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1、LSM 880 Basic OperationMultiChannel & TimeSeries & Z-Stack & TileScan2017-05-15Lu Xi22016-05-15ZEISS, Lu Xi, MICAgenda12345Acquiring Multi-Channel imagesZ-stack imageTime Series imageTile ScanStartup and Shutdown of the System6Airyscan Imaging32016-05-15ZEISS, Lu Xi, MICAgenda12345Acquiring Multi-Ch
2、annel imagesZ-stack imageTime Series imageTile ScanStartup and Shutdown of the System6Airyscan Imaging42016-05-15ZEISS, Lu Xi, MICStartup and Shutdown of the SystemStartup of the System1 1、打开稳压电源：a、打开稳压电源背后总开关；b、打开稳压电源前面开关；c、确定稳压电源显示220V；52016-05-15ZEISS, Lu Xi, MIC* *在打开整个系统电源之前，确保在打开整个系统电源之前，确保钥匙（
3、图中钥匙（图中4 4）处于“）处于“ONON”；”；2 2、打开“、打开“MAIN SWITCHMAIN SWITCH”( (图图1)1)；3 3、打开“、打开“SYSTEM/PCSYSTEM/PC”（图”（图3 3），），随后随后打开电脑打开电脑，进入系统；，进入系统；4 4、打开“、打开“COMPONENTSCOMPONENTS”（图”（图2 2）；）；5 5、打开金属卤化物灯；、打开金属卤化物灯；Startup and Shutdown of the SystemStartup of the System3030分钟之内分钟之内不要不要反复反复开关！开关！62016-05-15ZEISS
4、, Lu Xi, MIC6 6、启动、启动ZENZEN软件（软件（blackblack）；）；7 7、点击点击“Start SystemStart System”Startup and Shutdown of the SystemStartup of the System72016-05-15ZEISS, Lu Xi, MIC8 8、如果需要使用如果需要使用458458、488488、514514需要打开需要打开ArgonArgon激光器：激光器：a a、在“、在“LaserLaser”中“中“ArgonArgon”栏”栏选择“选择“StandbyStandby”，”，等待等待激激光器预热光器
5、预热; ; b b、预热结束、预热结束后“后“statusstatus”显示”显示“ReadyReady”后选择“”后选择“OnOn”；”；9 9、随后可以开始共聚焦成像随后可以开始共聚焦成像Startup and Shutdown of the SystemStartup of the System82016-05-15ZEISS, Lu Xi, MICStartup and Shutdown of the SystemShutdown of the System关机过程基本类似开机的倒序过程：关机过程基本类似开机的倒序过程：1 1、关闭金属卤化物灯；、关闭金属卤化物灯；2 2、关闭激光器，
6、、关闭激光器，在“在“powerpower”中选择”中选择“offoff”，关闭，关闭已打开的激光器：已打开的激光器：3 3、关闭、关闭ZENZEN软件；软件；4 4、关闭电脑；、关闭电脑；5 5、关闭电脑后等待激光器冷却约、关闭电脑后等待激光器冷却约5min,5min,此时此时ArgonArgon激光器的风扇停转；激光器的风扇停转；6 6、按顺序关闭“、按顺序关闭“COMPONENTSCOMPONENTS”“SYSTEM/PCSYSTEM/PC” “MAIN SWITCHMAIN SWITCH”7 7、关闭稳压电源。、关闭稳压电源。92016-05-15ZEISS, Lu Xi, MICAg
7、enda12345Acquiring Multi-Channel imagesZ-stack imageTime Series imageTile ScanStartup and Shutdown of the System6Airyscan Imaging102016-05-15ZEISS, Lu Xi, MICAcquiring Multi-Channel images1 1、在“在“LocateLocate”界面”界面下选择快捷键，下选择快捷键，在镜下观察需要拍摄的样品区域，在镜下观察需要拍摄的样品区域，把需要拍摄的区域放在视野中央。把需要拍摄的区域放在视野中央。112016-05-15
8、ZEISS, Lu Xi, MICAcquiring Multi-Channel images2 2、进入“进入“AcquisitionAcquisition”界面”界面；3 3、选择之前保存好的光路设置、选择之前保存好的光路设置“channelchannel”和“”和“Acquisition modeAcquisition mode”设置”设置4 4、或者新建光路设置、或者新建光路设置“Smart SetupSmart Setup”2 23 34 4122016-05-15ZEISS, Lu Xi, MIC5 5、“、“smart setupsmart setup”中”中选择染料名称，并选择
9、选择染料名称，并选择拍拍摄方式摄方式后后，“，“ApplyApply”三种拍摄方式：三种拍摄方式：A A、Fastest Fastest 拍摄速度最快，拍摄速度最快，发射发射波长接近的荧光染料间波长接近的荧光染料间存在存在串串色现象；色现象；B B、Best signalBest signal拍摄速度最慢；拍摄速度最慢；基本基本避免了发射荧光的串色避免了发射荧光的串色；C C、SmartestSmartest（LineLine）结合上述两者优势，减少串色结合上述两者优势，减少串色的同时拍摄速度较快，但是光路的同时拍摄速度较快，但是光路中硬件设置不能改变。中硬件设置不能改变。固定样本推荐使用固定
10、样本推荐使用Best signalBest signal、变、变化较快的样本推荐使用化较快的样本推荐使用SmartestSmartest或或者者Faster Faster 132016-05-15ZEISS, Lu Xi, MICChannels6 6、在“、在“livelive”下设置”下设置ChannelsChannels中的激光中的激光强强度“度“LaserLaser”，针孔大小“”，针孔大小“PinholePinhole”，检”，检测器“测器“GainGain”值”值，以及“以及“digital gaindigital gain”或“或“digital offsetdigital of
11、fset”；每个”；每个tracktrack单独设单独设置，所以每次只勾选一个置，所以每次只勾选一个tracktrack，并选中该，并选中该track(track(选中选中tracktrack高亮高亮) )；A A、“、“PinholePinhole”一般设置为”一般设置为1 AU1 AU，增大，增大PinholePinhole可以提高图像亮度，但会增加非焦可以提高图像亮度，但会增加非焦面信息；减少面信息；减少PinholePinhole可以增加景深，但是可以增加景深，但是会减少图像亮度；会减少图像亮度；B B、“、“GainGain”和“”和“Digital GainDigital Gain
12、”增加可以”增加可以增加图像亮度，但是也会提高背景噪音。增加图像亮度，但是也会提高背景噪音。142016-05-15ZEISS, Lu Xi, MIC设置原则保证图像不要过曝，尽量设置原则保证图像不要过曝，尽量减少背景噪音：减少背景噪音：在在livelive下选择“下选择“range indicatorrange indicator”可以显示出曝光程度；可以显示出曝光程度；152016-05-15ZEISS, Lu Xi, MICAcquisition Mode7 7、在、在Acquisition ModeAcquisition Mode下主要设置如下参数下主要设置如下参数: :A A、通过通
13、过scan areascan area选择选择扫描区域或通过图像窗扫描区域或通过图像窗口下的“口下的“cropcrop”选择扫描区域；”选择扫描区域；162016-05-15ZEISS, Lu Xi, MICB B、设置、设置speedspeed：扫描速度越慢，信噪比越好，：扫描速度越慢，信噪比越好，但光漂白越多；但光漂白越多；C C、AveragingAveraging：增加：增加averagingaveraging次数可以减少次数可以减少噪音，但会增加扫描时间；噪音，但会增加扫描时间；D D、DirectionDirection：双向扫描可以减少扫描时间；：双向扫描可以减少扫描时间；E E
14、、Frame SizeFrame Size：一般选择：一般选择512512512512或或1024102410241024，图像越大，扫描时间越长，图像越大，扫描时间越长Acquisition Mode172016-05-15ZEISS, Lu Xi, MIC8 8、选择需要成像的、选择需要成像的tracktrack，单击“，单击“SnapSnap”；”；获得一张多通道图像。获得一张多通道图像。Acquiring Multi-Channel images182016-05-15ZEISS, Lu Xi, MICExperiment Manager and Reuse可以通过可以通过Experi
15、ment ManagerExperiment Manager来保存拍摄来保存拍摄的参数，或的参数，或打开已经保存的图片（打开已经保存的图片（cziczi格格式），式），通过“通过“ReuseReuse”来”来调用上次拍摄的调用上次拍摄的参数设置参数设置192016-05-15ZEISS, Lu Xi, MICAgenda12345Acquiring Multi-Channel imagesZ-stack imageTime Series imageTile ScanStartup and Shutdown of the System6Airyscan Imaging202016-05-15ZE
16、ISS, Lu Xi, MICZ-stack imageFirst/Last1 1、选择、选择Z Z- -stackstack；2 2、在、在livelive下调节焦距选择层扫图像的上下范围下调节焦距选择层扫图像的上下范围：“：“set firstset first”和“”和“set lastset last”；”；3 3、单击“单击“optimal”optimal”让让间距在最适合范围；间距在最适合范围；4 4、单击“单击“Start ExperimentStart Experiment”212016-05-15ZEISS, Lu Xi, MICZ-stack imageCenter1 1、
17、centercenter模式下，模式下，livelive下选择成下选择成像的中间位置，像的中间位置，单击“单击“centercenter”，然后设置需要层扫的层数然后设置需要层扫的层数SlicesSlices，并，并单击“单击“optimaloptimal”；”；2 2、单击“单击“Start ExperimentStart Experiment”222016-05-15ZEISS, Lu Xi, MICZ-stack imageMatch Pinhole多通道荧光拍摄多通道荧光拍摄Z Z- -stackstack需需要考虑光切厚度不一致的要考虑光切厚度不一致的问题：问题：1 1、可以通过点击
18、“、可以通过点击“Match Match PinholePinhole”自动调节”自动调节不同不同tracktrack的针孔使光切厚度相的针孔使光切厚度相似；似；* *这种方法的缺点在于可能这种方法的缺点在于可能会使长波长的针孔过于小会使长波长的针孔过于小，不利于弱荧光成像不利于弱荧光成像。232016-05-15ZEISS, Lu Xi, MICZ-stack imageMatch Pinhole2 2、通过手动调节针孔、通过手动调节针孔到一致，可以保证荧到一致，可以保证荧光强度的同时，保证光强度的同时，保证光切厚度一致。光切厚度一致。242016-05-15ZEISS, Lu Xi, MI
19、CAgenda12345Acquiring Multi-Channel imagesZ-stack imageTime Series imageTile ScanStartup and Shutdown of the System6Airyscan Imaging252016-05-15ZEISS, Lu Xi, MICTime Series image1 1、选择“选择“Time SeriesTime Series”；”；2 2、拍摄要进行的循环数、拍摄要进行的循环数cyclescycles；3 3、循环之间的间隔、循环之间的间隔IntervalInterval；intervalinterv
20、al：两次循环开始时间的间隔，因此：两次循环开始时间的间隔，因此intervalinterval包含了上一个循环包含了上一个循环的拍摄时间；的拍摄时间；4 4、“、“Start ExperimentStart Experiment”262016-05-15ZEISS, Lu Xi, MICAgenda12345Acquiring Multi-Channel imagesZ-stack imageTime Series imageTile ScanStartup and Shutdown of the System6Airyscan Imaging272016-05-15ZEISS, Lu Xi
21、, MICTile Scan1 1、选择“选择“Tile ScanTile Scan”；”；2 2、Centered gridCentered grid下以现在视野为中心，拍摄拼图：下以现在视野为中心，拍摄拼图：A A、Horizontal & Vertical Horizontal & Vertical 水平和垂直拍摄范围；水平和垂直拍摄范围；B B、拼图之间的重叠、拼图之间的重叠overlapoverlap、是否双向拼图、是否双向拼图BiBi- -directionaldirectional以及拍摄后拼接以及拍摄后拼接Online stitchingOnline stitching；3 3
22、、“、“Start ExperimentStart Experiment”282016-05-15ZEISS, Lu Xi, MIC1 1、BoundingBounding gridgrid下通过移动载物台到想拼下通过移动载物台到想拼接的图像边缘，接的图像边缘，单击“单击“AddAdd”，”，添加边缘添加边缘范围范围。软件自动定义拼图范围。软件自动定义拼图范围。2 2、“、“Start ExperimentStart Experiment”。”。Tile ScanBounding grid292016-05-15ZEISS, Lu Xi, MIC1 1、Convex hullConvex hu
23、ll类似类似Bounding gridBounding grid，通过，通过移动载物台到想拼接的图像边缘，单击移动载物台到想拼接的图像边缘，单击AddAdd，添加边缘范围点。软件自动定义拼图范，添加边缘范围点。软件自动定义拼图范围。不同于围。不同于Bounding gridBounding grid软件定义拼图范软件定义拼图范围会更接近选择的位置点。围会更接近选择的位置点。2 2、“、“Start ExperimentStart Experiment”。”。Tile ScanConvex hull302016-05-15ZEISS, Lu Xi, MICAgenda123456Acquirin
24、g Multi-Channel imagesZ-stack imageTime Series imageTile ScanAiryscan ImagingStartup and Shutdown of the System312016-05-15ZEISS, Lu Xi, MIC1 1、进入“进入“Smart SetupSmart Setup”2 2、选择染料、选择染料3 3、选择、选择Best signaBest signa322016-05-15ZEISS, Lu Xi, MIC4 4、ChannelChannel中已经添加好中已经添加好trackstracks5 5、在此处设置、在此处设
25、置AiryscanAiryscan光路光路332016-05-15ZEISS, Lu Xi, MIC6 6、选择、选择ChAChA检测器（即检测器（即AiryscanAiryscan检测器）检测器）7 7、软件会自动关闭其他检测器，并在右下角提示“、软件会自动关闭其他检测器，并在右下角提示“airyscanairyscan不能与其他检测器共用”不能与其他检测器共用”342016-05-15ZEISS, Lu Xi, MIC8 8、选择适合的滤片，如、选择适合的滤片，如BP420BP420- -480480代表蓝色波段，代表蓝色波段，BP495BP495- -550550代表绿色波段，代表绿色波
26、段，BP 570BP 570- -620 620 代表红色波段代表红色波段352016-05-15ZEISS, Lu Xi, MIC9 9、次级分色镜（、次级分色镜（SBSSBS）选择“）选择“PlatePlate”362016-05-15ZEISS, Lu Xi, MIC1010、如果是多色荧光成像，可以选择多激光反射主分色镜（、如果是多色荧光成像，可以选择多激光反射主分色镜（MBSMBS），），如图中如图中MBSMBS可以同时反射可以同时反射488488和和561561，减少，减少MBSMBS转换转换372016-05-15ZEISS, Lu Xi, MIC1111、不要更改针孔（、不要更
27、改针孔（PinholePinhole）大小，）大小，AiryscanAiryscan ModeMode确认是“确认是“SRSR”模式”模式382016-05-15ZEISS, Lu Xi, MIC1212、ZoomZoom不能小于不能小于1.81.81313、Frame SizeFrame Size选择“选择“optimaloptimal”1414、SpeedSpeed选择“选择“MaxMax”392016-05-15ZEISS, Lu Xi, MIC1515、随后可以进行二维图像拍摄（、随后可以进行二维图像拍摄（SnapSnap）或者多维图像）或者多维图像拍摄拍摄402016-05-15ZE
28、ISS, Lu Xi, MIC1616、拍摄后的、拍摄后的airyscanairyscan图像需要在“图像需要在“ProcessingProcessing”中进行后续处理”中进行后续处理412016-05-15ZEISS, Lu Xi, MIC1 12 23 34 41717、按照“、按照“Processing Processing AiryscanAiryscan Processing Processing Select Select ApplyApply”进行图像处理。如果是进行图像处理。如果是z z- -stackstack图像，请选择“图像，请选择“3D3D”422016-05-15ZEISS, Lu Xi, MIC1818、处理后的图像，在、处理后的图像，在DisplayDisplay处处选择选择Min/MaxMin/Max或者或者手动调节手动调节显示效显示效果果432016-05-15ZEISS, Lu Xi, MIC