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1、Chip步骤组织裂解：1. 新鲜组织。切成1-3 mm3小块。2. 转移组织到50ML试管里。加入10 ml of 1X PBS.3. 加甲醛至终浓度为1%。室温下转动1520mins。（10ul）4. 加2.5 M Glycine至终浓度为0.125 M(终止交联)。4C下转动10mins。（0.5ml）5. 100 g, 4C 离心样本5mins。6. 弃上清，取沉淀。用45 ml 冰冻 1X PBS和25 ml 冰冻1X PBS各洗一次。离心弃上清。7. 再加入2 ml 冰冻1X PBS。匀浆机裂解组织。1000 rpm，4C ，离心5 min。弃上清。8. 细胞裂解液重悬细胞。加入蛋白
2、酶抑制剂PMSF (10 ul per ml), aprotinin (1 ul per ml) and leupeptin (1 ul per ml).冰上孵育10-15mins9. 5,000 rpm ，4C离心5分钟。取沉淀10. 细胞核裂解液重悬细胞加入（8）中蛋白酶抑制剂。冰上孵育10-20mins。11. 接下来就进去超声过程了。（接下来第一天5）第一天1. 细胞中加入1%甲醛，8ml培养液加入216ul甲醛，37度十分钟。2. 配制含有蛋白酶抑制剂PBS 20 ml和含有蛋白酶抑制剂SDS溶液1ml3. 将细胞拿出来，迅速移除含甲醛培养基，加入含蛋白酶抑制剂PBS洗两遍。胰酶消化
3、20秒，加入含蛋白酶抑制剂PBS 1ml。用细胞刮刀把细胞刮下，收集到1.5ml离心管里面。4. 4度 2000rpm离心10min，弃上清液，加入200ul含蛋白酶抑制剂溶液。吹打重悬细胞，冰上孵育分钟。5. 超声切割，总切割时间min30sec，超声10sec,间隙10sec。6. 4度 13000rpm离心10min，转移上清液到一个新2ml离心管，弃沉淀。7. 稀释超声后上清液到10XCHIP稀释液，200ul上清液加入1.8mlCHIP稀释液，达到最终体积2ml。8. 为去除非特异性，加入75ulSalmon Sperm DNA/Protein A Agarose-50% Slurr
4、y，4度旋转30分钟。9. 1000rpm离心3min沉淀Salmon Sperm DNA/Protein A Agarose-50% Slurry，收集上清液。10. 上清液加入1抗，4度振荡过夜。（510大概一个小时）第二天（18大概两个半小时）1. 加60ulSalmon Sperm DNA/Protein A Agarose-50% Slurry，沉淀抗体/抗原复合物，4度旋转一小时。2. 1000rpm 4度 3min收集沉底，移除上清液，开始洗脱过程。3. 低盐免疫复合物洗脱液，旋转5min，1000rpm离心3min收集沉淀4. 高盐免疫复合物洗脱液，旋转5min，1000rpm
5、离心3min收集沉淀5. Licl免疫复合物洗脱液，旋转5min，1000rpm离心3min收集沉淀6. TE Buffer，旋转5min，1000rpm离心3min收集沉淀，两次7. 现在得到是protein A/antibody/histone/DNA complex，新制备elution buffer (1%SDS, 0.1M NaHCO3)。加250ul elution buffer到沉淀，混匀后室温旋转15min。1000rpm离心3min沉淀，移上清液到新离心管，重复上面过程，最后上清液体积大约500ul。8. 加入20ul5Mnacl反转交联，65度过夜。第三天（大概3个小时）1
6、. 加10l0.5M EDTA, 20l1M Tris-HCl, pH 6.5和2l10mg/mlProteinase K 到液体。45度旋转一小时。2. 加入等体积苯酚/氯仿抽提，g离心10min，收集上清液，不要吸到丝状蛋白。3. 加入2.5倍纯乙醇和1/10体积乙酸钠，沉淀，g离心10min，收集沉淀，用%酒精洗涤，开盖晾干。4. 用10ulTE缓冲液溶解。测浓度。5. 开机预热半个小时，加入200ml TE缓冲液调零,倒掉。加入198mlTE缓冲液和2ml样本，测260nm吸光度。得出值是ug/ul6. PCR体系配置样本DNA 1ul上游引物 2ul下游引物 2ul10xEasy t
7、ap buffer 5ul100mM MgSO4 1ulEasy Taq DNA Polymerase 0.5ul加去离子水 34.5ul总体积 50ulPCR循环94度 5分钟解链 94度 30秒退火 57度 30秒延伸 72度 1分钟循环解链，退火，延伸。 35个循环72度 10分钟琼脂糖凝胶鉴定1 配制2.5%琼脂糖凝胶：称取0.5克琼脂糖粉末加入20ml液体中。微波炉加热一分钟，冷却5分钟以上，冷却后加入eb，摇匀，倒入制胶模板中，十分钟以后凝固。2 凝固后将其取出，放入电泳槽中，加样孔在负极端。样本与6xbuffer按10ml样本和2ml buffer混匀后加样。3 80伏稳压，电泳大约25分钟后取出，紫外下观察拍片。