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1、Autodock 问题集锦1.autodock 给出的 binding energy 可靠性如何？Autodock 给出的结合自由能 仅仅是一个打分函数！很粗略的这个仅仅用来评判小分子与受体结合得是否好的一个标准。就如同GOLD 或者 Surflex 等对接软件给出的chemscore GOLD socre Cscore 等等这样的打分函数！是由半经验公式得到的，并不能准确的描述结合的自由能。除了 autodock 还有以下软件可以计算自由能或打分a.原来的 Insight2005（现在的 DS）中的 docking，可以给出两者相互作用能。包括静电能和范德华能。b.dock 也能算，MM/P
2、BSA 打分，另外 schrodinger 旗下的 macromodel 模块，prime 模块都能算 binding energy2.用 autodock 做对接，请问里面格子大小与其中心的选择依据格子的中心和你的活性位点有关一般设在你的活性位点上即可，大小只要能包括你觉得可能发生作用的区域就可以了3.AUTODOCK 产生的氢键原理在 AUTODOCK 4.0 做对接，对接完成后看蛋白与配体相互作用的时候，有一个氢键形成，是蛋白中的一个蛋氨酸上的-S-与配体中的-O-形成氢键 该 O 上没有氢，两边连的是 C查看 TXT 文本，该 S 原子的类型为 SD，也就是 S 是氢键给体AUTODO
3、CK 里定义的是 S 是氢键给体，O 是氢键受体。对于这个H 键，显而易见，O 是氢键受体，但是 S 是如何成为氢键给体的呢？它的两个键也是接的是C求助解释下，S 与 O 是如何形成氢键的？如果两个杂原子间距（小于两个氢键键长）和角度在一定范围内，很多软件会认为它们能通过 H 原子介导形成氢键相互作用，即共用一个氢原子，各软件定义的范围不同，此氢原子亦可来自于水分子，当然你对接过程中可能没有添加水分子，实际上分子间空隙是会填充水的另外建议你用 Sybyl 看氢键会好一些4.使用 autodock 之前需要进行能量最小化优化吗？对接时，计算机会自动寻找小分子不同的构象进行对接，但寻找的方式有随机
4、性，在你设置对接次数大时可能影响不大，但如果设置的次数少就可能没找到最低能构象，如果对接之前能量最小化了，不管设置的参数怎样，最低能构象一定在里面5.关于 AutoDock 输出结果中的能量值下面是 autodock 运行 打分值最好的输出结果Rank:1_1Binding Energy:-15.11/3kI:8.58pMIntermolecular Energy:-14.39Internal Energy:-5.38Torsional Energy:3.84Unbound Extended Energy:-0.83Cluster RMS:0.0Ref RMS:6.79tutorial 中说
5、Dock Energy=intermolecular energy+internal energy那么在此例中 Dock Energy=-14.39+(-5.38)=-19.77,而 Binding Energy=-15.1,两者并不相等,但两者是平行的,按这两个能量值进行排序都得到相同的排序结果我很困惑的是 如果 Binding Energy 就是我们关心的 Binding Free Energy(结合自由能G),那么 Dock Energy 又是什么含义?Dock Energy and Binding Energy有什么不同,他们都是怎么定义的?还有这里 Binding Energy的单位
6、是 kcal/mol 还是 kJ/mol 或是其它?关于 docked Energy:对接能量分子间能量+分子内能量关于 freeEnergy:自由能分子间能量项+扭转熵因子罚分项（这一项的值是一个常数乘以配体内可旋转键数目，此处我怀疑这一项的值要么是那个 unbound extended energy,是这一项值的可能性比较大，因为这两项加起来很接近freeEnergy 的值，但又不是绝对相等，小数点后总差点。）分子间的结合自由能计算不应包括分子内能,这点我非常的认同.我的理解是文献中引用的能量值G(结合自由能,binding free energy)就是输出中的binding energy
7、,即 G=binding free energy=binding energy,AutoDocK结果中的G 应该直接计算得出,不可能再经过计算得到.freeEnergy 与 Binding energy 虽然很接近,但不绝对相等.很可能是它们的定义略有不同,而不能将他们等同起来,因为我觉得 AutoDocK 那么广泛使用的程序,不可能在这点上没有做到精确.Binding Energy=Intermolecular Energy+Internal Energy+Torsional Energy-UnboundExtended Energy,单位是 kcal/mol。internal energy
8、 可能是指配体结合前后内能的差值，不是内能的绝对值。AutoDocK 中评价函数中不应该包含内能(差值),设想若对接的起始构象不同,理论上如果对接好的化,它们会得到同一构象和取向,那么这里 internal energy(差值)是不同的,显然不能包含在 AutoDocK 中评价函数中我查阅了徐莜杰的书与相关资料以与tutarial 中的解释,得出一下结论G(bind)(评价函数)=G(vdw)+G(H-bond)+G(ele)+G(del-sol)+G(tor)经过计算证实前四项包含在intermolecular energy中,另外,free energy=intermolecular en
9、ergy+torsion entropy penalty 正如 2 楼兄弟所说2/3 freeEnergy:自由能分子间能量项+扭转熵因子罚分项（这一项的值是一个常数乘以配体内可旋转键数目，这一项的值是那个 unbound extended energy,可能性比较大，因为这两项加起来很接近 freeEnergy 的值，但又不是绝对相等，小数点后总差点。）对接结果中Torsional Energy:3.84Unbound Extended Energy:-0.83 这两个值是固定的,即不论你排名如何,构象如何,他们的值都是这个.这两个能量表示的是同一个东西.所以推测 Unbound Exten
10、ded Energy=G(tor)这样G(bind)(评价函数)=G(vdw)+G(H-bond)+G(ele)+G(del-sol)+G(tor)=intemolecar energy+G(tor)=free energy 约=binding energy而 docked energy 在这里对我们来说没有多少价值6.Analyze 方法(八)/*Analyze*/A：1.Analyze-Docking-(檔名.dlg)2.Analyze-Conformations-Play(可讓 ligand 變更位置，ps.已對結好的位置)3.Macromolecule-(檔名.pdbqt)(protein)(八)/*Analyze*/B：1.Analyze-Grids-Open Other 選擇步驟(五)中的九個由 autogrid 產生的文件，每一個文件都代表不同的力場2.Analyze-Conformations-Play(ligand 可配合任一力場，做 autodock 所產生出的九個 docking 位置，並判斷它們的關係)(八)/*Analyze*/C：1.Analyze-Conformations-Extract Histogram(計算分子對接，ligand與protein bind site 的分數高低並由高到3/3