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1、Solexa细菌转录组测序合作协议标准合同合同编号：20130913-S-CQ-FJ-02技术开发（委托）合同项目名称：细菌转录组测序服务协议书委托方：（甲方）： 重庆大学生命科学院受托方：（乙方）：上海翰宇生物科技有限公司签订时间：2013年9月签订地点：重庆 填 写 说 明一、 本合同为中华人民共和国科学技术部印制技术开发（委托）合同示范文本，各技术合同登记机构可推介技术合同当事人参照使用。二、 本合同书适用于一方当事人委托另一方当事人进行新技术、新产品、新工艺、新材料或者新品种及其系统研究开发所订立技术开发合同。三、 签约一方为多个当事人，可按各自在合同关系中作用等，在“委托方”、“受托
2、方”项下（增页）分别排列为共同委托人或共同受托人。四、 本合同书未尽事项，可由当事人附页另行约定，并可作为本合同组成部分。五、 当事人使用本合同书时约定无需填写条款，应在该条款处注明“无”等字样。合同编号：20130912-S-CQ-FJ-02根据中华人民共和国民法典规定，合同双方就2 个 青枯菌 样品转录组测序分析进行专项技术服务，并支付相应技术服务报酬，经协商一致，签定本合同。第一条 本合同合作研究开发项目要求如下：1. 技术目标：1) 测序机型：Illumina Hiseq20002) 完成 2 个样品转录组测序（请详细认真填写样品信息表）3) 每个样品完成 1 个cDNA文库构建（默认
3、为PE300文库），共 2 个测序文库构建，原始数据测序质量Q20854) 完成每个样本 1 G测序量，共 2 G数据总量；对应合同样品类型备注Solexa细菌转录组测序合同1.总RNA2. 菌液3.cDNA 排列顺序为推荐优先级 2. 技术方法和路线：1) 基因组测序样品制备2) 上机测序3) 信息分析转录组生物信息分析内容客户根据自己需求选择具体生物信息分析内容合同编号20130913-S-CQ-FJ-02联系客户周大祥*项目信息*项目类型: 转录组*测序机型： Illumina HiSeq样品物种来源：青枯菌合同测序量：每个样品测1G数据，两个样品共测2G数据附加信息提供客户是否提供参考
4、基因组：是；否参考基因组信息：*生物信息分析列表分析内容(无参考基因组)请根据需要选择（打钩）备注标准信息分析1. 对原始数据进行去除接头、污染序列及低质量reads处理2. 数据产出统计及测序数据成分和质量评估3. 组装结果分析（Contig长度分布、Unigene长度分布） 4. 样本混合拼装*5. 样本分开拼装*（两种拼装方法选其一）免费6. Unigene功能注释 7. UnigeneGO分类8. UnigeneKOG分类9. Unigene代谢通路分析功能注释需要比对NR、swiss-prot、Go、KEGG数据库高级信息分析10. Unigene表达差异分析*（两个或两个以上样本）
5、11.Unigene在样品间差异GO分类（需两个或两个以上样品）和Pathway富集性分析。12.聚类图*13.可变剪接客户需确认哪些样本之间做聚类图定制化信息分析SNP分析,预测新转录本基于标准信息分析差异比较顺序：聚类图样本：备注默认数据库：NR;Swiss-Port；CDD;KEGG;如有特殊要求，请明确指出附注：1聚类图分析样本：:_ ; _ ; :_ ; _ ;2. 差异表达分析信息表(必填)：样品名称*比较顺序*备注致病性青枯菌A无致病性青枯菌B填写说明： 请将需要比较样品名称、比较先后顺序进行说明，例如填写A/B，则比较顺序为A样品在前，B样品在后； 而如果是B/A，则比较顺序为
6、B样品在前，A样品在后。 目前我们支持同一组别比较样品数目为2； 如果是需要A、B、C 3组样品之间比较，则需拆分为A/B, B/C, A/C这种形式来分析，请标明那组样品为基准。第二条 乙方应在本合同生效后 5 个工作日内向甲方提交研究开发计划。研究开发计划应包括以下主要内容：乙方首先对甲方提供 2 个RNA样品进行检测，检测合格后根据制定方案进行大规模测序，完成测序后对数据进行相应生物信息分析工作。第三条 乙方应按下列进度完成研究开发工作：1. 乙方在收到甲方样品及相关信息单（附件一）后开始样品检测；2. 乙方在样品检测合格，预付款到位后40个工作日内完成全部测序及测序数据处理工作并向甲方
7、提供项目完成报告；3. 乙方在项目尾款到位后5个工作日内向甲方提供项目所有原始测序数据和分析结果；4. 若在测序或数据处理中遇到技术障碍，乙方应与甲方及时沟通，双方沟通时间应从本条第2点中40个工作日中扣除。第四条 甲方应向乙方提供技术资料及协作事项如下：1. 技术资料清单：1）提供RNA样品相关文献资料，详细填写转录组测序RNA样品信息表2）提供合格RNA样品，样品要求详见转录组测序样品要求 2. 提供时间和方式：本合同签订后5个工作日内，甲方以书面、电子邮件或其它形式提供上述技术资料。3. 其它协作事项：无。 第五条 甲方应按以下方式支付研究开发经费和报酬：1. 研究开发经费和报酬总额为人
8、民币贰万圆整（￥20,000.00）。按照每样品人民币壹万圆（￥10,000.00）收取，信息分析费用为每样品人民币包含其中 其中：（1）_包含RNA提取费用_； （2）无 ；2. 研究开发经费由甲方分期支付乙方。具体支付方式和时间如下： 1) 合同生效后5个工作日内，甲方把相当于协议金额80%预付款人民币壹万陆仟圆整（￥16,000 .00）转入乙方帐户。2) 乙方完成全部数据分析后，向甲方提交项目结题报告，甲方在认可乙方项目结题报告后5个工作日内把项目余款人民币肆仟圆整（￥4,000.00）转入乙方帐户，届时乙方将所有测序数据和分析报告提交给甲方。3) 若经多次检验，甲方样品达不到乙方要求
9、而导致项目终止，甲方应支付样品检测费用人民币贰佰圆整（￥200.00）/样本/次。 第六条 本合同变更必须由双方协商一致，并以书面形式确定。但有下列情形之一，一方可以向另一方提出变更合同权利与义务请求，另一方应当在5个工作日内予以答复；逾期未予答复，视为同意。 1. 甲方提供工作条件、样品等不符合乙方要求，但甲方坚持要求履行合同； 2. 乙方因不可克服技术障碍导致合同无法正常履行。第七条 未经甲方同意，乙方不得将本合同项目部分或全部研究开发工作转让第三方承担。但有下列情况之一，乙方可以在通知甲方后，将本合同项目部分或全部研究开发工作转让第三方承担：1. 乙方完成工作项目需要使用关联公司技术时；
10、2. 乙方完成工作项目遇到不可克服技术障碍时。第八条 在本合同履行中，因出现在现有技术水平和条件下难以克服技术困难，导致研究开发失败或部分失败，双方可协商后终止项目，按照乙方实际已完成工作量支付乙方研发费用。 一方发现技术风险并有可能致使研究开发失败或部分失败情形时，应当在5个工作日内通知其它合作方并采取适当措施减少损失。逾期未通知并未采取适当措施而致使损失扩大，应当就扩大损失承担赔偿责任。合作各方确定，书面确认方式认定。认定技术风险基本内容应当包括技术风险存在、范围、程度及损失大小等。认定技术风险基本条件是： 1. 本合同项目在现有技术水平条件下具有足够难度；2. 乙方在主观上无过错。第九条
11、 在本合同履行过程中，因作为研究开发技术已经由他人公开（包括以专利权方式公开），合作一方或多方应在5个工作日内通知其它合作方解除合同。逾期未通知并致使其它合作方产生损失，其它合作方有权要求予以赔偿。 因为前款原因解除合同时，甲方应按照乙方实际发生工作量支付费用；甲方不得以作为研究开发技术已经公开为由而拒绝支付服务费用 第十条 双方确定因履行本合同应遵守保密义务如下： 甲方： 1. 保密内容（包括技术信息和经营信息）：该项目中涉及乙方技术机密原始资料、技术路线、相关技术成本等。 2. 涉密人员范围：全部参与该项目人员。 乙方： 1. 保密内容（包括技术信息和经营信息）：该项目相关原始资料、样品、
12、实验数据及涉及甲方机密资料等。 2. 涉密人员范围：全部参与该项目人员。第十一条 乙方应当保证其交付给甲方研究开发成果不侵犯任何第三方合法权益。如发生第三方指控甲方实施技术侵权，乙方应当承担全部侵权责任。乙方检测结果根据甲方提供材料及样品做出，对甲方提供材料及样本来源不承担任何审查义务及法律责任，如因甲方提供材料及样本导致乙方面对任何索赔、指控时，甲方应承担相应法律责任。第十二条 双方确定，基于履行本合同，不论是单方独立完成或双方合作完成与合作项目有关阶段性、最终科研成果及相关知识产权权利归属，按以下方式处理：甲方单独所有，乙方对数据发布和使用必须得到甲方同意。 第十三条 违约责任双方确定：任
13、何一方违反本合同约定，造成研究开发工作停滞、延误或失败，按以下约定承担违约责任： 1. 甲方违反本合同第 无 条约定，应当 无 （支付违约金或损失赔偿额计算方法）。2. 乙方违反本合同第 无 条约定，应当 无 （支付违约金或损失赔偿额计算方法）。第十四条 双方确定，在本合同有效期内，甲方指定周大祥为甲方项目联系人，乙方指定何玮为乙方项目联系人。项目联系人承担以下责任： 1. 依据本合同约定内容推动双方正常履行合同； 2. 对该合同各条款相关事宜及时进行沟通。 一方变更项目联系人，应当及时以书面形式通知另一方。未及时通知并影响本合同履行或造成损失，应承担相应责任。第十五条 双方确定，出现下列情形
14、，致使本合同履行成为不必要或不可能，一方可以通知另一方解除本合同； 1. 因发生不可抗力或技术风险； 2. 因对方违约使合同不能继续履行或没有必要继续履行。 第十六条 双方因履行本合同而发生争议，应协商、调解解决。协商、调解不成，确定按以下第 种方式处理： 1. 提交 仲裁委员会仲裁； 2. 依法向乙方所在地人民法院起诉。第十七条 双方确定：本合同及相关附件中所涉及有关名词和技术术语，其定义和解释如下：Illumina 测序：利用单分子阵列测试genotyping，此种测序方法首先提取样品总RNA，然后经过反转录等一系列处理后形成cDNA片段，再将接头连接到片段上，经 PCR 扩增后制成 Li
15、brary。随后在含有接头芯片（flow cell）上将已连接了接头DNA片段结合在flow cell上，经反应，将不同片段扩增。在下一步反应中，四种荧光标记染料应用边合成边测序（Sequencing By Synthesis）原理，在每个循环过程里，荧光标记核苷和聚合酶被加入到单分子阵列中。互补核苷与核苷酸片段第一个碱基配对，通过酶作用引物开始延伸，多余核苷被除去。这样每个单链DNA分子通过互补碱基配对被延伸，利用生物发光蛋白，比如萤火虫荧光素酶，可通过碱基加到引物后端时所释放出焦磷酸盐来提供检测信号。针对每种碱基特定波长激光激发结合上核苷标记，这个标记会释放出荧光。荧光信号被CCD采集，C
16、CD快速扫描整个阵列检测特定结合到每个片段上碱基。通过上述结合，重复几十个循环，这样就可以对核苷酸片段中几十个碱基序列进行测定。Q20：Quality Score 20意思是Illumina测序数据每读取100个碱基可能读错碱基数是1个。第十八条 合作各方约定本合同其它相关事项为：1. 数据保存时限在测序过程中，将产生如下数据：序列文件*.fq和相关生物信息分析结果文件。甲方需自行准备足够空间存储设备进行数据拷贝，乙方将数据上传至FTP服务器供甲方下载。所有上述序列文件和相关分析结果文件将在数据上传至FTP后1个月后删除。2. 样品检测和处理每个样品免费检测2次，超出部分收费标准：人民币贰佰圆
17、整（￥200.00）/样本/次。对于检测不合格样品，如需保存，甲方应在收到样品检测报告后7天内与乙方联系。如甲方逾期未与乙方联系，该不合格逾期样品一般会在样品检测报告发出后7天后销毁。项目完成后剩余样品需要返还情况，将按附件四和附件五规定执行。3. 未尽事宜，双方可协商解决并予以补充。 第十九条 本合同一式 两 份，具有同等法律效力。第二十条 本合同经合作各方签字盖章后生效。甲方名称（或姓名） 殷幼平 （签章）技术合同专用章或单位公章年 月 日联系（经办）人 周大祥 （签章）住所（通讯地址）重庆大学生科院基因工程研究中心邮政编码电话传真开户银行 账号 乙方名称（或姓名）上海翰宇生物科技有限公司（签章）技术合同专用章或单位公章年 月 日联系（经办）人 何玮 （签章）住所（通讯地址）上海市浦东新区张江高科蔡伦路103号A1座2楼邮政编码电话传真开户银行上海银行光复支行账号316557