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1、医学文献检索医学文献检索第四章第四章外文医学文献检索工具外文医学文献检索工具内容提要内容提要1.Medline 与 PubMed 2.BioSIS Previews 3.Chemical Abstracts4.EMB 5.其它医学检索工具 教学基本要求教学基本要求了解Engineering Village、日本医学中央杂志、俄罗斯医学文摘杂志等检索工具。熟悉BioSIS Previews、Chemical Abstracts、EMB等检索工具。掌握Medline、医学主题词表和PubMed的基本知识以及PubMed的检索途径与方法。第一节第一节 Medline与与PubMed 一、Medlin
2、e概述 Medline由美国国立医学图书馆(National Library of Medicine,NLM)建立和维护,是国际权威的生物医学文献书目型数据库。Medline收录了80多个国家和地区的5 000多种生物医学及相关学科期刊，累积了1950年至今的1 500多万篇文献，年收录文献约40万篇，其中大约70%为英文文献，约79%为作者撰写的英文摘要。Medline涉及的学科范围包括基础医学、临床医学、药理学、预防医学、护理学、口腔医学、兽医学、生物学、环境科学、卫生管理和情报科学等。Medline是1964年NLM开发的MEDLARS（Medical Literature Analys
3、is and Retrieval System，医学文献分析与检索系统）中的主要联机数据库之一，1971年正式建成并投入联机检索服务。第一节第一节 Medline与与PubMed 20世纪80年代，由美国银盘公司 （SilverPlatter）出版的Medline光盘数据库问世。20世纪90年代以来，Medline更是纳入许多基于互联网的信息检索系统中，如PubMed、NLM Gateway、OVID、Dialog、ISI Web of Knowledge、EBSCO等。自1997年6月26日起PubMed向用户免费提供Medline检索服务，已成为科研人员检索Medline最主要的途径。第一
4、节第一节 Medline与与PubMed 二、医学主题词表 医学主题词表（Medical Subject Headings，MeSH）是NLM研制的用于标引、编目和检索生物医学文献的英文受控词表。它是对生物医学文献进行主题标引以及Medline和PubMed进行主题检索的指导性工具，对提高查全率及查准率具有十分重要的意义。第一节第一节 Medline与与PubMed 1.医学主题词表收词类型医学主题词表收词类型 主题词副主题词款目词 2.MeSH的使用的使用 印刷本Medical Subject Headings MeSH Browser UMLS Metathesaurus MeSH Dat
5、abases 第一节第一节 Medline与与PubMed 三、PubMed概述 PubMed(http:/www.pubmed.gov)是NLM下属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发和维护的基于Web的生物医学文献检索系统，是Entrez集成检索系统的重要组成部分。PubMed具有信息资源丰富、信息质量 高、更新及时、检索方式灵活多样，链接功能强大、使用免费等特点，因而深受广大用户的喜爱，成为目前世界上使用最广泛的免费Medline检索系统。第一节第一节 Medline与与PubMed 1.PubMed的文献来源的文献来源 Medline In-process citations Pub
6、lisher-Supplied Citations 2.PubMed的字段的字段 PubMed中供检索和显示的字段共60多个。其中大多数字段是可供检索的，PubMed字段限定检索的格式是：检索词字段标识。例如：Cytokinesti，hypertension mh，varmus hps。也可以通过Limits中的字段下拉菜单进行字段限定检索。第一节第一节 Medline与与PubMed 四、PubMed检索途径与方法 进入PubMed主页，有3个检索功能分区：基本检索区、辅助检索区和个性化检索区。第一节第一节 Medline与与PubMed 1.基本检索区基本检索区 提供了PubMed的基本检
7、索功能，即在检索提问框，用户可以输入任何具有实际意义的检索词，如主题词、自由词、著者、刊名等，如“hereditary spastic paraplegia”（遗传性痉挛性截瘫），然后点击“Go”，就可以得到相关检索结果。词语检索精确短语检索 截词检索逻辑组配检索 著者检索期刊检索 第一节第一节 Medline与与PubMed 检索提问框辅助检索区个性化检索区基本检索区2.辅助检索区辅助检索区 辅助检索区设有以下5种辅助检索功 能，便于构建复杂的检索式，有利于对基本检索的精化、细化，提高文献的查全率和查准率。Limits（限定检索）Preview/Index（预览/索引）History(检索史
8、)Clipboard(剪贴板)Details(检索式详览)第一节第一节 Medline与与PubMed PubMed的的Limits页面页面3.个性化检索区个性化检索区 PubMed提供了8种个性化检索服务。Journals Database（期刊数据库）MeSH Database（医学主题词数据库）Single Citation Matcher(单篇引文匹配器)Batch Citation Matcher（批量引文匹配器）Clinical Queries(临床查询)Special Queries（专题查询）LinkOut(外部链接)My NCBI（我的NCBI）第一节第一节 Medline与
9、与PubMed 五、检索结果的处理 PubMed对检索结果提供多种处理方式，包括显示、打印、存盘或直接发送到指定的电子邮箱等。第一节第一节 Medline与与PubMed 显示格式显示格式每页显示记录数每页显示记录数结果排序结果排序记录输出记录输出题录题录结果总数结果总数相关文献链接相关文献链接外部资源链接外部资源链接著者著者篇名篇名出处出处六、PubMed与 Medline的区别与联系 1.收录范围：除Medline之外，PubMed收录PreMedline、出版商提供的文献以及NCBI链接的外部资源。2.数据更新：PubMed中的数据每日更 新，Medline光盘数据库每月更新；PubMe
10、d可以检索到与期刊电子版同步发行的最新文献，而Medline不能。第一节第一节 Medline与与PubMed 3.检索功能：PubMed的检索功能更强大：具有自动词语匹配功能，实现自由词、主题词的自动转换和并行检索；更精细的Limits限定检索功能；通过Details可以随时查看系统实际使用的检索式，便于更好地分析调整检索策略；主题词检索、期刊检索、引文匹配、临床查询、专题检索等满足用户各种检索需求。第一节第一节 Medline与与PubMed 4.链接功能：PubMed具有强大的链接功能，而Medline光盘数据库无此项功能。PubMed链接功能主要体现在两个方面：一是通过“Related
11、 Articles”链接以及在Abstract和Citation显示格式下，记录右边直接以窗口形式显示最相关的文献链接，帮助用户获得更多的相关文献；二是通过“Link Out”实现与期刊出版商、信息提供商、图书馆、生物学数据库、序列中心等提供的Web资源建立链接，获取更多的外部相关资源。第一节第一节 Medline与与PubMed 5.检索结果输出：PubMed可显示10余种浏览格式；可选择在线打印、可选择存档、发送到E-mail等多种方式输出；可自行制定输出文献的排列顺序。6.全文获取：PubMed通过PMC提供部分期刊的免费全文获取。还可以通过链接到期刊出版商的web站点获取部分免费全文或
12、者通过Order向图书馆定购原文。第一节第一节 Medline与与PubMed 第二节第二节 BioSIS Previews 一、BIOLOGICAL ABSTRACTS 美国生物学文摘（BIOLOGICAL ABSTRACTS,简称BA）创刊于1926年，是一部有关生命科学的大型文摘性检索工具。现由美国生物科学信息服务中心（Biosciences Information Service,BIOSIS）编辑出版。BA收录了来自世界110多个国家和地区、23种语言文字的6500种生命科学期刊的文献，每年报道量约40万条。主要报道有关生物学、农学、医学的基础理论、实验研究、现场研究的原始资料，生物
13、学研究所采用的新方法、新技术、新材料，新发现的生物属类、名称、分布情况等，内容侧重于基础与理论方面的研究。生物学文摘/报告、综述、会议（BA/RRM）是BA的姐妹刊，专门报道生命科学领域的科技报告（Reports）、综述文献（Reviews）、会议文献（Meetings）及新书等。第二节第二节 BioSIS Previews BA的出版周期自创刊后不断变动，1998年起，一年一卷，每卷24期。BA现有多种出版形式，除了印刷版外，还有光盘版（BA,BA/RRM CD）、网络版 （BIOSIS Previews）。BA正文按能表达文献内容主题的主要概念词排列，正文后附三条辅助索引，即著者索引（Au
14、thor Index）、生物体索引 （Organism Index）和主题索引（Subject Index）。第二节第二节 BioSIS Previews 二、BIOSIS Previews概述 BIOSIS Previews（美国生物学数据库，简称BP）由美国生物科学信息服务社 （BIOSIS）出版，是世界上最大的有关生命科学的文摘索引数据库。第二节第二节 BioSIS Previews 其内容来源于生物学文摘（Biological Abstracts，BA）、生物学文摘 综 述、报告、会议（Biological Abstracts/RRM）和生物研究索引（BioResearch Index
15、）。BP收录世界上100多个国家和地区的5500多种生命科学期刊和1650多种非期刊文献，如学术会议、研讨会、评论文章、美国专利、书籍、软件评论等。数据每周更新，每年新增记录56万多条。第二节第二节 BioSIS Previews BP收录内容涵盖生物学、农业、解剖学、细菌学、行为科学、生物化学、生物工程、生物物理、生物技术、植物学、临床医学、实验医学、遗传学、免疫学、微生物学、营养学、职业健康、寄生虫学、病理学、药理学、生理 学、公共健康、毒理学、兽医学、病毒学、动物学等几乎所有生命科学,内容侧重于基础和理论方法的研究。目前，提供BP检索的平台主要有ISI Web of Knowledge、
16、OVID、STN、Dialog等。下面介绍ISI Web of Knowledge的BP检索。第二节第二节 BioSIS Previews 三、BP的检索途径与方法 ISI Web of Knowledge检索平台提供了Quick Search（快速检索）、General Search（普通检索）、Advanced Search（高级检索）三种检索方式。第二节第二节 BioSIS Previews Quick Search适用于简单课题的检索，直接输入检索词及其逻辑运算符AND、OR、NOT等进行组配检索。一次性最多可检索50个词或词组。Advanced Search适合于复杂课题的检索，其使
17、用方法与Web of Science的高级检索相同。第二节第二节 BioSIS Previews General Search是最常用的检索方式之一，在General Search检索界面提供了11种检索途径：Topic（主题）、Author（著者）、Source publication（来源出版物）、Address（著者地址），Taxonomic data（生物物种分类）、Major concepts（主要概念）、Concept coden/heading（概念代码/标题）、Chemical and biochemical（化学和生物化 学）、Patent assignee（专利权人）、Me
18、eting information（会议信息）、Identifying codes（标识码）。第二节第二节 BioSIS Previews 四、检索结果的处理 BP检索结果的显示方式有概要 （Summary）方式及全记录（Full Record）方式两种。第二节第二节 BioSIS Previews BP检索结果（全记录方式）第三节第三节 Chemical Abstracts Chemical Abstracts（美国化学文摘），简称CA，创刊于1907年，由美国化学文摘服务社（Chemical Abstracts Service，CAS）编辑出版。它收录了世界上发表的98%以上的化学化工文献
19、，内容包括纯化学和应用化学各领域的科研成果和工艺成就，还涉及生物、医学、轻工、冶金、物理等领域，CA收录的期刊多达9000余种，另外还包括来自47个国家和3个国际性专利组织的专利说明书、评论、技术报告、专题论文、会议录、讨论会文集等，涉及世界200多个国家和地区60多种语种的文献，反映了当前世界上化学化工领域的最高水平、最新成就以及发展趋势，堪称是世界上收录范围最广、信息量最大、利用率最高、编排最科学、最权威的文献检索工具之一。目前CA在国内主要有印刷版、光盘版和网络版3种。一、印刷版CA 1.CA的出版与编排的出版与编排 印刷版CA于1907年创刊至今。目前为周刊，每年出2卷，每卷26期，每
20、期2册。2007年下半年已出至第147卷。CA每期的组成部分有：分类目次，文摘正文，索引。文摘正文按五大部分80个类目编排。CA的五大部分是：生物化学，有机化学，高分子化学，应用化学与化学工程，物理化学/无机化学与分析化学。与医学最有关的文献主要集中在第一部分“生物化学”中。第三节第三节 Chemical Abstracts CA文摘正文按80个类目顺序编排。每一类目又分四个部分，内容分别是：综述文献、期刊论文、技术报告、会议论文、档案资料、学位论文等。新书及视听资料（此部分只有题录，无摘要）。专利文献。参见部分（引见内容涉及本类目但文摘列于其它类目的文献）。第三节第三节 Chemical A
21、bstracts 2.CA的索引的索引 CA的索引体系完善，目前有各种索引11种，可分为期索引、卷索引、指导性索引和累积索引四类。期索引：CA的期索引列于每周一期文摘的后面，共有三种：关键词索引、专利索引和著者索引。卷索引：目前CA的卷索引有:化学物质索引、普通主题索引、分子式索引、专利索引和著者索引。第三节第三节 Chemical Abstracts 指导性索引：CA的指导性索引现有三种，即索引指南、化学物质登记号手册、资料来源索引。指导性索引不提供文摘号，是帮助使用卷索引和获取原始文献的辅助工具。累积索引（Collective Index）：1956年前，CA每10年出一次累积索引，195
22、7年起每5年出一次累积索引。最新可见的累积索引是第14次（1997-2001年）。用累积索引检索文献的优点是时间跨度大，检索效率高。第三节第三节 Chemical Abstracts 二、CA on CD 数据库 CA on CD数据库(CA on CDTM)由CAS于1996年推出，收录了1977年至今的CA索引与文摘，按月更新。CA on CD数据库提供4 种检索方式,分别对应于检索屏幕左上角的快捷按钮Browse、Search、Subst、Form。索引浏览（Index Browse）自由词检索（Word Search）化学物质等级名称检索（Substance Hierarchy）分子式
23、等级检索（Formula Hierarchy）第三节第三节 Chemical Abstracts 索引浏览（索引浏览（Index Browse）第三节第三节 Chemical Abstracts 自由词检索（自由词检索（Word Search）第三节第三节 Chemical Abstracts 化学物质等级名称检索（化学物质等级名称检索（Substance Hierarchy）第三节第三节 Chemical Abstracts 分子式等级检索（分子式等级检索（Formula Hierarchy）单击Form 按钮或在Search 下拉菜单中选择“Formula Hierarchy”选项，弹出检
24、索窗口。输入某物质的Hill分子式（参见本节“印刷型CA”中的分子式索引），如C9H8O4（字母大小写忽略），在“Formula Hierarchy”找到该分子式，以下的检索同Substance Hierarchy。第三节第三节 Chemical Abstracts 检索结果的显示与输出 检索结果的显示主要有两种格式：文献标题列表和文摘格式。CA光盘数据库的记录输出有存盘和打印两种形式。第三节第三节 Chemical Abstracts 以文摘格式显示检索结果 第三节第三节 Chemical Abstracts 三、SciFinder Scholar数据库 SciFinder Scholar是
25、由美国化学学会（ACS）旗下的化学文摘服务社（CAS）推出的化学文摘网络版数据库，是全世界最大、最全面的化学化工及其相关领域的学术信息数据库。SciFinder Scholar整合了化学文摘1907年至今的所有内容、Medline的生物医学文献以及欧美30多家专利机构的全文专利信息。它涵盖了应用化学、化学工程、普通化学、物理、生物学、生命科学、医学、聚合体学、材料学、地质学、食品科学和农学等诸多学科领域。第三节第三节 Chemical Abstracts 1.SciFinder Scholar整合的数据库整合的数据库 CAPLUSSMMedline REGISTRYSM CASREACT CH
26、EMCATS CHEMLIST 第三节第三节 Chemical Abstracts 2.SciFinder Scholar检索途径与方法检索途径与方法 SciFinder Scholar提供三种检索方式ExploreLocateBrowse 第三节第三节 Chemical Abstracts Explore检索 第三节第三节 Chemical Abstracts Locate查找：可以查找特定参考文献和特定物质。查找特定参考文献（Locate Literature）可以根据书目信息或文献标识符查找。查找物质（Locate Substances）：使用“物质标识符”及化学名称或CAS登记号查找特
27、定物质或物质组。Browse浏览：从1700多种期刊按字母顺序的列表中查找选择您需要的期刊。第三节第三节 Chemical Abstracts 3.检索结果输出检索结果输出 打印：选择想要打印的结果，选中对应条目前的方框。选择打印格式，然后选择文件（File）打印（Print）。如未选择特定的结果，SciFinder Scholar将打印所有的结果。存盘：选择想要保存的结果，然后选择文件（File）另存为（Save As）。如未选择特定的结果，SciFinder Scholar将保存所有的结果。用.rtf 或.txt 格式至多可保存500个结果。第三节第三节 Chemical Abstract
28、s 第四节第四节 EMB一、EMB 概述EMB由荷兰Elsevier Science公司出 版，是基于Web版的生物医学与药学书目型数据库；两个数据库：EMBASE（1974）+MEDLINE（1966）不重复的记录；收录文献来源于70多个国家和地区出版的7000多种期刊；与同类生物医学书目型数据库相比，EMB突出药物文献及药物信息。二.EMB的检索 提供多种检索途径，包括：Search forms、EMTREE Tools、Journals和Authors。Search forms细分为6种检索方法：快速检索（Quick Search）高级检索（Advanced Search）字段检索（Fi
29、eld Search）药物检索（Drug Search）疾病检索（Disease Search）文章检索（Article Search）第四节第四节 EMB快速检索：快速检索：使用自然语言检索，默认为在所有字段中检索，可用单词或词组进行检索，检索词组时需加单（双）引号。Extensive search：对检索的词进行扩展，同时检索该词在EMTREE中的首选词、该词本身、该词的派生词和下位词。第四节第四节 EMB高级检索：高级检索：Map to EMTREE：系统将检索词自动转换成EMTREE主题词进行检索 Include sub-terms/derivatives（explosion sear
30、ch）：对检索词对应的EMTREE主题词的同位词及下位词进行扩展检索。Search terms must be of major focus in articles found：仅检索以关键字为重点内容的文章，提高相关性。Search also for synonyms，explosion on preferred terminology：可进行同义词和主题词匹配检索。另外，高级检索提供了更多的限制选项。第四节第四节 EMB字段检索：字段检索：提供了22个字段，除常规字段外，还提供了一些体现EMBASE.com检索特色的字段，如器械制造商（df）、器械名称（dn）、药物生产商（mn）、药物名称
31、（tn）、EM分类号（cl）、分子序列号（ms）等。第四节第四节 EMB药物检索：药物检索：通过药物名称字段进行检索，是EMBASE.com的特色检索途径之一。系统提供了17种药物链接词（Disease Links）和47种投药方式，增加检索的深度，如口服、肌肉内注射、静脉注射、药物不良反应、禁忌症、剂量、相互作用等。第四节第四节 EMB疾病检索：疾病检索：用于疾病名称的检索。疾病检索提供了14种疾病链接词（Disease Links），能更精确地检索疾病的某一类或几类分支的相关文献，如疾病并发症、诊断、病因、不良反应、治疗等，提高相关性。第四节第四节 EMB文章检索：文章检索：检索字段：作者
32、（姓在前，名的缩写在后）、期刊名称、期刊缩写名称、ISSN 及CODEN代码 期刊卷、期号及文章首页数 限制选项：出版日期第四节第四节 EMBmad cow disease主题词检索主题词检索(EMTREE)第四节第四节 EMB第四节第四节 EMB9.主题词检索(EMTREE)道兰氏医学词典的定道兰氏医学词典的定义用以解释术语意义义用以解释术语意义显示有显示有关该术关该术语在树语在树状结构状结构中的位中的位置及其置及其同义词同义词三、EMB检索结果处理 第四节第四节 EMB 检索结果可按其相关性或出版年限的顺序显示、可选择不同的显示格式（简短记录、详细记录或全文）、可下载保存结果，还可把结果发
33、送到电子信箱。第四节第四节 EMB 每个检索式后除了有生成的检出文献量外，还分别有Data Analysis、View和Edit三个按钮。Data Analysis：以柱状图的形式显示了检索年代与相应的文献量；View：屏幕下方显示该检索式生成的结果Edit：可重新编排检索式。第四节第四节 EMB第五节第五节 其它医学检索工具其它医学检索工具 一、Engineering Village Engineering Village（EV）是由Elsevier Engineering Information Inc.（简称Ei公司）发行的工程类检索平台。1.历史沿革历史沿革 创办印刷本：印刷本称为美国
34、工程索引（EI），包括年刊（The Engineering Index Annual）和月刊（The Engineering Index Monthly），年刊于1906年创办，月刊于1962年创办，由Ei公司负责编辑出版。出版联机和光盘数据库：Ei公司从20世纪70年代起开始提供Ei Compendex数据库，该库包括印刷本全部内容，且可通过Dialog等大型联机系统提供检索服务；20世纪80年代 起，该数据库又以光盘版形式（Ei CompendexPlus）出版。发行网络版：为使用户通过互联网能检索EI资源，Ei公司从20世纪90年代起推出了Ei网络版，除可检索Ei Compendex数据
35、库（EV的核心收录部分，包含论文的题录、摘要、主题词和分类号）外，还能检索PageOne数据库（EV的非核心收录部分）。第五节第五节 其它医学检索工具其它医学检索工具 2.EV2可检资源可检资源 书目文摘数据库-Compendex-INSPEC-NTIS 电子书（Referex Engineering，须另外订购）手册（CRC ENGnetBASE，须另外订购）第五节第五节 其它医学检索工具其它医学检索工具 专利-USPTO Patents-Espcenet Techstreet标准（Techstreet Standards）网络资源（Scirus）第五节第五节 其它医学检索工具其它医学检索工
36、具 3.检索途径与方法检索途径与方法 Quick Search（快速检索）Easy Search（简易检索）Expert Search（专家检索）Browse Indexes（浏览索引）第五节第五节 其它医学检索工具其它医学检索工具 检索限定检索限定排序排序检索方式转换检索方式转换浏览索引浏览索引检索区检索区第五节第五节 其它医学检索工具其它医学检索工具 二、日本二、日本医学中央杂志医学中央杂志 日本医学中央杂志创刊于1903年，由日本 医学中央杂志编辑部编辑出版。收录日本出版的医学、牙科学、药学等有关医学刊物近2000种，其中用英文出版的约150种。报道方式以文摘为主，一部分为题录，每10天
37、出版一期。由于美国医学索引所收录的日文期刊仅100余种，所以它是检索日本医学文献必不可少的检索工具。正文按学科分类编排，共分33个科目，但每期除 内、外科一定收录外，其他科目不一定每期都有，而是当某个科目的文献达到一定的数量时，相对集中收录，每期仅刊载几个科目的文摘。每期文摘之后附有期索 引，年终出版年间累积索引（年度累积索引）。期索引和累积索引都有两种索引，即人名索引（著者索引）和件名索引（主题索引）。第五节第五节 其它医学检索工具其它医学检索工具 三、俄罗斯三、俄罗斯医学文摘杂志医学文摘杂志 俄罗斯医学文摘杂志创刊于1957年，由原苏联全苏医学和医疗技术情报科学研究所编辑出版，月刊。它收录世界上2300种医学和医学相关的刊物，其中包括期刊、图书、文集、会议 录、手稿等，主要报道临床医学文献。俄罗斯医学文摘杂志按不同学科分册出版，现有22个分册，包括50个学科。文摘按分类编排，但寄存手稿部分不按分类编排，而是集中在最后。在每期文摘正文后均刊有俄英对照的分类目次及页码。每期有著者索引，每年的第12期有年度主题索引。第五节第五节 其它医学检索工具其它医学检索工具