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1、 Illumina Genome Analyzer系统应用方向DNA FragmentDNA Fragment文库测序文库测序DNA Mate-pairDNA Mate-pair文库测序文库测序Small RNASmall RNA测序测序数字化表达谱测序数字化表达谱测序转录组测序转录组测序DNADNA甲基化测序甲基化测序ChIP-seqChIP-seqMeta-Genomics DNAMeta-Genomics DNA测序测序血浆微量血浆微量DNADNA测序测序基因组DNA的随机打断DNA片段的末端修复将A碱基加入到DNA片段的3末端在DNA片段的末端加上特定接头PCR扩增连上接头的DNA片段
2、文库检测DNA在Cluster Station的成簇扩增IlluminaGenome Analyzer上的测序生物信息组装/分析 Illumina DNA Fragment文库测序流程 Illumina Mate-pair文库测序流程 基因组DNA随机打断特定大小片段（2-10kb范围可选）末端修复生物素标记环化获得来自大片段两端共计400-600 bp的DNA片段修饰、加接头PCR扩增连上接头的DNA片段文库检测DNA在Cluster Station上的成簇扩增Illumina Genome Analyzer上的测序生物信息组装/分析 Illumina Small RNA测序流程 从总 RN
3、A中分离 small RNA5接头连接和纯化3接头连接纯化RT-PCR扩增Small RNA文库的纯化文库的检测DNA在Cluster Station成簇扩增Illumina Genome Analyzer上的测序生物信息学分析 Illumina 数字化表达谱测序流程 mRNA的分离和cDNA第一链的合成cDNA第二链的合成限制性内切酶NlaIII的酶切连接GEX NlaIII Adapter 1限制性内切酶 MmeI 的酶切连接GEX Adapter 2Adapter连接cDNA产物和PCR富集文库的检测DNA在Cluster Station上的成簇扩增IlluminaGenome Anal
4、yzer上的测序生物信息学分析Total RNA的DNase I 酶消化mRNA 分离和随机打断cDNA第一链和第二链的合成DNA片段的末端修复将“A”碱基加入到DNA片段的3末端在DNA片段的末端加上特定接头PCR扩增连上接头的DNA片段文库的检测DNA在Cluster Station上的成簇扩增IlluminaGenome Analyzer上的测序生物信息学分析 Illumina 转录组测序流程 基因组DNA随机打断DNA片段的末端修复将 A 碱基加入到 DNA片段的3末端DNA片段末端加上特别处理的甲基化接头重亚硫酸盐处理去盐处理PCR扩增连上接头的DNA片段文库检测DNA 在Clust
5、er Station上的成簇扩增Illumina Genome Analyzer上的测序生物信息学分析 Illumina DNA甲基化测序流程 染色质免疫共沉淀目的DNA片段DNA片段的末端修复将 A 碱基加入到 DNA片段的3末端DNA片段末端加上接头PCR扩增加上接头的DNA片段文库检测DNA在Cluster Station成簇扩增Illumina Genome Analyzer上的测序生物信息学分析 Illumina ChIP-seq测序流程 Meta基因组的提取DNA随机打断DNA片段末端修复将A碱基加入到DNA片段的3末端在DNA片段的末端加上接头纯化连接产物PCR扩增连上接头的DNA片段文库的检测DNA在Cluster Station的成簇扩增Illumina Genome Analyzer上的测序生物信息组装/分析 Illumina Meta-Genomics DNA测序流程 收集10-15ml孕妇外周血提取血浆中游离DNAQ-PCR定量总DNA含量构建DNA文库Agilent和Q-PCR检测文库浓度Cluster制备和Genome Analyzer上的测序Pipeline 和Eland分析计算每条染色体的Z-score值 Illumina 血浆微量DNA测序流程 知识回顾知识回顾Knowledge Knowledge ReviewReview