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1、关于分子对接方法第一页，本课件共有91页计算机辅助药物设计的方法学v基于配体的药物设计方法v基于受体的药物设计方法v基于结构的药物设计2第二页，本课件共有91页基于受体的药物设计方法v通过受体的特征以及受体和药物分子之间的相互作用方式来进行药物设计的方法。v“有的放矢”v主要方法v 分子对接法v从头设计3第三页，本课件共有91页分子对接v1.概念v2.原理v3.一般过程v4.分类v5.代表性软件v6.DOCK软件v7.AUTODOCK软件4第四页，本课件共有91页1 分子对接的概念v受体和药物分子之间通过空间匹配和能量匹配而相互识别形成分子复合物，并预测复合物结构的操作过程。v整体上考虑配体与
2、受体的结合效果，较好地避免局部作用较好、整体结合欠佳的情况。5第五页，本课件共有91页2 分子对接的原理v理论基础：v “锁和钥匙模型”v“诱导契合模型”v重要原则：v互补性：决定识别过程的选择性v预组织性：决定识别过程的结合能力6第六页，本课件共有91页 分子对接的最初思想起源于Fisher E提出的“锁和钥匙模型”。即受体与配体的相互识别首要条件是空间结构的匹配 配体配体 受体受体 复合物复合物 受体配体的锁和钥匙模型受体配体的锁和钥匙模型 7第七页，本课件共有91页Oh boy!What a perfect match 这类方法首先要建立大量化合物（例如几十至上百万个化合物）的三维结构数
3、据库，然后将库中的分子逐一与靶标分子进行“对接”（docking），通过不断优化小分子化合物的位置（取向）以及分子内部柔性键的二面角（构象），寻找小分子化合物与靶标大分子作用的最佳构象，计算其相互作用及结合能。在库中所有分子均完成了对接计算之后，即可从中找出与靶标分子结合的最佳分子（前50名或前100名）8第八页，本课件共有91页3分子对接的基本原理分子对接的基本原理药物与受体的结合强度取决于结合的自由能变化G结合结合=H结合结合-TS结合结合=-RT ln Ki大部分的分子对接法忽略了全部的熵效应，而在焓效应也只考虑配体与受体的相互作用能，即：Einteraction=Evdw+Eelect
4、rostatic+Eh-bond9第九页，本课件共有91页3 分子对接的一般过程v找出空穴，定出表面v调整受体位点或药物的构象v计算对接时受体药物相互作用能量v进行分子动力学模拟v复合物的全局最优结合构象10第十页，本课件共有91页11第十一页，本课件共有91页12第十二页，本课件共有91页13第十三页，本课件共有91页14第十四页，本课件共有91页15第十五页，本课件共有91页4 分子对接的分类v刚性对接：研究体系的构象不发生变化。v半柔性对接：研究体系尤其是配体的构象允许在一定范围内变化。v柔性对接：研究体系的构象是可以自由变化的。16第十六页，本课件共有91页3分子对接的基本方法分子对接
5、的基本方法（一）（一）刚性的分子对接方法刚性的分子对接方法 这种方法是最初的分子对接的方法，在对接中，小分子和蛋白质两种都保持刚性。（1）基于最大团搜索的方法）基于最大团搜索的方法 （Clique-Search Based Approaches）对接两个刚性分子可以理解为分子在空间的匹配问题，这种匹配可以是一种形状上的互补或相互作用。如氢键受体与氢键给体的互补。搜索在三维空间中有效的条件下的最大匹配 17第十七页，本课件共有91页受体的活性位点受体的活性位点 配体配体 有效匹配的距离图集有效匹配的距离图集 受体配体的示意图，字母代表特征部分如氢键等，相应的有受体配体的示意图，字母代表特征部分如
6、氢键等，相应的有效匹配的图集如右，三个环性顶点组织的三角形为这个图集的一个效匹配的图集如右，三个环性顶点组织的三角形为这个图集的一个最大团最大团(clique)18第十八页，本课件共有91页Dock对接程序中刚性对接的算法就是基于这种思想 Dock利用球集来表示受体活性位点和配体的形状 19第十九页，本课件共有91页 一系列的球集填充在受体活性位点的表面，这些球集代表能被配体占据的体积。配体可以用球集表示或者用自己的原子表示，在Dock程序中，四个有效匹配的对应点被考虑，先考虑配体中第一个球集与活性位点的球集的匹配，第二个点则满足d ，其中d为第二个匹配点中配体和受体的球心与第一个点球心的距离
7、，第三个点又必需满足与前两个球心的距离限制，以上过程一直进行到找不到更多匹配点为止。20第二十页，本课件共有91页（2）基于几何哈希技术）基于几何哈希技术“geometric hashing”的方法的方法 第一部分中，几何哈希表从被对接的一个配体或一系列配体中构建。哈希矩阵含有配体名字和能调整配体在空间方向的参考框架。第二部分即识别阶段，蛋白质的特征用来识别哈希矩阵，每一次匹配表示蛋白质的特征与哈希矩阵中已定义好方位的配体相匹配，具有大量匹配信息的哈希矩阵代表着具有几个吻合特征的配体和方位 21第二十一页，本课件共有91页(3）基于）基于pose clustering的方法的方法 这种方法与几
8、何哈希的方法相类似，也是一种基于模式识别的方法。在LUDI模型中，如图所示，对每一个作用基团，定义作用中心和作用表面。受体的作用表面近似地用离散的点表示，和对应的配体的中心目标点相匹配。三个氢键受体的作用表面三个氢键受体的作用表面 Pose clustering 算法中的作用点算法中的作用点 22第二十二页，本课件共有91页（二）柔性对接的方法（二）柔性对接的方法（1）构象的系综方法）构象的系综方法 Flexibase用来储存小分子库中每个分子的一系列不同构象，用距离几何和能量最小化的方法产生构象，每个分子根据rmsd的差异选择25个系列构象。每个构象采用FLOG刚性对接的方法进行对接。23第
9、二十三页，本课件共有91页（2）片段的方法）片段的方法 片断的方法是处理小分子柔性的最通用的方法，配体分割成一些小的片断，这些片断可以认为是刚性构象或一个小的构象系综。一般，有两种方法来处理:第一种方法是把一个片段放入受体的作用位点，然后加上余下的片段，这种方法称为连续构建“incremental construction”.第二种方法把所有或一部分片段独立地放入受体的作用位点，再重新连接至到构成一个完整的配体分子，这种策略称为“放置&加”“place&join”24第二十四页，本课件共有91页 第一个连续构建的算法是Kuntz发展的Dock程序，首先，一个单独的锚碎片通过手工选择对接进受体的
10、活性结合位点，并且考虑了氢键的作用。其次这个锚的优势位置主要包含有有大量匹配氢键对，高打分值，和低相似性。接着，一种回溯的算法（backtracking algorithm）用来搜索整个配体在结合位点的非重叠放置空间，在当前位置加上一个碎片后，优化的方法用来减少立体的张力和改善氢键的几何构型。最后的位置通过过滤，优化和基于力场的方法来打分评价。FlexX也是一个基于连续构建算法的对接程序 25第二十五页，本课件共有91页（3）遗传算法和进化规划遗传算法和进化规划 遗传算法开始应用到分子对接技术，其特点为：第一步，一个称为染色体的线性表示符能够描述构型的所有自由度，找到这个染色体描述符是算法中最
11、困难的一步。第二步，确定一个一个类似如打分函数的目标函数。著名的GOLD软件包括了这种算法 26第二十六页，本课件共有91页（4）基于分子模拟的方法）基于分子模拟的方法 模拟退火的方法模拟退火的方法，Autodock程序就采用了这种方法 分子动力学的方法分子动力学的方法 Monte Carlo模拟模拟，一种统计力学的方法，这种算法中最重要的两部分是自由度的描述和能量的评价，合适的自由度描述可以避免较高能量的构象，用键角、扭曲角等内座标来描述配体的柔性比用笛卡儿空间的三维座标描述要强，同样，能量的评价也是最耗时，这一步时间必须足够的长。27第二十七页，本课件共有91页分子对接的主要问题v如何找到
12、最佳的结合位置v 遗传算法v模拟退火v如何评价对接分子之间的结合强度v非键作用能v基于分子表面的溶剂化计算v半经验的自由能计算28第二十八页，本课件共有91页5 代表性对接软件名称 构象搜索方法 结合评价方法 速度Flex X(Sybyl)片段生长法半经验自由能快LigandFit(Cerius2)蒙地卡罗模拟 半经验自由能快Glide(薛定谔软件)系统搜索 半经验自由能一般Gold 遗传算法 半经验自由能 快Affinity（InsightII)蒙地卡罗/MM/MD分子力场慢AutoDock 遗传算法 半经验自由能 一般Dock 片段生长法分子力场 快ICM-Dock 随机全局优化半经验自由
13、能 快Fred(openeye)系统搜索半经验自由能快29第二十九页，本课件共有91页Flex X对接软件v商业软件模块（Sybyl)v对接过程v 确定核心结构片段v采用形态聚类算法，放置核心结构v采用树形搜索算法，其他部分片段依次生长连接在核心结构上30第三十页，本课件共有91页LigandFit对接软件v商业软件模块（Cerius2)v对接过程v 发现活性位点v进行配体分子的构象搜索v进行分子对接v计算评分31第三十一页，本课件共有91页Dock对接软件v学术用户免费软件http:/docking.org/v 对接过程准备蛋白质和配体分子计算MS表面积进行活性位点特征描述建立评分格点对接计
14、算v评分函数基于AMBER力场的分子间能量评分（范德华静电）、接触评分32第三十二页，本课件共有91页AutoDock对接软件v免费软件http:/autodock.scripps.edu/v只能进行一个分子与蛋白质的对接计算，不能进行数据库对接，没有平行化功能。v不需要预先知道活性位点。33第三十三页，本课件共有91页DOCK软件v自动地模拟配体分子在受体活性位点地作用情况，并把理论预测最佳地相互作用方式记录下来。v自动搜索配体的v三维结构数据库。34第三十四页，本课件共有91页Dock软件v步骤1.分子的准备工作2.活性位点的确定3.格点对接4.柔性对接35第三十五页，本课件共有91页分子
15、的准备工作v在Chimera软件中进行v 加氢原子v加电荷v得到的文件：v1）rec_charged.mol2v2）rec_noH.pdbv3）lig_charged.mol236第三十六页，本课件共有91页活性位点的确定v填充受体分子表面口袋或凹槽的球集v每个负像代表一个可能的活性位点v聚类分析37第三十七页，本课件共有91页负像个数的简化原则v只考虑半径最小的负像v仅保留夹角小于90度的负像（位于口袋浅表）v与负像相切的表面点必须间隔4个残基v去掉半径大于5埃的负像38第三十八页，本课件共有91页程序命令v生产分子表面点v dms input_file-n-w 1.4 o output_f
16、ilev例如：dms rec_noH.pdb-n-w 1.4 o rec.msv得到文件：rec.ms不含氢原子的受体文件形成负像文件名39第三十九页，本课件共有91页程序命令产生负像文件 sphgen 默认的参数文件：INSPH默认输入文件为rec.mc默认得到负像文件为rec.sph默认得到一个计算过程描述文件：OUTSPH40第四十页，本课件共有91页41第四十一页，本课件共有91页格点计算v依据受体表面的这些结合点与配体分子的距离匹配原则，将配体分子投映到受体分子表面v保留仅是与受体有个的特征值v命令v showbox box.inv输出文件：rec_box.pdb42第四十二页，本课
17、件共有91页43第四十三页，本课件共有91页44第四十四页，本课件共有91页45第四十五页，本课件共有91页46第四十六页，本课件共有91页47第四十七页，本课件共有91页AutoDock对接软件v准备蛋白质和配体v蛋白质：加电荷和溶剂化，存为pdbqs格式v配体：加电荷，定义搜索的二面角和根片段v格点对接：保留探针原子和受体之间的相互作用能v对接计算：遗传算法v评价函数：半经验的自由能计算v 范德华相互作用v氢键相互作用v静电相互作用v溶剂化作用48第四十八页，本课件共有91页8 分子对接计算的注意点v小分子问题v 起始构象对对接结果有一定影响v对接时应以代谢物的结构进行v对分子进行加电荷和
18、加氢处理v蛋白质问题如何选择合理的蛋白质活性位点v对接问题v搜索结合模式的正确性、对接的效率、评分的正确性v采用多个软件进行评价，减少结合模式搜索误差v定量指标，需要结合分子动力学进一步评价49第四十九页，本课件共有91页评价：打分函数评价：打分函数 每一个对接的算术都会采用平衡了时效和精确度的简单自由能预测方法，现在的打分函数主要包括三种：基于经验的回归参数的方法；基于分子力场的方法和基于知识的方法、基于知识的打分函数。50第五十页，本课件共有91页（1）基于力场的方法）基于力场的方法 只考虑热焓对能量的贡献，不考虑熵的影响，一般情况下，采用标准力场的非键作用能如真空静电和范德华作用能用作打
19、分函数，如DOCK程序中采用AMBER的能量函数：51第五十一页，本课件共有91页（2）基于经验的打分函数基于经验的打分函数 基于经验的打分函数用多元回归的方法拟合各种物理参数对结合自由能的贡献，如FlexX程序中采用下列函数，所采用的方程包括，配体旋转键的个数、氢键、离子键，疏水和芳香环的堆积作用，以及亲水作用。这种方法能快速直接地估算结合自由能，52第五十二页，本课件共有91页（3）基于知识的打分函数）基于知识的打分函数 最初应用于蛋白质结构预测，打分函数用统计力学的方法得自蛋白质配体的复合物结构，结合自由能用函数为分子间距离的平均能的加和来计算。基于知识的打分函数是一种比较有前途的方法
20、53第五十三页，本课件共有91页虚拟筛选的具体流程虚拟筛选的具体流程54第五十四页，本课件共有91页包括4个步骤：受体模型的建立；小分子库的产生；计算机筛选和命中化合物的后处理。第一步，受体模型的建立：蛋白质结构的准备是虚拟筛选的重要一步。虚拟筛选的蛋白靶标的结构可以从PDB库(http:/www.rcsb.org/pdb/index.html)中直接下载使用 也可以通过和家族中同源蛋白的序列、结构信息比较，同源模建而得 1）大分子结构获取55第五十五页，本课件共有91页2）接着是结合位点结合位点的描述，选择合适的配体结合口袋对分子对接至关重要 一种是直接从配体受体复合物结构中抽出；选择口袋有
21、两种方式：如果没有复合物结构，则需要根据生物功能如结合、突变等实验信息来手动选择结合部位 56第五十六页，本课件共有91页第二步，建立小分子数据库 二维结构用结构转换程序如CORINA、CONCORD实现三维结构的转化。建好的三维结构加氢加电荷后，便可以用于对接程序。57第五十七页，本课件共有91页第三步，对接和打分，这一步是虚拟筛选的核心步骤。对接操作就是把每个小分子放到受体蛋白的配体结合位点，优化配体构像和位置，使之与受体有最佳的结合作用，给最佳结合构象打分，对所有化合物根据打分排序，然后从化合物库中挑出打分最高的小分子。58第五十八页，本课件共有91页最后一步是命中化合物的后处理 通过计
22、算分子的类药性质ADME/T(吸收absorption、器官分布distribution、体内代谢metabolism、排泄excretion 和毒性toxicity)性质的估算，排除那些不具有类药性质的分子。可以利用一些经验规则如“五规则”等，快速排除那些不适合进一步药物开发的分子。59第五十九页，本课件共有91页通过以上四步处理，大部分分子从化合物库中剔除，形成一个合理大小的化合物库，仅对这些适合成药的化合物或购买、或合成、或分离得到，然后再进行实际的生物测试。60第六十页，本课件共有91页对接方法尚需解决的问题：对接方法尚需解决的问题：分子的柔性溶剂化效应打分函数61第六十一页，本课件共
23、有91页分子对接的应用分子对接的应用靶 标靶标分类靶标结构小分子库大小所用方法抑制剂活性M实验数据AmpC-lactamseHydrolaseX-ray200kNWU DOCK26X-ray复合物BCRABLKinaseX-ray200kDOCK25细胞的抑制活性实验Anthrax EFAdenylyl cyclaseX-ray200kNWU DOCK20酶动力学实验IMPDHDehydrogrnaseX-ray3500kFlexX30酶动力学实验Casein kinase IIKinaseHomology400kDOCK0.08抑制活性、构效关系K 通道Ion channelHomology
24、50kDOCK10细胞的抑制活性实验Thyroid homone receptorNuclear receptorHomology250kICM075抑制活性实验CDK2KinaseX-ray50kLIDAEUS2X-ray复合物TGFRKKinaseX-ray200kCatalyst0005X-ray复合物cyclophilinImmunophilinX-rayUnity/FlexX6细胞的抑制活性实验tRNA guanine transglycoslaseX-ray800kUnity/FlexX0.25酶动力学实验PfDHFRReductaseHomology230kCatalyst/DO
25、CK0.9酶动力学实验-AmylaseHydrolaseX-ray200kUnity/FlexXNMR,SPR,层析62第六十二页，本课件共有91页（一）配体对CDK2，CDK4激酶选择性的研究细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶（cyclin-dependent kinases,CDKs）是一类Ser/Thr 蛋白激酶，直接参与调控细胞分裂周期，顾名思义，CDK只在周期蛋白Cyclin活化下才能工作.现在已经发现了13种CDK蛋白激酶和25种周期蛋白Cyclin，但它们具体的生物功能还不十分明了。其中CDK2、CDK5、CDK6已经解析出晶体结构，但CDKs的一级序列存在高的同源性，它们之间一级序列的
26、高同源性暗示了三维结构的相似性 CDK1、CDK2、CDK4、CDK6是基于CDKs结构化学治疗癌症的主要靶标。至今为止，文献报告的CDKs抑制剂有多种 63第六十三页，本课件共有91页尽管化合物结构各异，但所有CDKs的小分子抑制剂有一些共同的特点：（1）一般小的分子量（autoMS protein.pdb 78第七十八页，本课件共有91页（四）用sphgen产生表征口袋形状的球集，得到protein.sph文件，该文件即为球集文件。用showsphere程序由protein.sph生成sphere.pdb，用Sybyl或Weblab等程序观看球集的分布。79第七十九页，本课件共有91页（五
27、）用showbox产生一表征网格范围的文件box.pdb 80第八十页，本课件共有91页（六）计算打分用的网格文件，首先建立grid4的输入文件grid.in，所需文件还有protein.mol2和box.pdb，然后用以下命名生成网格文件：grid4 i grid.in81第八十一页，本课件共有91页（七）建立dock的输入文件dock.in，所需文件还有protein.sph、database.mol2和网格文件，然后进行dock：dock4 i dock.in 82第八十二页，本课件共有91页（八）Dock完毕后得到结果文件result.info和result.mol2，以及保留恢复文件result.rst。（九）中途非正常退出，可以用如下命令继续：dock4 i dock.in-r83第八十三页，本课件共有91页84第八十四页，本课件共有91页85第八十五页，本课件共有91页86第八十六页，本课件共有91页87第八十七页，本课件共有91页88第八十八页，本课件共有91页89第八十九页，本课件共有91页90第九十页，本课件共有91页感谢大家观看12/10/2022第九十一页，本课件共有91页