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1、生化工程进展堵国成江南大学 生物工程学院现代生化工程的主要研究内容1.发酵过程的优化控制技术2.生化过程的模型化3.高密度培养技术4.代谢工程和代谢网络控制5.新型生化反应器的研究和开发6.新型发酵和产品分离技术发酵过程的优化控制第一部分绪论一.发酵过程优化在生化工程中的地位二.发酵过程优化的目标和研究内容三.发酵过程优化的研究进展四.流加发酵过程的优化控制一.发酵过程优化在生化工程中的地位现代生物技术不仅能在生产新型食品、饲料添加剂、药物的过程中发挥重要的作用，还能经济、清洁地生产传统生物技术或一般化学方法很难生产的特殊化学品，在解决人类面临的人口、粮食、健康、环境等重大问题的过程中必将发挥
2、积极的作用如何才能更好地发挥现代生物技术的作用？以工业微生物为例，选育或构建一株优良菌株仅仅是一个开始，要使优良菌株的潜力充分发挥出来，还必须优化其发酵过程，以获得较高的产物浓度(便于下游处理)、较高的底物转化率(降低原料成本)和较高的生产强度(缩短发酵周期)发酵过程优化的主要研究内容第一个方面是细胞生长过程研究第二个方面是微生物反应的化学计量第三个方面是生物反应过程动力学的研究（主要研究生物反应速率及其影响因素）第四个方面的内容是生物反应器工程（包括生物反应器及参数的检测与控制）二.发酵过程优化的研究内容和目标发酵过程优化的目标使细胞生理调节、细胞环境、反应器特性、工艺操作条件与反应器控制之
3、间这种复杂的相互作用尽可能地简化，并对这些条件和相互关系进行优化，使之最适于特定发酵过程的进行发酵过程优化的基础是进行生物反应宏观动力学和生物反应器的研究如何实现发酵过程的优化控制？如何实现发酵过程的优化控制？生物反应过程动力学动力学模型的建立发酵过程优化控制实现发酵过程优化控制的过程实现发酵过程优化控制的过程生物反应动力学的研究内容：是有关生物的、化学的与物理过程之间的相互作用，诸如生物反应器中发生的细胞生长、产物生成、传递过程等生物反应动力学研究的目的：是为描述细胞动态行为提供数学依据，以便进行数量化处理建立动力学模型的目的：是为了模拟实验过程，对适用性很强的动力学模型，还可以推测待测数据
4、，进而确定最佳生产条件发酵过程优化涉及非结构模型和结构模型的建立什么是非结构模型？什么是结构模型呢？非结构模型把细胞视为单组分，则环境的变化对细胞组成的影响可被忽略，即细胞的生长处于所谓的平衡生长状态，此基础上建立的模型称为非结构模型非结构模型是在实验研究的基础上，通过物料衡算建立起的经验或半经验关联模型结构模型由于细胞内各组分的合成速率不同而使各组分增加的比例不同，即细胞生长处于非均衡状态时，必须运用从生物反应机理出发推导得到的结构模型在考虑细胞组成变化的基础上建立的模型，称为结构模型生物反应器工程的研究内容生物反应器的形式、结构、操作方式、物料的流动与混合状况、传递过程特征等是影响微生物反
5、应宏观动力学的重要因素生物反应器中复杂的相互关系三.发酵过程优化的研究进展20世纪40年代初抗生素工业的兴起，标志着发酵工业进入了一个新阶段40年代末一门反映生物和化工相交叉的学科生化工程诞生1954年,Hasting指出,生化工程要解决的十大问题是深层培养、通气、空气除菌、搅拌、结构材料、容器、冷却方式、设备及培养基除菌、过滤、公害1964年Aiba等人认为通气搅拌与放大是生化工程学科的核心，其中放大是生化工程的焦点20世纪60年代中期，建立了无菌操作的一整套技术1973年Aiba等人进一步指出，在大规模研究方面，仅仅把重点放在无菌操作、通气搅拌等过程的物理现象解析和设备的开发上是不够的，应
6、当进一步开展对微生物反应本质的研究1979年，日本学者山根恒夫编著了生物反应工程一书，认为生物反应工程是一门以速度为基础，研究酶反应、微生物反应及废水处理过程的合理设计、操作和控制的工程学1985年，德国学者卡尔许格尔提出生物反应工程的研究应当包括两个方面的内容一是宏观动力学，它涉及生物、化学、物理之间的相互关系；二是生物反应器工程，它主要涉及反应器本身，特别是不同的反应器对生物化学和物理过程的影响目前一般认为生物反应工程是一门以生物反应动力学为基础，研究生物反应过程优化和控制以及生物反应器的设计、放大与操作的学科生物反应工程的研究主要采用化学动力学、传递过程原理、设备工程学、过程动态学及最优
7、化原理等化学工程学原理，也涉及到生物化学、微生物学、微生物生理学和遗传学等许多学科领域，因此是一门综合性很强的边缘学科生化反应工程的核心是生物反应过程的数量化处理和动力学模型的建立，实现发酵过程优化则是生物反应工程的研究目标实现发酵过程的优化与控制，必须解决的五个问题:(1)系统动力学；(2)生物模型；(3)传感器技术；(4)适用于生物过程的最优化技术；(5)计算机检测系统发酵罐之间的接口技术(如神经网络、专家系统)1)针对有关发酵产品的生产过程进行微生物生长和产物形成的动力学研究，提出新的或修正的动力学模型或表达式；2)结合现代生物技术产品的开发，进行基因工程菌、哺乳动物细胞或植物细胞的生长
8、动力学和产物形成动力学的研究；3)在动力学研究的基础上进行过程优化控制的研究，包括状态观察方程的建立、观察数据的噪声过滤、不可测参数及状态的识别、过程离线或在线的优化控制。其中尤以流加发酵的最优化研究报道居多有关运用生物反应工程原理进行发酵过程优化控制的研究四.流加发酵所谓流加发酵，即补料分批发酵(Fed-batchfermentation)，有时又称半连续培养或半连续发酵，是指在分批发酵过程中间歇或连续地补加新鲜培养基的发酵方法分批、连续、流加操作方式的比较流加发酵的研究进展在20世纪70年代以前流加发酵的理论研究几乎是个空白，流加过程控制仅仅以经验为主，流加方式也仅仅局限于间歇或恒速流加1
9、973年日本学者Yoshida等人首次提出了“Fed-BatchFermentation”这个术语，并从理论上建立了第一个数学模型，流加发酵的研究才开始进入理论研究阶段流加发酵所取得的三个方面的重大进展20世纪70年代中后期对流加发酵过程的动力学解析结合发酵过程的可测参数对流加过程进行反馈控制（如DO法、CO2法、RQ(呼吸商)法、pH法、代谢物法、萤光法等）流加发酵的最优化研究流加发酵最优化研究的核心问题是找出最佳的底物流加方式，以维持发酵过程始终处于最佳状态流加发酵最优化的研究内容包括：（1）状态方程的建立（2）目标泛函的确定（3）最优化底物流加方式的求解流加发酵的物料衡算式可以表达为：流
10、加发酵的最优化理论有：格林原理、庞特里金最小值(最大值)原理等在采用流加发酵技术之前要考虑的两个在采用流加发酵技术之前要考虑的两个问题问题一、何时采用流加发酵方式？一、何时采用流加发酵方式？二、如何进行底物的流加？二、如何进行底物的流加？一、何时采用流加发酵方式？一、何时采用流加发酵方式？所用底物在高浓度时对菌体生长有抑制所用底物在高浓度时对菌体生长有抑制作用作用 高菌体浓度培养即高密度培养系统高菌体浓度培养即高密度培养系统非生长耦联性次级代谢产物非生长耦联性次级代谢产物(如产物的合如产物的合成需要某些营养物质或前体成需要某些营养物质或前体)利用营养突变体的系统利用营养突变体的系统(过量加入营
11、养物只能使菌体过量加入营养物只能使菌体迅速生长，而目的代谢产物的产量会减少。而当营养物严重缺乏迅速生长，而目的代谢产物的产量会减少。而当营养物严重缺乏时，菌体生长受抑制，代谢产物的产量也会减小时，菌体生长受抑制，代谢产物的产量也会减小 )营养缺陷型菌株的培养营养缺陷型菌株的培养二、如何进行流加发酵操作？二、如何进行流加发酵操作？1.流加发酵类型流加发酵类型2.采用流加发酵应该解决的关键问题？采用流加发酵应该解决的关键问题？3.流加发酵过程中某些重要参数的确定流加发酵过程中某些重要参数的确定4.合适的流加发酵类型的确定合适的流加发酵类型的确定5.流加方式的应用流加方式的应用1.流加发酵类型流加发
12、酵类型流加发酵的分类流加发酵的分类类别类别流流 加加 方方 式式无无反反馈馈控控制制反馈控制反馈控制恒流量流加、变流量流加和间歇流加恒流量流加、变流量流加和间歇流加直接控制流加、间接控制流加直接控制流加、间接控制流加定定值值控控制制流流加加、程程序序控控制制流流加加、最最优优控控制制流流加加2.采用流加发酵应该解决的关键问题采用流加发酵应该解决的关键问题(1)流加什么物质？流加什么物质？补充微生物能源和碳源，如在发酵液中添加补充微生物能源和碳源，如在发酵液中添加葡萄糖、葡萄糖、饴糖、液化淀粉。作为消泡剂的天然油饴糖、液化淀粉。作为消泡剂的天然油脂，有时也能同时起到补充碳源的作用脂，有时也能同时
13、起到补充碳源的作用 补充菌体所需要的氮源，有机氮或氨水补充菌体所需要的氮源，有机氮或氨水 加入某些微生物生长或合成需要的微量加入某些微生物生长或合成需要的微量元素或无机盐元素或无机盐 加入酶合成诱导物或前体物质加入酶合成诱导物或前体物质(2)如何流加？如何流加？a.底物流加速率底物流加速率 b.流加开始时间及总流加时间流加开始时间及总流加时间 c.需控制的底物浓度需控制的底物浓度3.流加发酵过程中某些重要参数的确定流加发酵过程中某些重要参数的确定a.最佳底物浓度的确定最佳底物浓度的确定 (包括菌体生长阶段和产物合成阶段包括菌体生长阶段和产物合成阶段)b.底物的消耗速率底物的消耗速率c.菌体比生
14、长速率菌体比生长速率()d.菌体对底物的产率系数菌体对底物的产率系数(Yx/s)及产物对底物的产率系数及产物对底物的产率系数(Yp/s)4.合适的流加发酵类型的确定合适的流加发酵类型的确定a.恒速流加恒速流加(包括单一速率和分阶段恒速流加包括单一速率和分阶段恒速流加)b.指数速率流加指数速率流加c.底物在线测定后的反馈流加底物在线测定后的反馈流加(如葡萄糖反馈流加如葡萄糖反馈流加)d.pH-state.DO-stat5.流加方式的应用流加方式的应用(1)恒速流加恒速流加采用恒流速流加培养时，可得到如下的物料平衡方程式：细胞平衡：碳平衡：产物平衡：体积平衡：恒流速流加过程中的流量F的确定：(a)
15、预试验中所得出的流加时刻菌体对所流加基质的消耗速率(b)发酵液中残留基质浓度(c)流加后需要控制的发酵液中的基质浓度(2)(2)指数速率流加指数速率流加在菌体生长阶段采用指数速率流加法的几点假设如下：(a)发酵罐内为理想混合；(b)葡萄糖为唯一限制性碳源；(c)残留菌体对葡萄糖的产率系数(YX/s)为常数；(d)菌体生长遵循Monod方程。对底物葡萄糖进行衡算，则：F为体积流加速率(L/h)，S0为流加液中基质浓度(g/L)，Yx/s为菌体对底物的产率系数(g/g)，ms为细胞比维持系数(g/g/h)，X为菌体浓度(g/L)，V为培养液体积(L)，为菌体比生长速率(h-1)。对菌体量的变化进行
16、物料衡算，则：假定为常数，则上式积分可得：由于生长符合由于生长符合Monod方程方程是是S的函数，要使的函数，要使恒定，恒定，S必须必须恒定，则有：恒定，则有：其中tF为开始指数速率流加的时间，ttF，XF和VF分别为tF时刻的菌体浓度和发酵液体积指数速率流加的速率指数速率流加的速率F的表达式的表达式为为:指数速率流加方式在实际过程中的注意指数速率流加方式在实际过程中的注意事项：事项：(1)方程中各参数要预先求知方程中各参数要预先求知(2)应用时流加速率应用时流加速率F可采用阶梯递增方可采用阶梯递增方式进行设定式进行设定高生产率和高细胞密度发酵1.细胞生长环境的优化策略(1)培养基组成的优化(
17、2)特殊营养物的添加(3)限制代谢副产物的积累2.培养模式(1)所培养细胞的具体代谢行为(2)利用抑制性底物合成目的产物的潜力(3)诱导条件以及测量细胞培养各项参数的能力3.诱导策略4.细胞循环发酵(应用限制：作用于进入过滤单元的细胞的剪应力太大；系统的放大存在许多实际困难)第二部分第二部分 发酵过程优化原理发酵过程优化原理一一.发酵过程优化的微生物反应原理发酵过程优化的微生物反应原理二二.发酵过程数量化方法发酵过程数量化方法 三三.微生物反应动力学微生物反应动力学 四四.微生物反应优化的一般原理微生物反应优化的一般原理一一.发酵过程优化的微生物反应原理发酵过程优化的微生物反应原理1.大肠杆菌
18、生长过程中观察到下列现象(1)在大肠杆菌快速生长期间，生物合成的中间体很少渗漏到胞外培养基中，结构单元(氨基酸、核酸等)的合成速率和聚合形成大分子的速率一致(2)大肠杆菌胞内的大分子物质随比生长速率而变化(3)一旦生长培养基中的结构单元足够，细胞就不再合成这些物质(4)特定的代谢途径代谢特定的底物，只有底物存在时，细胞才合成相应的酶(5)若两个不同的底物同时存在于培养基中，细胞先合成能在一种底物上以较高比生长速率生长的酶系，当这种底物消耗完毕，再合成利用另一底物的酶。2.细胞生长过程可分为三个步骤：细胞生长过程可分为三个步骤：(1)底物传递进入细胞(2)通过胞内反应，将底物转变为细胞质和代谢产
19、物(3)代谢产物排泄进入非生物相，即胞外培养基3.底物、代谢产物和细胞质成分的定义为：底物、代谢产物和细胞质成分的定义为：底物是一种存在于初始非生物相或者摄入物中起作用的可交换的化合物代谢产物是一种作为代谢物产生于某代谢途径进入非生物相的化合物细胞质成分是一种细胞利用底物产生的不可交换的化合物研究表明在膜上可能存在三种不同的运研究表明在膜上可能存在三种不同的运输机制：输机制：(1)自由扩散自由扩散(2)协助扩散协助扩散(3)主动运输主动运输前两种机制是沿着浓度梯度进行运输，前两种机制是沿着浓度梯度进行运输，是被动的过程，在运输过程中不需要提是被动的过程，在运输过程中不需要提供外部能量。而主动过
20、程逆着浓度梯度供外部能量。而主动过程逆着浓度梯度进行运输，需要输入一定的吉布斯自由进行运输，需要输入一定的吉布斯自由能。能。微生物体内不同底物和代谢产物的扩散过程微生物体内不同底物和代谢产物的扩散过程4.微生物细胞的胞内反应(1)分解代谢反应糖类在转化为代谢产物(CO2、乳酸、乙酸和乙醇等)的同时，还形成ATP、NADH和NADPH。NADH和NADPH都在分解代谢反应中产生，但NADPH主要消耗于合成代谢中，NADH则主要消耗于分解代谢途径，如氧化磷酸化(2)生物合成和聚合反应为了合成细胞物质，需要合成结构单元并将其聚合。合成蛋白质需消耗大量的自由能，细胞一般根据其自身需求来调节蛋白质的合成
21、,其合成由蛋白质合成系统(PSS)负责，该系统中核糖体是主要部分 E.coli中大约70%的能量和还原力用于合成蛋白质合成E.coli细胞对前体代谢物的需求细胞合成所需要的结构单元数在75100之间，这些物质都是从12种前体代谢物合成得到的，这些前体代谢物就是分解代谢反应的中间产物，因此分解代谢在细胞生长过程中起着双重的作用(为生物合成提供能量和前体代谢物)（3）次级细胞代谢细胞代谢和生长过程偶联在一起的过程，称之为初级代谢但许多工业上重要的产品，其合成反应并不与生长过程偶联，我们称之为次级代谢，这些反应合成的产物叫次级代谢产物，就象初级代谢形成的产物叫初级代谢产物一样（？）乳酸是初级代谢产物
22、，但它是乳酸菌在非生长条件下形成的，许多其它的初级代谢产物也同样是在非生长条件下产生的初级代谢产物初级代谢产物定义为“在细胞生长所需要的反应中形成的产物”可能比较确切一些次级代谢产物定义为“在那些对于细胞生长不重要的反应中形成的产物”一些工业上重要的初级和次级代谢产物一览二.发酵过程数量化方法发酵过程的数量化处理包括：1.发酵过程的速度2.化学计量学和热力学3.生产率、转化率和产率只有当变量可测量时，才有可能对发酵过程进行数量化处理1.发酵过程的速度发酵过程的速度概念发酵过程常规的参数及其测量菌体生长速度为菌体生长速度为 氧和底物利用速度为氧和底物利用速度为 P、C和和HV生成速度为生成速度为
23、:细胞生长的比速率为：底物消耗的比速率为qs产物形成的比速率为qp：氧消耗的比速率为qo：二氧化碳生成的比速率为qc：发酵热生成的比速率：2.化学计量学化学计量方程表示通用化了的碳源根据元素分析得出的细胞组成表示产物3.产率系数(1)宏观产率系数宏观产率系数(或称得率系数)Yi/j是化学计量学中一种非常重要的参数，常用于对碳源等底物形成菌体或产物的潜力进行评价，其中i表示菌体或产物，j表示底物例如，菌体对底物的产率系数可表示为：生物反应过程中宏观产率系数的定义总览有时，以摩尔为单位表示产率系数更有利：相似的概念可用于表达重要的常数：值在实践中对推导元素平衡方程很重要，对与氧化磷酸化有关的理论问
24、题也有重要意义假设发酵过程中完全没有菌体生成，则YP/S可达理论最高值，称为理论代谢产物产率（a）根据化学计量关系计算例如，由葡萄糖、氨和氧生成谷氨酸的化学计量方程为依此计算，此处没有考虑反应过程中NADH及ATP等辅助底物的生成和消耗(2)理论代谢产物产率（b）由生物化学计量关系计算根据由底物生成目标代谢产物的代谢途径，进行代谢过程中有关NAD(P)+和ATP等辅底物的物料衡算，结合化学计量关系可求出上式：由该反应式得此处-酮戊二酸的氨基化还原反应中所需要的NADPH由异柠檬酸脱氢反应供给!！用生化计量式时,必须清楚有关的代谢途径(c)实际发酵过程中的产率系数在实际发酵中，产率是变化的，产率
25、取决于下列因素：Y=f(菌株、底物、m、；、tm、OTR、C/N，P/O)式中m为混合度，S为底物浓度，为平均滞留时间，tm为混合时间，OTR为氧传递速度，C/N为碳氮比，P/O为磷氧比另外，Papoutsakis和Lim(1981)用碳流分支的概念来解释菌体产率变化的原因：其中r1和r分别为碳源分支代谢途径1和途径2的反应速度，MX和MS为菌体和底物的分子量，x是SX反应的化学计量系数，可见产率只随r或r变化在甲基营养菌中存在两种不同的碳代谢流：同化(r2)和氧化(r1)碳源和其它营养物的浓度或温度、pH等培养条件的任何变化都可能引起r或r变化这一概念表明，甲基营养菌菌体产率的变化是一个动力
26、学问题，而不是生物合成问题三.微生物反应动力学1.被摄入到微生物细胞内的底物中，一部分转化为代谢产物，还有一部分则转化为新生细胞的组成物质。因此，对微生物反应动力学进行研究，至少要对底物、菌体和产物三个状态变量进行数学描述2.微生物反应是很多种物质参与的复杂代谢过程的综合结果。因此，微生物反应的动力学方程只能通过数学模拟得到3.进行数学模拟的难点在于细胞的生长、繁殖代谢是一个复杂的生物化学过程，该过程既包括细胞内的生化反应，也包括胞内与胞外的物质交换，还包括胞外的物质传递及反应4.为了优化反应过程，首先要进行合理的简化，在简化的基础上建立过程的物理模型，再据此推导得出数学模型。微生物反应动力学
27、模型的分类（一）细胞生长动力学模型1.无抑制作用的细胞生长动力学温度和pH恒定时，对于某一特定培养基组分的浓度s，Monod方程为式中:max称为最大比生长速率(h-1)，Ks称为半饱和常数(g/L)底物消耗速率方程对应为Monod方程应满足(1)菌体生长为均衡型非结构生长；(2)培养基中只有一种底物是生长限制性底物；(3)菌体产率系数恒定2.细胞生长稳定期和延迟期的Monod型动力学(1)延迟期动力学模型的建立(2)生长稳定期动力学模型的建立式中和是经验常数，取=max和=xmax，3.微生物死亡期和内源代谢(1)微生物死亡期的动力学模型Kd为比死亡速率(h-1)对应于由底物生成菌体的一级反
28、应速率为(2)内源代谢的动力学模型或：ms为细胞的维持系数(s-1)，Y*X/S为最大细胞产率4.底物和产物抑制的动力学模型(1)底物抑制动力学(Andrew底物抑制模型)式中KIS是底物抑制常数(2)产物抑制动力学（Hinshelwood模型）式中，P为产物浓度，k为动力学常数或：式中KIP为产物抑制常数（二）微生物产物形成动力学模型Gaden根据产物生成速率和细胞生长速率之间的关系，将产物形成区分为三种类型类型也称为偶联模型（醇类、葡萄糖酸、乳酸）类型也称部分偶联模型（柠檬酸、氨基酸）类型也称为非偶联模型（抗生素、酶、维生素、多糖）上述三种类型外还有一种模型是qP与负偶联的模型，例如黑曲霉
29、生产黑色素，其qP与的关系可表示为：当考虑到产物可能存在分解时：式中，kd为产物分解常数四.微生物反应优化的一般原理1.发酵过程优化的一般步骤(1)反应过程的简化是指把工艺过程的复杂结构压缩为少数系统，这些系统可以用关键变量来表示(2)定量化系统、准确地检测发酵过程的各种参数(3)分离是指在生物过程和物理过程的各种速度相互不影响的情况下，精心设计实验以获得关于生物和物理现象的数据(4)数学建模数学模型是能以简化的形式表征过程行为，并实现特定目的的数学公式数学模型可将特定结果通用化，并为推论系统的其它性质提供基础建立数学模型的主要目标是：(a)为了预见任何系统的转化率或生产率；(b)用以检查在各
30、种操作条件下工厂操作的性质和行为，检查模型适用的范围(包括外推性)；(c)用于进行工艺优化和计算机模拟；(d)用于检测出可能重要但被忽视了的参数；(e)检查是否已有效地区分生物现象和物理现象；(f)有助于阐明反应机理2.分批微生物反应过程的优化最优化的目标函数：产量、生产率、纯利润等，有时也对这些指标的其中二个以上进行多目标函数优化最优化的操作变量：反应时间、培养基组成、温度、pH、溶氧等*培养基组成的优化预先设定XT为最大菌体浓度，则由可得到底物Si的初始浓度为无机离子或生长因子等一旦被细胞吸收，在细胞内保持元化学状态，且含量恒定不变。这类营养物质称为储存性底物。可根据这些物质在菌体内的实际
31、含量，用类似于上式的方法确定其需要量当代谢产物的产量与培养基组成之间的关系很复杂，不能用解析函数的方式表示时，可采用实验设计法确定最优初始浓度利用最优实验设计法，即使不能提高产量，也可探索培养基组分的最小需用量，从而避免不必要的浪费第三部分第三部分 生物反应过程的系统优化技术生物反应过程的系统优化技术一一.系统优化技术概述系统优化技术概述二二.ATP.ATP再生系统及其在谷胱甘肽生物合成再生系统及其在谷胱甘肽生物合成中的应用中的应用三三.有有机机废废水水处处理理和和聚聚羟羟基基烷烷酸酸生生产产的的耦耦合合系统系统四四.生物反应与产物分离的组合系统生物反应与产物分离的组合系统一一.系统优化技术概
32、述系统优化技术概述1.1.系统的定义系统的定义奥地利理论生物学家贝塔朗菲于奥地利理论生物学家贝塔朗菲于1937年第一次年第一次提出提出,系统是系统是“一个相互作用的诸要素的综合体一个相互作用的诸要素的综合体”。我国科学家钱学森对系统的定义是我国科学家钱学森对系统的定义是“系统是由系统是由相互作用和相互依赖的若干组成部分结合而成的，相互作用和相互依赖的若干组成部分结合而成的，具有特定功能的有机整体，而且这个整体又是它具有特定功能的有机整体，而且这个整体又是它从属的更大的系统的组成部分从属的更大的系统的组成部分”换句话说，系统是同类或相关事物按一定的内在换句话说，系统是同类或相关事物按一定的内在联
33、系组成的整体联系组成的整体2.系统的一般形态有：系统的一般形态有：(一一)自然系统和人造系统自然系统和人造系统(二二)实体系统和概念系统实体系统和概念系统(三三)封闭系统与开放系统封闭系统与开放系统(四四)静态系统和动态系统静态系统和动态系统(五五)对象系统和行为系统对象系统和行为系统(六六)控制系统和因果系统控制系统和因果系统3.系统应当具备四个基本特征系统应当具备四个基本特征(一一)整体性整体性(系统是由两个以上有一定区别又有一定相关系统是由两个以上有一定区别又有一定相关的要素所组成，系统的整体性主要表现为系统的整体的要素所组成，系统的整体性主要表现为系统的整体功能功能 )(二二)相关性相
34、关性(各要素组成了系统是因为它们之间存在相互各要素组成了系统是因为它们之间存在相互联系、相互作用、相互影响的关系联系、相互作用、相互影响的关系 )(三三)目的性目的性(系统具有能使各个要素集合在一起的共同目系统具有能使各个要素集合在一起的共同目的，而且人造系统通常具有多重目的的，而且人造系统通常具有多重目的)(四四)环境适应性环境适应性(环境是指出现于系统以外的事物的总称，环境是指出现于系统以外的事物的总称，相对于系统而言，环境是一个更高级的、复杂的系统。相对于系统而言，环境是一个更高级的、复杂的系统。系统必须适应外部环境的变化，能够经常与外部环境系统必须适应外部环境的变化，能够经常与外部环境
35、保持最佳的适应状态，才能得以存在保持最佳的适应状态，才能得以存在)4.4.生物反应系统优化的基本思想生物反应系统优化的基本思想:整体优化的思想，对所研究的对象整体优化的思想，对所研究的对象采用定性或定量的模型优化技术，采用定性或定量的模型优化技术，使系统整体目标最优使系统整体目标最优5.生物反应系统优化方法的原则主要有以下几个方面：生物反应系统优化方法的原则主要有以下几个方面：(一一)系系统统整整体体性性原原则则:不不能能从从系系统统的的局局部部得得出出有有关关系系统统整整体体的的结结论论；分分系统的目标必须服从于系统整体的目标系统的目标必须服从于系统整体的目标(二二)系系统统有有序序相相关关
36、原原则则:系系统统的的有有序序性性，是是系系统统有有机机联联系系的的反反映映，系系统统的的任任何何联联系系都都是是按按一一定定等等级级和和层层次次进进行行的的，都都是是秩秩序序井井然然、有有条条不不紊的紊的 (三三)系系统统目目标标优优化化原原则则:优优化化问问题题是是在在不不可可控控参参数数发发生生变变化化的的情情况况下下，根根据据系系统统的的目目标标，经经常常、有有效效地地确确定定可可控控参参数数的的数数值值，使使系系统统经经常常处于最优状态处于最优状态(四四)系系统统动动态态性性原原则则:系系统统优优化化是是一一个个比比较较复复杂杂的的过过程程，研研究究对对象象内内部部复杂的相互作用和外
37、部环境的多变性，使系统本身呈现出动态特性复杂的相互作用和外部环境的多变性，使系统本身呈现出动态特性 (五五)系系统统分分解解综综合合原原则则：分分解解是是将将系系统统中中具具有有密密切切相相关关关关系系的的要要素素进进行行分分组组；综综合合则则是是完完成成新新系系统统的的筹筹建建过过程程，即即选选择择具具有有性性能能好好、适适用用性强的分系统性强的分系统(六六)系系统统创创造造思思维维原原则则：其其一一是是把把陌陌生生的的事事物物看看作作熟熟悉悉的的东东西西，用用已已有有的的知知识识加加以以辩辩识识和和解解决决；其其二二是是把把熟熟悉悉的的对对象象看看作作陌陌生生的的东东西西，用用新的方法、新
38、的原则加以研究，从而创造出新的理论，新的技术。新的方法、新的原则加以研究，从而创造出新的理论，新的技术。生物反应系统示意图6.6.生物系统生物系统介绍：介绍：(1)生物产品合成的能量生物产品合成的能量(ATP)或辅因子或辅因子(NADH)再生系统再生系统(2)废水生物处理的厌氧废水生物处理的厌氧好氧组合处理好氧组合处理系统系统(3)生物反应与产物提取的耦合系统生物反应与产物提取的耦合系统(4)有机废水处理和有用物质生产的耦合有机废水处理和有用物质生产的耦合系统系统 二二.ATP再生系统及其在谷胱甘肽生物合成中的应用再生系统及其在谷胱甘肽生物合成中的应用1.ATP再生系统的定义及分类再生系统的定
39、义及分类ATP再生系统可定义为一个需要再生系统可定义为一个需要ATP的生物酶反应系统与的生物酶反应系统与一个一个ATP生物合成系统所构成的耦合系统生物合成系统所构成的耦合系统按底物的不同分类按底物的不同分类,ATP再生系统可分为再生系统可分为:(1)(1)转移高能磷酸基的反应系统转移高能磷酸基的反应系统(以高能化合物作为底物以高能化合物作为底物 )(2)(2)采用碳水化合物作为基质的反应系统采用碳水化合物作为基质的反应系统(以碳水化合物和以碳水化合物和磷酸基团作为底物磷酸基团作为底物)利用碳水化合物为基质的利用碳水化合物为基质的ATP再生系统根据酶源的不同又再生系统根据酶源的不同又可分为：可分
40、为：(1)(1)自耦合系统自耦合系统(2)(2)种间耦合系统种间耦合系统自耦合ATP再生系统示意图种间耦合ATP再生系统示意图2.建立建立自耦合系统和种间耦合系统自耦合系统和种间耦合系统必须满足以下条件必须满足以下条件(1)用于合成产物的酶的活性必须足够强且稳定用于合成产物的酶的活性必须足够强且稳定(2)能大量提供廉价、稳定的前体物质能大量提供廉价、稳定的前体物质(3)再再生生ATP的的活活性性足足够够强强且且稳稳定定，能能与与生生物物合合成成酶酶反反应应成成功地耦合功地耦合(4)提提供供廉廉价价的的能能量量底底物物(如如葡葡萄萄糖糖)和和磷磷酸酸基基团团供供体体(如如无无机机磷酸盐磷酸盐)以
41、利于以利于ATP再生再生(5)若若有有类类似似于于分分解解反反应应的的有有害害副副反反应应，则则必必须须对对其其加加以以控控制制(6)若若底底物物或或预预定定的的产产物物不不能能透透过过细细胞胞膜膜，则则必必须须设设法法提提高高膜的通透性膜的通透性3.两两 种系统的不同之处：种系统的不同之处：自耦合ATP再生系统只用到一种微生物，故该菌中必须同时具有需要ATP的生物合成反应的酶活性和再生ATP的酶活性种间耦合ATP再生系统采用不同的微生物，一种作为ATP合成活性的供体，另一种作为与此相偶联的生物合成酶活性的供体以E.coli作为合成酶活性的受体菌和具有较强ATP生物合成活性的产氨短杆菌或面包酵
42、母组合而成的种间耦合反应系统4.4.自耦合自耦合ATP再生系统再生系统（1）GMP(5-鸟苷酸钠盐)生产过程 XMPNH3ATPGMPAMPPPi（2）ATP(腺嘌呤核苷-5-三磷酸钠盐)生产过程葡萄糖PRPP(磷酸核糖焦磷酸)腺嘌呤PRPPAMPPpi产氨短杆菌同时具有PRPP(磷酸核糖焦磷酸)生物合成活性与ATP生物合成活性，可利用腺嘌呤为前体生产ATP(3)GSH(谷胱甘肽)的生产过程GluCysATP-GC(-谷氨酰半胱氨酸)-GCGlyATPGSHADPPi谷胱苷肽的生物合成过程5.种间耦合种间耦合ATP再生系统再生系统（1）IMP(5-肌苷酸钠盐)的生产过程Inosine(肌苷)A
43、TPIMPADP（2）CDP(胞苷二磷酸)胆碱的生产过程氯化胆碱ATP磷酸胆碱ADPCTP磷酸胆碱CDP胆碱在（1）和（2）中均采用重组E.Coli和产氨短杆菌（3）GSH的生产过程，可采用两种系统：共固定化系统(S.cerevisiae和E.coli细胞一起固定化在同一聚丙烯酰胺凝胶中)和混合固定化系统(S.cerevisiae和E.coli分别用聚丙烯酰胺凝胶固定化后再混合使用)6.ATP再生系统存在的问题再生系统存在的问题（1）除了合成产物所需的关键酶以外，细胞内还有许多种酶，其中一些具有分解活性，能将反应的底物和预定的产物转化为副产物（2）微生物细胞具有很强的自我保护功能，作为渗透屏障
44、的细胞膜可防止胞内物质渗出。但当细胞用作酶源时，这种屏障就会阻碍底物和产物进出细胞7.解决解决ATP再生系统存在问题的办法再生系统存在问题的办法(1)抑制副反应的方法对于具有分解、转移底物或产物为副产物的酶，可通过选育缺失该酶活性的突变株，或优化反应条件使副产物的形成降低到最小的限度(2)提高膜通透性的方法干燥细胞或用溶剂、表面活性剂处理细胞都可以提高细胞膜的通透性（3）固定化微生物细胞的方法该法具有以下优势不需要提取和纯化酶的过程；细胞可以重复使用；可以实现连续操作；反应器占地小；反应控制容易；要处理的液体体积小；可以获得高纯度产品；工厂污染减轻缺点：固定化操作较为繁琐研究由固定化细胞组成的
45、ATP再生系统生产有用物质的过程，仍是这一领域今后的发展方向三三.有机废水处理和聚羟基烷酸生产的耦合系统有机废水处理和聚羟基烷酸生产的耦合系统工合成塑料污染的主要特点是(1)污染范围广。江河湖泊，田野山川无处不有(2)污染物增长量快。全世界每年对塑料的需求量为1亿吨。由于价廉、易老化，塑料用量的增加导致其废弃物也迅速增加，倾入海洋的塑料垃圾达数十万吨，陆上的更是难以计数(3)处理困难。塑料具有耐酸碱、抗氧化、难腐蚀、难降解的特性，埋地处理百年不烂；燃烧时产生大量有毒气体，如HCl、硫氧化物、碳氧化物等(4)回收利用难。塑料制品种类繁多，难以分拣回收(5)对生态环境危害大。地膜降低耕地质量，农作
46、物植株矮小，抗病力差；残膜随风飘动，对周围环境、畜牧业、养殖业都有很大的影响生物可降解塑料的特点：聚羟基烷酸酯(Polyhydroxyalkoates，简称PHAs)是生物可降解材料的一个研究热点。其中聚-羟基丁酸(简称PHB)及3-羟基丁酸与3-羟基戊酸的共聚物(简称P(3HB-co-3HV)或PHBV)是PHAs族中研究和应用最广泛的两种多聚体PHAs作为一种有光学活性的聚酯，除具有高分子化合物的基本特性，如质轻、弹性、可塑性、耐磨性、抗射线等外，更重要的是其还具有生物可降解性和生物可相容性。已有研究表明，采用PHAs制作的香波瓶，在自然环境中9个月后，可基本上被完全降解，而用合成塑料制作
47、的同样物品，完全降解的时间约需100年有机废水的资源化处理有机废水是地球环境的一大污染源，但同时也是一种资源，近几十年来，有机废水的资源化技术发展极其迅速，已被认为是消除有机废水污染的最经济有效的途径之一用于高浓度有机废水处理的厌氧消化技术，自20世纪50年代以后得到了迅速发展，先后出现了厌氧滤池(AF)、上流式厌氧污泥床反应器(UASB)、附着膜厌氧膨胀床反应器(AAFEB)、厌氧流化床反应器等，其中UASB的应用最为广泛该反应器能培养并保持大量活性高、沉降性能好的颗粒污泥，因而反应器的处理能力大大提高，水力停留时间大大缩短有机废水的厌氧处理有机废水的厌氧发酵过程是一个复杂的有多种微生物类群
48、参加的生物化学过程，通常可分为酸性发酵阶段(产酸)和甲烷化阶段(产甲烷)两阶段产酸阶段主要是有机废水中复杂的大分子有机物在厌氧条件下被水解和产酸细菌发酵成为有机酸，如丁酸、乙酸、乳酸和丙酸等。此阶段的细菌种类多，代谢能力强，繁殖速度快。产甲烷阶段主要是产酸阶段产生的小分子有机酸被产甲烷菌利用转化为甲烷不同研究者的厌氧发酵产物有机废水处理和PHAs生产耦合系统理论依据是（1）有机废水在厌氧处理过程中，产酸微生物能将废水中生物可降解的大分子物质转变为小分子有机酸，如乙酸、丙酸、乳酸、丁酸以及其它可溶性小分子化合物（2）真养产碱杆菌在好氧、碳源充足、贫氮的条件下能利用有机酸在胞内大量积累PHAs将有
49、机废水酸化反应器与PHAs发酵罐相组合，可使酸化反应器为R.eutrophus 提供相对稳定、较佳的底物，从而在发酵罐中相对廉价地生产出PHAs主要内容包括以下五个方面1.有机废水生产PHAs的初步条件；2.R.eutropha发酵生产PHAs最佳有机酸种类的确定，包括以有机酸为底物生产PHAs的代谢机理、理论产率和PHAs发酵的实际产率；3.高效厌氧酸化工艺，包括酸化率达100%时有机酸分布的工艺学条件等；4.在小型发酵罐中，以不同浓度的酸化废水为碳源进行分批发酵实验，在对PHAs发酵过程动力学分析的基础上，建立较为合理的PHAs发酵过程动力学模型；5.进行了有机废水生产PHAs流加发酵的初
50、步研究，比较了分批和流加发酵过程中丁酸对PHAs产率的变化有机废水酸化和PHAs生产耦合系统进水池泵UASB酸化反应器出水池分离浓缩系统浓缩的有机酸PHA发酵罐1.有机废水生产PHAs的初步研究有机废水生产PHAs是指R.eutropha以有机废水厌氧酸化的产物为生产PHAs的基质在一定温度下，影响有机废水酸化的主要因素：(a)水力停留时间(HRT)(b)pH值(进水碱度)酸化阶段HRT对发酵阶段PHAs浓度的影响进水碱度对发酵阶段PHAs浓度的影响2.R.eutropha利用不同有机酸生产PHAs的比较研究目前研究采用的PHAs生产方式通常有两种:一种是一步发酵法，即细胞生长与PHAs积累相