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1、关于基因工程中常用的酶第一张，PPT共七十三页，创作于2022年6月一、限制性核酸内切酶一、限制性核酸内切酶二、连接酶二、连接酶三、聚合酶三、聚合酶四、修饰酶四、修饰酶第二张，PPT共七十三页，创作于2022年6月基因的剪刀基因的剪刀-限制性内切酶限制性内切酶第一节 限制性核酸内切酶(Restriction enzyme)第三张，PPT共七十三页，创作于2022年6月核酸酶核酸酶（P41-42)：切割相邻的两个核苷酸残基间的磷酸二酯键导致多核苷酸链共价键断裂的一类水解酶。可分为核糖核酸酶与脱氧核糖核酸酶。按水解断裂核酸分子的不同方式分：核酸外切酶：以核酸的末端为酶解部位逐个降解核苷酸核酸内切酶
2、：从核酸内部水解磷酸二酯键使之断裂限制性核酸内切酶，简称限制酶第四张，PPT共七十三页，创作于2022年6月 一.限制与修饰发展史:1962年 Arber,W.(瑞士)等 提出限制与修饰假说。1968 Meselson和Yuan 发现型限制性酶。1968 Smith和Wilcox 发现了类限制性酶并阐明其性质。1971 Nathans等首次制作酶切图谱。因他们发现了限制性酶并应用于分子遗传学而获1978年度诺贝尔生理学和医学奖。第五张，PPT共七十三页，创作于2022年6月1962,Arber,1968 Smith等发现限制性酶 W.Arber(1929)H.O.Smith(1931)Bioz
3、entrum der Universitt Basel,Johns Hopkins University School Switzerland of Medicine,USA 第六张，PPT共七十三页，创作于2022年6月寄主控制的限制与修饰作用：第七张，PPT共七十三页，创作于2022年6月感染过A菌的噬菌体进入B几乎总是被切成小片断的现象，称限制。寄主使它再次感染时能够有效生长而没有收到限制的现象，称修饰。第八张，PPT共七十三页，创作于2022年6月二.限制性内切酶的类型（P44）基因工程中最常用的是型酶第九张，PPT共七十三页，创作于2022年6月二.型酶的命名,书写与剪切方式：限制酶
4、 来源 剪切方式Eco R I Escherichia coli RY 13 GAATTCPst I Providencia stuartii 164 CTGCAGBse Bacilus stearothermophilus strain 822(Hpa)GTTAACEcoR(E：属名；co：种名；R：株；：发现次序)第十张，PPT共七十三页，创作于2022年6月Cla Nco Nde Not Sac Xba Xho 有些内切酶来源于无菌株名的细菌第十一张，PPT共七十三页，创作于2022年6月型内切酶识别位点序列中心对称型内切酶识别位点序列中心对称5 G A A T T C 33 C T T
5、 A A G 5EcoR 第十二张，PPT共七十三页，创作于2022年6月酶切位点及酶切未端平未端5 G A T A T C 33 C T A T A G 5EcoR 5 G A T A T C 33 C T A T A G 5第十三张，PPT共七十三页，创作于2022年6月EcoR (5 GAT ATC 3)Hinc(5 GT(T/C)(A/G)AC 3)Hind(5 GT(T/C)(A/G)AC 3)Sca (5 AGT ACT 3)Sma (5 CCC GGG 3)第十四张，PPT共七十三页，创作于2022年6月具5突出未端的粘性未端5 G A A T T C 33 C T T A A
6、G 55 G 3 5 A A T T C 33 C T T A A 5 3 G 5EcoR 第十五张，PPT共七十三页，创作于2022年6月BamH (5 G GATCC 3)EcoR (5 G AATTC 3)Hind (5 A AGCTT 3)Nco (5 C CATGG 3)Nde (5 CA TATG 3)Not (5 GC GGCCGC 3)Sal(5 G TCGAC 3)Xba(5 T CTAGA 3)Xho(5 C TCGAG 3)第十六张，PPT共七十三页，创作于2022年6月具具3突出未端的粘性未端突出未端的粘性未端5 G A G C T C 33 C T C G A G 5
7、5 G A G C T 3 5 C 33 C 5 3 T C G A G 5Sac 第十七张，PPT共七十三页，创作于2022年6月Kpn(5 GGTAC C 3)Pst(5 CTGCA G 3)Sac(5 GAGCT C 3)第十八张，PPT共七十三页，创作于2022年6月识别同一序列识别同一序列且在同一位置(有时不)切割DNA的内切酶称为同裂酶Hinc(5 GT(T/C)(A/G)AC 3)Hind(5 GT(T/C)(A/G)AC 3)Sma (5 CCC GGG 3)Xma (5 C CCGGG 3)同裂酶同裂酶第十九张，PPT共七十三页，创作于2022年6月来源和识别都不同，但酶切产
8、生相同末端的内切酶称为同尾酶专指产生粘性未端的内切酶同尾酶同尾酶第二十张，PPT共七十三页，创作于2022年6月5 G G A T C C 33 C C T A G G 5BamH 5 G 33 C C T A G 55 A G A T C T 33 T C T A G A 5Bgl 5 G A T C T 3 3 A 5T4 DNA Ligase5 G 3 C C T A G G A T C T 3 A 5 连连接接处处不不再再是是内内切切酶酶识别序列识别序列第二十一张，PPT共七十三页，创作于2022年6月 BamH/Bgl Sal/Xho Spe/Xba 第二十二张，PPT共七十三页，创
9、作于2022年6月三、限制酶的识别序列与三、限制酶的识别序列与DNA的切割的切割（P47）1、限制酶的识别序列与DNA的来源无关，不具有种的特异性；2、限制酶识别序列的长短涉及对DNA分子切割的频率，可以从理论上推导酶切DNA片段的大小；作用于同一种DNA分子，识别序列短的出现概率大，酶切DNA片段小。识别位点：4个碱基：44=256 6个碱基：46=4096 第二十三张，PPT共七十三页，创作于2022年6月3、限制酶识别序列的相邻序列效应（P48）：即大多数限制性内切酶对只含识别序列的寡核苷酸没有催化活性，需在两侧各延长一个或几个核苷酸才能被有效酶切。应用：设计引物时加保护碱基。第二十四张
10、，PPT共七十三页，创作于2022年6月4、限制酶的位点偏爱性(p48):限制性核酸酶的切割效率与酶切位点侧翼序列的核苷酸组成有关。这是一些限制性内切酶酶切效率不高的原因。例如：在实验过程中，经常会发现HindIII、XbaI等酶活性较低。应用：涉及局部消化时应考虑使用这些酶。例如，构建基因组文库时，需要对基因组DNA进行不完全酶切。第二十五张，PPT共七十三页，创作于2022年6月5、星活性(P48)正常条件下EcoR 识别5-GAATTC-3,当处于低盐(8.0)或高甘油(50%)时识别5-AATT-3；星活性是指某些限制性核酸内切酶在不适的环境中其识别序列发生改变的现象。第二十六张，PP
11、T共七十三页，创作于2022年6月四四.影响限制性核酸内切酶活性的因素影响限制性核酸内切酶活性的因素(P49)1 底物DNA的纯度在在DNADNA制剂中的某些物质，如蛋制剂中的某些物质，如蛋白质、酚、氯仿、酒精、乙二胺白质、酚、氯仿、酒精、乙二胺四乙酸（四乙酸（EDTAEDTA）、）、SDSSDS（十二烷基（十二烷基硫酸钠）、以及高浓度的盐离子等，硫酸钠）、以及高浓度的盐离子等，都有可能抑制核酸内切酶的活性。都有可能抑制核酸内切酶的活性。第二十七张，PPT共七十三页，创作于2022年6月解决办法：A.增加限制酶的用量，平均每微克底物DNA可高达10单位甚至更多些。B扩大酶催化反应的体积，以使潜
12、在的抑制因素被相应的稀释。C延长酶催化反应的保温时间。第二十八张，PPT共七十三页，创作于2022年6月2 底物底物DNA的甲基化程度的甲基化程度解决办法：解决办法：更换缺失了甲基化酶的菌株 选择同裂酶第二十九张，PPT共七十三页，创作于2022年6月3 酶切消化反应的温度酶切消化反应的温度一般内切酶的反应温度为37特例：Sma I:25 Taq I:65 Mae I:45第三十张，PPT共七十三页，创作于2022年6月4 酶切缓冲液酶切缓冲液成分：成分：MgCl2、Tris-HCl、-巯基乙醇或二硫苏糖醇（DTT）以及牛血清蛋白（BSA）酶活性的正常发挥，是绝对地需要二价的阳离子，通常是Mg
13、2+。Tris-HCl的作用，在于使反应混合物的PH恒定在酶活性所要求的最佳数值的范围之内。疏基试剂对于保持某些限制酶的稳定性可能是有用的，但它同样也可能有利于潜在污染杂质的稳定性。有一部分限制酶对于钠离子或钾离子浓度变化反应十分敏感，而一部分限制酶则可适应较广的离子强度变化幅度。操作中注意事项：操作中注意事项：合适的温度；内切酶的用量不超酶切总体积的1/10第三十一张，PPT共七十三页，创作于2022年6月酶切反应酶切反应酶(多数已商品化,以10u/l溶液形式提供)反应缓冲液(以5倍或10倍母液随酶提供)反应时间:随DNA及酶用量而定,一般数小时至过夜第三十二张，PPT共七十三页，创作于20
14、22年6月第二节第二节DNA连接酶连接酶 第三十三张，PPT共七十三页，创作于2022年6月核酸酶是“剪刀”连接酶就是“浆糊”、“胶水”第三十四张，PPT共七十三页，创作于2022年6月一.连接酶(DNA ligase)在E.coli和动植物细胞中都有此酶。能催化DNA 中相邻的3-OH和5-P之间形成磷酸二脂键。(P51)第三十五张，PPT共七十三页，创作于2022年6月连接酶的功能：连接酶的功能：(1)能封闭DNA双链或RNA/DNA杂种双链中的单链缺口，而不能封闭双链RNA中的单链缺口(2)能封闭粘性末端退火后出现的缺口；DNA连接酶是封闭双螺旋连接酶是封闭双螺旋DNA骨架上的缺口骨架上
15、的缺口（nick）,而不能封闭裂口（而不能封闭裂口（gap）。）。用途：用途：(1)通过粘端连接DNA分子；(2)连接平端双链DNA分子或平端DNA与人工接头的连接。第三十六张，PPT共七十三页，创作于2022年6月基因工程的操作过程基因工程的操作过程切切接接转转增增检检第三十七张，PPT共七十三页，创作于2022年6月DNA连接酶的发现连接酶的发现 1967年，世界上有数个实验室几乎同时发现了一种能够催化在2条DNA链之间形成磷酸二酯键的酶，即DNA连接酶(1igase)。这种酶需要在一条DNA链的3，末端具有一个游离的羟基(OH)，和在另一条DNA链的5，末端具有一个磷酸基团(P)，只有在
16、这种情况下，才能发挥其连接DNA分子的功能作用 第三十八张，PPT共七十三页，创作于2022年6月在大肠杆菌及其它细菌中，DNA连接酶催化的连接反应，是利用烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(氧化型)作能源的；而在动物细胞及噬菌体中，则是利用ATP腺苷三磷酸作能源。DNA连接酶并不能够连接两条单链的连接酶并不能够连接两条单链的DNA分子或环化的单链分子或环化的单链DNA分子分子，被连接的链必须是双螺旋的一部分。实际上，DNA连接酶是封闭双螺旋连接酶是封闭双螺旋DNA骨架上的缺口骨架上的缺口(nick)，即在双链DNA的某一条链上两个相邻核苷酸之间失去一个磷酸二酯键所出现的单链断裂。第三十九张，PPT共七十三
17、页，创作于2022年6月第四十张，PPT共七十三页，创作于2022年6月第四十一张，PPT共七十三页，创作于2022年6月分类：分类：用于共价连接DNA限制片段的连接酶有两种不同的来源：一种是由大肠杆菌染色体编码的叫做DNA连接酶。连接酶。另一种是由大肠杆菌T4噬菌体DNA编码的叫做T4DNA连接酶连接酶。这两种DNA连接酶，除了前者用NAD+作能源辅助因子，后者用ATP作能源辅助因子外，其它的作用机理并没有什么差别。第四十二张，PPT共七十三页，创作于2022年6月 连接酶连接缺口DNA的最佳反应温度是37。但是在这个温度下，粘性末端之间的氢键结合是不稳定的。因此，连接粘性末端的最佳温度，应
18、是界于酶作用速率和末端结合速率之间，一般认为6比较合适 第四十三张，PPT共七十三页，创作于2022年6月粘性末端粘性末端DNA片段的连接片段的连接 3.1 粘性末端的连接粘性末端的连接 DNA连接酶最突出的特点是，它能够催化外源DNA和载体分子之间发生连接作用，形成重组的DNA分子。应用DNA连接酶这种特性，可在体外将具有粘性末端的DNA限制片段，插入到适当的载体分子上，从而可以按照人们的意图构建出新的DNA杂种分子。具粘性末端的DNA片段的连接比较容易，也比较常用。第四十四张，PPT共七十三页，创作于2022年6月第四十五张，PPT共七十三页，创作于2022年6月3.2 平末端平末端DNA
19、片段的连接片段的连接 不具有粘性末端的DNA分子也可以被连接起来。连接这种平末端DNA分子的方法有4种，（1）直接用T4DNA连接酶连接；（2）先用末端核苷酸转移酶，给平末端DNA分子加 上同聚物尾巴之后再用DNA连接酶进行连接；（3）用衔接物连接平末端DNA分子；（4）DNA接头连接法。第四十六张，PPT共七十三页，创作于2022年6月（1）直接用）直接用T4DNA连接酶连接连接酶连接 T4DNA连接酶除了能够封闭具有3，一OH和5一P末端的双链DNA的缺口之外，在存在ATP和加入高浓度酶的条件下，它还能够连接具有完全碱基配对的平末端的DNA分子。这种反应的原因目前尚不清楚。但平末端连接效率
20、不高。第四十七张，PPT共七十三页，创作于2022年6月（2）同聚物加尾连接平末端）同聚物加尾连接平末端DNA片段片段 运用末端核苷酸转移酶，能够将核苷酸(通过脱氧核苷三磷酸前体)，加到DNA分子单链延伸末端的3，一OH基团上，它并不需要模板链的存在，它一个一个加上核苷酸，构成由核苷酸组成的尾巴，长度可达100个核苷酸。第四十八张，PPT共七十三页，创作于2022年6月(3)用衔接物连接平末端用衔接物连接平末端DNA分子分子 如果重组体DNA是用T4DNA连接酶的平末端连接或是用同聚物加尾构建的，那么就无法用原来的限制酶作特异的切割，因此也不能获得插入DNA片段。为了解决这个问题，可采用衔接物
21、法提供必要的序列，进行DNA分子的连接。所谓衔接物(1inker)，是指用化学方法合成的一段由1012个核苷酸组成的、具有一个或数个限制酶识别位点的寡核苷酸片段。第四十九张，PPT共七十三页，创作于2022年6月（4）DNA接头连接法接头连接法 DNA衔接物连接法尽管有诸多方面的优越性，但也有一个明显的缺点，那就是如果待克隆的DNA片段或基因的内部，也含有与所加的衔接物相同的限制位点，这样在酶切消化衔接物产生粘性末端的同时，也就会把克隆基因切成不同的片段，从而为后继的亚克隆及其它操作造成麻烦。当然，在遇到这种情况时，一个方法可改用其它类型的衔接物，另一种公认的较好的替代办法是改用DNA接头(a
22、dapter)连接法。第五十张，PPT共七十三页，创作于2022年6月DNA接头(adapter)连接法于1978年由康乃尔大学吴瑞教授发明的。它是一类由人工合成的一头具有某种限制性内切酶粘末端，另一头为平末端的特殊的双链寡核苷酸片段。当它的平末端与平末端的外源DNA片段连接之后，便会使后者成为具粘性末端的新的DNA分子，而易于连接重组。第五十一张，PPT共七十三页，创作于2022年6月第五十二张，PPT共七十三页，创作于2022年6月第三节.DNA聚合酶类DNA聚合酶：催化以DNA为模板合成DNA的反应.特点:(1)以dNTPs作底物；(2)有模板存在；(3)有引物存在；(4)新链合成方向为
23、53第五十三张，PPT共七十三页，创作于2022年6月第五十四张，PPT共七十三页，创作于2022年6月n 一一分分子子的的核核苷苷酸酸的的3-3-位位羟羟基基与与另另一一分分子子核核苷苷酸酸的的5-5-位位磷磷酸酸基基通通过过脱脱水水可可形形成成3,5-3,5-磷磷酸酸二二酯酯键键，从从而而将将两两分分子子核核苷苷酸酸连连接接起来。起来。第五十五张，PPT共七十三页，创作于2022年6月多核苷酸链：多核苷酸链：n核核酸酸就就是是由由许许多多核核苷苷酸酸单单位位通通过过3,5-3,5-磷磷酸酸二二酯酯键键连连接接起起来来形形成成的的不不含侧链的长链状化合物含侧链的长链状化合物。n核核酸酸具具有
24、有方方向向性性的的长长链链状状化化合合物物，多多核核苷苷酸酸链链的的两两端端，一一端端称称为为5-5-端端，另另一端称为一端称为3-3-端。端。第五十六张，PPT共七十三页，创作于2022年6月1、DNA聚合酶I(DNA polymerase I)DNA pol I 单链多肽，MW109kD,可被枯草杆菌蛋白酶切成两段：C-端大片断(Klenow 酶)，MW67kD,具53聚合酶和3 5外切酶活性N-端小片断MW35kD,具53外切酶活性。(一)聚合酶活性：Mg2+DNA ndNTPs DNA(pdN)n+nPPi 5 CCGOH Mg2+5 CCGATACC 3GGCTATGG 3GGCTA
25、TGG条件：条件：dNTPs和和Mg2+；DNA模板；引物链模板；引物链第五十七张，PPT共七十三页，创作于2022年6月(二)外切酶活性(2)53外切酶活性:切补作用 从游离的5端降解DNA，对DNA双链部分的磷酸二脂键有切除功能，每次切10nt 5 CGCATCT Mg2+5 CATCT 3GCGCGTAGA 3GCGCGTAGA(3)3 5外切酶活性:校对作用从游离的5端降解dsDNA和ssDNA 5CGCATCT Mg2+5CGC 3GCG 3GCG第五十八张，PPT共七十三页，创作于2022年6月核酸外切酶活性35外切酶活性53外切酶活性第五十九张，PPT共七十三页，创作于2022年
26、6月2、Klenow聚合酶 5-3端的外切酶活性 5-3端的聚合酶活性3、T4 DNA聚合酶 来源于被T4噬菌体感染的大肠杆菌，作用同上4、T7 DNA聚合酶 来源于被T7噬菌体感染的大肠杆菌，作用同上5、Taq DNA聚合酶 耐高温第六十张，PPT共七十三页，创作于2022年6月 6.逆转录酶(reverse transcriptase)以RNA为模板的DNA聚合酶，来源于鼠（MLV）和禽类（AMV）的反转录病毒。由两条肽链组成，具有53聚合酶和RNaseH活性活性(见见P55）。用途：(1)以RNA为模板合成cDNA,作为插入载体的目的基因或构建cDNA 文库；(2)建立反转录PCR（RT
27、-PCR)(3)以ssDNA或RNA为模板合成杂交探针。第六十一张，PPT共七十三页，创作于2022年6月M-MLV反转录酶反转录酶 1)特点：特点：依赖于依赖于RNA的的DNA聚合酶活性；聚合酶活性；依赖于依赖于DNA的的DNA聚合酶活性；聚合酶活性；不具内切酶活性不具内切酶活性;RNase H活性低活性低;2)与与AMV反转录酶比较反转录酶比较 a合成短链合成短链cDNA(0.6 kb)时，两者相同，但时，两者相同，但M-MLV反转录酶需要反转录酶需要量大，可能与其稳定性差有关量大，可能与其稳定性差有关 b合成长链合成长链cDNA(4.5-7.5 kb)时，它比时，它比AMV反转录酶有效得
28、多，这反转录酶有效得多，这与它无内切酶活性有关。与它无内切酶活性有关。3)用途用途 a.cDNA合成用于文库建立合成用于文库建立;b.制备制备cDNA探针探针;c.DNA序列分析序列分析;d.填补填补5-突起末端以获平端突起末端以获平端AMV反转录酶反转录酶能够从DNA-RNA的杂交链中特异性地降解RNA链，进而保留新合成的DNA链。具有RNaseH活性第六十二张，PPT共七十三页，创作于2022年6月第六十三张，PPT共七十三页，创作于2022年6月第四节、修饰酶类1、末端转移酶2、碱性磷酸酶3、S1核酸酶4、T4多核苷酸激酶第六十四张，PPT共七十三页，创作于2022年6月末端转移酶(te
29、rminal transferase)取自小牛胸腺,催化脱氧核苷酸与DNA的3-OH结合 模板/引物或底物是带有3-OH基的ssDNA或带有突出的双链DNA。不要求有模板。第六十五张，PPT共七十三页，创作于2022年6月用途：(1)在载体和cDNA上加互补的同聚物接头(Homopolymeric tail)AAAAA AAAAA TTTTT TTTTT(2)用32P进行3端同位素标记 第六十六张，PPT共七十三页，创作于2022年6月 核酸酶S1(nuclease S1)从米曲霉(Aspergillus oryzae)中提纯得到的一种金属蛋白，是单链特异性核酸酶，能降解单链能降解单链DNA或
30、或RNA 第六十七张，PPT共七十三页，创作于2022年6月ExoIIIS1S1S1S1S1S1Poly(A)Poly(A)555555核酸酶核酸酶S1活性活性 第六十八张，PPT共七十三页，创作于2022年6月用途：(1)分析RNADNA杂合结构；(2)除去DNA的单链末端，生成平端；(3)切断双链DNA 的发夹结构。第六十九张，PPT共七十三页，创作于2022年6月RNaseRNase H 作用于作用于DNA-RNADNA-RNA杂交分子中的杂交分子中的RNARNA链，链，用于用于cDNAcDNA文库建立时除去文库建立时除去DNADNA链以便第二条链以便第二条链链cDNAcDNA链的合成。
31、链的合成。第七十张，PPT共七十三页，创作于2022年6月工具酶限制性核酸内切酶切割DNADNA连接酶生成3-5磷酸二酯键DNA聚合酶探针标记、补平3末端反转录酶cDNA合成多聚核苷酸激酶5磷酸化、探针标记末端转移酶3末端多聚尾碱性磷酸酶切除末端磷酸基常用的工具酶：常用的工具酶：第七十一张，PPT共七十三页，创作于2022年6月复习题什么是限制性核酸内切酶？什么是R/M现象？如何解释？II型核酸内切酶的基本特点有哪些？影响II型核酸内切酶活性的因素有哪些？如何克服和避免这些不利因素？DNA连接酶有哪两类？有何不同？甲基化酶有哪两类？有何应用价值？什么叫同尾酶、同裂酶？在基因工程中有何应用价值？第七十二张，PPT共七十三页，创作于2022年6月感感谢谢大大家家观观看看第七十三张，PPT共七十三页，创作于2022年6月