《NCBI数据库的使用与功能介绍备课讲稿.ppt》由会员分享,可在线阅读,更多相关《NCBI数据库的使用与功能介绍备课讲稿.ppt(37页珍藏版)》请在taowenge.com淘文阁网|工程机械CAD图纸|机械工程制图|CAD装配图下载|SolidWorks_CaTia_CAD_UG_PROE_设计图分享下载上搜索。
1、NCBI数据库的使用与功能介绍NCBI分子生物学数据库分子生物学数据库 http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/美国国立医学图书馆(NLM)于1988年11月4日建立国家生物技术信息中心(National Center of Biotechnology Information,简称NCBI)以IL6基因为例:如何查找基因序列、mRNA、Promoter如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列 Map viewer是NCBI网站上提供的一个非常有用的寻找基因的工具,通过Map viewer你可以了解你感兴趣基因在基因组中所处的位置、基因序列、内含子及外显子的排列、基因的细胞遗传学
2、图、EST、SNP等等许多有用的信息。利用Map viewer 查找基因序列、mRNA序列、启动子Promoter利用Map viewer 查找基因序列、mRNA序列、启动子Promoter如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列蛋白序列:mRNA序列:已知一基因序列:CCCCTGCCTGGCAGCCCTTTCTCAAGGACCACCGCATCTCTACATTCAAGAACTGGCCCTTCTTGGAGGGCTGCGCCTGCACCCCGGAGCGGATGGCCGAGGCTGGCTTCATCCACTGCCCCACTGAGAACGAGCCAGACTTGGCCCAGTGTTTCTTCTGCTTC
3、AAGGAGCTGGAAGGCTGGGAGCCAGATGACGACCCCATAGAGGAACATAAAAAGCATTCGTCCGGTTGCGCTTTCCTTTCTGTCAAGAAGCAGTTTGAAGAATTAACCCTTGGTGAATTTTTGAAACTGGACAGAGAAAGAGCCAAGAACAAAATTGCAAAGGAAACCAACAATAAGAAGAAAGAATTTGAGGAAACTGCGGAGAAAGTGCGCCGTGCCATCGAGCAGCTGGCTGCCATGGATTGAGGCCTCTGGC1、这是哪个基因?2、编码的蛋白质 序列是怎么样的?3、有没有保守的功能结构域?4、它的
4、功能是怎样的?5、有没有三级结构?BLAST可以对核酸和蛋白的多种数据库操作。有几种比较方法可选择:Blastp:一个氨基酸序列与一个蛋白数据库比较Blastn:一个核酸序列与一个核酸数据库比较。Blastx:一个核酸的所有读框与一个蛋白数据库比较,可以用来发现未知核酸可能的蛋白产物。Tblastn:一个蛋白序列与翻译成所有读框的核酸数据库比较。Tblastx:一个核酸的六种读框与一个核酸据库的六种读框比较,但由于计算太复杂在网页中不能应用。Gene info:17号染色体功能注释:Gene Ontology该基因定位于人体第17条染色体,基因表示符为:NM-001168.2初步的功能分析:细胞周期,caspase酶的抑制因子等获取蛋白质的序列信息该蛋白质中包含142个氨基酸,序列标识符为:NP-001159.2获取FASTA序列Find domain填入蛋白质的FASTA序列并提交BIR domain具有保守的功能结构域BIR三级结构显示Thanks