其中心在-10位点附近，所以又位点附近，所以又称为称为-10序列。不同的启动子，其位置略有不同，一般序列。不同的启动子，其位置略有不同，一般都在都在-4到到-13的范围之内。的范围之内。第四十二页，
29、本课件共有165页43一致序列一致序列：T80A95T45A60A50T96第四十三页，本课件共有165页44其中带有底线的其中带有底线的T称为称为保守保守T,它存在于目前已知的几它存在于目前已知的几乎所有启动子中乎所有启动子中,一般位于一般位于-6到到-9位点。头两个核苷位点。头两个核苷酸是酸是TA的也占的也占3/4以上以上;Pribnow框是框是RNA聚合酶的牢固结合位点（简称结聚合酶的牢固结合位点（简称结合位点）合位点）;由于由于RNA聚合酶的诱导作用，在富含聚合酶的诱导作用，在富含AT的的Pribnow框内的框内的DNA双螺旋首先双螺旋首先“熔解熔解”。DNA双螺旋在起始双螺旋在起始点
30、周围大约点周围大约14 bp的距离内分开以形成转录泡，即与的距离内分开以形成转录泡，即与RNA聚合酶形成开放式启动子复合体，使聚合酶形成开放式启动子复合体，使RNA聚聚合酶定向移动而行使其转录功能。合酶定向移动而行使其转录功能。第四十四页，本课件共有165页453.Sextama框框 对于大多数启动子对于大多数启动子,在在RNA聚合酶覆盖的部分还有一聚合酶覆盖的部分还有一个重要的区域个重要的区域,叫做叫做Sextama框框,其位置在其位置在-35附近附近,因因此又叫此又叫-35序列。序列。-35序列是序列是RNA聚合酶初始结合位点聚合酶初始结合位点,RNA聚合酶依聚合酶依靠其靠其亚基亚基(因子
31、因子)识别该位点识别该位点,因此又称为因此又称为RNA聚合酶聚合酶识别位点。识别位点。一致序列为：一致序列为：T82T84G78A65C54A45 第四十五页，本课件共有165页46RNA聚合酶先结合于聚合酶先结合于-35序列序列;然后才结合于然后才结合于-10序列。序列。有实验表明，有实验表明，亚基识别亚基识别-35序列并与之结合。由于序列并与之结合。由于RNA聚合酶分子很长，大约能覆盖聚合酶分子很长，大约能覆盖70bp的的DNA序列。序列。因此酶分子上的一个适合部位就能达到因此酶分子上的一个适合部位就能达到-10 序列区域。序列区域。酶分子一旦与酶分子一旦与-10序列结合以后，序列结合以后
32、，亚基就立即从识别亚基就立即从识别位点上解离下来位点上解离下来。第四十六页，本课件共有165页47-35序列的重要性还在于，这一序列的核苷酸结构在很序列的重要性还在于，这一序列的核苷酸结构在很大程度上决定了启动子的强度。大程度上决定了启动子的强度。RNA聚合酶很容易识聚合酶很容易识别强启动子别强启动子,而对弱启动子的识别较差。而对弱启动子的识别较差。Pribnow框和框和Sextama的碱基序列通过影响开放性启的碱基序列通过影响开放性启动子复合物的形成速度而控制转录。动子复合物的形成速度而控制转录。这两个序列是决定启动子强度的重要因素，细胞可以这两个序列是决定启动子强度的重要因素，细胞可以由此
33、来调节单位时间内所转录的由此来调节单位时间内所转录的mRNA分子数，从而分子数，从而控制蛋白质的合成速度。控制蛋白质的合成速度。第四十七页，本课件共有165页48启动子的强度指一个启动子在一定的时间启动子的强度指一个启动子在一定的时间内可以起始转录物的多少内可以起始转录物的多少;具有与共有序列具有与共有序列近似序列的启动子近似序列的启动子“更强更强”。启动子的强度受以下因素影响：启动子最启动子的强度受以下因素影响：启动子最初与聚合酶的结合程度、对异构化作用的初与聚合酶的结合程度、对异构化作用的支持效率，以及此后聚合酶逃离的难易程支持效率，以及此后聚合酶逃离的难易程度。度。第四十八页，本课件共有
34、165页494.-10 和和-35 区之间间隔距离区之间间隔距离 在在90%启动子中，启动子中，-35 和和-10 区之间的分隔区之间的分隔距离在距离在16 到到19bp 之间。个别例外的可以小之间。个别例外的可以小于于15 或者大于或者大于20bp。尽管间隔区的真实序。尽管间隔区的真实序列并不重要，但其距离大小保持两个位点列并不重要，但其距离大小保持两个位点恰当分隔，从而在适合恰当分隔，从而在适合RNA 聚合酶的几何聚合酶的几何结构方面是很重要的。结构方面是很重要的。第四十九页，本课件共有165页50几种启动子的几种启动子的Sextama框、框、Pribnow框以及二框以及二者之间的距离者之
35、间的距离 第五十页，本课件共有165页51二、真核生物的启动子结构二、真核生物的启动子结构 真核生物有三种真核生物有三种RNA聚合酶，每一种都有自己的聚合酶，每一种都有自己的启动子类型：启动子类型：RNA聚合酶聚合酶只转录只转录rRNA（合成（合成5.8S rRNA、18S rRNA和和28S rRNA），只有一种启动子类型。），只有一种启动子类型。RNA聚合酶聚合酶负责蛋白质编码基因（合成负责蛋白质编码基因（合成mRNA和和snRNA），其启动子结构最复杂。，其启动子结构最复杂。RNA聚合酶聚合酶负责合成负责合成tRNA和和5S rRNA，其启动子常，其启动子常位于转录的位于转录的DNA序列
36、之内，称为序列之内，称为下游启动子下游启动子。第五十一页，本课件共有165页521.RNA聚合酶聚合酶的启动子的启动子 RNA聚合酶聚合酶转录转录rRNA，大多数真核生物，大多数真核生物rRNA基基因启动子可以分为两个部分：核心元件，位于转录因启动子可以分为两个部分：核心元件，位于转录起始点周围（起始点周围（-40+5），又称），又称近启动子近启动子，其功能决，其功能决定转录起始的精确位置定转录起始的精确位置;-165-40称为称为远启动子远启动子（上（上游控制元件），其功能是影响转录的频率。游控制元件），其功能是影响转录的频率。每种生物都有特定的转录因子与每种生物都有特定的转录因子与RNA聚
37、合酶聚合酶结合，因此，结合，因此，RNA聚合酶聚合酶的启动子具有明显的种的启动子具有明显的种族特异性。族特异性。第五十二页，本课件共有165页532.RNA聚合酶聚合酶的启动子结构的启动子结构 1）转录起始位点：）转录起始位点：具有基因表达所需的保守序具有基因表达所需的保守序列，该保守序列的共同序列为列，该保守序列的共同序列为PyPyANT/APyPy（Py指嘧啶指嘧啶C或或T，N为任意为任意碱基），这个保守序列称为转录起始位点。碱基），这个保守序列称为转录起始位点。转录起始位点与转录起始位点与TATA框一起组成核心启动子，框一起组成核心启动子，启动位于下游的任意基因的转录启动位于下游的任意基
38、因的转录。第五十三页，本课件共有165页542）基本启动子：）基本启动子：位于转录起始位点上游位于转录起始位点上游-25-30范范围的围的7bp左右的保守区域，共同序列为左右的保守区域，共同序列为TATAAAA(非模非模板链序列板链序列)，其中第，其中第5、7位的位的A常常被常常被T取代，该保守取代，该保守区的碱基频率是区的碱基频率是T95A87T93A85A63A83A50，这一序列也，这一序列也称为称为TATA框框。TATA框是很多真核生物类型框是很多真核生物类型启动子启动子的核心启动子组成部分，与原核生物启动子的核心启动子组成部分，与原核生物启动子-10的序列的序列之间有很大的相似性。差
39、别主要在于转录起始点距之间有很大的相似性。差别主要在于转录起始点距离的不同。离的不同。TATA框主要与基因转录的起始位点的定位有关，框主要与基因转录的起始位点的定位有关，而与调节转录的效率无关。而与调节转录的效率无关。第五十四页，本课件共有165页553）转录上游启动元件：）转录上游启动元件：在许多蛋白质编码基因在许多蛋白质编码基因的核心启动子上游的核心启动子上游100-200bp范围内，还存在范围内，还存在一个转录调控区，含有组成启动子的多个元一个转录调控区，含有组成启动子的多个元件，统称为上游启动子元件，这些序列元件件，统称为上游启动子元件，这些序列元件的功能主要是提高转录的效率和特异性。
40、的功能主要是提高转录的效率和特异性。4）转录起点下游元件：）转录起点下游元件：上游元件和下游元件统上游元件和下游元件统称为启动子近端序列元件（称为启动子近端序列元件（promoter proximal sequence element,PSE）。）。第五十五页，本课件共有165页56真核生物的核心启动子真核生物的核心启动子(core promoter)是指在体外检测是指在体外检测时，时，Pol 精确地起始转录所需要的最少一组序列元件精确地起始转录所需要的最少一组序列元件;代代表性的核心启动子约有表性的核心启动子约有40个核苷酸，向转录起始点的上游个核苷酸，向转录起始点的上游或下游延伸。核心启动
41、子中发现的或下游延伸。核心启动子中发现的4个元件：个元件：TFB识别识别元件元件(TFB recognition element,BRE)、TATA元件元件(盒盒)、起始位点起始位点(initiator,Inr)和下游启动子元件和下游启动子元件(downstream promoter element,DPE)。一个启动子含有其中的。一个启动子含有其中的2或或3个个元件。元件。第五十六页，本课件共有165页57在核心启动子之外（上游）存在一些在体内进行有效转在核心启动子之外（上游）存在一些在体内进行有效转录所需的其他序列元件，共同组成调节序列录所需的其他序列元件，共同组成调节序列(regulat
42、ory sequence)，包括：启动子最近元件，包括：启动子最近元件(promoter proximal element)，上游激活物序列，上游激活物序列(upstream activator sequence,UAS)，增强子，增强子(enhancer)，以及一列的沉默子，以及一列的沉默子(silencer)、边界元件、边界元件(boundary element)和绝缘子和绝缘子(insulator)组成的抑制元件。所有这些组成的抑制元件。所有这些DNA元件都与元件都与调节蛋白（激活或抑制因子）结合，促进或阻碍从核调节蛋白（激活或抑制因子）结合，促进或阻碍从核心启动子开始的转录。心启动子开
43、始的转录。第五十七页，本课件共有165页58第五十八页，本课件共有165页593.RNA聚合酶聚合酶的下游启动子的下游启动子 5S RNA基因的启动子位于转录区内，在转录起始基因的启动子位于转录区内，在转录起始点下游点下游5083之间之间;缺失缺失50以前的序列和缺失以前的序列和缺失83以后的序列都能正常以后的序列都能正常转录，但转录，但5083这段序列缺失，无转录活性；这段序列缺失，无转录活性；而加上此段序列，又能正常转录而加上此段序列，又能正常转录;把这段把这段DNA序列插入任何序列插入任何DNA中，中，RNA聚合酶聚合酶都能识别并起始转录。这段序列就是都能识别并起始转录。这段序列就是5S
44、 RNA基因基因的启动子，这样的位于转录起始点下游的启动子又的启动子，这样的位于转录起始点下游的启动子又称为称为内部启动子内部启动子。第五十九页，本课件共有165页60 除启动子外，真核生物转录起始点上游除启动子外，真核生物转录起始点上游处还有一个称为增强子的序列，它能极大地处还有一个称为增强子的序列，它能极大地增强启动子的活性，它的位置往往不固定，增强启动子的活性，它的位置往往不固定，可存在于启动子上游或下游，对启动子来说可存在于启动子上游或下游，对启动子来说它们正向排列和反向排列均有效，对异源的它们正向排列和反向排列均有效，对异源的基因也起到增强作用。基因也起到增强作用。增强子增强子（en
45、hancer)，又称为远上游序列，又称为远上游序列，一般都在一般都在-100以上，是启动子的上游或下游以上，是启动子的上游或下游对转录有促进作用的一段对转录有促进作用的一段DNA序列。序列。第六十页，本课件共有165页61增强子的特点增强子的特点:远距离效应：一般位于上游远距离效应：一般位于上游-200bp处，但可增强远处处，但可增强远处启动子的转录，即使相距启动子的转录，即使相距10kb也能发挥作用；也能发挥作用；无方向性：无论位于靶基因的上游、下游或内部都无方向性：无论位于靶基因的上游、下游或内部都可发挥增强转录的作用；可发挥增强转录的作用；顺式调节：只调节位于同一染色体上的靶基因，而顺式
46、调节：只调节位于同一染色体上的靶基因，而对其他染色体上的基因没有作用。对其他染色体上的基因没有作用。无物种和基因的特异性：无物种和基因的特异性：具有组织特异性：具有组织特异性：有相位性：其作用和有相位性：其作用和DNA的构象有关；的构象有关；有的增强子可以对外部信号产生反应：有的增强子可以对外部信号产生反应：第六十一页，本课件共有165页62第四节第四节 转录过程转录过程第六十二页，本课件共有165页63一、一、模板识别模板识别 该阶段主要指该阶段主要指RNA聚合酶与启动子聚合酶与启动子DNA双链相互作用并与之结合的过程。转录起双链相互作用并与之结合的过程。转录起始前，启动子附近的始前，启动子
47、附近的DNA双链分开形成转录双链分开形成转录泡以促使底物核糖核苷酸与模板泡以促使底物核糖核苷酸与模板DNA的碱基的碱基配对。配对。第六十三页，本课件共有165页64二、二、转录起始转录起始 就是就是RNA链上第一个核苷酸键的产生。启链上第一个核苷酸键的产生。启动子与聚合酶结合，启动子动子与聚合酶结合，启动子-聚合酶复合体一聚合酶复合体一旦形成旦形成，就发生结构改变，起始过程继续；，就发生结构改变，起始过程继续；DNA碱基对断裂，形成碱基对断裂，形成“泡泡”；总是从；总是从5向向3方向进行。方向进行。第六十四页，本课件共有165页65 1、原核生物的转录起始、原核生物的转录起始 当当亚基发现其识
48、别位点时，全酶就与启动子亚基发现其识别位点时，全酶就与启动子的的-35区区-10区序列结合形成启动子复合物。由区序列结合形成启动子复合物。由亚亚基催化形成基催化形成RNA的第一个磷酸二酸键，合成的第一个磷酸二酸键，合成69bp时时因子从全酶解离下来，靠核心酶在因子从全酶解离下来，靠核心酶在DNA链上向下链上向下游滑动，而脱落的游滑动，而脱落的因子与另一个核心酶结合成全因子与另一个核心酶结合成全酶反复利用。酶反复利用。第六十五页，本课件共有165页66（1）酶找到启动子顺序并与其形成封闭复合）酶找到启动子顺序并与其形成封闭复合物物(此时此时DNA仍处于双螺旋状态仍处于双螺旋状态)。这一步所。这一
49、步所识别的是识别的是-35序列，因此序列，因此-35序列的突变损害序列的突变损害启动子的结合。启动子的结合。第六十六页，本课件共有165页67（2）然后，封闭复合物转变为开放复合物，聚合酶全酶）然后，封闭复合物转变为开放复合物，聚合酶全酶所结合的所结合的DNA序列中有一小段双链被解开。此时酶序列中有一小段双链被解开。此时酶的结合比较紧密。在这个转变中的结合比较紧密。在这个转变中-10区约有区约有17bp被解被解旋，暴露出模板链。旋，暴露出模板链。-10序列富于序列富于AT碱基对，因为碱基对，因为AT对对比比GC对更易于对更易于“融化融化”。-10区的突变可阻碍开放复区的突变可阻碍开放复合物的形
50、成。许多突变改变了合物的形成。许多突变改变了-10序列中的碱基，但并序列中的碱基，但并未减低其未减低其AT对的水平，却仍然能阻碍其对的水平，却仍然能阻碍其“融化融化”为开为开放复合物，可见放复合物，可见-10区除了要易于融化之外，还必须有区除了要易于融化之外，还必须有特异的形状，以便特异的形状，以便RNA 聚合酶能够识别它。聚合酶能够识别它。第六十七页，本课件共有165页68（3）封闭性和开放性启动子复合物均为二元复合物。因封闭性和开放性启动子复合物均为二元复合物。因为只有全酶和为只有全酶和DNA这两种成分在开放性启动子复合这两种成分在开放性启动子复合物中，物中，RNA聚合酶上的起始位点和延长