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1、将拼好后的序列和下载的序列填在一个txt文档中保存后，将文件后缀由.txt 改成.fas第1页/共12页第一页，编辑于星期六：七点 三十三分。打开MEGA 5.05软件，点击菜单栏File，选择open a file，打开刚才的.fas文件。弹出窗口后选择Align。弹出副窗口。第2页/共12页第二页，编辑于星期六：七点 三十三分。在主窗口中，点击上方工具栏W标志，将序列比对对齐。第3页/共12页第三页，编辑于星期六：七点 三十三分。序列对齐，修饰后，点击工具栏 保存图标，将文件进行保存。格式为mas格式第4页/共12页第四页，编辑于星期六：七点 三十三分。保存后关闭上一个副窗口，回到主窗口，
2、重新在File中打开刚保存的.mas格式的文件。弹出新的副窗口（序列已对齐）第5页/共12页第五页，编辑于星期六：七点 三十三分。在工具栏Data中打开刚才保存的.mas文件，Analysis分析，可在主窗口中出现TA图标（如图）。第6页/共12页第六页，编辑于星期六：七点 三十三分。点击TA图标，可弹出小窗口，由次窗口可知简约信息位点，不变位点等信息。点击工具栏statistics，选择第一项进行核酸比较，可在excel表中导出碱基组成信息。第7页/共12页第七页，编辑于星期六：七点 三十三分。点击主窗口中Distance中的第一项，可对物种之间遗传距离进行计算。注意Bootstrap参数设
3、置（一般为1000）。模型选用Kimura双参数模型进行计算。点击Computr进行计算关于遗传距离第8页/共12页第八页，编辑于星期六：七点 三十三分。关于系统发育树点击主窗口中Phylogeny下选择想用的算法（最大似然法ML或者是邻接法NJ），一般选用ML。第9页/共12页第九页，编辑于星期六：七点 三十三分。各参数设置如图，点击Computr进行计算，构建出一个系统发育树。第10页/共12页第十页，编辑于星期六：七点 三十三分。左侧工具栏可对树的拓扑结构进行调整。点击保存，将文件保存成mts格式（仅可以用MEGA打开）。也可以点击上方工具栏中的Image，save as 为其他格式。若想更改字体，可将文件保存成PDF格式后，用Adobe Illustrator CS5对其进行修改。第11页/共12页第十一页，编辑于星期六：七点 三十三分。感谢您的观看。第12页/共12页第十二页，编辑于星期六：七点 三十三分。