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1、精选优质文档-倾情为你奉上秋风清，秋月明,落叶聚还散,寒鸦栖复惊。医学文献检索Medical Literature Retrieval指导老师：李祥华 老师第一章 医学文献检索基本知识第二章 中文书目型检索工具第三章 中文全文检索数据库第四章 外文医学检索工具第五章 BA & BIOSIS Previews第六章 CHEMICAL ABSTRACTS上机实习要求及实习内容长江大学医学文献检索Medical Literature Retrieval主讲：李祥华引言文献检索是一门关于如何查询、获得文献资料、知识和信息的工具性课程，是培养人们独立学习能力的一种专门知识。由于科学技术发展的日新月异和新
2、知识的快速增长，独立学习能力成为对信息时代新型劳动者素质的必然要求。研究表明，一个科技人员应用的知识总量大约只有20%是学校学习中获得，其余80%是在工作和生活中为适应需要获得的。美国著名未来学家Alwen. Toffler在权力的转移一书中说：“谁掌握了知识和信息，谁就掌握了支配他人的权力。”让大学生接受信息素质教育，培养学生收集处理信息的能力、获取新知识的能力、分析和解决问题的能力是大学教育的基本目标。文献检索被人们喻为开启知识宝库的钥匙。当你在学习、工作乃至生活保健方面遇到难题，或要开展一项新的研究，或要完成一篇论文、一种发明等等，都可以借助文献检索来完成。即使你已学富五车，也要借助文献
3、检索。文献检索领域犹如一个大千世界，初学者难免或多或少遇到困惑，检索系统繁多，内容不尽相同，用途各异，如何选择？学会单个检索系统的用法、规则不难，实际检索课题时，往往不知如何做更好。同一时间使用同 一检索系统检索同一课题，如果采用的检索策略不同，其检索结果可能不同。故文献检索是让大家掌握如何从浩瀚的文献数据库中去查找，去甄别的一门课程。第一章 医学文献检索的基本知识一、信息、知识、情报和文献INFORMATION：1973年美国社会学家Daniel. Bell提出了“后工业社会”的概念。人与人、细胞、人与机器、机器与机器、动物、植物之间都有信息存在。定义：指事物存在和运动状态及其特征的反映。医
4、学信息是指病人的症状、体征以及实验数据。1. KNOWLEDGE：知识：人们通过实践对客观事物及其运动过程和规律的认识。是信息的一部分，即指被人们理解和认识并重新组织和系统化后的部分信息。是客观存在事物的现象，是本质和规律的反映，是人类实践的总结。2. INFORMATION：情报1：指人们以各种方式传递和交流的具有一定目的和时效的信息。情报2：是指作为人们传递和交流对象的知识。是一种活化的知识和信息。分类：按服务对象：军事情报、科技情报、战略情报、战术情报。 按传递媒介：文字情报、实物情报、声像情报。 按传递范围：大众情报、专门情报。按传递内容：科技情报、政治情报、市场情报。 情报的属性：知
5、识、传递、效益。3. DOCUMENTS：记录和传递知识的介质如甲骨、青铜器、石头、帛布、纸、录音带、光盘、U盘等通称为载体。把用一定方式记录有知识的特定载体统称为文献。文献的属性：知识、载体、符号。二、现代医学文献的类型与特征按载体类型划分：书写型； 印刷型：BOOK: monograph, textbook; reference book, yearbook, handbook, dictionary, acta, encyclopedia；JOURNAL; PROCEEDINGS ; GOVERMENT PUBLICA- TION; PATENT DOCUMENT; TECHNICAL
6、REPORT; TECHNICAL STANDARD; PRODUCT MATERIAL; DISSERTATION; TECHNICAL ARCHIVES. 缩微型（microform document );听型（Audio-visual document）；电子型（Electronic document）。按加工深度划分：Primary literature (original articles);econdary literature (index, abstract);Third literature (review, advanced);ero literature。医学文献的特点：
7、类型复杂；数量庞大；文种繁多；重复交叉，出版分散；代谢频繁；交流传播速度加快；学科越分越细；质量下降；时滞问题严重；载体现代化。三、图书馆文献的利用图书分类：以学科为依据。图书馆目录：即对文献的外部特征和内部特征进行加工并作一般介绍。图书期刊排架及查找： 排架：分类；刊名；代号等。查找：开架查找；馆藏目录。参考工具书的类型及使用：参考工具书是根据一定需要，以特定的编辑形式和检索方法，为人们迅速提供某方面的基本知识或资料线索，专供查阅的特定类型图书： Dictionary, yearbook, handbook, Encyclopedia, year-table & calendar table
8、.四、文献检索语言与途径检索语言的定义：是在文献检索过程中用来描述文献特征和表达检索提问的专门人工语言。文献检索的概念：一是指文献的储存过程；二是指文献的查找过程。检索语言的作用：1）表达内外部特征；2）表达概念的唯一性；）便于手工和机检。检索语言的分类： 描述文献外部特征的检索语言：著者索引；题名索引；文献序号索引；引文索引 。 描述文献内部特征的检索语言：分类语言；主题检索语言：主题词，关键词；代码语言。常用法：是指利用检索 工具书查找文献的方法。由于是利用工具书，又叫做工具法。 具体可分为： 顺查法；倒查法；抽查法。追溯法：指利用论文后的参考文献去查找文献的一种方法。循环法：指利用以上两
9、种方法交替使用检索文献的方法。医学文献检索的途径：篇名途径；著者途径；著者地址；刊名途径；主题词途径；关键词途径；分类途径；序号途径 ；其他如分子式索引、生物体索引、生物分类索引等。五、文献检索工具与步骤 作用：存储、检索、报道作用。特点：收录文献的有限性；报道文献的时滞性；文献标引的有限性。结构：编辑说明；分类目次；正文；索引；附录。检索工具的种类：按照对文献收录的范围：综合性；专业性；专题性；单一性。按载体或出版方式：书本式；机读式数据库。按对文献揭示的程度：目录；索引；文摘。文献检索步骤：分析检索课题，明确检索要求；选择检索工具，确定检索方法；选择检索途径，确定检索标识；检索文献；获取原
10、文献。六、计算机文献检索（一）计算机检索的基本知识计算机检索的特点：检索速度快；检索途径多；更新快；资源共享；方便灵活；直接输出检索结果。计算机检索系统的构成：计算机硬件、软件、数据库、通讯线路、检索终端。数据库的类型及其特点：1、fact database：存储有关人物、机构、课题研究动态等事实资料。2、numeric database：存储有关科研数据、数值等。3、bibliographic database：二次文献数据库。4、full-text database：为检索者提供文献原文的全文。5、hypertext database：存储声音、图象、文字等多媒体信息。数据库(databa
11、se)的结构：概念：作为计算机学中的专业术语，指在计算机存储设备上合理存放的相互关联的数据集合。文献数据库是指一定专业范围内的文献信息记录及其索引的集合体，是计算机文献信息检索系统的重要组成部分，是信息资源，文献检索对象。数据库通常有若干个文档，每个文档又由若干个记录组成，每条记录又包含若干个字段。record：是构成文献数据库的信息单元，每条记录描述一篇原始文献的外部特征和内容特征。外部特征指例如作者，刊名，摘要，关键词等；内容特征即文献正文。每条记录即每篇文献！field：是比记录更小的单位，是组成记录的数据项目。如：au（著者）, ti（标题）, ab（摘要）, so（来源）, py（出
12、版年限）.file：其一是指数据库中一部分记录的集合。其二是指数据库的结构。（二）计算机文献检索的基本技术1、布尔逻辑运算 ：逻辑“OR”：检索结果的每一条记录必须含有A或B检索词，也包括同时含有A和B检索词的记录。 例如：AIDS OR HIV 输出所有标记位置包含AIDS或HIV的记录逻辑“AND”：检索结果的每一条记录必须同时含有A和B检索词。 例如：women AND smoking输出所有标记位置包含women和smoking的记录逻辑“NOT”：检索结果的每一条记录必须包含A检索词，但不包含B检索词。 例如：leukemia NOT adult输出所有标记位置包含leukemia但
13、不包含adult的记录运算次序优先度 ( ) NOT AND OR2、截词符和通配符检索：*，？，$，# “ *”可通配o-n个字符；“？”可通配0-1个字符。3、限制符：起着限定或约束检索结果的作用。如：LILI in au, au = LILI, 4、位置运算符：在某些数据库检索中要表达检索词在记录中的相互位置关系时使用的运算符。不同的数据库用不同的符号。 如：same, with, near.运算符有如下级别：记录级检索；字段级检索；子字段或自然句级检索；词位置检索。七、检索结果评价1、查全率：指系统在进行某一检索时，检出的相关文献量与系统文献库中相关文献总量的比率。 查全率=检出相关文
14、献量/文献库中相关文献总量 100%2、查准率：系统在进行某一检索时，检出的相关文献量与检出文献总量的比率。 查准率=检出相关文献量/检出文献总量 100%3、影响查全率的因素：文献库收录不全；索引词汇缺乏控制和专指性；词表结构不完整；词间关系模糊；标引不详和前后不一致；或检索策略过于简单；选词或组配不当；检索途径、方法太少；检索人员业务不熟或缺乏耐心；检索系统不具备截词功能等。4、查准率的因素：索引词不能准确描述文献主题和检索要求；组配规则不严密；选词和词间关系不正确；标引过于详尽；组配错误；检索时所用检索词专指度不够；检索面宽于检索要求；检索式中容许容纳的词数量有限；截词部位不当；检索式中
15、使用逻辑“或”不当等。第三章中文全文检索数据库China National Knowledge Infrastructure（CNKI）帐号：k10398 密码：cjdx1、 概况：CNKI ，中国知识基础设施工程成立于1995年，是目前世界上最大的全文数字图书馆。收录范围广、内容全面、信息量大、有网络版和光盘版、检索方便。它涵盖了我国自然科学、工程技术、人文与社会科学期刊、博硕士论文、报纸、图书、会议论文等 信息资源。其主要数据库产品有中国期刊全文数据库、中国优秀博士硕士论文全文数据库、中国重要报纸全文数据库、中国基础教育知识仓库、中国医院知识仓库、中国重要会议论文全文数据库、中国企业知识仓
16、库等。中国期刊全文数据库是的一个巨大的信息资源，是国内大型学术期刊数据库，共收录有994年至今的国内公开发行的6 100余种核心期刊与专业特色期刊全文共800万篇，题录1 500余万条。目前有（中国学术期刊和期刊专题数据库）光盘版和网络版 。新版网址：http/2、检索方法：（1）分类检索：分别按9个专辑进行检索：理工（A物理及数学 , B化学及化工 , C机械）辑医药卫生辑农业辑，文史哲辑，政治经济辑，教育与社会科学辑，电子技术与信息科学辑，在专辑下共有126专题。医药卫生辑又分为六个专题：医学、药学、中国医学、卫生、保健、生物医学。方法：选择左栏中的分类导航区，点击所查类目，根据需要逐层点
17、击。（2）初级检索：系统默认的界面。1）选择检索范围：在左下角导航区。2）选择检索字段：在检索项的下拉菜单中选择。3）选择检索时间：在下拉菜单中选择。4）选择排序方式：无序、相关度、日期。5）选择是否中英文扩展：勾选或否6）输入检索词：输入检索词，点击“检索”。7）进行二次检索：先选定“在结果中搜索”，再点击“检索”。目的是缩小检索范围。（3）高级检索：本检索是通过逻辑关系的组合进行的快速查询方式，有“并且”，“或者”，“不包含”3种。1）选择检索范围，检索时间。2）选择多个词的检索字段，输入多个词。3）确定各个检索词之间的关系：并且、或者、不包含。4）点击“检索”按钮进行检索。5）进行二次检
18、索。2、 检索结果的输出：浏览、下载和打印。注意：由于阅读必须要用特定的阅读器，CNKI使用专门的CAJ阅读器，同时支持PDF。第四章 外文医学检索工具一、 Index Medicus与Medline数据库1、概况：创刊于1879年，由美国National Library of Medicine (NLM) 编辑出版。是目前国际上影响最大、使用最广的医学文献检索工具。 （1）收录范围：收录70多个国家和地区的40多种文字的近4000多种生物医学期刊及相关学科期刊，年报道量30余万条。英文文献占70%。内容涉及生物医学的各个领域。如：解剖学、生物、疾病、化学品与药物、分析诊断及治疗技术与设备、精
19、神疾病与心理学、生物科学、自然科学、人类学、教育、社会学、技术、工业、农业、人文科学、信息科学及卫生保健等。（2）以题录形式报道，文献类型有：original articles, reviews, letters,editorials, biographies, obituaries and proceedings 等。（3）特点：收录文献范围广，报道文献信息量大；编辑力量雄厚，文献标引质量高；报道文献速度快，时差短；索引编制规范，检索方便，适合于手检和机检。2、编排结构： 12 issue of 1 volume in one year.ISSUE: Part I: subject Sect
20、ion (A-P)Part II: subject Section (Q-Z) author Section and Bibliography of Medical Reviews. Medical Subject Headings (MeSH) List of Journals Indexed in Index MedicusIM期索引主要包含以下几个方面：(1) Preface, Index Medicus citation format:(2) The body: Subject section & Author section and Bibliography of Medical R
21、eviews.Subject section的编排：以主题词作为检索标目，按字母顺序排，每篇文献可给予一个或多个主题词。1）对某一主题作一般性论述的文献，直接集中在该主题词之下。2）如文献论述的是主题的某方面时，则集中于对该主题词进行限定的副主题词之下，副主题词按字母顺序排列在各主题词之下。若在同一副主题词下有多种语言文献时，则先排英语文献，再按语种缩写字顺编排非英语文献，语种相同时，则按刊名缩写字顺排。Author section and Bibliography of Medical Reviews的编排：1）Author section：以作者姓名为检索标目，按姓在前，用全称，名在后，用
22、缩写的字顺排列。其他作者 “see” 第一作者。2） Bibliography of Medical Reviews：将医学综述集中，排列在相关主题词之下。著录格式：Subject Section:RETROVIRIDAE PROTEIN主主题词METABOLISM副主题词A multigene lentiviral vector system based on differential splicing. Zhu Y, et al. Methods Mol Med 2003 Mar; 76(3):433-48 BREAST NEOPLASMSDRUG THERAPYAn experiment
23、al study on antitumor activity of psoralen on mammary cancer cell line EMT6 in vitro and in vivo. Wu S, et al.Zhongguo Zhong Yao Zazhi. 1998 May, 23(5):303-5, inside back cover (Eng Abstr.) (Chi)非英文全文的需要用 标注，同时在末尾标注原文语言Author Section:Wu S, Zhang Z, Zhao J. An experimental study on antitumor activity
24、 of psoralen on mammary cancer cell line EMT6 in vitro and in vivo. Zhongguo Zhong Yao Zazhi. 1998 May, 23(5):303-5, inside back cover (Eng Abstr.) (Chi)Bibliography of Medical Reviews: Immunophilins in protein folding and immunosupression. Fruman DA, et al. FASEB J.1994; 8(6):391-400. (92 ref)Alpha
25、betic List:字顺表的结构： Australorbis see Biomphalarias 请参见B螺BIOMPHALARIAS 主题词 B1.644.766.185 在主题树中的位置 72 1972年首次使用X Australorbis 不可使用A螺做主题词BIOREACTORS E7.115 J1.879.120.115 97 See related Fermentation 该出题词与F相关BIOPOLYMERS D12.472.310 75 See under MACROMOLECULAR SYSTEM 该主题词包含在大分子系统中MACROMOLECULAR SYSTEM D1
26、2.472 66 See related POLYMERS XU BIOPOLYMERS XR POLYMERSB)主题词的各种形式：a)正置形：lung abscess, health behaviorb)倒置形：anemia: plastic , hemolytic , hypochromic c)名词形：liver, kidneyd)形容词形：hepatic comae)功能词形：thinking for brain ; digestion for digestive systemf)技术词形：electrocardiography for heart; blood gas analys
27、is; gastro-scopeC)字顺表中的历史注释FAMILY PLANNINGN2.421.143.401+68;BIRTH CONTROL was see under CONTR- ACEPTION 1975, was see under FAMILY PLANNING 1968-74, was heading 1963-1967 See related Contraception X birth Control; Planned Parenthood XR Contraception; Population ControlD)字顺表中的词（语）义关系：a) 等同关系：是指正式主题词与
28、非正式主题词之间的关系，有同义和准同义关系。l 同义关系：指意思相同的词之间的关系。包括普通、简称和繁称、学名与俗名关系。 普通同义关系：atrial flutter; auricular flutter 简称与繁称： DNA; deoxyribonucleic acid AIDS; acquired immunodeficiency syndrome 学名与俗名：ascorbic acid; vitamin Cl 准同义关系：指意思相近的词之间的关系。 Angiogenesis see neovascularizationb) 属分关系（等级关系）：指专指度深浅不同的两个或多个词之间的关系。
29、 属种关系：primates-hominidae-human 包含关系：heart diseases：angina pectoris，failure，infarction。整体和部分关系：hand-fingersc) 相关关系：两个或多个词之间的相互关联的关系。 AIDS：HIV antigen，HIV antibody， HIV serodiagnosis，HIV positivityE)字顺表中的参照系统：a)用代参照：符号：seeX CANCER see NEOPLASMS NEOPLASMS X CANCERb)属分参照：符号： see underXU Health Prioritie
30、s see under Health Planning Health Planning XU Health Priorities c)相关参照：符号：see relatedXR Population Control see related Family Planning Family Planning XR Population Control还应考虑参照：consider also blood vessels consider also term at angi-, vasa-and vaso-;liver consider also hepat-主题词/副主题词组配参照：BRAIN/ana
31、lysis see BRAIN CHEMISTRYHEART/surgery see HEART SURGERYTree Structure又称范畴表，它是一种分类体系，将字顺表中主题词、次主题词和一些非医学主题词依学科体系和逻辑关系按等级划分为15大类，102个子类目。字顺表反映词之间的横向关系，树状结构表则显示词之间的纵向隶属关系，二者之间以分类号相互沟通。主题词的变更：期刊目录：（5）副主题词表(subheadings)：（6）检索途径及举例：主题途径：主题词的选择范围：组织器官、生物体、疾病、 化学物质和药物名称；诊断、治疗技术和设备名称；其他如化学、物理学、信息科学、人文科学等。选准
32、主题词：首选专指词，即与课题主题概念完全吻合的词；次选组配词，如：Chromosome abnormalities；再选上位类词。准确使用副主题词：隐含的副主题词，如 “胰腺异构酶的活性”。副主题词组配范围的限制：见副主题词表。主题词和副主题词的组配：例1：检索“他莫昔芬治疗乳腺肿瘤”方面的文献1、分析课题，拟定用于检索的主题词。2、利用MeSH将拟定的主题词规范化，并确定副主题词。Tamoxifen/Therapeutic Use；Breast Neoplasm/Drug Therapy.3、使用确定好的主题词和副主题词进行检索。4、索取原文。例2：查“子宫外孕”方面的文献分析课题，拟定检索
33、主题词。即： eccyesis, metacyesis, extra-uterine pregnancy。利用MeSH确定主题词时发现三个都不是，可利用pregnancy继续查找，则有pregnancy, ectopic，而其下有pregnancy, abdominal和 pregnancy, tubal.例3：检索“Dancy Billy Jones”所发表的文章 例4：检索“高血压药物治疗”方面的综述性文献 二、Medline光盘数据库1、概况：是世界公认的最具有代表性、最大的医学文献光盘数据库。它是Medical Literature Analysis and Retrieval Sys
34、tem (MEDLARS) 拥有的30多个数据库中数据容量最大、使用频率最高的数据库。收录1996年至今1000多万条记录，年收录文献数据量40多万篇。数据来自70多个国家和地区40多种文字的4000多种医学期刊，收录文献内容广。2、数据库单元记录字段：26个。3、系统的启动：（1）点击WinSPIRS主程序图标，系统进入初始化，点击“Start”按钮，屏幕呈现“Available Databases”对话框。在“choose from these databases”框内点击欲选数据库并点击“add”按钮, 则被选数据库进入“use these databases”框内, 如数据库退出，可点
35、击“ remove”按钮。（2）点击“OK”按钮则进入系统主界面。4、主界面的组成及功能：6个部分组成。（1）Title Bar（2）Menu Bar：点击任何命令均有下拉菜单供选。（3）Button Bar:1） Databases：用于改变当前数据库。2） Print：打印检索结果。3） Download：套录按钮。4） Searches：基本检索按钮。5） Index; 索引6） Thesaurus：主题词检索按钮。（4）Search question：其主界面是“search”检索状态。在该框输入检索词可进行基本检索。（5）Search history：显示检索结果。（6）Retrie
36、ved records：有3个区。显示记录提示栏：显示检索结果的数据库名称、序号、命中文献数及当前浏览记录号。记录显示栏。功能按钮区：Next Hit; Previous Hit; All Fields; Brief Fields; Add to Search.5、数据库运算符（1）逻辑运算符：ORANDNOT。（2）位置运算符：表示检索词之间的位置关系。“WITH” 是指两个检索词在命中的记录中出现在同一字段，无前后位置之别。 “NEAR”是指连接的两个检索词在命中的记录中必须出现在同一个句子中，无前后位置之分。其后可加数字，表示两词的具体位置关系。如： leukemia NEAR chro
37、nic:表示chronic lymphocytic (monocytic, myelocytic, myeloid, neutrophilic) leukemia “IN”是用于限定某一个检索词必须出现在特定字段中。如：cancer IN TI（3）范围运算符：“=”；“”；“”；“=”；“=”。（4）截词符：“*”：用于代表0个或N个字符，能将同一词根或词首的词全部查出。如：cardio*:cardiology, cardiogram, cardio-fitness“?”: 用于代表0个或1个字符。如：m?cdonald: mcdonald or macdonald; dra?t: drau
38、ght, draft6、检索途径及方法(1)Searches：在检索框内输入检索词（自由词），然后点击“search”。(2) Thesaurus：点击“Thesaurus”进入主题词检索状态。在检索窗口输入检索词，当激活“Search option” 中的“ explode”后，所选词的所有下位词都变为粗体字，点击“search now ”，出现subheading selection 选择窗口，选择副主题词，点击“OK”按钮,系统将会对主题词的所有下位词全树扩展检索。（3）Index: 点击“index”，系统进入检索状态，然后输入检索词，屏幕显示检索词在记录中出现的次数，点击“show”
39、显示有关含有检索词记录的内容。（4）其他检索方法：1）横向检索：是指检索者在浏览已经检索出的文献记录时发现了一些与中心内容相关的术语及短语等，这时将该词标记，然后点击记录显示区下方的“add to search”按钮，继续点击“search”按钮，系统开始对该词进行检索。2）限定字段检索：在“search”状态下可使用“limit”，对其进行限定。3）指定字段检索：使用位置运算符或范围运算符进行限定，实施精确检索。7、显示、打印与套录：（1）显示：有“fields labels”, “auto full screen”, “indent test”可供选择。（2）打印：点击“Print”按钮，
40、设置打印。（3）套录：点击“download”, 出现“download record”。8、其他功能：显示检索式记录；显示标记记录；保存检索史；运行保存的检索史；删除检索史；消除检索式。9、检索实例解析例1：检索有关乙型肝炎免疫方面的综述性文献。在Thesaurus输入Hepatitis B，有下位词时，选择“explode”检索，选副主题词“immunonology”, 进行检索。#1 17 explode “Hepatitis B”/immunology限定字段PT检索得： #2 11958 PT=review逻辑运算得：#3 8 #1 AND #2例2：青霉素引起过敏反应。步骤1：在t
41、hesaurus界面输入penicillins，选择explode检索，副主题词为adverse effects，点击“OK”。 #1 12 explode “penicillins”/adverse effects步骤2：输入主题词hypersensitivity，选择explode。 #2 1123 explode “hypersensitivity”/all subheadings步骤3：逻辑运算： #3 4 #1 AND #2第五章 BA & BIOSIS Previews一、概况：Biological Abstracts (BA) 创刊于1926年，是一部有关生命科学的大型文摘性检索工具。由美国Biosciences Information Service (BIOSIS) 主办。收录了来自110多个国家和地区、23种语言文字的6500多种生命科学期刊，每年报道量在40万条以上。主要报道生物学、农业、医学的基础理论、实验研究、现场研究的原始资料，生物学研究所用的方法、新技术、新材料、新发现的生物属类、名称、分布情况等。 BA/RRM是BA的姐妹篇。二、编排结构与著录格式1、文摘主要概念词表：从1998年开始，将每期所收入的文摘按内容分属于168个概念下，一级概念77个，二级概念91个，与医学相关的概念词占70%。Hierarchical Li