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1、采用PP管及配件：根据给水设计图配置好PP管及配件，用管件在管材垂直角切断管材，边剪边旋转，以保证切口面的圆度，保持熔接部位干净无污物中国疾病预防控制中心传染病预防控制所中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室传染病预防控制国家重点实验室周海健周海健ICDC, China CDC采用PP管及配件：根据给水设计图配置好PP管及配件，用管件在管材垂直角切断管材，边剪边旋转，以保证切口面的圆度，保持熔接部位干净无污物 分型方法分型方法 分辨分辨力力 分型分型力力 可重可重复性复性 可比可比性性 操作难操作难易程度易程度 一次实一次实验周期验周期 实验实验通量通量实验费实验费用
2、用*核糖体分型（Ribotyping）好 好 好 中等 一般一天 小低随机扩增PCR（RAPD）一般 好 一般中等 容易 一天大低扩增片段长度多态性（AFLP） 较好 较好 好 中等一般 两天 中等中等多位点序列分型（MLST）一般 好 好 好 一般 两天大高脉冲场凝胶电泳（PFGE） 较好 较好较好 较好 一般 两天小中等多位点串联重复序列（MLVA）较好较好较好较好一般一天大低常用细菌分子分型方法的比较常用细菌分子分型方法的比较 ICDC, China CDC采用PP管及配件：根据给水设计图配置好PP管及配件，用管件在管材垂直角切断管材，边剪边旋转，以保证切口面的圆度，保持熔接部位干净无污
3、物分子分型主要的三种实验数据形式分子分型主要的三种实验数据形式1. 图像数据：图像数据： 脉冲场凝胶电泳（PFGE) 随机扩增多态性DNA分析（RAPD) 扩增片断长度多态性分析（AFLP） 核糖体分型（Ribotyping）2. 分类数据：分类数据： 多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA） 多位点序列分析（MLST） 单碱基核苷酸多态性分析（SNP）3. 序列数据：序列数据： 全基因测序 特异基因、基因簇测序（如军团菌的mip基因测序、脑膜炎奈瑟菌的PorA和FetA分型、16s rRNA基因测序）ICDC, China CDC采用PP管及配件：根据给水设计图配置好PP管及配件，用管件在
4、管材垂直角切断管材，边剪边旋转，以保证切口面的圆度，保持熔接部位干净无污物分型的三个层次分型的三个层次相似度比较（Pairwise similarities）种群结构分析（Population modelling）遗传进化关系分析（Evolutionary modelling）ICDC, China CDC采用PP管及配件：根据给水设计图配置好PP管及配件，用管件在管材垂直角切断管材，边剪边旋转，以保证切口面的圆度，保持熔接部位干净无污物PFGE:引起两株细菌分型数据不同的遗产事件引起两株细菌分型数据不同的遗产事件MLVA：VNTR位点滑链突变MLST：管家基因的点突变大片段的插入、缺失、重组
5、等酶切位点的点突变质粒的获得、丢失ICDC, China CDC采用PP管及配件：根据给水设计图配置好PP管及配件，用管件在管材垂直角切断管材，边剪边旋转，以保证切口面的圆度，保持熔接部位干净无污物MLST基本原理菌株编号abcZadkaroEfumCgdhpdhCpgmMLST型NM20110111213219ST-7NM2011022343846ST-11NM2011032343846ST-11NM201104222358275305255ST-4821细菌染色体abcZ 测序结果123222222222ICDC, China CDC采用PP管及配件：根据给水设计图配置好PP管及配件，用管
6、件在管材垂直角切断管材，边剪边旋转，以保证切口面的圆度，保持熔接部位干净无污物DNA提取提取管家基因扩增管家基因扩增分离鉴定分离鉴定标本采集标本采集可靠的序列可靠的序列序列分析序列分析纯菌培养纯菌培养测序测序构树构树ICDC, China CDC采用PP管及配件：根据给水设计图配置好PP管及配件，用管件在管材垂直角切断管材，边剪边旋转，以保证切口面的圆度，保持熔接部位干净无污物（1）已分离到细菌：）已分离到细菌：细菌培养，提取细菌培养，提取DNA。用试剂盒或者水煮法提取均。用试剂盒或者水煮法提取均可以。可以。（2）未分离到细菌的标本（脑脊液、血液、咽拭子、肺泡灌洗液未分离到细菌的标本（脑脊液、
7、血液、咽拭子、肺泡灌洗液等）：等）：用标本直接提取细菌用标本直接提取细菌DNA，只能用试剂盒提取。，只能用试剂盒提取。DNA提取提取采用PP管及配件：根据给水设计图配置好PP管及配件，用管件在管材垂直角切断管材，边剪边旋转，以保证切口面的圆度，保持熔接部位干净无污物http:/pubmlst.org/neisseria脑膜炎奈瑟菌脑膜炎奈瑟菌MLST数据库数据库http:/ 获得分型结果获得分型结果http:/mlst.ucc.ie/沙门氏菌沙门氏菌MLST数据库数据库ICDC, China CDC采用PP管及配件：根据给水设计图配置好PP管及配件，用管件在管材垂直角切断管材，边剪边旋转，以保
8、证切口面的圆度，保持熔接部位干净无污物MLST结果 MLST适合用于长期的、大范围的流行病学调查和监测菌群结构变化，研究地域性传播和流行性变迁。 管家基因序列的变化速率慢，多态性相对于其他基因组分更小，目前认为MLST不能单独作为暴发溯源的工具。 两株细菌MLST分型结果相同，表示这两株细菌属于相同的克隆或者克隆群，不能认为他们之间有流行病学联系。采用PP管及配件：根据给水设计图配置好PP管及配件，用管件在管材垂直角切断管材，边剪边旋转，以保证切口面的圆度，保持熔接部位干净无污物2005-2012年234株脑膜炎奈瑟菌MLST分析MLST应用实例一：脑膜炎奈瑟菌种群结构现状分析采用PP管及配件
9、：根据给水设计图配置好PP管及配件，用管件在管材垂直角切断管材，边剪边旋转，以保证切口面的圆度，保持熔接部位干净无污物1956-2012年流脑主要血清群流行菌株分子型别变迁MLST应用实例二：脑膜炎奈瑟菌菌群变迁采用PP管及配件：根据给水设计图配置好PP管及配件，用管件在管材垂直角切断管材，边剪边旋转，以保证切口面的圆度，保持熔接部位干净无污物MLST应用实例三：环境军团菌菌群结构分析2005-2012年中国7个城市环境分离164株血清1型嗜肺军团菌种群结构特征ICDC, China CDC采用PP管及配件：根据给水设计图配置好PP管及配件，用管件在管材垂直角切断管材，边剪边旋转，以保证切口面
10、的圆度，保持熔接部位干净无污物中、日、韩三国环境分离血清1型嗜肺军团菌种群结构特征ICDC, China CDC采用PP管及配件：根据给水设计图配置好PP管及配件，用管件在管材垂直角切断管材，边剪边旋转，以保证切口面的圆度，保持熔接部位干净无污物MLST应用实例四：霍乱弧菌菌群结构特征分析160株O1群霍乱弧菌MLST分析最小生成树160株O1群霍乱弧菌MLST分析Neighbor-joining树ICDC, China CDC采用PP管及配件：根据给水设计图配置好PP管及配件，用管件在管材垂直角切断管材，边剪边旋转，以保证切口面的圆度，保持熔接部位干净无污物MLST应用实例五：副溶血弧菌菌群
11、结构特征分析ICDC, China CDC采用PP管及配件：根据给水设计图配置好PP管及配件，用管件在管材垂直角切断管材，边剪边旋转，以保证切口面的圆度，保持熔接部位干净无污物谢 谢采用PP管及配件：根据给水设计图配置好PP管及配件，用管件在管材垂直角切断管材，边剪边旋转，以保证切口面的圆度，保持熔接部位干净无污物无法区分无法区分：分离株有相同的带型，包括条带的数目和位置。这些分离株为：分离株有相同的带型，包括条带的数目和位置。这些分离株为同一菌株。同一菌株。高度相关高度相关：如果：如果PFGE带型仅有因一次基因事件引起的带型变化，这些菌带型仅有因一次基因事件引起的带型变化，这些菌株就被定义为
12、高度相关菌株。这些仅有两到三个条带变化的情况常见于反株就被定义为高度相关菌株。这些仅有两到三个条带变化的情况常见于反复传代以及从同一病人中多次分离的菌株。复传代以及从同一病人中多次分离的菌株。可能相关可能相关：PFGE带型与爆发菌株带型变化有两个独立的基因事件引起的带型与爆发菌株带型变化有两个独立的基因事件引起的条带变化。（通常是条带变化。（通常是4到到6个条带的变化）。这些分离株可能是遗传上相关个条带的变化）。这些分离株可能是遗传上相关的，但是并不是紧密相关的，其流行病学关系也并不紧密。的，但是并不是紧密相关的，其流行病学关系也并不紧密。这样的突变常见于分离自较长的时间段（大于等于这样的突变
13、常见于分离自较长的时间段（大于等于6个月）或者是大规模延个月）或者是大规模延伸爆发的病人中。伸爆发的病人中。无关无关：三个独立的基因事件引起的条带变化（：三个独立的基因事件引起的条带变化（7个或者是以上的条带变化）。个或者是以上的条带变化）。PFGE结果判读：结果判读：TENOVER原则原则TENOVER原则的前提：菌株是同一暴发期间分离的原则的前提：菌株是同一暴发期间分离的采用PP管及配件：根据给水设计图配置好PP管及配件，用管件在管材垂直角切断管材，边剪边旋转，以保证切口面的圆度，保持熔接部位干净无污物关于分型方法使用的建议 暴发调查 所有菌株进行PFGE，挑选代表菌株进行MLST；对于细
14、菌特异性引物PCR扩增阳性的标本未能分离菌株的，进行MLST分型。 个案调查 所有菌株进行PFGE和MLST分型；对于细菌特异性引物PCR扩增阳性的标本未能分离菌株的，进行MLST分型。 全国范围的、长期的流行情况调查 所有菌株进行PFGE，挑选代表菌株进行MLST分型。采用PP管及配件：根据给水设计图配置好PP管及配件，用管件在管材垂直角切断管材，边剪边旋转，以保证切口面的圆度，保持熔接部位干净无污物肺炎克雷伯菌院内感染鉴别ST-11采用PP管及配件：根据给水设计图配置好PP管及配件，用管件在管材垂直角切断管材，边剪边旋转，以保证切口面的圆度，保持熔接部位干净无污物暴发相关菌株健康携带本底菌株健康携带本底菌株流脑暴发调查流脑菌株总携带率：28.3暴发相关菌株携带率：15.7%采用PP管及配件：根据给水设计图配置好PP管及配件，用管件在管材垂直角切断管材，边剪边旋转，以保证切口面的圆度，保持熔接部位干净无污物谢 谢