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1、超声诊断学基础本讲稿第一页，共八十一页一、一、PubMedPubMed数据库数据库简介简介 PubMed是是美美国国国国家家医医学学图图书书馆馆(NLM)下下属属的的国国家家生生物物技技术术信信息息中中心心(NCBI)开开发发的的、基基于于WWW的医学数据库查询系统。的医学数据库查询系统。PubMed的网址：的网址：http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed特点：收录范围广、内容全、检索途径多、特点：收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备，可少部分获取原文。检索体系完备，可少部分获取原文。P75本讲稿第二页，共八十一页二、通过二、通过PubMed可检索可检索到如下
2、的信息到如下的信息 MEDLINE PreMedline 出版商提供的书目信息出版商提供的书目信息 NCBI其它数据库的相关记录其它数据库的相关记录本讲稿第三页，共八十一页MEDLINE MEDLINE：是美国国立医学图书馆是美国国立医学图书馆MEDLARS系统中最大的生物医学数系统中最大的生物医学数据库，收录据库，收录1966年以来年以来70多个国家近多个国家近4300种生物医学期刊的书目信息和著者种生物医学期刊的书目信息和著者文摘，每周更新。每条记录均带有文摘，每周更新。每条记录均带有PubMed-Indexed for MEDLINEPubMed-Indexed for MEDLINE标
3、标志。志。本讲稿第四页，共八十一页PreMedlinePreMedline：收收集集未未正正式式给给予予MeSHMeSH词词、出出版版类类型型等等深深度度标标引引信信息息的的一一个个临临时时库库。NLMNLM每每天天把把最最新新记记录录加加入入到到PreMedlinePreMedline库库中中，每每条条记记录录均均带带有有PubMed-in PubMed-in ProcessProcess标标志志。工工作作人人员员在在一一周周内内将将这这些些记记录录标标引引，然然后后转入转入MEDLINEMEDLINE，同时从，同时从PreMedlinePreMedline中中删去删去。PreMedline
4、本讲稿第五页，共八十一页Pre-MedlineMedlineNew DataCollectPubMedProcessPubMed本讲稿第六页，共八十一页出版商提供的书目信息出版商提供的书目信息：出版商提出版商提供的是整本期刊的信息，若有部分供的是整本期刊的信息，若有部分没有被没有被MEDLINEMEDLINE收录，收录，PubMedPubMed仍保存，仍保存，在记录中做在记录中做PubMed-as supplied PubMed-as supplied by publisherby publisher的标记。的标记。本讲稿第七页，共八十一页图1以下是几条以下是几条PubMed的记录，标记不同，
5、其出自的分库也不同的记录，标记不同，其出自的分库也不同本讲稿第八页，共八十一页NCBI其它数据库的相关记录：其它数据库的相关记录：PubMed建立了与建立了与NCBI其他数据其他数据库之间联系。它们是双向网络互库之间联系。它们是双向网络互连的关系（见下页图）。连的关系（见下页图）。其它库本讲稿第九页，共八十一页NCBI中通过中通过Entrez可互查的数据库可互查的数据库本讲稿第十页，共八十一页三、三、PubMed页面的结构页面的结构 登录登录 PubMed主页主页http:/www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgihttp:/www.ncbi.nlm.nih
6、.gov/PubMed/本讲稿第十一页，共八十一页本讲稿第十二页，共八十一页PubMed页面的结构页面的结构 检索提问区检索提问区相关数据库链接、相关数据库链接、检索提问框检索提问框、辅助检索工具、辅助检索工具检索提示区检索提示区对各项检索功能的简单描述对各项检索功能的简单描述辅辅助助功功能能区区Entrez简介、简介、PubMed服务、服务、特有检索、相关特有检索、相关资源资源本讲稿第十三页，共八十一页NCBI数据库Nucleotide：DNA序列数据库序列数据库Protein：蛋白质序列数据库蛋白质序列数据库Genome：基因组序列数据库基因组序列数据库Structure：分子结构模型数据
7、库分子结构模型数据库Popset：种群、种系发生或突变序列数据库种群、种系发生或突变序列数据库Taxonomy：微生物类别数据库微生物类别数据库OMIM：人类孟德尔遗传学在线数据库。人类孟德尔遗传学在线数据库。本讲稿第十四页，共八十一页PubMed辅助检索工具辅助检索工具Limits（限制功能）（限制功能）Preview/Index（预览（预览/索引）索引）History（检索史）（检索史）Clipboard（剪贴板或文件夹）（剪贴板或文件夹）Details（明细栏）（明细栏）本讲稿第十五页，共八十一页Journal Browser-杂志浏览器杂志浏览器MeSH Browser-主题词浏览器主
8、题词浏览器Citation Matcher-在表格输入刊物的引文信息来定位在表格输入刊物的引文信息来定位特定文章。特定文章。Clinical Queries-与临床相关的与临床相关的疗法疗法，诊断诊断，病因病因，预后预后Cubby-提供检索策略存储空间提供检索策略存储空间Order Documents-购买原文购买原文Grateful Med-连接到连接到NLM提供的其他服务。提供的其他服务。Clinical Alerts-公布公布NIH资助重要临床研究结果资助重要临床研究结果Clinical Trials-对公众提供临床科研的当前信息对公众提供临床科研的当前信息PubMed Central-
9、可免费提供全文生命科学文献可免费提供全文生命科学文献服务功能本讲稿第十六页，共八十一页四、四、PubMed的基本检索功能的基本检索功能词语检索及自动词语匹配词语检索及自动词语匹配作者姓名检索作者姓名检索杂志名称检索杂志名称检索截词检索截词检索短语检索短语检索逻辑运算符检索逻辑运算符检索本讲稿第十七页，共八十一页四、四、PubMed的基本检索功能（一）的基本检索功能（一）词语检索及自动词语匹配词语检索及自动词语匹配u在检索框中键入一到多个检索词，按在检索框中键入一到多个检索词，按“GO”键，即显示检索结果。键，即显示检索结果。“clear”按钮可以帮你清除查询框中的按钮可以帮你清除查询框中的内容
10、，然后开始一个新的查询。内容，然后开始一个新的查询。本讲稿第十八页，共八十一页本讲稿第十九页，共八十一页本讲稿第二十页，共八十一页四、四、PubMed的基本检索功能（一）的基本检索功能（一）自动词语匹配自动词语匹配uPubMed能能自自动动利利用用它它的的“自自动动词词语语匹匹配配”功功能能将将重重要要的的词词语语结结合合在在一一起起，并并将将不不规范的词语转换成规范的用词。规范的词语转换成规范的用词。如如：输输入入vitamin c common cold，系系统统会会将将自自动动转转换换成成(“ascorbic acid”MeSH Terms OR vitamin cText Word)A
11、ND(“common cold”MeSH Terms OR common cold Text Word)进进行行检检索索。这这种种处处理理能能使检索结果更精确和全面。使检索结果更精确和全面。本讲稿第二十一页，共八十一页本讲稿第二十二页，共八十一页四、四、PubMed的基本检索功能（二）的基本检索功能（二）作者姓名检索作者姓名检索 在检索框内按照姓在检索框内按照姓+名缩写名缩写(不用标点不用标点)的的格式键入作者姓名，如格式键入作者姓名，如Smith ja，系统会自，系统会自动在作者字段内进行检索。动在作者字段内进行检索。如如果果想想进进行行更更精精确确的的检检索索，可可以以用用双双引引号号将将
12、作作者者名名引引起起来来，再再加加au，如如“smith j”au 本讲稿第二十三页，共八十一页本讲稿第二十四页，共八十一页四、四、PubMed的基本检索功能（三）的基本检索功能（三）杂志名检索杂志名检索u在检索框中键入杂志全名在检索框中键入杂志全名molecular biology of the cellu也可以直接键入也可以直接键入Medline的期刊标准缩写的期刊标准缩写形式，如：形式，如：mol boil cell，u键入刊物的键入刊物的ISSN(国际标准出版物代码）国际标准出版物代码）进行检索，如进行检索，如1059-1524。uCell transplantation ta本讲稿第
13、二十五页，共八十一页本讲稿第二十六页，共八十一页四、四、PubMed的基本检索功能（四）的基本检索功能（四）截词检索截词检索u可可利利用用系系统统的的截截词词功功能能获获取取更更多多的的相相关关文文献献，这这与与Medline光光盘盘中中截截词词检检索索的的用用法法是是相相同同的的：截截词词符符“*”可可代代表表多多个个字字符符，将将*加加在在检检索索词词后后可可以以表表示示对对所所有有以以该该词词开开头头的的词词进进行行检检索索；如如：bacter*，可可以检出以检出bacter,bacteria,bacterium,bacteriophage等词。等词。uPubMed一一次次最最多多可可以
14、以检检索索出出150个个词词形形变变异异词词。如如staph*，可可以以产产生生150个个起起作作用用，可可以以采采取取加加长长词词根根的方法进行检索。的方法进行检索。本讲稿第二十七页，共八十一页四、四、PubMed的基本检索功能（五）的基本检索功能（五）短语检索短语检索uPubMed首首先先将将键键入入的的检检索索词词（词词组组）视视为为合合理理的的短短语语在在短短语语索索引引中中进进行行查查找找。如如：poison ivy，PubMed将将其其视视为为词词组组进进行行查查找找。当当PubMed没没有有找找到该词组时，系统将自动把两个词分开进行检索；到该词组时，系统将自动把两个词分开进行检索
15、；u如如果果不不希希望望系系统统将将两两词词分分开开，则则需需要要用用“”把把检检索索词词括括起起来来，即即强强迫迫PubMed进进行行词词组组检检索索。如如“single cell”。u当用双引号括起词语时，当用双引号括起词语时，PubMed将不执行自动词将不执行自动词语匹配功能。语匹配功能。本讲稿第二十八页，共八十一页四、四、PubMed的基本检索功能（六）的基本检索功能（六）逻辑运算符检索逻辑运算符检索u在在检检索索框框中中输输入入逻逻辑辑运运算算符符，注注意意要要大大写写，执执行行顺顺序序从从左左向向右右，可可用用括括号号来来改改变变此此顺顺序。序。u如：如：lung cancer A
16、ND smok*#1 OR#2 (#1 OR#2)AND#3本讲稿第二十九页，共八十一页五、五、PubMed辅助检索工具（一）辅助检索工具（一）1.Limits（限制功能）（限制功能）:对检索词的限定和对检索词的限定和修饰，包括字段、年龄、性别、研究对象、修饰，包括字段、年龄、性别、研究对象、出版类型、语种、出版或输入日期以及子字出版类型、语种、出版或输入日期以及子字段等。段等。本讲稿第三十页，共八十一页All Field（字段选择）：（字段选择）：共有共有23个字段可供选择个字段可供选择Publication Types（出版物类型选择）：（出版物类型选择）：有有8种类型种类型Languag
17、es（语种选择）：（语种选择）：提供常用的提供常用的7种语种种语种Ages（年龄组选择）：（年龄组选择）：共有共有12个年龄段个年龄段Gender（性别选择）：（性别选择）：男性、女性男性、女性Human or Animal（人或动物实验选择）（人或动物实验选择）Subsets（子集）：（子集）：8个子集个子集Dates（日期）（日期）limited本讲稿第三十一页，共八十一页五、五、PubMed辅助检索工具（二）辅助检索工具（二）2.Preview/Index：Preview是对检索结果进行预览，显示检索结果的是对检索结果进行预览，显示检索结果的条数条数和和最近三次最近三次检索式检索式，用户
18、可根据具体情况在检索提问框，用户可根据具体情况在检索提问框中用逻辑运算符组配新的检索式。中用逻辑运算符组配新的检索式。Index是对提交的检索词列出按字顺排列的某一字段的是对提交的检索词列出按字顺排列的某一字段的索索引词表的位置和数量（括弧内）引词表的位置和数量（括弧内），可用流动条来回进行，可用流动条来回进行查看列表。选中的词高亮显示，然后选择合适的逻辑运算查看列表。选中的词高亮显示，然后选择合适的逻辑运算符进行检索。符进行检索。本讲稿第三十二页，共八十一页preview1检索检索Common Cold AND Vitamin C本讲稿第三十三页，共八十一页本讲稿第三十四页，共八十一页本讲稿
19、第三十五页，共八十一页本讲稿第三十六页，共八十一页本讲稿第三十七页，共八十一页3.History:保留所有的检索策略和结果，只有在执行了一次检索后，保留所有的检索策略和结果，只有在执行了一次检索后，History才能有记录。才能有记录。显示检索序号、检索词、检索时间以及检索结果数量。显示检索序号、检索词、检索时间以及检索结果数量。可在可在检索序号之间添加逻辑运算符进行检索检索序号之间添加逻辑运算符进行检索，如，如#2 AND#6单击记录条数超级链接可以重新显示检索结果。单击记录条数超级链接可以重新显示检索结果。点点击击Clear History按按键键可可以以清清除除History和和Prei
20、ew/Index中中的的信信息。息。最多存贮检索式数为最多存贮检索式数为100个，检索式的存贮时间为个，检索式的存贮时间为1小时。小时。五、五、PubMed辅助检索工具（三）辅助检索工具（三）本讲稿第三十八页，共八十一页本讲稿第三十九页，共八十一页五、五、PubMed辅助检索工具（四）辅助检索工具（四）4.Clipboard：剪贴板或文件夹。用于用户将检剪贴板或文件夹。用于用户将检索选中记录的暂时保存，索选中记录的暂时保存，方便用户集中打印、下方便用户集中打印、下载或索取原文载或索取原文。剪贴板中可存的最多记录为。剪贴板中可存的最多记录为500条，条，如果一小时内无作何操作，记录将自动消失。如
21、果一小时内无作何操作，记录将自动消失。将文献添加到将文献添加到Clipboard 在检索结果界面点击记录左侧的复选框，再点在检索结果界面点击记录左侧的复选框，再点Add Clip。被添加到。被添加到Clipboard中的记录，检索记录的数中的记录，检索记录的数字将变成字将变成绿色绿色。本讲稿第四十页，共八十一页本讲稿第四十一页，共八十一页本讲稿第四十二页，共八十一页本讲稿第四十三页，共八十一页五、五、PubMed辅助检索工具（五）辅助检索工具（五）5.Details：了解了解PubMedPubMed通过自动词语匹配通过自动词语匹配功能、句法规则转换出的实际检索策略功能、句法规则转换出的实际检索
22、策略和调整、保存检索策略。在检索框下面，和调整、保存检索策略。在检索框下面，显示出检索结果的总数。可以在检索框显示出检索结果的总数。可以在检索框中修改检索策略，再点击中修改检索策略，再点击SearchSearch按键重按键重新执行检索。点新执行检索。点URLURL按钮，检索策略将显按钮，检索策略将显示在示在URLURL框中，再用浏览器的书签收藏功框中，再用浏览器的书签收藏功能保存该策略。能保存该策略。本讲稿第四十四页，共八十一页本讲稿第四十五页，共八十一页六、特别检索服务六、特别检索服务Journal Browser：期刊浏览器：期刊浏览器MeSH Browser：主题词浏览器主题词浏览器Ci
23、tation Matcher：单篇：单篇/多篇多篇 引文匹配器引文匹配器 Clinical Queries：临床咨询临床咨询本讲稿第四十六页，共八十一页1.Journal Browser：期刊浏览器：期刊浏览器 查查找找指指定定期期刊刊上上发发表表的的文文章章。可可分分别别以以期期刊刊的的全全名名或或名名称称某某个个词词、期期刊刊名名称称在在MEDLINE的的缩缩写写或或ISSN号号来来检检索索；若若点点击击超超链链 journals with links to full-text web sites，可可获获取取与与PubMed链链接接提提供供全全文文的的期期刊名单。刊名单。本讲稿第四十七页
24、，共八十一页本讲稿第四十八页，共八十一页本讲稿第四十九页，共八十一页2.MeSH Browser：主题词浏览器：主题词浏览器 帮帮助助用用户户查查找找MeSH词词进进行行检检索索，浏浏览览器器提提供供了了每每个个主主题题词词的的信信息息和和层层次次结结构构，此此外外，用用户户可可以以直直接接选选用用副副主主题题词词来来限限制制主主题题词词的的主主要要领领域域。如如果果输输入入的的词词在在MeSH词词表表中中没没有有，MeSH浏浏览览器器将将显显示示相相关关的的MeSH词。词。本讲稿第五十页，共八十一页本讲稿第五十一页，共八十一页本讲稿第五十二页，共八十一页3.Citation Matcher单
25、篇单篇/多篇引文匹配器多篇引文匹配器 单单篇篇引引文文匹匹配配器器可可通通过过已已知知的的刊刊名名、日日期期、卷卷、期期、论论文文首首页页码码、作作者者名名等等任任一一项项信信息息查查找找论论文文的的题题录录。经经常常用用于于核核对参考文献的著录细节。对参考文献的著录细节。多多篇篇引引文文匹匹配配器器是是给给出出版版商商用用的的，一一般般用户不使用。用户不使用。本讲稿第五十三页，共八十一页本讲稿第五十四页，共八十一页本讲稿第五十五页，共八十一页4.Clinical Queries临床咨询临床咨询(一一)为了帮助临床医生更有效地获取为了帮助临床医生更有效地获取PubMed数据库中一般疾病的数据库
26、中一般疾病的病因学、预病因学、预后、诊断、预防以及治疗后、诊断、预防以及治疗等方面的信息，等方面的信息，PubMed系统设置了系统设置了Clinical queries功能功能项。该项具备特殊的过滤器装置能将上项。该项具备特殊的过滤器装置能将上述主题文献集中提供检索，这样可以滤述主题文献集中提供检索，这样可以滤除部分不相关或相关性差的文献。除部分不相关或相关性差的文献。本讲稿第五十六页，共八十一页4.Clinical Queries临床咨询（二）临床咨询（二）治疗（治疗（therapy)研究范畴研究范畴 诊断诊断(diagnosis)(Category)病因病因(etiology)预后预后(p
27、rognosis)强调程度强调程度 灵敏度灵敏度Sensitivity(Emphasis)专指度专指度Specificity本讲稿第五十七页，共八十一页本讲稿第五十八页，共八十一页七、检索结果的处理（一）七、检索结果的处理（一）显示检索结果显示检索结果(Display)：uPubMed可可用用6 6种种不不同同的的格格式式显显示示检检索索结结果果，默默认认Summary格格式式。可可通通过过Display下下拉拉菜菜单单选选择择其其它它显显示示 方方 式式：Brief，Abstract，Citation，MEDLINE and ASN.1等，可以根据需要进行选择。等，可以根据需要进行选择。u点
28、点 击击Text键键，系系统统显显示示记记录录的的纯纯 文文 本本 形形 式式。点点 击击Show键键，可可 选选 择择 每每 页页 显显 示示 的的 记记 录录 条条 数数。点点击击Select Page的的数数字字，显显示示相相应应WebWeb页页的的记记录录点击点击Sort键，可以分类显示。键，可以分类显示。本讲稿第五十九页，共八十一页Display本讲稿第六十页，共八十一页text本讲稿第六十一页，共八十一页text1本讲稿第六十二页，共八十一页show本讲稿第六十三页，共八十一页page本讲稿第六十四页，共八十一页sore本讲稿第六十五页，共八十一页各种显示方式的主要内容各种显示方式
29、的主要内容Summary作作者者姓姓名名、文文章章题题目目、出出处处、记记录录状状态态、语种、出版物类型、语种、出版物类型、PMID。Brief作者姓名、文章题目的前作者姓名、文章题目的前30个字母、个字母、PMIDAbstract出出处处、记记录录状状态态、文文章章题题目目、作作者者姓姓名名、作作者者单单位位、文文摘摘、出出版版物物类类型型、缩缩写写、注注释释、PMID等。等。Citation出出处处、记记录录状状态态、文文章章题题目目、作作者者姓姓名名、作作者者单单位位、文文摘摘、出出版版物物类类型型、缩缩写写、注注释释、MeSH、化学物质名称、化学物质名称、SI数据库索取号、基金号、数据
30、库索取号、基金号、PMID等。等。MEDLINE所所有有记记录录字字段段都都是是以以两两个个字字目目格格式式显显示示，应应用用该该格格式式保保存存套套录录记记录录可可以以用用文文献献管管理理者者软软件件保保存。存。本讲稿第六十六页，共八十一页七、检索结果的处理（二）七、检索结果的处理（二）保存保存(Save)u浏览器提供的保存功能可保存当前屏幕上的结果；浏览器提供的保存功能可保存当前屏幕上的结果；u点点击击sent sent to to filefile，可可以以保保存存所所有有的的检检索索结结果果或或选选择择保保存存；系系统统允允许许以以不不同同的的显显示示格格式式保保存存检检索索结结果果；
31、最最多多一一次次可可以以保保存存10000条。条。u可以保存可以保存Clipboard中的记录，中的记录，Clipboard中最多可有中最多可有500条条记录。记录。u存盘存盘时时PubMed默认文件名为默认文件名为“query.fcgi”。该文件名可。该文件名可以修改，文件格式也可在以修改，文件格式也可在“.fcgi”和和“.txt”中选择。中选择。本讲稿第六十七页，共八十一页save直接全部存在本地盘直接全部存在本地盘本讲稿第六十八页，共八十一页save1本讲稿第六十九页，共八十一页save2本讲稿第七十页，共八十一页七、检索结果的处理（三）七、检索结果的处理（三）打印打印(Print)u
32、可可以以利利用用浏浏览览器器的的打打印印键键进进行行屏屏幕幕上上内内容的打印。容的打印。u如如果果要要选选择择打打印印，可可以以先先将将所所选选的的文文献献添加到添加到Clipboard，然后再打印。，然后再打印。本讲稿第七十一页，共八十一页七、检索结果的处理（四）七、检索结果的处理（四）链接链接(Links)链接相关文献链接相关文献(Related Articles Links)PubMed系系统统中中的的每每条条文文献献记记录录均均有有一一个个相相关关文文献献链链接接，在在检检索索结结果果的的显显示示状状态态下下，每每条条记记录录的的右右边边均均有有“Related Articles”超超
33、链链接接。点点击击该该链链接接，系系统统按按文文献献的的相关度相关度从高到低显示相关文献。从高到低显示相关文献。链接链接NCBI数据库数据库ProteinProtein数数据据库库、NucleutideNucleutide数数据据库库、PopSetPopSet数数据据库库、分子三维结构模型数据库（分子三维结构模型数据库（MMDBMMDB）、）、GenomeGenome数据库。数据库。本讲稿第七十二页，共八十一页本讲稿第七十三页，共八十一页七、检索结果的处理（四）七、检索结果的处理（四）链接链接(Links)之二之二链接外部资源链接外部资源LinkOutuLinkOut 是链接到本站点外部信息的
34、出口。可以与出版商、信是链接到本站点外部信息的出口。可以与出版商、信息集成者、图书馆、生物学数据库、序列中心等链接来获取更息集成者、图书馆、生物学数据库、序列中心等链接来获取更多的相关信息。多的相关信息。u链接带星号的链接带星号的LinkOut 是表明提供者需要订阅、会员资格或需要是表明提供者需要订阅、会员资格或需要交费进入。交费进入。链接相关图书链接相关图书Booksu为帮助用户解决对检索结果中不熟悉的要领提供背景资料为帮助用户解决对检索结果中不熟悉的要领提供背景资料本讲稿第七十四页，共八十一页本讲稿第七十五页，共八十一页本讲稿第七十六页，共八十一页本讲稿第七十七页，共八十一页本讲稿第七十八页，共八十一页本讲稿第七十九页，共八十一页八、八、PubMed与与MEDLINE光盘检索比较光盘检索比较 PubMedMEDLINE收录范围收录范围数据更新数据更新检索的规范性检索的规范性提供相关链接提供相关链接速度及费用速度及费用本讲稿第八十页，共八十一页实 习 近十年维生素近十年维生素C在普通感冒中的作用的在普通感冒中的作用的文献（带有文摘）文献（带有文摘）Vitamin C Common cold登录PubMed本讲稿第八十一页，共八十一页