《2022年序列比对软件SeqScapev.中文操作手册终稿 .pdf》由会员分享，可在线阅读，更多相关《2022年序列比对软件SeqScapev.中文操作手册终稿 .pdf（3页珍藏版）》请在taowenge.com淘文阁网|工程机械CAD图纸|机械工程制图|CAD装配图下载|SolidWorks_CaTia_CAD_UG_PROE_设计图分享下载上搜索。
1、SeqScape v2.0简明操作手册 注意：简明手册只包含此软件的主要操作步骤，仅为方便中国用户参考。详细和准确的操作方法请阅读英文原版手册。英文手册可以从网站上免费下载：。1.软件登录和退出使用自己的用户名和密码登陆。首次登录可以以SeqScape_Admin的身份进入软件，以便建立新的用户帐户，方法为：在 Tools菜单中选择 Options，再选择 Users，点击 NEW，输入用户名，注意用户名中不能含有空格，点击 OK。退出软件可以从 File菜单选择 Exit，或者点击右上角的 X按钮。2.参数设置在Tools菜单中选择 SeqScape Manager，然后从右到左依次设定Di
2、splay Settings(DS)、Analysis Defaults(AD)、Reference Data Group(RDG)和Project Templates等分析参数。设置 DS：选中 testDisplaySetting，从 File菜单选择 Properties，查看各项设置是否符合要求：在General页面为DS取名；在 Bases页面选择 Show Consensus Quality Values 与Show Sample Quality Values；其他参数使用预设值。点击 Save以保存设置。设置AD：选中 testAnalysisDefault，从File菜单选择
3、Properties，查看各项设置是否符合要求：在General页面为AD取名；在 Basecaller页面选择与所用仪器的型号相一致的Basecaller文件，注意，只有使用带TT后缀的bcp文件，才能产生混合碱基的质量评分；在MixedBases页面，将杂合子的阈值改为30%；其他参数使用预设值。点击 Save以保存设置。设置RDG：从File菜单选择 NEW，在General页面为RDG取名；点击 Sequence页面，从File菜单选择Import，输入标准序列；在 Variants页面，从 File菜单选择 Import，输入标准序列突变表，在这一步可以修改突变定义；在Structu
4、ral Data 页面设置标准序列的起始碱基和起始密码子，并根据所研究的样品是细菌 DNA、线粒体DNA还是其他DNA选择相应的密码子字典；其他参数使用预设值。点击Save保存设置。设置Project Template：从File菜单选择 New，命名并选择参数，点击 OK以保存设置。3.数据导入1名师资料总结-精品资料欢迎下载-名师精心整理-第 1 页，共 3 页 -1.在File菜单选择 New Project；选择所需 Project Template，输入 Project名字，点击 New。在主页面上出现新 Project窗口。2.手工输入数据：先建立 Specimens：从File菜
5、单选择 Import Samples To Project 或点击按钮，打开Import Sample 页面，点击 New Specimen，出现 Specimen1。选中 Specimen1，再选中数据，点击 Add to Selected Specimen。3.自动输入数据：如果同一 Specimen中的所有样品 ID的前缀是一样的话，就可以自动加入。在Specimen name delimiter 中填入delimiter；选择样品数据，点击 Add Automatically，点击OK。软件自动生成的 Specimen名称为样品 ID中delimiter以前的字符。4.Analyze
6、Samples按钮现在可以使用。4.数据处理1.数据分析：点击绿色箭头按钮，软件开始计算，Basecalling、序列比较、序列拼接、与标准数据比对、碱基评分、分析报表等工作全部自动完成。2.数据查阅：分析完成后，点击 Project、Specimen或者Sample，查看不同的内容：点 击 Sample，显 示 的 内 容 类 似 Sequencing Analysis 软 件，包 括 电 泳 参 数 的 记 录Annotation、文本序列 Sequence、电泳图谱Electropherogram 和原始数据 Raw；点击Show/Hide sample QV 按钮，即显示所有碱基的评分
7、。Specimen内又分成几个文件夹：Unassembled和标准序列文件夹，显示该 Specimen内各个样品序列在全长序列中的位置、方向等拼接、比对结果；点击每段标准序列，显示两个页面：Layout和Assembly，其一为序列的方向位置，其一为全部电泳图谱。点击 Project，显示各个 Specimen的consensus sequence；双击任意一个碱基，再点任意一个样本序列左边的三角形，即显示该碱基左右各35 个碱基的测序图谱；点击Nucleotide/Amino Acids 按钮，即可将碱基转换成氨基酸。3.数据编辑：打开 Analysis Report页面，审阅 assemb
8、ly结果，修改 clear range和basecall。在Layout页面理顺排列：点击 Specimen，打开 Layout；双击 Ref Start，样品即按起始点从小到大的顺序排列；再双击一次，从大到小排列。在Assembly页面审阅碱基和电泳图谱。显示QV值；通过修改 clear range，去掉质量差的数据：方法 1：拖动序列中的 或符号至期望的位置放开，clear range的起止点即自动更新；方法2：右击起始或终止碱基，选择Set CR start at selection或Set CR end at selection。在specimen assembly and proje
9、ct 页面修改碱基：双击选中需要修改的碱基。编辑突变：在 alignment页面比较样品和 consensus序列，有两种方法：2名师资料总结-精品资料欢迎下载-名师精心整理-第 2 页，共 3 页 -方法1：选中project以进入project alignment页面；点击一个 summary碱基；点击 specimen旁边的三角钮显示电泳图谱。编辑碱基或空格。TAB到下一个突变点或 shift-tab到前一个突变点。方法 2：打开一个报告如Nucleotide Variants 报告，从 Window 菜单选择 tile，显示 Project aligment页面；在 variant表中
10、选择一个碱基，aligment页面即自动显示对应位置。在project alignment的consensus序列中右击未知突变，选择 Add Variant，可在RDG中增加突变定义。4.查看报表：软件提供 9种分析报表，汇总各种分析结果。Analysis QC Report Mutations Report AA Variants Report Specimen Statistics Report Sequence Confirmation Report Base Frequency Report Library Search Report RDG Report Audit Trail Report 5.数据保存：从 File菜单中选择 Save project。6.数据输出：从 File菜单选择 Export，可以选择输出 Consensus Sequence、Aligned Sample Sequence或者各种报表。输出的序列是.fsta格式，报表是 PDF格式。(Last Revised:2004-01-6)3名师资料总结-精品资料欢迎下载-名师精心整理-第 3 页，共 3 页 -