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1、生物信息学资源库介绍第1页，共80页，编辑于2022年，星期一 生物信息学相关数据库资源生物信息学相关数据库资源 核酸及其相关数据库（序列数据库、基因组相关数据库、核酸三维结构数据库、其他）蛋白质相关数据库（序列数据库、蛋白质三维结构数据库、蛋白质组数据库（二维凝胶电泳数据库）、信号传导及蛋白质-蛋白质相互作用相关数据库、DNA和蛋白质相互作用数据库）基因或蛋白质一些特定数据库糖类及其相关数据库蛋白质翻译后修饰相关数据库基因表达数据库人类基因突变及疾病相关数据库进化相关数据库及资源专利数据库资源目录服务器或网页第2页，共80页，编辑于2022年，星期一核酸及其相关数据库核酸及其相关数据库 核酸
2、序列数据库核酸序列数据库BIOSINO我国的核酸序列公共数据库EMBL-EMBLNucleotidesequencedatabase(EBI)*GenBank-GenBankNucleotideSequencedatabase(NCBI)*DDBJ-DNADataBankofJapan*dbEST-DatabaseofExpressedSequenceTags(NCBI)dbSTS-DatabaseofSequenceTaggedSites(NCBI)第3页，共80页，编辑于2022年，星期一2.基因组及相关数据库 Genomic DatabasesGenomeWeb(HGMP)-Acatal
3、ogueofusefulWebsitesforGenomicswithasetofcollectionsofgenomedatabasesGSDB-GenomeSequencedatabase(NCGR)GOLD-GenomesOn-linedb一些数据库的直接链接第4页，共80页，编辑于2022年，星期一3.核酸三维结构数据库NDB-NucleicAcidDatabank(3Dstructures)BNASDB-NucleicacidstructuredbfromUniversityofPune第5页，共80页，编辑于2022年，星期一4.其他AsDb-AberrantSplicingdbA
4、CUTS-AncientconserveduntranslatedDNAsequencesdbCodonUsageDb-ThefrequencyofcodonuseineachorganismismadesearchablethroughthisWorldWideWebsite.EPD-EukaryoticPromoterdbHOVERGEN-HomologousVertebrateGenesdbIMGT-ImMunoGeneTicsdbMirroratEBIISIS-IntronSequenceandInformationSystemRDP-RibosomaldbProjectgRNAsdb
5、-GuideRNAdbPLACE-Plantcis-actingregulatoryDNAelementsdb第6页，共80页，编辑于2022年，星期一其它其它PlantCARE-Plantcis-actingregulatoryDNAelementsdbsRNAdb-SmallRNAdbssurRNA-SmallribosomalsubunitdblsurRNA-Largeribosomalsubunitdb5SrRNA-5SribosomalRNAdbtmRNAWebsitetmRDB-tmRNAdBtRNA-tRNAcompilationfromtheUniversityofBayreu
6、thuRNADB-uRNAdb第7页，共80页，编辑于2022年，星期一其他其他RNAediting-RNAeditingsiteRNAmoddb-RNAmodificationdbTelDB-MultimediaTelomereResourceTRADAT-TRAnscriptionDatabasesandAnalysisToolsSubviralRNAdb-SmallcircularRNAsdb(viroidandviroid-like)第8页，共80页，编辑于2022年，星期一TransgenicsCreTransgenicDatabase-Cretransgenicmouselines
7、Transgenic/TargetedMutationDatabase-Informationontransgenicanimalsandtargetedmutations第9页，共80页，编辑于2022年，星期一1.蛋白质序列和相关数据库SWISS-PROT-SWISS-PROTannotatedproteinsequencedbPIR-international-TheProteinInformationResource(proteinsequence)MIPS-Martinsriedinstituteforproteinsequenceandhomologydataandyeastgen
8、omeinformation第10页，共80页，编辑于2022年，星期一蛋白质及其相关数据库蛋白质及其相关数据库 PROSITE-PROSITEdictionaryofproteinsitesandpatternsInterPro-IntegratedResourcesofProteinsDomainsandFunctionalSitesBLOCKS-BLOCKSdbDOMO-Proteindomaindb(Automaticallygenerated)Pfam-Proteinfamiliesdb(HMMderived)MirroratSangerPRINTS-ProteinMotiffing
9、erprintdbProDom-Proteindomaindb(Automaticallygenerated)PROTOMAP-AnautomatichierarchicalclassificationofSWISS-PROTproteinsSBASE-SBASEdomaindb(Proteindomainsequencelibrary)SMART-Proteinsignallingandextracellulardomainpatterns(SimpleModularArchitectureResearchTool)ProClass-Proteinsequencealignmentsandc
10、urationofproteinfamilies第11页，共80页，编辑于2022年，星期一.蛋白质三维结构和相关数据库蛋白质三维结构和相关数据库PDB-ProteinDataBankMirrorsinEBIBioMagResBank-Repositoryfordataonproteins,peptides,andnucleicacidsfromNMRspectroscopySWISS-MODELRepository-AutomaticallygeneratedproteinmodelsdbModBase-DbofcomparativeproteinstructuremodelsCATH-UC
11、LBSMstructuralclassificationofproteinsSCOP-StructuralclassificationofproteinsMirroratUSA|Israel|Singapore|AustraliaMol_R_Us-MoleculesRUs,browserforPDBBMMDomainServer-BiomolecularModellingLaboratory(ICRF)proteindomainserverPRESAGE-Collaborativeresourceforstructuralgenomics第12页，共80页，编辑于2022年，星期一蛋白质三维结
12、构和相关数据库蛋白质三维结构和相关数据库 SBASE-SBASEdomaindb(Proteindomainsequencelibrary)SMART-Proteinsignallingandextracellulardomainpatterns(SimpleModularArchitectureResearchTool)ProClass-ProteinsequencealignmentsandcurationofproteinfamiliesKabat-KabatdbofproteinofimmunologicalinterestPMD-ProteinMutantdb第13页，共80页，编辑
13、于2022年，星期一蛋白质二维凝胶电泳数据库蛋白质二维凝胶电泳数据库WORLD-2DPAGE-Acompleteindexof2D-PAGEdbandserversPhoretixlinks-Phoretixpageoflinksto2Dgeldb第14页，共80页，编辑于2022年，星期一信号传导及蛋白质信号传导及蛋白质-蛋白质相互作用相蛋白质相互作用相关数据库关数据库DIP-DbofInteractingProteinsINTERACT-Protein-ProteininteractiondbProNet-Protein-ProteininteractiondbCANSITE-Signal
14、TransductionsWebSPAD-SignalingpathwaydbCSNDB-CellSignalingNetworksdb第15页，共80页，编辑于2022年，星期一DNA和蛋白质相互作用数据库和蛋白质相互作用数据库DPInteract-DNA-Proteinsinteractionsdb第16页，共80页，编辑于2022年，星期一特定基因或蛋白质的数据库特定基因或蛋白质的数据库AAA-AAAfamilyofATPasesserverAcetylcholinesterasesALDH-AldehydedehydrogenasegenesuperfamilydbAminoacyl-
15、tRNAsynthetasesinSWISS-PROT-Listofaminoacyl-tRNAsynthetasesinSWISS-PROTAARSDB-Aminoacyl-tRNAsynthetasesdbAllergensinSWISS-PROT-NomenclatureandindexofallergensinSWISS-PROT第17页，共80页，编辑于2022年，星期一特定基因或蛋白质的数据库特定基因或蛋白质的数据库AMSDb-AntimicrobialsequencesdbAntibodyresourcepage-LinkstoantibodyrelatedWebresource
16、sAustralianvenomandtoxindbBacillusthuringiensistoxinspecificitydbTFII-BasaltranscriptionfactorsBloodgroupantigensinSWISS-PROTBCGD-BreastcancergenesdbfromMBCRBRENDA-Dbofenzymefunctionaldata第18页，共80页，编辑于2022年，星期一特定基因或蛋白质的数据库特定基因或蛋白质的数据库EF-handCaBP-EF-handcalcium-bindingproteinsdbCAZy-Carbohydrate-Acti
17、veenZYmesWebsiteCBSdomain-CystathionineBetaSynthasedomainWWWpageCDantigensinSWISS-PROT-Nomenclatureforsurfaceproteinsofhumanleucocytes(CD)第19页，共80页，编辑于2022年，星期一特定基因或蛋白质的数据库特定基因或蛋白质的数据库CDantigensinPROW-DatabaseoninformationaboutCDantigensChaperonin-InformationonGroELandGroESchaperoninsConotoxins-Info
18、rmationonconotoxinsfromaWebsiteonconeshells。etc。第20页，共80页，编辑于2022年，星期一糖类相关数据库糖类相关数据库CarbBank-ComplexCarbohydrateStructureDatabaseGlycoSuiteDB-DbofglycanstructuresTGN-TheGlycoscienceNetworkFCCA-ForumCarbohydratesComingofAgeCARBHYD-CarbohydrateinformationWWWsitesMonosacharidebrowser-SpacefillingFische
19、rprojectionformonosaccharides第21页，共80页，编辑于2022年，星期一蛋白质翻译后修饰相关数据库蛋白质翻译后修饰相关数据库 O-GlycBase-O-glycosylatedproteinsdbPhosphoBase-PhosphorylationsitesdbRESID-DbofAminoAcidModifications第22页，共80页，编辑于2022年，星期一基因表达数据库基因表达数据库 ASDB-Proteinproductsandexpressionpatternsofalternatively-splicedgenesAxeldb-Geneexpr
20、essioninXenopusBodyMap-HumanandmousegeneexpressiondataEpoDB-GenesexpressedinvertebrateRBCFlyView-DrosophiladevelopmentandgeneticsGeneExpressionDatabase(GXD)-MousegeneexpressionandgenomicsKidneyDevelopmentDatabase-Kidneydevelopmentandgeneexpression第23页，共80页，编辑于2022年，星期一基因表达数据库基因表达数据库 MAGEST-Ascidian(
21、Halocynthiaroretzi)geneexpressionpatternsMouseAtlasandGeneExpressionDatabase-Spatially-mappedgeneexpressiondataPEDB-NormalandaberrantprostategeneexpressionToothDevelopmentDatabase-GeneexpressionindentaltissueTRIPLES-TRansposon-InsertionPhenotypes,LocalizationandExpressioninSaccharomyces第24页，共80页，编辑于
22、2022年，星期一人类基因突变及疾病相关数据库人类基因突变及疾病相关数据库HMGD-HumanGeneMutationdbSVD-SequencevariationdbHGBASE-HumanGenicBi-AllelicSequencesdbTheSNPconsortiumdbSNP-Humansinglenucleotidepolymorphism(SNP)dbListofmutationdatabasesfromOMIMListofmutationdatabasesfromIMT(Finland)第25页，共80页，编辑于2022年，星期一人类基因突变及疾病相关数据库人类基因突变及疾病相
23、关数据库ADB-Albinismdb(Mutationsinhumangenescausingalbinism)Alpha-glucosidase-Informationabouthumanacidalpha-glucosidase(GSD-II)ARmutations-HumanandrogenreceptormutationdbAntithrombinmutationdbAsthmaandAllergygenedbBIOMDB-DbofmutationscausingtetrahydrobiopterindeficienciesBLMbase-HumanBLMmutationdb(Bloo
24、msnydrom)第26页，共80页，编辑于2022年，星期一人类基因突变及疾病相关数据库人类基因突变及疾病相关数据库BTKbase-HumanBTKmutationdb(X-linkedagammaglobulinemia)CD40Lbase-HumanCD40ligandmutationdbCOL1/3mutation-HumanTypeIandIIIcollagenmutationdbCFTRmutation-Humancysticfibrosismutationdb(CFTR)EMDdb-HumanEmerin(EMD)mutationdb(Emery-Dreifussmuscular
25、dystrophy)KMeyeDB-Eyediseasegenesdb第27页，共80页，编辑于2022年，星期一人类基因突变及疾病相关数据库人类基因突变及疾病相关数据库FVIImutation-HumanFactorVIImutationdbHAMSTeRS-HumanFactorVIIImutationdb(HaemophiliaA)HAeMB-HumanFactorIXmutationdb(HaemophiliaB)FBN1mutation-Humanfibrillin1mutationdb(Marfansyndrome)G6PD-HumanG6PDdeficiencyresourceG
26、altmutation-Humangalactose-1-phosphateuridylyltransferasemutationdb(Galactosemia)第28页，共80页，编辑于2022年，星期一人类基因突变及疾病相关数据库人类基因突变及疾病相关数据库HEXAdb-HumanHexosaminidaseAmutationdb(Tay-sachsdisease)IL2RGbase-HumanIL2RG(Interleukin-2receptorgamma)mutationdb(X-SCID)L1CAMmutation-HumanL1CAMmutationdbLDLRmutation-H
27、umanLDLRmutationdb(Familialhypercholesterolemia)LQTSdb-LongQTsyndromedbNCF1base-HumanNCF1mutationdbNCF2base-HumanNCF2mutationdb第29页，共80页，编辑于2022年，星期一人类基因突变及疾病相关数据库人类基因突变及疾病相关数据库NeuromusculardiseaseswebsiteNCL-NeuronalCeroidLipofuscinosesmutationdbOTCase-Humanornithinetranscarbamylase(OTCase)websiteC
28、ytochromeP450allelesnomenclaturep53mutationdb-UniversityofTokyop53mutationdbGermlinep53mutationdb-UniversityofPraguedbofgermlinep53mutationsPAHdb-Humanphenylalaninehydroxylase(PAH)mutationdb第30页，共80页，编辑于2022年，星期一人类基因突变及疾病相关数据库人类基因突变及疾病相关数据库PAX6mutation-HumanPAX6mutationdbPrion-Prionandpriondiseasewe
29、bsiteRAG1base-HumanRAG1mutationdbRAG2base-HumanRAG2mutationdbRB1base-Humanretinoblastoma-associatedprotein(RB)mutationdbRetNet-RetinalInformationNetworkRetinaInternationalScientificNewsletter-InformationonRetinalgenes,proteinsanddiseases第31页，共80页，编辑于2022年，星期一人类基因突变及疾病相关数据库人类基因突变及疾病相关数据库TSC-TSC(TSC1/
30、TSC2)variationdbTSC2-Cardiff-RotterdamTuberousSclerosis(TS)db(Tuberin;TSC2)TGDB-TumorgenedbVMD2mutation-HumanVMD2mutationdbvWFmutation-HumanvonWillebrandfactor(vWF)mutationdbWRN-HumanWRNmutationdb(Warnerdisease)WT1mutation-HumanWT1mutationdbX-ALDmutation-HumanABCD1mutationdb第32页，共80页，编辑于2022年，星期一进化相
31、关数据库及资源进化相关数据库及资源 ClustersofOrthologousGroups(COG)-Phylogeneticclassificationofproteinsfrom21completegenomesXREFdb-Cross-referencingofmodelorganismgeneticswithmammalianphenotypesTreeBASE-RelationaldbofphylogeneticinformationTheTreeoflife-CollectionofWWWpagesonphylogenyandbiodiversityoforganisms第33页，
32、共80页，编辑于2022年，星期一专利数据库专利数据库 DPD-DNAPatentdbAgPatents-AgriculturalBiotechnologypatentsfromtheUSDAUSPTOpatentdb-USAPatentandTrademarkOfficepatentdbEspcenet-PatentinformationdatabasefromtheEuropeanPatentOffice(worldwidecoverage)TheDelphionIntellectualPropertyNetwork(IPN)forsearching,viewing,andanalyzin
33、gpatentdocuments.第34页，共80页，编辑于2022年，星期一资源目录服务器或网页资源目录服务器或网页BioCatalog-TheBioCatalogatEBIYellowBAGI-BioAccessGuidetotheInternetatHoustonUniversitySoftwarelibraryfromGDBCAT-DatabasescatalogatINFOBIOGENMBDL-MolecularBiologyDatabaseListAmosWWWlinkspageNucleicAcidsResearchdatabaseissue第35页，共80页，编辑于2022年，
34、星期一Human CEPH-genotypedatabaseCEPHhomepage-aresearchlaboratorywhichconstructsmapsofthehumangenomeGeneMap99-AGeneMapoftheHumanGenome(NCBI)OMIM-OnlineMendelianInheritanceinManGENATLAS-HumangenesatlasGeneClinics-MedicalgeneticsknowledgebaseGDB-HumangenesandgenomicmapsGeneCards-Dbintegratinginformationo
35、nhumangenes第36页，共80页，编辑于2022年，星期一Human UDB-UnifieddbforHumangenomemappingEnsembl-HumangenomeannotationssiteUCSChumangenomeworkingdraftTIGRHGI-TIGRHumanGeneIndexHumanBACEndsDatabase-Non-redundanthumanBACendsequencesHsUniGene-HumantranscriptsinGenBank(ESTclusters)STACK-SequenceTagAlignmentandConsensus
36、Knowledgebase(DbofconsensushumanESTs)第37页，共80页，编辑于2022年，星期一Human Allgenes.org-Humanpredictedgeneindex/catalogGenLink-HumangeneticsresourceGENOTK-HumancDNAdbHUGE-HumanUnidentifiedGene-EncodedlargeproteinscDNA(KIAA.)CGAP-CancerGenomeAnatomyProjectSCDb-Stemcelldb第38页，共80页，编辑于2022年，星期一Human HuGeMap-Huma
37、ngenomegeneticandphysicalmapdataG3-RH-StanfordG3andTNGradiationhybridmapsGB4-RH-Genebridge4(GB4)humanradiationhybridmapsRadiationHybridDatabase-Radiationhybridmapdata第39页，共80页，编辑于2022年，星期一 Human chromosome 18Chr1-Humanchromosome1atRockefellerUniversityMirroratEBIChr3-Humanchromosome3dbattheUniversit
38、yofTexasHealthScienceCenterChr7-Humanchromosome7dbatOntariosHospitalforSickChildrenChr8SWISS-PROTlist-LinkstoSWISS-PROTentriesfromhumanchromosome8第40页，共80页，编辑于2022年，星期一Human chromosome911Chr9SWISS-PROTlist-LinkstoSWISS-PROTentriesfromhumanchromosome9Chr9-Humanchromosome9dbChr10SWISS-PROTlist-Linksto
39、SWISS-PROTentriesfromhumanchromosome10GTCChr10data-Humanchromosome10datafromGenomeTherapeuticsCorporationChr11SWISS-PROTlist-LinkstoSWISS-PROTentriesfromhumanchromosome1111DB-Humanchromosome11dbatImperialCollege(U.K.)第41页，共80页，编辑于2022年，星期一Human chromosome1216Chr12SWISS-PROTlist-LinkstoSWISS-PROTentr
40、iesfromhumanchromosome12Chr13-Humanchromosome13dbatColumbiaChr14SWISS-PROTlist-LinkstoSWISS-PROTentriesfromhumanchromosome14Chr15SWISS-PROTlist-LinkstoSWISS-PROTentriesfromhumanchromosome15Chr15UBC-Humanchromosome15WWWpageatUBCChr16SWISS-PROTlist-LinkstoSWISS-PROTentriesfromhumanchromosome16第42页，共80
41、页，编辑于2022年，星期一Human chromosome1619 Chr16LANL-Humanchromosome16dbatLosAlamosNationalLaboratoryChr16TIGR-Humanchromosome16dbatTIGRChr17SWISS-PROTlist-LinkstoSWISS-PROTentriesfromhumanchromosome17Chr18SWISS-PROTlist-LinkstoSWISS-PROTentriesfromhumanchromosome18Chr18-Humanchromosome18atBostonChildrensHo
42、spitalChr19SWISS-PROTlist-LinkstoSWISS-PROTentriesfromhumanchromosome19第43页，共80页，编辑于2022年，星期一Human chromosome2022Chr20SWISS-PROTlist-LinkstoSWISS-PROTentriesfromhumanchromosome20Chr21SWISS-PROTlist-LinkstoSWISS-PROTentriesfromhumanchromosome21Chr21atRIKEN-Humanchromosome21genomesiteatRIKEN(Japan)Chr
43、21atERI-Humanchromosome21genomicsequencedbfromtheEleanorRooseveltInstituteChr22SWISS-PROTlist-LinkstoSWISS-PROTentriesfromhumanchromosome22Chr22atSanger-SangerCenterchromosome22projectChr22atHGC-Humangenomecenterforchromosome22第44页，共80页，编辑于2022年，星期一Human chromosomeXYChrXSWISS-PROTlist-LinkstoSWISS-P
44、ROTentriesfromhumanchromosomeXIXDB-IntegratedXchromosomedbChrYSWISS-PROTlist-LinkstoSWISS-PROTentriesfromhumanchromosomeYDRESH-HumancDNAcloneshomologoustoDrosophilamutantgenes第45页，共80页，编辑于2022年，星期一Vertebrates OMIA-OnlineMendelianInheritanceinAnimalsMGI-MouseGenomeInformatics(includesMouseGenomeDatab
45、ase(MGD)MirrorsinAustralia|UK|JapanTIGRMGI-TIGRMouseGeneIndexMmUniGene-MousetranscriptsinGenBank(ESTclusters)RatMAP-RatgenomedbTIGRRGI-TIGRRatGeneIndexRnUnigene-RattranscriptsinGenBank(ESTclusters)第46页，共80页，编辑于2022年，星期一Vertebrates BovBASE-Bovinegenomedb(inUK)BOVMAP-Bovinegenomedb(inFrance)Ark-Cat-Ca
46、tgenomedbHorseBASE-HorsegenomedbDGP-DogGenomeProjectPiGBASE-PiggenomedbSheepBASE-Sheepgenomedb(alsoknownasSheepMap)MirrorinUKMIS-MendelianInheritanceinSheepChickGBASE-Chickengenomedb第47页，共80页，编辑于2022年，星期一VertebratesFugu-HGMPResourceCentreFuguProject(Fugurubripes)Medakafish-Mekadafish(Oryziaslatipes)
47、serverArk-Tilapia-TilapiamossambicagenomedbThefishnet-ZebrafishserverFishBase-Globalinformationsystemonfishes第48页，共80页，编辑于2022年，星期一Mitochondrion and chloroplast GOBASE-OrganelleGenomeDatabaseMitoDat-MendelianInheritanceandtheMitochondriondb(mitochondrialnucleargenes)MITOMAP-Humanmitochondrialgenomed
48、bMmtDB-MetazoamitochondrialDNAvariantsdbMitBASE-IntegratedmitochondrialDNAdbMitBASE-Pilot-DbofS.cerevisiaenucleargenesinvolvedinmitochondrialbiogenesisHvrBase-PrimatesmtDNAcontrolregionsequencescompilation第49页，共80页，编辑于2022年，星期一Mitochondrion and chloroplastMOUSE-MitochondrialandOtherUsefulSEquences(h
49、umanandapesmit.DNAdb)MITOP-Mitochondrialproteins,genesanddiseasesAMmtDB-MetazoanmitochondrialDNAsequences第50页，共80页，编辑于2022年，星期一InsectsDrosophilaSWISS-PROTlist-LinkstoDrosophilaSWISS-PROTentriesFlyBase-DrosophilageneticandmoleculardbMirroratEBIFlyView-DrosophilaimagedbGIFTS-GeneInteractionsintheFlyTr
50、ans-WorldServerFlyNets-DbofmolecularinteractionsinDrosophilamelanogasterSOS-DGBD-DbofDrosophilaDNAsequencesannotatedwithregulatorybindingsitesMosquitoGenomics第51页，共80页，编辑于2022年，星期一InvertebratesWormBase-C.elegansdbMirroratSangerC.elegansWWWserver-atUniversityofTexasSouthwesternACeDb-Caenorhabditisele