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1、常用化学软件及其应用你现在浏览的是第一页，共39页选修说明1.对全校理工科学生开放，为理科学分。2.学分值为2学分。3.教学为辅，自己上机实练最重要。4.成绩计算：平时40，考试60缺勤5次（含）以上，直接计为F.你现在浏览的是第二页，共39页参考书籍参考书籍参考书籍参考书籍1沈勇，张大经，郑康成编著.现代化学信息基础教程.广州：中山大学出版社，广州：中山大学出版社，20002缪强编著.化学信息学导论.北京：高等教育出版社，20013叶卫平，方安平，于本方.Origin7.0科技绘图及数据分析.北京：机械工业出版社北京：机械工业出版社.20044郝红伟，施光凯.Origin6.0实例教程.北京
2、：中国电力出版社，20005吴功宜，吴英编著.Internet.Internet基础基础.北京：清华北京：清华大学出版社，大学出版社，2000你现在浏览的是第三页，共39页6周剑平编著.精通Origin7.0.北京：北京航空航天出版社.20047胡立江等编著.精通ChemDraw.北京：清华大学出版社，200210俞庆森，朱龙观编著.分子设计导论.北京：高等教育出版社，20008赵文元，王亦军编著.计算机在化学化工中的应用技术.北京：科学出版社.20019邵学广，蔡文生编著.化学信息学.北京：科学出版社.2001你现在浏览的是第四页，共39页绪论（一）内容与特色（一）内容与特色内容重点介绍or
3、igin、chemwindow、chemsketch、以及ChemOffice（chemdraw、chem3D、chemfinder）等常用化学图文处理软件及其应用，着重介绍这些软件的基本功能以及基本使用技巧。这些内容是撰写化学论文或相关学科论文必不可少的计算机应用技术，也是进行计算机功能分子设计、电子结构与性质分析的重要基础。你现在浏览的是第五页，共39页（二）目的要求（二）目的要求1、重点掌握origin、chemwindow、chemsketch、chemdraw等常用化学图文处理软件的使用技术2.能灵活绘制化学及其它相关学科论文所需要的各种类型的化学分子式、分子图、反应式、轨道图、能级
4、图、实验装置图、化学工艺流程图等；会灵活应用这些软件进行科学准确的作图，合理的分析和处理实验数据。你现在浏览的是第六页，共39页2、学会一些基本的作图方法和作图技巧，进行分子的电子结构与相关性质的计算。3、综合应用上述软件，进行简单的分子设计及化学反应机理分析。4、学会利用国际互联网，对不断新推出的国内外化学软件进行跟进并进行知识更新；善于利用互联网的一切化学网络资源。你现在浏览的是第七页，共39页第一章第一章常用化学软件介绍常用化学软件介绍计算机作为一种化学学习和研究的工具有着不可替代的作用。化学软件发展迅猛。本章介绍一些常用的能在PC机上使用的化学类软件，方便同学们在学习和研究中做出有效、
5、快速的选择。你现在浏览的是第八页，共39页化学软件的分类化学综合软件化合物结构绘制图谱分析化学工程化学化工计算分子模型化学教育你现在浏览的是第九页，共39页分子绘制，模拟与计算软件质谱软件质谱软件化学贴图软件化学数据库化学数据库层析软件生物化学生物化学材料科学材料科学普通，有机，合成和分析化学软件普通，有机，合成和分析化学软件你现在浏览的是第十页，共39页分子绘制，模拟与计算分子绘制，模拟与计算（Molecularmodelling，drawing）Alchem2000v.2.0Alchem2000v.2.0TriposTripos公司开发的分子三维结构模公司开发的分子三维结构模拟与计算软件。
6、拟与计算软件。ChemOffice2002ChemOffice2002 化学家桌面办公软件，分子结构绘制，化学家桌面办公软件，分子结构绘制，模拟，数据库管理及搜索引擎等。模拟，数据库管理及搜索引擎等。Chemistry4-DDrawStandard&ProChemistry4-DDrawStandard&Pro分子结构分子结构(4D)(4D)绘制绘制软件。软件。MolSuite2000MolSuite2000 分子三维结构模拟，物理性质计算，统计学分分子三维结构模拟，物理性质计算，统计学分析，数据库开发及管理。析，数据库开发及管理。MolecularAnalysisProMolecularAn
7、alysisPro 研究分子生物活性和化学结构研究分子生物活性和化学结构及物理性质之间的关系。及物理性质之间的关系。ChemSiteChemSite 三维分子模拟程序，模拟有机和生物分子的动力三维分子模拟程序，模拟有机和生物分子的动力学行为。学行为。你现在浏览的是第十一页，共39页ChemSitePro除了ChemSite的全部功能外，还增加了晶体创建功能，包括离子型、金属、共价型和分子型晶体等。MolecularModelingPro一个先进的分子模拟程一个先进的分子模拟程序。序。ChemDraw6.0化学结构和化学贴图绘制，结构核磁位移分析等。Chem3D6.0分子3D结构模拟和计算软件。
8、结构模拟和计算软件。ChemSketch5.0化学画图用软件包，可用于画化学结构、反应和图形。也可用于设计与化学相关的报告和演讲材料。ISIS/Draw2.4 一个智能的化学绘图软件包。你现在浏览的是第十二页，共39页质谱软件质谱软件（MassSpectroscopySoftware）NIST/EPA/NIHMassSpectralDatabaseNIST/EPA/NIHMassSpectralDatabaseChemSiteProforNISTChemSiteProforNISTElementalFormulaCalculatorElementalFormulaCalculatorEnzym
9、eKinetics!ProTMEnzymeKinetics!ProTMGC,GC/MSFileManagerTMGC,GC/MSFileManagerTMInteractiveTraining-MassSpecModuleInteractiveTraining-MassSpecModuleMassSpecCalculatorTMVersion3MassSpecCalculatorTMVersion3MassSpecCalculatorTMProfessionalMassSpecCalculatorTMProfessionalMassSpecToolsTMMassSpecToolsTM Mass
10、SpectrometristsPeriodicTableMassSpectrometristsPeriodicTable IsotopeRatioCalculatorIsotopeRatioCalculator ElementalCompositionWorkshopElementalCompositionWorkshop MassSeriesCalculatorMassSeriesCalculator SimpleElectrosprayCalculatorSimpleElectrosprayCalculator你现在浏览的是第十三页，共39页(ChemicalClipArt)ChemArt
11、DeluxeClipArtChemArtDeluxeClipArt玻璃器具贴图软件，种类齐全，采玻璃器具贴图软件，种类齐全，采用矢量图像，调整图片比例或方向，能保持原图质量。用矢量图像，调整图片比例或方向，能保持原图质量。ChemArtHistoryCollectionChemArtHistoryCollection化学历史图片库，有古代化化学历史图片库，有古代化学家肖像，试验设备，试验场景图片等。学家肖像，试验设备，试验场景图片等。ChemistryPhotoArtChemistryPhotoArt化学照片图库，每一个照片都提供化学照片图库，每一个照片都提供四种分辨率供你选择。四种分辨率供你
12、选择。Chrom/PrepTMClipArtChrom/PrepTMClipArt色谱用器具图片库，如果你从色谱用器具图片库，如果你从事色谱研究和教学工作，就应该选择事色谱研究和教学工作，就应该选择 Chrom/PrepTMChrom/PrepTMClipArtClipArt！GlasTronixTMClipArtGlasTronixTMClipArt 实验室器具图片库，用相关玻璃器件实验室器具图片库，用相关玻璃器件图片可方便地组合成任意一种基础实验装置。图片可方便地组合成任意一种基础实验装置。SafetyArtTMDeluxeClipArtSafetyArtTMDeluxeClipArt 安
13、全防护图片库，共计有安全防护图片库，共计有600600幅专业级的图片，全色彩，涉及大多数重要的安全防护题幅专业级的图片，全色彩，涉及大多数重要的安全防护题材。材。你现在浏览的是第十四页，共39页化学数据库化学数据库（ChemicalDatabases）AgroSynTMPesticideSynonymDatabaseAgroSynTMPesticideSynonymDatabaseChemicalStructure&InformationDatabasesChemicalStructure&InformationDatabasesChemSourcesUSAChemSourcesUSAChem
14、Sources-InternationalChemSources-InternationalGardnersChemicalSynonyms&TradeNamesGardnersChemicalSynonyms&TradeNamesElectronicHandbookElectronicHandbookJuiceProductsAnalyticalDatabaseJuiceProductsAnalyticalDatabaseMerckIndexElectronicversionMerckIndexElectronicversionNutriChemTMLabDatabase-FoodNutri
15、ent&ChemicalNutriChemTMLabDatabase-FoodNutrient&ChemicalElementDatabaseElementDatabasePeriodicTableDatabasePeriodicTableDatabasePeriodicTableExcelPeriodicTableExcelPrescriptionDrugDatabasePrescriptionDrugDatabaseSynapseTMChemicalLibrarySynapseTMChemicalLibrary 你现在浏览的是第十五页，共39页AdhesiveChemicalsandCom
16、poundingAdhesiveChemicalsandCompoundingIngredientsIngredientsChemicalManufacturersElectronicDirectoryofChemicalManufacturersElectronicDirectoryofTradeNameProductsTradeNameProductsFillers,Extenders,andDiluentsElectronicHandbookFillers,Extenders,andDiluentsElectronicHandbookFoodPackagingChemicalsandMa
17、terialsFoodPackagingChemicalsandMaterialsGreenChemicalsElectronicHandbookGreenChemicalsElectronicHandbookIndustrialChemicalAdditivesElectronicHandbookIndustrialChemicalAdditivesElectronicHandbookIndustrialSurfactantsElectronicHandbookIndustrialSurfactantsElectronicHandbookSpecialtyChemicalsElectroni
18、cSourceBookSpecialtyChemicalsElectronicSourceBookCosmetics&PersonalCareAdditivesElectronicCosmetics&PersonalCareAdditivesElectronicHandbookHandbookFoodAdditivesElectronicHandbookFoodAdditivesElectronicHandbookPaints&CoatingsRawMaterialsElectronicHandbookPaints&CoatingsRawMaterialsElectronicHandbookP
19、harmaceuticalAdditivesElectronicHandbookPharmaceuticalAdditivesElectronicHandbookPlasticandRubberAdditivesElectronicHandbookPlasticandRubberAdditivesElectronicHandbook 你现在浏览的是第十六页，共39页层析软件层析软件（ChromatographySoftware）CESARTMCESARTM 毛细管电泳模拟与优化应用软件。毛细管电泳模拟与优化应用软件。ChromatographyEquationsTMChromatography
20、EquationsTM 色谱计算软件，包括气相色谱计算软件，包括气相色谱、液相色谱和离子色谱。色谱、液相色谱和离子色谱。ChromViewTMChromViewTM把把GCGC和和GC-MSGC-MS高分辨率图片数据输入到其高分辨率图片数据输入到其它它 WindowsWindows应用程序应用程序,如：如：MSWordMSWord，ExcelExcel，或，或PowerpointPowerpoint。GasChromatographySimulation&OptimizationGasChromatographySimulation&OptimizationSoftwareSoftware 气
21、相色谱模拟和优化软件。气相色谱模拟和优化软件。GCandGCMSFileTranslatorTMGCandGCMSFileTranslatorTM 气相色谱和气质联用气相色谱和气质联用色谱文件转换软件。色谱文件转换软件。GCandGCMSFileTranslatorTMProfessionalGCandGCMSFileTranslatorTMProfessionalVersionVersion 气相色谱和气质联用色谱文件转换专业版。气相色谱和气质联用色谱文件转换专业版。HPLCCalculationsAssistant&ReferenceToolsHPLCCalculationsAssista
22、nt&ReferenceTools 高效高效液相色谱计算助手和相关工具。液相色谱计算助手和相关工具。HPLCOptimizationTMHPLCOptimizationTM 高效液相色谱优化软件，用于优化高效液相色谱优化软件，用于优化HPLCHPLC条件，如条件，如isocrateisocrate溶剂和梯度洗脱。溶剂和梯度洗脱。你现在浏览的是第十七页，共39页InteractiveTrainingTMInteractiveTrainingTM 交互式培训软件，包括交互式培训软件，包括 以下几个以下几个部分：部分：AtomicAbsorptionSpectrometryAtomicAbsorpt
23、ionSpectrometry交互式原子吸收光谱交互式原子吸收光谱分析培训软件。分析培训软件。GasChromatographyGasChromatography交互式气相色谱培训软件。交互式气相色谱培训软件。AdvancedInteractiveGasChromatographyTrainingAdvancedInteractiveGasChromatographyTraining高级交互式气相色谱培训软件。高级交互式气相色谱培训软件。HighPerformanceLiquidChromatographyHighPerformanceLiquidChromatography交互式高交互式高效
24、液相色谱分析培训软件。效液相色谱分析培训软件。InductivelyCoupledPlasmaSpectrometryInductivelyCoupledPlasmaSpectrometry交互式感应耦交互式感应耦合等离子体光谱分析培训软件。合等离子体光谱分析培训软件。AdvancedInductivelyCoupledPlasmaSpectrometryAdvancedInductivelyCoupledPlasmaSpectrometry交互式高级感应耦合等离子体分析培训软件。交互式高级感应耦合等离子体分析培训软件。MassSpectrometryMassSpectrometry交互式质谱
25、分析培训软件。交互式质谱分析培训软件。StatisticsforAnalyticalChemistsStatisticsforAnalyticalChemists适用于分析化学者的交适用于分析化学者的交互式统计学培训软件。互式统计学培训软件。你现在浏览的是第十八页，共39页生物化学生物化学（Biochemistry）AminoAcidDatabaseTMAminoAcidDatabaseTM EnzymeKinetics!ProEnzymeKinetics!ProFluorescenceDatabaseTMFluorescenceDatabaseTM GAPTM-GelAlignmentPro
26、gram(SDSPageGels)GAPTM-GelAlignmentProgram(SDSPageGels)GPMAWTM-GeneralProteinMassAnalysisforGPMAWTM-GeneralProteinMassAnalysisforWindowsWindowsIsoPointTMIsoPointTMPeptideCompanionTMPeptideCompanionTMpHProfileTMpHProfileTMProteinToolsTMProteinToolsTM你现在浏览的是第十九页，共39页材料科学材料科学（MaterialScience）Alchemy200
27、0byTriposTMChemSiteProHSCChemistryHSCChemistryTAPPTMThermochemicalandPhysicalPropertiesReactionEquationsHeatBalancesEquilibriumCompositionsFormulaWeightsEquilibriumCompositionsFormulaWeightsPhaseStabilityDiagramsEh-pH-Diagrams你现在浏览的是第二十页，共39页普通，有机，合成和分析化学软件普通，有机，合成和分析化学软件（General,Organic,Synthetic&A
28、nalyticalChemistry）BufferMakerTMBufferMakerTMCertificateofAnalysis(COATM)BuilderCertificateofAnalysis(COATM)BuilderCHEMiCALC-CalculatorforChemistsCHEMiCALC-CalculatorforChemistsDetectionLimitsDetectionLimitsDilCalcTMDilCalcTMExpertLaboratorySolutionsTMExpertLaboratorySolutionsTMFlavor,FragranceandOd
29、orSimulatorFlavor,FragranceandOdorSimulatorHaackerCalcTM-ElementalCompositionCalculatorHaackerCalcTM-ElementalCompositionCalculatorHeatCapacitiesofGasesHeatCapacitiesofGasesMolecularWeightCalculatorMolecularWeightCalculatorLaboratoryDocumentControlSystem-CreateSOPsUsingBuilt-inLaboratoryDocumentCont
30、rolSystem-CreateSOPsUsingBuilt-inTemplatesTemplatesQC-ThermTMQC-ThermTMRadCalcRadCalcReactionKineticsReactionKineticsReact-ItTMReact-ItTMStoichiometryStoichiometryUVMaxEstimateTMUVMaxEstimateTM你现在浏览的是第二十一页，共39页第一节第一节化学结构式编辑软件化学结构式编辑软件有关化学结构式编辑的软件既有商品的，亦有对教育界及家用免费的。其功能主要是描绘化合物的结构式、化学反应方程式、化工流程图、简单的实验
31、装置图等化学常用的平面图形的绘制。你现在浏览的是第二十二页，共39页常见的这类软件有：常见的这类软件有：ChemDraw,ChemWindow,ISISDraw,ChemSketch等。前两个为商业软件，有关它们的资料可以查阅各自的网站http:/和http:/http:/，最新版本分别为6.0和6.56.5。后两个对教育界及家用为免费软件，可以在它们各自的网站http:/和http:/上下载，最新版本分别为上下载，最新版本分别为2.22.2和4.04.0。你现在浏览的是第二十三页，共39页ChemDraw为当前最常用的结构式编辑软件，除了以为当前最常用的结构式编辑软件，除了以上所述的一般功能
32、外，其上所述的一般功能外，其ultra版本还可以预测分子的常见物理化学性质如：熔点、生成热等；对结构按IUPACIUPAC原则命名；预测质子及碳13化学位移等。ChemWindow的一个最突出的特点是与光谱的结合，它的6.5Spectroscopy版本包括了一个约五万张13CNMR的数据库(达250250兆)，因而其预测更加精确；除了根据化合物的结构预测13CNMR13CNMR化学位移外，还能预测红外图谱、质谱等，更可以读入标准格式的NMR、IRIR、Raman、UV及色谱图。及色谱图。你现在浏览的是第二十四页，共39页第二节第二节三维结构显示与描绘软件三维结构显示与描绘软件比较有名的有：Ch
33、em3D,WebLabViewerPro,RasWin,ChemBuilder3D,ChemSite等，它们等，它们都能够以线图都能够以线图(wireframe),(wireframe),球棍(ballandstick),(ballandstick),CPKCPK及丝带(ribbon)(ribbon)等模式显示化合物的三维结构。其中的RasWin和和WebLabViewer的Lite版只能显版只能显示而无法编辑三维分子模型，为免费软件，示而无法编辑三维分子模型，为免费软件，RasWin可以在几乎所有的化学软件站点找到，WebLabViewer的下载地址为http:/http:/你现在浏览的是第
34、二十五页，共39页Chem3D同ChemDraw一样，是ChemOffice的组成部分，它能很好地同ChemDraw一起协同工作，ChemDraw上画出的二维结构式可以正确地自动转换为三维结构。它的ultra版本还包括了一个很好的半经验量子化学计算程序MOPAC97，并能与著名的从头计算程序Gaussian98连接，作为它的输入、输出界面。能够以三维的方式显示量子化学计算结果，如：分子轨道、电荷密度分布等。你现在浏览的是第二十六页，共39页第三节第三节数据处理软件数据处理软件化学中的数据处理多种多样，对不同的数据处理要求宜化学中的数据处理多种多样，对不同的数据处理要求宜采用不同的软件完成。采用
35、不同的软件完成。通用型的软件如：Origin,SigmaPlotOrigin,SigmaPlot等可以根据需要对实验数据进行数学处理、统计分析、付立叶变换、t-t-试验、线性及非线性拟合；绘制二维及三维图形如：散点图、条形图、折线图、饼图、面积图、曲面图、等高线图等。Origin的最新版本为7.0，其演示版可以从，其演示版可以从http:/下载，SigmaPlot的的最新版本为最新版本为2000,2000,其评估版可以从其评估版可以从http:/下载。下载。你现在浏览的是第二十七页，共39页核磁数据处理软件核磁数据处理软件有：NUTS、MestRe-C、Gifa等；NUTS可以处理一维及二维核
36、磁数据，其功能包括付立叶变换、相位校正、差谱、模拟谱、匀场练习等几乎所有核磁仪器操作软件的功能；其演示版在http:/下载；你现在浏览的是第二十八页，共39页MestRe-C为处理一维核磁数据的免费软件，功能完善。其最新版本为2.3，有兴趣可在http:/qobrue.usc.es/jsgroup/MestRe-C/MestRe-C.html处查看有关信息即下载；Gifa可以处理一至三维核磁数据，为运行在LINUX操作系统中X-Window上的免费软件，有关信息可查看http:/www.cbs.univmontp1.fr/GIFA/你现在浏览的是第二十九页，共39页第五节第五节图谱解析软件图谱
37、解析软件解析有机化合物的红外、核磁及质谱有时是一件非常困难的工作，特别是复杂化合物的图谱解析更是这样。核磁图谱的解析可以先利用ChemNMR,C13ModuleforChemWindow,gNMR等软件对目标化合物的化学位移进行估算或作出模拟谱，用以协助对该化合物图谱的指认。你现在浏览的是第三十页，共39页ChemNMR为ChemDrawUltra版本的一个插件，可以用来估算大多数有机物的1H、13C化学位移及用线图表示的相应图谱，C13ModuleforChemWindow为ChemWindow的一个插件，可以用来估算大多数有机物的13C化学位移，你现在浏览的是第三十一页，共39页gNMR则
38、可用来估算任何NMR活性核的化学位移，并能画出非常逼真的图谱，该软件包所带的几个工具(gSPG,gCVT)亦可用来处理一维核磁图谱数据，并能与模拟谱进行比较，有关该程序的信息及演示版可以查阅http:/ 4.0版，其功能更强大，除了给出IUPAC名称外，还给出CAS名称，更增加了对立体化学的支持。该软件的演示版可以在http:/站点下载。你现在浏览的是第三十五页，共39页常用化学软件google搜索结果 你现在浏览的是第三十六页，共39页http:/ 化学教育化学教育化学教育化学教育化学绘图化学绘图化学绘图化学绘图工程绘图工程绘图工程绘图工程绘图有机化学有机化学有机化学有机化学数据处理数据处理数据处理数据处理无机化学无机化学无机化学无机化学分析化学分析化学分析化学分析化学物理化学物理化学物理化学物理化学结构化学结构化学结构化学结构化学量子化学量子化学量子化学量子化学化工流程化工流程化工流程化工流程你现在浏览的是第三十八页，共39页http:/ 化合物的结构处理、命名化学软件目录及网上商店 化学相关软件在中国的代理商化学相关软件在中国的代理商 教学软件教学软件数据处理 信息管理工具主要化学软件产品你现在浏览的是第三十九页，共39页