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1、第十一章第十一章 化学结构的表示与可视化学结构的表示与可视化化西安理工大学 刘广钧Email:经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用第十一章第十一章 化学结构的表示与可视化学结构的表示与可视化化n化学结构即广义的分子结构与化学反应过程，包括：静态的分子与超分子结构、高分子与生物大分子结构、分子聚集态和晶体结构；化学反应过程与过渡态。n对化学结构数值表示的研究随着化学信息计算机处理的需求而迅速发展起来。本章不包括化学反应信息表示和处理的相关内容。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加
2、赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用第十一章第十一章 化学结构的表示与可视化学结构的表示与可视化化n分子结构指分子的拓扑结构和几何结构。n考虑化学拓扑结构信息主要是由于以下几方面的原因：对数百万种已知化合物结构信息用计算机进行标引、存储、检索和管理；关联化学结构与化合物性质,用作分子设计的结构参数；合成路线的最优设计；药物设计领域用于生物大分子与药物分子在三维局域结构匹配检索；进行辅助结构自动解析。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用第十一章第十一章 化学结构的表示与
3、可视化学结构的表示与可视化化n分子拓扑结构表示有：线性表达式、矩阵指数和图形表示。n化学中常用的有机分子结构式是有机分子拓扑结构的图形表示。基因中核酸的排列（连接）顺序和蛋白质的一级结构也是拓扑结构。n2000年世界重大科技事件之一的“人类基因组计划”就是测定一位白人青年男子的基因中核酸的排列顺序。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用第十一章第十一章 化学结构的表示与可视化学结构的表示与可视化化n化学信息、分子拓扑结构信息的图形表示（有机分子结构的二维与三维表示以及有机反应的计算机表示方法）是计算机图
4、形学在化学信息领域的重要应用，是现代化学结构信息存储与检索和化学反应分析与设计的基础。n化学结构图形检索技术已经在ISI公司的Chemistry Server、英 国 剑 桥 的ChemFinder等一些著名的化学文献和结构数据库中得到应用。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用第十一章第十一章 化学结构的表示与可视化学结构的表示与可视化化n分子的几何结构通过X射线和中子衍射等实验方法得到。n著名的剑桥晶体数据库CSD(Cambridge Structural Database)登录了近20万个分子（或
5、晶体）的三维结构数据。分子的三维结构数据格式有许多，例如蛋白质数据库PDB所采用的数据格式应用于大多数分子三维结构可视化软件中，量子化学计算程序Gauss和MOPAC的数据格式也为一些分子图形软件所接受。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用第十一章第十一章 化学结构的表示与可视化学结构的表示与可视化化n常见的有机分子结构式绘图软件有ChemWindow、ChemDraw(ChemOffice)、ISISDraw、WIMP95等等。n具有显示分子和晶体三维结构功能的软件也有很多，一般都附在分子计算与模拟
6、、晶 体 设 计 等 软 件 中，例 如Chem3D(ChemOffice)、Alchemy、WebLab viewer、HyperChem、CaRlne Crystallography、MacMolecule、Chem-X、RAS、SYBYL、Insight II(Biosym)、Cerius2等等。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用第十一章第十一章 化学结构的表示与可视化学结构的表示与可视化化n本章介绍Windows平台上的有机分子（拓扑）结构式绘图软件ChemWindow和三维分子结构可视软件
7、WebLab ViewerPro。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用第十一章第十一章 化学结构的表示与可视化学结构的表示与可视化化n第一节 分子拓扑结构的矩阵表示与矩阵指数n第二节 分子拓扑结构的线性标记方法n第三节 有机分子结构式绘图软件ChemWindown第四节 分子几何结构的表示n第五节 三维分子结构显示软件WebLab ViewerPro经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用1 分子拓扑结构的矩阵表
8、示与矩分子拓扑结构的矩阵表示与矩阵指数阵指数n所谓拓扑结构是指构成化学物质的原子以及原子间的连接关系，不是指键长和键角等细节。n利用化学结构式所具有的拓扑性质，把二维结构图中的非氢原子当作结点(Node)，把相连的化学键当作拓扑图形的边(Edge)，可以构造出适合于计算机表征的拓扑方法。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用分子拓扑结构的矩阵表示与矩阵分子拓扑结构的矩阵表示与矩阵指数指数n分子的拓扑指标有三类，分别为基于图论的距离矩阵邻接矩阵多项式拓扑指标。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消
9、费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用邻接矩阵邻接矩阵(Adjacency Matrix)Ln方矩阵L的维数等于分子中的原子个数N。例如表示己烷的邻接矩阵L为66。n在分子中若原子i与j相邻接（i与j之间有化学键相连），则矩阵元lij和lji为1（双键为2，三键为3），否则为0。不同的原子标记会得到不同的邻接矩阵。下例是表示分子的一种标记顺序及其邻接矩阵。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用邻接矩阵邻接矩阵(Adjacency Matrix)Ln例11-1
10、：经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用邻接矩阵邻接矩阵(Adjacency Matrix)Ln原子i的邻接度，即成键数，上例中各原子的邻接度分别为 1,3,3,1,1,1，邻接矩阵指数c=。上例中，c=(13)-1/2+(33)-1/2+(13)-1/2+(13)-1/2+(13)-1/2=2.6427。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用距离矩阵距离矩阵(Distance Matrix)Dn距离矩阵所表示的
11、是原子间的距离关系，而非邻接关系。n矩阵D的维数等于分子中的原子个数N。n矩阵元dij等于连接原子i和j之间的最小化学键的个数，dij=dji。当原子i和j属于不同的分子时距离dij为无穷大。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用距离矩阵距离矩阵(Distance Matrix)Dn例11-1的分子的距离矩阵为经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用距离矩阵距离矩阵(Distance Matrix)Dn原子i的距离
12、和为例11-1中 各原子的距离和分别为n距离分布gn是分子中距离为dn的次数，上例，经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用距离矩阵距离矩阵(Distance Matrix)Dn平均距离矩阵指数 例11-1：D=(512+622+432)/(5+6+4)1/2=2.08。n几平均距离和连通指数 ，式中的i和j是相邻（有一化学键相连）原子，对烷烃而言q是化学键数，m是环数，n为原子数，m=q-n+1。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品
13、的价款或接受服务的费用距离矩阵距离矩阵(Distance Matrix)Dn在例11-1中，q=5，n=6，m=0，J=5(117)-1/2+(77)-1/2+(117)-1/2+(117)-1/2+(117)-1/2 =2.993。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用关联矩阵关联矩阵(Incident Matrix)Bn关联矩阵B的行数等于分子中的原子数，列数为化学键的个数。当第i个原子与第j个化学键相接时，矩阵元bij=1，否则bij=0。n例11-2：5个原子和6个化学键的分子，经营者提供商品或
14、者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用环矩阵环矩阵(Cycle Matrix)Cn用矩阵的列表示边（化学键），矩阵的行表示环。当第j个化学键包含在第i个环时，则cij=1，否则cij=0。如例11-2中，经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用2 分子拓扑结构的线性标记方法分子拓扑结构的线性标记方法n化学工作者习惯用语言描述化合物，如下图n根据需要可以取名为：3-羧基对氨基苯磺酸(3-carboxysulfanilic acid)
15、；经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用分子拓扑结构的线性标记方法分子拓扑结构的线性标记方法5-磺基邻氨基苯甲酸(5-sulfoanthranilic acid)；2-氨基-5-磺基苯甲酸(2-amino-5-sulfobenzoic acid)；2-羧基-4-磺基苯胺(2-carboxy-4-sulfoaniline)；4-氨基-5-羧基苯磺酸(4-amino-5-carboxybenzenesulfonic acid)等等。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失
16、，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用分子拓扑结构的线性标记方法分子拓扑结构的线性标记方法n这样一种化合物多种名称有时是很方便的，但是这样一种化合物多种名称（相当于同义词或非唯一表示、多项对应表示nonunique）的语言描述对标引化合物却很不方便，即在作标引时必须把化合物所能考虑到的名称全部列出来。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用分子拓扑结构的线性标记方法分子拓扑结构的线性标记方法n在化学商品取名时还会出现另一种相反的多义表示即多元对应(ambiguous)情况，如下图叫香豆素(
17、Coumarin)的化合物有两种结构。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用分子拓扑结构的线性标记方法分子拓扑结构的线性标记方法n结构式和化学名称适用于依靠视觉和听觉传递信息。适合计算机对化合物全结构和子结构检索、标引的化学拓扑结构表示方法应该具有一种化合物只有一种标记（唯一性uniqueness）和一种标记只对应一种结构（单义性unambiguity）的特点，以及具备可以重新构造该结构的逻辑联系。一个实用的线性标记方法，还要适合人工处理，不随化学结构增大而使处理的复杂性和工作量成指数增加。经营者提供商
18、品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用分子拓扑结构的线性标记方法分子拓扑结构的线性标记方法n所谓化学结构的线性标记(Linear Notation Systems)，实际上就是按一定逻辑规则排列的一维字母、数字链。传统的系统命名法也是一种化合物拓扑结构的线性表示。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用 有机化合物的有机化合物的IUPAC标记法标记法nIUPAC标记法与有机化合物的IUPAC体系命名规则相似，骨架结构优先于取代
19、基，环系骨架优先于非环系骨架，杂环优先于碳环。X表示取代基(OOH)；EQa表示醛基氧；EQ表示酮基氧；Q表示单键氧(如：-OH，-O-)；经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用有机化合物的有机化合物的IUPAC标记法标记法Br、F、I等单原子用元素符号表示，Cl和O分别用Ch和Q表示；SH、NH2、SiH3省略H后用元素符号表示；O型基团，如IO、I2O、NO、NO2、PO、PO2、SO、SO2等用相应的化学符号表示；其它取代基在X、EQa、EQ、Q后按顺序A,B,0,1,2,标记。经营者提供商品或者
20、服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用有机化合物的有机化合物的IUPAC标记法标记法n例11-3：经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用有机化合物的有机化合物的IUPAC标记法标记法n非环系非环系：将最长的碳链作为主链，按主链、侧链、不饱和键、取代基的顺序标记；侧链标记从大的开始，不饱和键按E（双键）、Y（三键）的顺序标记；从主链的一端到另一端给每个原子编号，标记侧链按顺序，并用（）括起来，括号中第一个数字为与主链相连的支链原子编
21、号；经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用有机化合物的有机化合物的IUPAC标记法标记法当侧链与主链之间以不饱和键结合时，侧链符号之前写上不饱和符号；基团“”：按字母顺序标记成EX;Y或Y;EX，C算在碳链里；醚、仲胺、叔胺等化合物，在碳骨架中插入了不同的杂原子，使用复合标记法。标记顺序是：主要骨架标记，冒号，冒号后第一个数字为杂原子在主链上的位置，杂原子标记，斜杠(/)，次要骨架标记。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接
22、受服务的费用有机化合物的有机化合物的IUPAC标记法标记法酯基用X表示，如果主要骨架在C一边，则X与后面的次要骨架间加一斜杠(/)；如果主要骨架在O一边，则用复合标记法：X与次要骨架前加斜杠(/)（见下例）。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用有机化合物的有机化合物的IUPAC标记法标记法n例11-4：经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用有机化合物的有机化合物的IUPAC标记法标记法n .经营者提供商品或者服
23、务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用有机化合物的有机化合物的IUPAC标记法标记法n .经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用有机化合物的有机化合物的IUPAC标记法标记法n环系：环系：优先标记环状结构部分；饱和烃环在符号A的后面加环的原子数；环上原子的编号从小到大按取代基CQN；复合标记与非环系相同；含有最大共轭双键数的环用B表示，B后面是环的原子数；经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，
24、增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用有机化合物的有机化合物的IUPAC标记法标记法B环经氢化所成环，用B以及表示氢化的符号H来表示；取代时，饱和碳原子数只增加1个时，用隐含氢符号h表示；环上饱和原子数多于剩余的双键数时，用饱和烃符号A和双键符号E标记；杂环在相应的碳环后面加Z，以及杂原子符号和位置；经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用有机化合物的有机化合物的IUPAC标记法标记法n例11-5：经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为
25、消费者购买商品的价款或接受服务的费用有机化合物的有机化合物的IUPAC标记法标记法n .经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用有机化合物的有机化合物的IUPAC标记法标记法n .经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用WLN(威斯韦塞尔)线性标记法线性标记法nIUPAC标记法优先考虑骨架结构，WLN则把取代基作为重点。IUPAC只标记碳链的全长和支链的位置而不考虑碳链中的叔、季碳原子；WLN不使用位置编号，它规定叔
26、、季碳原子的符号和按顺序对每个原子符号化。WLN将骨架原子链分解为直链的集合；经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用WLN(威斯韦塞尔)线性标记法线性标记法数字表示未支化饱和碳链的长度，如“1”表示-CH3、-CH2-、-CH=等，“2”表示-C2H5、-C2H4-、-CH2-CH=等；按顺序表示每个直链，最长的分支为主链，各分支间用“&”符号连接；大多数元素的原子用其元素符号表示，如H、B、F、I、S、P，H一般隐含不写；E、G表示Br和Cl；经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增
27、加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用WLN(威斯韦塞尔)线性标记法线性标记法某些双元素符号如Si、Fe表示成-SI-和-Fe-；叔C：Y；季C：X；：V；-OH：Q；伯N(-NH2)：Z；仲N(-NH-、=NH)：M；经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用WLN(威斯韦塞尔)线性标记法线性标记法叔N：N；季N（与四个非氢原子相连，如 ）：K；-NO2和-SO2-中的非线型二氧：W；X、Y、N、K为支化符号；从图形式作标记：从图形式中选支化符号最多、标记符号数最多的符号
28、链作主链；经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用WLN(威斯韦塞尔)线性标记法线性标记法41个有意义字符的顺序为：空格、R、&、-、/、0、1、A、B、P、Q、S、T、Y、Z、*。最终位置原则：不对称分子的编码，按字符顺序，结构式两端的符号居后的优先；以-E、-F、-G、-H、-I、-J、-Q、-W、-Z结尾时不加“&”；经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用WLN(威斯韦塞尔)线性标记法线性标记法U和UU分别表
29、示双键和三键，CO2、H2C=O、乙烯酮基、氰化物基、异氰酸酯基等类似的不饱和键除外；分子中存在几个相同基团并可节约4个字符时，符号只写一次，空一格后加上重复次数;用斜杠相同基团重复的位置。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用WLN(威斯韦塞尔)线性标记法线性标记法n例11-6：经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用WLN(威斯韦塞尔)线性标记法线性标记法n .经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者
30、的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用WLN(威斯韦塞尔)线性标记法线性标记法n .经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用WLN(威斯韦塞尔)线性标记法线性标记法n环系：环系：苯环：R，取代基位置依次用R后面的A、B、C、表示（仅为A时省略）；标记不同取代基，符号之间加空格；苯环以外的碳环芳环：LJ，在L后用数字表示环的大小；饱和碳环及非芳环：LTJ，在L后用数字表示环的大小；经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿
31、的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用WLN(威斯韦塞尔)线性标记法线性标记法杂环芳环：TJ，在T后用数字表示环的大小；饱和及非芳杂环：TTJ，在第一个T后用数字表示环的大小；经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用WLN(威斯韦塞尔)线性标记法线性标记法n稠环化合物：稠环化合物：稠合位（两环的结合点）记为A、B、C、1、2、3、，沿小环编起；如有杂环，则从含杂原子的环开始，给杂原子以最小编号；当三环共有的原子个数在两个以上时，写上其个数和位置。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要
32、求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用WLN(威斯韦塞尔)线性标记法线性标记法n例11-7：经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用WLN(威斯韦塞尔)线性标记法线性标记法n .经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用WLN(威斯韦塞尔)线性标记法线性标记法n .经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接
33、受服务的费用WLN(威斯韦塞尔)线性标记法线性标记法n .经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用美国化学文摘美国化学文摘CA的化学结构的化学结构信息表示信息表示n例11-8：下图是化学文摘社CAS中编录的环母体(ring parent)的一个例子。化学结构式及命名用的位置编号；CAS登录号；CA索引的化合物的识别符号与名称；分子式；化合物的WLN线性标记；环的分析数据：环的数目、大小、原子组成；CA文摘号。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费
34、者购买商品的价款或接受服务的费用美国化学文摘美国化学文摘CA的化学结构的化学结构信息表示信息表示n .经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用美国化学文摘美国化学文摘CA的化学结构的化学结构信息表示信息表示n除IUPAC标记法和WLN线性标记法之外，线性标记的类型还有一些。例如，CA9CI命名、HAYWARD（海沃德）标记法（美国专利局，1961年）、SKOLNIK（斯科尔尼克）标记法（用于NMR谱存储与检索，1969年）、和GREMAS（格里马斯）法（用于磁带存储系统，1961年）等等。经营者提供商品或
35、者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用3 有机分子结构式绘图软件有机分子结构式绘图软件ChemWindownChemWindow的3.0PC机版是SoftShell公司推出的专门用于绘制有机分子结构式的图形软件。它可以在Windows95系统下运行，并带有一些重要有机分子立体结构的模块，应用简单方便，可以满足绘制常用结构式的需要。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用ChemWindow的启动和退出的启动和退出n点击Window
36、s95窗口左下角的“开始”图标，进入“程序”并选择其中的ChemWindow3图标，即可启动ChemWindow，并出现它的界面窗口。n在选择菜单“File”中的“Exit”并回答是否需要保存图形文件后，退出ChemWindow。注意：在操作过程中，初学者必须看清楚将要被保存的文件名，不要更改“Untitled”文件名的内容，在询问保存文件名时选用“否”或其它文件名。l 经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用ChemWindow的启动和退出的启动和退出n如果你不是初学者或者对Windows95和Micr
37、osoft SOffice系统比较熟悉的话，还可以用以下的方法启动ChemWindow。启动资源管理器并在其中找到安装有ChemWindow软件的目录，双击其中的应用程序Cw3.exe；或双击你以前已保存的ChemWindow分子结构文件（后缀为.cw2），也能启动ChemWindow。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用ChemWindow的启动和退出的启动和退出或者在Microsoft Office快捷工具栏中添加ChemWindow的链接：点击Windows95桌面上的Office快捷工具栏前的
38、小按钮，选择“自定义”；点击上部的“按钮”后，在弹出的对话框中再点击右上部的“添加文件”按钮；改变路径并在安装有ChemWindow软件的目录下找到应用程序Cw3.exe；确定后退出。以后，点击Windows95桌面上Office快捷工具栏中的ChemWindow图标，就能启动该程序。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用ChemWindow的启动和退出的启动和退出或者在资源管理器并在其中找到安装有ChemWindow软件的目录，拖动其中的应用程序Cw3.exe到Windows95桌面上，并出现Cw3.
39、exe的小图标（在Windows95桌面上建立它的一个链接）。以后只要双击该图标，即可启动ChemWindow程序。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用ChemWindow窗口窗口 图11-4 ChemWindow窗口图.经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用ChemWindow窗口窗口n帮助窗口（Help Window）显示了当前击活的图形按钮的主要使用方法。按该窗口上的关闭按钮可以关闭帮助窗口，主窗口就占据
40、整个屏幕；在选择菜单“Help”中的“Show(Hide)Help Window”后，能显示（隐藏）帮助窗口。nChemWindow的主窗口由上部的标题栏和菜单栏、左边的工具按钮板、中间的绘图区、以及标尺、标签栏、提示帮助栏、和全景预缆等部分组成。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用ChemWindow窗口窗口n标题栏：显示正在编辑、绘制中的图形文件名。n菜单栏：含有Windows95其它应用程序中类似的下拉菜单，它们是File、Edit、Arrange、Options、Font、Size、Style
41、、Other、和Help等。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用ChemWindow窗口窗口n工具按钮板（Palette Tools）：工具板中含有绘制有机分子结构图需要的主要图形元件和工具；在选择菜单“Options”中的“Window(Floating)Palette”后，可以把工具按钮板固定在窗口的左边（在窗口中拖动到任意的地方）。n标尺（Ruler）：单位是英寸；在选择菜单“Options”中的“Show(Hide)Rulers”后，可以显示（隐藏）标尺。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应
42、当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用ChemWindow窗口窗口n绘图区：这是ChemWindow图形软件的主要工作区，作用相当于一个画板或绘图纸，大小一般如A4纸，每一步作图操作和图形的编辑过程都显示在上面。正常启动ChemWindow系统后，出现一个新的、空白的画板。n标签栏（Label Pane）：可以自己定义帮助记忆和识别的分子名称或分子式标签；用鼠标在该栏位置上单击后，直接输入。在选择菜单“Options”中的“Show(Hide)Label Pane”后，可以显示（隐藏）标签栏。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费
43、者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用ChemWindow窗口窗口n提示帮助栏（Help Pane）：帮助提示当前在选工具按钮的操作，熟悉者可以通过选择菜单“Help”中的“Show(Hide)Help Pane”来显示（隐藏）提示帮助栏。n全景预缆（Reduced View）：提供实际打印效果图，类似于MicroSoft Word中的预缆（Print Preview）；在选择菜单“Options”中的“Show(Hide)Reduced View”后，可以显示（隐藏）全景预缆。l 经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受
44、到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用ChemWindow工具板工具板n“”：选择，直接点按要选的图形，或在绘图区按住并拖动鼠标出现虚线矩形框，包含或与此矩形框相交的图形都被选定。n“”：套索选择，在绘图区按住并拖动鼠标出现虚画线，在画出闭合线后，包含或与闭合线相交的图形都被选定。此功能在选定并修改原子或原子团的元素符号时要用到。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用ChemWindow工具板工具板n“”：在键端或环中插入元素或基团符号n“”：输入文字。n“”：画单键，但是在原位
45、重复画可以画出双键或三键。n ：用于立体结构图。n“”：用于定义环上的双键。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用ChemWindow工具板工具板n ：烷基链。n ：方向符号。nn 经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用ChemWindow工具板工具板n ：系统提供了一些象金刚烷这样复杂分子的立体结构图元，它们被保存在模板文件“Templates.cw2”中。需要时可以从菜单“File”中选择“Load Temp
46、lates”调用。前面的符号是未调入模板文件时的按钮，调入模板文件后按钮变为后面的符号。点击该符号，显示系统提供的全部复杂分子的立体结构图元，拖动鼠标选定相应的图元。用户可以根据自己的需要添加或修改图元模板，注意帮助窗口的提示。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用ChemWindow工具板工具板n 系统提供的另一个杂环等图元模板。需要时可以从菜单“File”中选择“Load Album”调用，未调入模板文件时按钮为灰色。点击该符号，显示系统提供的全部结构图元，拖动鼠标选定相应的图元。与上面一个按钮一样
47、，用户可以根据自己的需要添加或修改图元模板，注意帮助窗口的提示。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用ChemWindow工具板工具板n 电子、电子云、括号、多重键、闭合框图等。点击该符号，显示系统提供的全部结构图元，拖动鼠标选定相应的图元。n分别实现画实线圆和虚线圆的功能。在画好的圆上按住并拖动鼠标，圆改为圆弧箭头。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用ChemWindow工具板工具板n 橡皮，删除图形。n “
48、Flip Vertical”命令，将选定的图形单元上下翻转，但是对文字无效。n “Flip Horizontal”命令，将选定的图形单元左右翻转，但是对文字无效.n “Free Rotate”命令，将选定的图形单元旋转任意角度，但是对文字无效。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用ChemWindow工具板工具板n “Group”命令，把选定的多个图形单元合并成一个图形单元。n “Join”命令，拼接两个几乎重迭的原子或键于一点。n “Align Objects”命令，将选定的数个图形单元及文字按要求排
49、列。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用ChemWindow菜单栏菜单栏nFile菜菜单单：文件管理、打印、模板、输入、输 出、内 制 图 形 元 件 模 板（File Management,Printing,Templates,Export,Import,and Built-in Scrapbook(Album)）。New（Ctrl+N）：清屏并准备一个新的画板。在刚启动ChemWindow系统后，自动出现一个空白画板。注意，ChemWindow不支持多窗口，不能在同一个ChemWindow系统中同
50、时打开多个图形文件，不过可以一个平台上同时运行多个ChemWindow系统。因此，建立新的画板前必须关闭已经打开的或正在编辑的图形文件。经营者提供商品或者服务有欺诈行为的，应当按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额为消费者购买商品的价款或接受服务的费用ChemWindow菜单栏菜单栏Open（Ctrl+O）：打开一个已经存在的ChemWindow图形文件，后缀为.cw2；在需要对该文件进行编辑或操作时使用Open命令。Save：完成分子结构图形的绘制或编辑后，原名（后缀为.cw2）保存ChemWindow图形文件。当使用Save命令保存一个新的图形文件时，系统会提醒用户选择保存文