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1、基因检测技术在肺癌精准治疗中的应用 靶向捕获测序与ddPCR比较PCR技术也经历了3代的进化1987年，KRAS基因突变在当时50%的肺腺癌患者中被发现。2004年，EGFR突变作为新的肺腺癌驱动基因被发现。2014年，随着TCGA计划的完成，肺腺癌的基因突变图谱被进一步完善。对NSCLC驱动基因的认知随着分子检测技术的进步在不断深入 Ashley J.Vargas et al，Nature Reviews Cancer 16,525537(2016)遗传易感性早期筛查伴随诊断用药指导复发与疾病进展监控血液组织良恶性判断NGS在肿瘤临床领域的应用遗传易感性早期筛查伴随诊断用药指导复发与疾病进展
2、监控良恶性或分子分型非小细胞肺癌NGS在肺癌临床领域的应用NGS+ddPCRNGS+ddPCRNGS肿瘤的异瘤的异质性性对传统分子分子组织诊断提出了挑断提出了挑战NGS和ddPCR都是通过计算，看检测出多少带有突变的DNA（突变型），和检测到的所有的DNA（野生型+突变型）的比值来确定等位基因突变频率（AF）。等位基因突变频率=4/14=28.5%未突变的DNA来自正常组织或肿瘤中的其他亚克隆NGS和和ddPCR都能都能够报告等位基因突告等位基因突变频率，率，反映不同反映不同亚克隆的比例关系克隆的比例关系EGFR L858通过等位基因突变频率在结合样本病理评估中的肿瘤细胞占比，我们能够对肿瘤内
3、部带有不同驱动基因的肿瘤细胞亚克隆有一个大致的比例上的了解。对了解肿瘤异质性有帮助。NGS和和ddPCR都可分辨分子都可分辨分子顺式式/分子反式分子反式K.S.Thress,et al.Nat Med,2015.21(6):p.560-562.有研究发现T790M和C797S突变分子顺式/分子反式信息影响EGFR TKI治疗疗效；NGS和ddPCR都能够提供EGFR突变的in cis/in tran信息，具有重要的临床意义，传统PCR检测则会遗漏这一信息；基于靶向捕基于靶向捕获的的NGS能能够同同时检测已知突已知突变和未知突和未知突变ddPCRCapture NGS热点1热点2热点3热点4检测
4、基因NCCN指南建指南建议初初诊患者患者进行多靶点平行行多靶点平行检测针对非小非小细胞肺癌的胞肺癌的8个基因个基因NGS可以完全覆盖可以完全覆盖NGS与与ddPCR在肺癌在肺癌8基因检测对比基因检测对比检测基因型检测基因型NGS组织组织NGS血液血液ddPCR组织组织ddPCR血液血液EGFR突变检测已知+未知检测已知+未知已知已知ALK融合检测已知+未知检测已知+未知已知难（已知）HER2突变检测已知+未知检测已知+未知已知已知BRAF突变检测已知+未知检测已知+未知已知已知MET扩增可以难很好好MET14外显子跳读检测已知+未知检测已知+未知已知已知ROS1融合检测已知+未知检测已知+未知
5、已知难（已知）KRAS突变检测已知+未知检测已知+未知已知已知MET 14 exon skipping，HER2 20 exon insertion等情况复杂的突变EGFR等热点基因的非热点突变位点ALK等热点基因的非常见融合方式约3/4 ALK融合为经典的EML4-ALK融合，但有1/4为与其他基因的融合，包括：STRN-ALKCATSPERB-ALKACVR1-ALKCLIP1-ALKDPH6-AS1-ALKKIF5B-ALKRP11-320M2.1-ALKUGP2-ALK罕见的EGFR-19Del 可能会造成PCR方法假阴性 NGS能能够覆盖覆盖传统方法和方法和ddPCR无法无法检测的突
6、的突变种种类NGS能能够发现新的耐新的耐药机制机制15例患者一代TKI进展，T790M+，应用AZD9291后耐药，经检测发现三种类型：6例出现C797S5例仍保持T790M，无C797ST790M消失 Thress KS et al,Nat Med.2015 Jun;21发现AZD9291获得性耐药机制-C797S突变与与EGFR不同不同ALK-TKI的耐的耐药机制更加复机制更加复杂NGS检测EGFR和ALK的耐药位点都没有问题。ddPCR只能做T790M这种比较集中出现的耐药位点检测。随着建随着建库技技术和生物信息分析策略的和生物信息分析策略的进步步NGS液体液体活活检敏感性已敏感性已经远
7、超超ddPCRu在肿瘤克隆进化的过程中，劳拉替尼耐药相关亚克隆L1198F重拾对克唑替尼的敏感性Shaw AT et al,N Engl J Med.2016;374(1):54-61.Bordi P et al,N Engl J Med.2016;374(18):1790.u评论：相比反复活检在临床面临的巨大挑战，ctDNA动态随访是对肿瘤克隆进化监控的最佳方式NGS检测能能够帮助分析帮助分析肿瘤克隆的瘤克隆的进化化N.Rizvi et al,Science,vol 348,2015 全外全外显子子测序序结果有助于果有助于评估接受免疫治估接受免疫治疗的患者的患者预后后Delpu et al.Int.J.Mol.Sci.(2013)PNAS基于基于NGS的血液的血液DNA甲基化甲基化检测能能够满足肺癌足肺癌早早诊的需求的需求感谢聆听感谢聆听此此课课件下件下载载可自行可自行编辑编辑修改，修改，仅仅供参考！供参考！感感谢谢您的支持，我您的支持，我们们努力做得更好！努力做得更好！谢谢谢谢